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ArUco与AprilTag简介

一个ArUco标记外围都有一组黑色边框,同时内部有着确定该标记ID的二维矩阵组合而成。黑色的边框能加速标记在图像中的检测速度,内部的二维编码能唯一识别该标记,同时进行错误检测和错误修复。...Marker图案我们能通过drawMarker函数产生: Aruco标记物检测 在包含ArUco标志的图片中,检测过程通常能返回被检测到的marker序列。...即使在手机级处理器上也可以实现实时性能。...→ 0 to 2319 TAG36H11 → 0 to 586 ARTOOLKIT → 0 to 511 也就是说TAG16H5的家族(family)有30个,每一个都有对应的id,从0~29。...两者优劣比较 Aruco(在OpenCV中实现) 优点 易于设置(使用现成的aruco标记生成器、opencv和ros实现等) 更少的错误检测(使用默认参数) 缺点 较新版本的aruco是GPL许可的,

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    21天精通单细胞数据分析Day01: 单细胞测序简介 (内附 62 页精美 PPT)

    • 细胞也可以通过流式细胞术(FACS)根据其细胞表面标志物进行筛选和表征。 • 通过将不同的表面标记物强度相互对比,可以根据这些荧光特性对细胞进行分离、门控和标记。...一旦 RNA 分子被细胞条形码标记,它们就可以被扩增,无论是单独还是一起混合,扩增后的产物与其原始对应物共享相同的细胞条形码。 • PCR 扩增基因产物,使其在测序过程中更易于检测。...• 考虑一组长度为 5 的条形码,相邻条形码之间的编辑距离为 1,以及另一组编辑距离为 2 的条形码。 • 前者对常见的 1 个碱基对的测序错误不具有鲁棒性,但后者仅允许使用一半数量的条形码。...• 实现这一目标的一种方法是为基因和细胞的检测限度设定阈值。 • 考虑一个仅由 3 个基因(G1、G2 和 G3)和 5 个细胞(A、B、C、D 和 E)控制的分析。...• 后续的行是基因可检测性的阈值,显示了在阈值从 0 到 4 的范围内,每个细胞中检测到的基因数量。

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    数据库 | NAR | scLTdb:一个全面的单细胞谱系追踪数据库

    (iv)对于细胞类型注释,我们基于CellMarker2.0数据库中已知的细胞标记物表达或原始研究提供的细胞身份信息对细胞进行了注释。...对于定义了克隆命运偏倚的研究,我们直接使用这些信息在我们的数据库中标记克隆命运偏倚,确保我们的分析与原始研究一致。...为了比较这两种关键技术参数,我们计算了每个数据集的条形码多样性(独特条形码数量)和条形码检测率(使用单细胞RNA测序可以检测到条形码的细胞比例)。...Para_33 对于需要处理自己的单细胞淋巴细胞追踪数据的用户,我们已在我们的网络服务器上开发了在线工具用于克隆分析。...作为一种新兴技术,单细胞谱系追踪(scLT)能够同时检测细胞状态(转录组或表观基因组)和用于细胞标记和谱系推断的DNA条形码,这为发现新的细胞谱系和细胞命运调节因子提供了强大的平台。

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    单细胞时代 || NGS技术实现

    这项技术极大地提高了转录物的覆盖范围,增强了单核苷酸多态性的评估或候选生物标记物的鉴定。 它对研究罕见细胞的转录组态特别有用。...该方法基于Smart-seq开发,仅使用细胞特异性条形码和唯一分子标识符(UMI)进行3 '端测序。单细胞通过流式细胞仪被分成384孔板。...Cite-seq和Reap-seq都使用了类似的方法,生成一个蛋白质读数并与单个细胞转录组一起进行测序。与流式细胞术检测细胞表面蛋白不同,这些技术使用DNA条形码来标记表面抗体。...使用32G注射器挑出具有理想分泌状况(即高肿瘤坏死因子(TNF)-分泌物)的单细胞进行后续RNA测序。过转录组分析,在小鼠巨噬细胞中发现了一组与TNF- a分泌相关的高共表达基因。...首先使用口吸管将单个细胞转移到PCR管中,裂解仅释放mRNA。

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    scRNA-seq—质量控制

    如果您没有使用基因名称作为基因ID,则此功能将无法使用。我们有代码可用于自行计算该指标。 同时还需要将其他信息添加到QC指标的元数据中,例如单元ID、条件信息和各种指标。...当我们确定了每个簇的标记时,建议您探索这些标记,以确定这些标记是否适用于一种以上的细胞类型。 Cell counts 细胞计数由检测到的唯一细胞条形码的数量确定。...细胞浓度不应由FACS机器或生物分析仪测定(这些工具对浓度测定不准确),而应使用血细胞计数仪或自动细胞计数器计算细胞浓度。 细胞编号也可能因方法而异,产生的细胞编号比我们加载的要高得多。...例如,在inDrops方法中,细胞条形码存在于水凝胶中,并与单个细胞和裂解/反应混合物封装在液滴中。虽然每个水凝胶都应该有一个与之相关的细胞条形码,但有时一个水凝胶可以有多个细胞条形码。...类似地,使用10X协议,有可能只获得乳液液滴(GEM)中的条形码珠子,而没有实际的细胞。这两种情况,加上死亡细胞的存在,都可能导致比细胞更多的细胞条形码。

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    【Science】万字综述:空间组学将去何方

    它们可能使用非显微方法,如质谱(MS)来检测分析物,进行染色和染料去除的周期以达到所需的复杂性,或利用高通量DNA测序和条形码的力量。 多重抗体分析 在过去的20年中,质谱已经成功地适应了原位测量。...然而,一些最有用的遗传标记(如转录因子)的表达水平非常低,使用灵敏度低的方法可能很难检测到。...膜标记物通常产生低信号,对细胞质膜的特异性差,或者不适用于所有细胞类型,因此即使使用AI模型也不能产生有效的分割。...尽管结合多个标签已经显示出一些良好的结果,但为分割开发一个真正的通用膜标记物将是空间组学领域的变革性进展。...对于蛋白质,目前无法进行全蛋白质组测量,但可测量的标记物数量可能会从不到50个扩展到数百个,尽管这可能需要超越基于MS的方法,并生产大量高度特异性的抗体。

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    单细胞RNA-seq的前世今生

    在两种情况下,由于RNA仅来自一个细胞,因此由于转录物的起始量低而引入差异。提高转录物捕获效率和减少扩增偏差是目前活跃的研究领域。...特别地,每个珠子包含独特的条形码,其附着于源自该细胞的所有reads。因此,可以合并所有液滴,一起测序,并且随后可以基于条形码将reads分配给原始细胞。...事实上,测序成本通常成为限制因素,典型实验覆盖率低,仅检测到几千种不同的转录本(Ziegenhain等人,2017)。 2.7 我的实验使用什么平台 最合适的平台取决于手头的生物学问题。...另一方面,如果人们对表征具有已知表面标记的稀有细胞群有兴趣,那么最好使用FACS进行富集,然后对较少数量的细胞进行测序。...显然,如果有兴趣研究不同isoforms,那么全长转录物定量将更合适,因为标记的方案更加有限。相比之下,UMI只能与基于标签的方案一起使用,它们可以促进基因水平的量化。

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    空间转录组技术在免疫治疗中的应用潜力和前景

    通过保留空间信息可以很好地识别新的生物标志物,该技术可能会影响新的组合免疫疗法。 多重免疫组化/免疫荧光(mIHC/IF)是一种常用的工具,可同时检测单个组织样本中多达40个感兴趣的标记物。...通过检测一种感兴趣的特定RNA, RNAscope已经揭示了TME、免疫逃逸机制和新的预测和预后癌症生物标志物。...MERFISH由smFISH改良而来,采用基于条形码的组合标记方法,随后进行多轮杂交,以确保高水平的荧光信号亮度和可同时检测到的大量RNA (图1)。...图 MERFISH原理 seqFISH是另一种多重smFISH技术,它是基于连续多轮的条形码杂交标记技术。它可以提供亚衍射极限的空间分辨率,优于其他RNA分析技术。...通常使用非多重FISH、定量PCR、免疫组化、IF等方法在mRNA或蛋白水平上研究单个基因表达更为方便,特别是当研究的基因数量较小时,如一套预后标志物。

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    【文献】 新一代测序技术(NGS) 的十年之旅

    在固相模板富集后,将引物,DNA聚合酶和修饰的核苷酸的混合物添加到流动池中。每个核苷酸被3'-O-叠氮基甲基封闭,并用碱特异性可切割的荧光团(F)标记。...在每个循环期间,每个簇中的片段将仅包含一个核苷酸,因为封闭的3'基团阻止额外的掺入。...在碱基掺入后,洗去未掺入的碱基,并使用四个激光通道通过TIRF对载玻片成像。然后裂解染料并用钯和TPPTS的还原剂混合物再生3'-OH。...H +释放导致pH值的单位发生变化,由集成的互补金属氧化物半导体(CMOS)和离子敏感的场效应晶体管(ISFET)器件检测。在引入单核苷酸种类后,洗去未掺入的碱基,然后加入下一种碱基。...为了使测序可视化,添加标记核苷酸的混合物;当聚合酶结合的DNA文库位于SMRT细胞的一个孔中时,聚合酶将荧光团标记的核苷酸掺入延伸的DNA链中。

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    空间组学 | 以蛋白质的视角看中心法则的信息流动 | 评论文章

    然而,这两种技术由于荧光团的光谱重叠以及无法在不损害信噪比的情况下完全分解荧光信号,只能检测少数几个蛋白质标记。...最早克服光谱障碍的方法之一是飞行时间细胞术(CyTOF),它使用一系列稀土金属聚合物复合物作为标签来标记数十种不同的抗体,并通过电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)读取它们的信号。...最近,还展示了使用质谱同时映射细胞表面蛋白标记和代谢物以量化细胞类型特异性代谢谱,以及使用超分辨率受激拉曼散射(SRS)显微镜将亚细胞代谢活动与细胞类型和状态在纳米尺度上联系起来的可能性。...Next generation sequencing-based protein-inclusive spatial multi-omics Para_01 基于下一代测序(NGS)的空间转录组学通过使用条形码固体基质捕获组织切片中的...虽然我专注于组织规模的空间蛋白质组学和多组学,但蛋白质的亚细胞定位及其与RNA、DNA、代谢物和细胞器的相互作用通常决定了它们的功能,这是未来研究的另一个方面‘空间’蛋白质组学。

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    使用Python的四种机器学习技术

    在该图中,该线最适合由点标记的所有数据。使用这一行,我们可以预测x = 70时会找到什么值(具有一定程度的不确定性)。 ? 作为一种机器学习技术,回归在监督学习中找到了基础。...我们使用它来预测连续和数值目标,并从处理我们已知的数据集值开始。它比较已知值和预测值,并将预期值和预测值之间的差异标记为误差/残差。...这预先使用标记数据并且受监督学习。这意味着我们培训数据并期望预测其未来。通过’预测’,我们意味着我们。数据将分类照片为它们可以属于的类我们有两种属性: 属性输出  或从属属性。...我们为你呈现ITF条形码,Code 93条形码,QR码,Aztec和数据矩阵等。通过大多数示例,现在轮到您确定我们向你展示时的代码类型了。这是有监督的学习,我们使用了部分示例 – 培训和测试。...异常检测 异常是偏离预期的过程。有机器学习,有时我们可能想要发现异常值。一个这样的例子是每小时检测牙医账单85填充物。这相当于每位患者42秒。另一种方法是仅在周四才能找到特定的牙医账单。

    53710

    Nature | 从 ecDNA 层面研究肿瘤异质性与可塑性问题

    ◉ 通过基因组 DNA 定量慢病毒条形码比例。频率超过 10% 的条形码被着色。P0 表示亲本培养物。...对于每个PDO,补充表1提供了两个唯一标识符(研究ID和HCMI ID),以及与相应病例相关的临床和随访数据。 HCMI ID可以在HCMI可搜索目录中查询。...Barcoding of organoids 类器官的条形码标记 Para_01 在条形码实验中,我们使用了来自 CloneTracker XP 3M 条形码-3′ 文库的 100 万条形码池,该文库位于...带条形码的器官样体随后被分为两种条件:+WR(对照组)和 -WR(选择压力),每种条件至少有两个重复。 收集了一部分带条形码的器官样体用于 DNA 提取(P0)。...仅将至少由两种工具检测到的融合作为可信结果。

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    LiDARTag:一种基于点云的实时估计基准标记物位姿的系统

    摘要 基于图像的基准标记物在杂乱或无纹理环境中的目标跟踪、相机(和多传感器)校准任务以及基于视觉的同时定位和建图(SLAM)等问题中非常有用,基准标记物的检测算法的现状取决于环境照明的一致性,本文介绍了一种适用于...LiDAR点云的新型基准标记物的设计和检测算法LiDARTag,该方法可实现实时运行,处理100Hz的数据,比目前可用的激光雷达传感器频率更快,由于激光雷达传感器的性质,快速变化的环境照明不会影响激光雷达探测...通过运动捕获系统验证的实验结果证实,该方法能够可靠地提供标记物的姿势和唯一的ID,在室内数据集和本田H3D室外数据集上进行了验证。...3) 为了解决激光雷达回波的稀疏性,我们将点云提升为RKHS中的连续函数,并使用内积结构在预先计算的函数字典中确定标记的ID。...(d) 传感器配置是否由激光雷达、摄像机和多个运动捕捉标记组成 在这项初步研究中,我们使用AprilTag3作为我们的基准标记。

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    全球供应链中的实时跟踪技术

    实时定位和易于使用的应用程序相结合,为公司提供了所需的信心。...智能手机、平板电脑和其他技术可以检测每个独特的BLE信标并提供大致位置。苹果开发的iBeacon协议和硬件利用BLE技术。由于范围和精度有限,BLE信标在大型供应链、仓库和物流供应商中的使用有限。...UWB标记可以附加到特定产品或资产,UWB锚点将跟踪每个标记的位置,并在相关软件中快速、准确地报告位置。 UWB技术通常用在仓库环境中的叉车、手推车和其他设备上。...这种类型的技术依靠物联网传感器来监控环境因素并提供定期更新。...此类技术应用的案例包括: 农产品或某些药品冷库和运输温度监测; 大气监测,以探测大气成分、湿度或其他因素的变化; 光敏产品的光级监控; 用于辐射、污染物或其他因素的其他类型的传感器。

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    质量较差样本的QC

    Cell counts 细胞计数由检测到的唯一细胞条形码的数量确定。在基于液滴的实验方案中,细胞条形码存在于水凝胶中,并与单个细胞和裂解/反应混合物一起包裹在液滴中。...使用此截止值,我们将丢失大部分Unsorted cells。 ? Genes detected per cell 在InDrop/10X分析中,发现基因检测在500-5000范围内是正常的。...Mitochondrial counts ratio 线粒体计数的质量较差的样品将在0.1线粒体比率标记之上出现较大的峰,除非是实验样品本身就是高线粒体比率类型。...未分类样品中检测到的基因数量非常少,因此线粒体表达似乎较高,主要是由于这一事实。未分类样品的质量差似乎不是由于细胞死亡或垂死。由于预计hPSC样品的线粒体表达水平较高,因此建议不要对该标准使用阈值。...由于预期hPSC样本的细胞类型具有更高水平的线粒体表达,因此不使用该指标的阈值可能是明智的。 ?

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    单细胞系列教程:质控实战(五)

    但是,希望在元数据中包含一些有用的附加信息,包括单元 ID 和条件信息。...质量评估指标下面将评估以下各种指标,然后决定哪些cells质量低,应从分析中删除Cell counts细胞计数由检测到的独特细胞条形码的数量决定。...例如,在inDrops protocol期间,细胞条形码存在于水凝胶中,这些水凝胶与单个细胞和裂解/反应混合物一起封装在液滴中。...虽然每个水凝胶都应该有一个与之相关的细胞条形码,但有时水凝胶可以有多个细胞条形码。同样,使用10X protocol时,有可能仅在乳液液滴 (GEM) 中获得带条形码的珠子,而没有实际的细胞。...将线粒体计数的劣质样本定义为超过 0.2 线粒体比率标记的细胞。

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    Web vs App(AR版)

    WebAR解决方案的范围很广,既可以使用设备的陀螺仪/加速度计传感器作为背景,也可以使用相机输入,也可以使用更复杂的解决方案,例如AR.js,TensorFlowJS和USDZ。...AR.js是开源的,不需要任何特殊的应用程序,它可在默认浏览器中运行。 为了讨论AR.js及其对WebAR的含义,值得快速浏览一下为框架提供支持的组件。...然后,AR.js使用JSARToolkit跟踪3D场景到标记,并利用Computer Vision检测特征点。这是大多数早期基于应用程序的AR体验的动力。...Blippar,Facebook,Snapchat,Zappar都使用基于云的CMS,该CMS基于某种触发(链接,标记,面部,qr代码等)下载AR体验。...为了提供有关云交付的AR如何工作的背景信息,移动应用程序具有某种触发或进入点(链接,标记,面部,二维码等),可以启动体验。此触发器提示应用程序向后端系统发出请求,以发送体验的资产和代码。

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