首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

DESeq2编码有助于分析疾病患者和对照患者之间的差异基因表达

DESeq2是一种用于分析疾病患者和对照患者之间差异基因表达的编码方法。它是一种基于负二项分布的差异表达分析工具,被广泛应用于RNA测序数据的差异表达分析。

DESeq2的主要优势包括:

  1. 高度准确的差异表达分析:DESeq2使用负二项分布模型来对基因表达数据进行建模,考虑了测序数据的离散性和过度离散性的特点,因此能够更准确地识别差异表达基因。
  2. 考虑了样本间的技术变异:DESeq2通过引入样本间的技术变异参数来校正测序数据中的批次效应和其他技术变异,提高了差异表达分析的准确性。
  3. 适用于小样本量数据:DESeq2在小样本量数据上表现出色,能够有效地识别差异表达基因,尤其适用于临床研究等样本量较小的实验设计。
  4. 提供丰富的统计分析功能:DESeq2提供了丰富的统计分析功能,包括差异表达基因的筛选、聚类分析、富集分析等,帮助研究人员深入理解基因表达的差异。

DESeq2的应用场景包括但不限于:

  1. 疾病研究:DESeq2可以帮助研究人员分析疾病患者和对照患者之间的差异基因表达,从而揭示疾病的发生机制和潜在的治疗靶点。
  2. 药物研发:DESeq2可以用于分析药物处理组和对照组之间的差异基因表达,帮助研究人员评估药物的疗效和副作用。
  3. 生物学研究:DESeq2可以用于分析不同组织、不同时间点或不同处理条件下的基因表达差异,帮助研究人员理解生物学过程和调控网络。

腾讯云提供了一系列与基因组学数据分析相关的产品和服务,其中包括:

  1. 腾讯云基因组学分析平台:提供了基因组学数据分析的一站式解决方案,包括差异表达分析、基因富集分析、通路分析等功能。
  2. 腾讯云RNA测序分析平台:提供了DESeq2等差异表达分析工具的集成,帮助用户快速进行差异表达分析。
  3. 腾讯云人工智能平台:提供了丰富的人工智能算法和工具,可以结合DESeq2等差异表达分析工具进行深度学习和模式识别等分析。

更多关于腾讯云基因组学分析平台和RNA测序分析平台的信息,请访问以下链接:

请注意,以上仅为示例答案,实际的产品和链接可能会有所变化。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

7分+非肿瘤生信 | 数据挖掘+简单ELISA 检测!干湿结合,可复性强!

3 研究结果 1.筛选差异表达基因(DEGs) 为了比较MS组对照之间基因表达差异,作者进行了样本之间差异基因表达分析。...图A:GSE5839数据集中四个样本基因中位数、上下四分位数、最大值最小值基本相同; 图B:相关性分析显示,MS组组内相关性更强; 图C:主成分分析显示MS组与对照组中心相距较远,说明MS组与对照组基因表达存在差异...; 图D:差异基因表达分析集|logFC|≥1且P<0.05为DEGs,共筛选出540个DEGs。...2.筛选细胞外蛋白质差异表达基因(EP-DEGs) 进一步找出在MS组对照组中差异表达编码细胞外蛋白基因。...从中,我们或许可以得到一点启示,在一些免疫相关疾病中是否可以将差异基因联合免疫基因进行分析呢?继续结伴热点如m6A、自噬等基因集进行分析呢?

48920

8+非肿瘤生信分析!快来学习吧~

图 1 结果解析 01 DEGs识别 为了比较MS组对照之间基因表达差异,本研究进行了样本之间差异基因表达分析。...主成分分析显示MS组与对照组中心相距较远,说明MS组与对照组基因表达存在差异(图2C)。通过差异基因表达分析本研究共筛选出540个DEGs。...图 2 02 EP-DEGs筛选 为了找出在MS组对照组中差异表达编码细胞外蛋白基因,本研究参考现有公共图书馆中注释细胞外蛋白基因,从DEG中筛选出EP-DEGs并对其进行分析。...图 7 05 IL17A、Del-1ResolvinD1水平及其与临床数据相关性 为了验证鉴定出关键细胞外蛋白,本研究纳入排除 CNS 感染性疾病近期感染 51 名 RRMS 患者 20 名原发性头痛患者用于检测...图 9 小编总结 本研究:1)分析了MS人脑组织基因表达谱,筛选出了133个EP-DEGs。2)预测了它们参与生物过程通路。

80930
  • 单细胞转录组分析揭示自身免疫病中异常基因表达模式细胞状态

    今天介绍是一篇纯生信分析单细胞数据挖掘文献,分析方法是单细胞分析中比较常规方法(单细胞图谱,细胞通讯),不过有疾病之间差异比较。...方法:文中分析了 17 例患者(5 例 MS、5 例 pSS 7 例 SLE) 10 例健康对照(HC) 153,550 个细胞 scRNA-seq 数据,并检查了外周血单核细胞 (PBMC)...综上所述,文中分析提供了单细胞水平上自身免疫性疾病患者细胞类型状态综合图谱,以更好地理解这些自身免疫性疾病发病机制治疗。...每行为一个基因,每列为一个单细胞: 在MS、pSS、SLE、HC组之间每个细胞类型差异基因差异基因所富集通路 差异表达基因 图3A-D分别为SLE组与其他三组(MS、pSSHC组)在B细胞(A)...差异基因分析细胞类型选择 为什么在研究结果第二部分差异分析研究中,MS、pSS、SLE、HC组之间只对B细胞、巨核细胞、单核细胞增殖性T细胞这四种细胞类型差异基因进行分析

    44810

    单细胞水平揭示CD8⁺ T-LGLL免疫组特征

    芬兰赫尔辛基大学研究团队使用单细胞 RNA TCR 测序将 T-LGLL 克隆型与非 T-LGLL 克隆型分开,并将它们与健康对照、其他癌症自身免疫性疾病进行比较,发现T-LGLL 克隆型比健康反应性克隆型更具细胞毒性...,得到7个亚群,其中最大群上调了T-LGLL markers FCGR3A (CD16) and CCL4 and exhaustion markers LAG3, TIGIT, and TOX 差异基因富集分析表明...之后为了验证突变型野生型STAT3 T-LGLL 之间差异,分析了普通转录组数据,与突变型STAT3患者相比,野生型 STAT3 患者 CD8+ T 细胞具有更高细胞毒性评分。...T-LGLL患者细胞通讯增强 作者为了解释T-LGLL患者中细胞因子介导白血病细胞非白血病细胞间细胞互作关系,分析了9 名 T-LGLL 患者 8 名健康对照血浆细胞因子表达。...通过CellPhoneDB分析T-LGLL T细胞互作,发现:相比于健康人,T-LGLL患者中T-LGLL T细胞其他免疫细胞之间配体-受体相互作用数量增加,并且大多数相互作用发生由共刺激引起。

    32110

    scRNA-seq揭示非病变性狼疮皮肤有助于骨髓细胞炎症进展并引发皮肤炎症

    虽然约50%患者对SLE靶向治疗有反应,即使他们全身性疾病得到控制,许多患者仍患有难治性皮肤病变。缺乏关于CLE炎症成分诱发疾病驱动因素知识,推迟了有效治疗发展。...方法:通过整合单细胞RNA测序空间RNA测序分析了狼疮患者中正常出现皮肤,病变皮肤循环免疫细胞。全面定义细胞组成并表征导致该疾病炎症变化主要介质。...为了更广泛地了解CLE患者病变KCs转录组差异,进行 the lesional CLE versus healthy basal KCs 之间差异表达分析 病变细胞中顶部上调基因中I型IFN下游基因...空间测序scRNA-seq分析整合提供了狼疮皮肤内细胞 - 细胞相互作用结构背景 L-R分析完全来自差异基因富集,因此缺乏关键空间背景来证实推定相互作用。...在狼疮患者中观察到ncMos循环CD16+ DC比例降低。 沿拟时序进行了差异表达分析。这确定了从ncMo到CD16+ DC过渡五种基因表达模式。

    62820

    单细胞多组学揭示了进展性COVID-19中先天性适应性免疫系统非同步性

    ,稳定进展患者之间存在显著基因表达差异。...在进展期患者中,编码具有抗病毒活性(主要针对单链RNA病毒)RNASE2蛋白表达也增加了。...此外,该项研究连接体分析强调了增强TIM-3/Gal-9环路,这可能有助于异常调控髓系特征。...详细分析子集19458个CD8+ T细胞显示在稳定型进展期患者之间有明显区分, 这主要是由于进展期患者中ISGs 表达, 也可以通过效应细胞因子如GZMB表达来显示。...这种重叠验证了该项研究CD8+ 组 V模体对SARS-CoV-2感染特异性。在活跃性疾病期间样本采集排除对照样本中存在特异性组GLIPH2分析也证明了该项研究TCR分析重要性。

    91650

    单细胞揭示B-ALL患者耗竭性T细胞亚群异质性

    值得注意是,这些耗竭性T细胞群具有显著异质性,将其并进一步分为 10 个亚群,具有不同细胞周期阶段、navie状态 GNLY(编码颗粒溶素)表达模式特征。...实验设计及质控 样本:3个B-ALL患者2名健康对照样本外周血单核细胞(Peripheral blood mononuclear cells ,PBMCs) 细胞前处理:流式分选,其中使用到流式抗体包括...此外只保留在至少10个细胞以上有表达细胞。最后,总共剩下28842(健康对照样本约12 699个细胞,B-ALL患者有16143个细胞)进入下游分析。...成对 Pearson 相关分析还表明,两组患者 T 细胞簇具有相似的表达模式(除了CD4_Exhau CD8_Exhau,Fig 2B)。...发现健康个体 B-ALL 患者之间 CD8_TE 簇中 CDR3 长度存在差异(Fig S5A)。

    90330

    Bioinformatics | CLEP:用于生成患者表征混合数据知识驱动框架

    与使用原始转录组数据相比,使用由CLEP生成患者表征显著提高了各种机器学习模型在患者健康对照之间进行分类性能。此外,将患者纳入知识图谱还能够促进对特定疾病患者亚组生物特征解释识别。...表1 CLEP可用于执行分类任务统计建模机器学习方法列表 图2 模型评估策略示意图 在精神疾病患者健康对照之间进行分类 使用在前一个数据集中使用相同设置(图2),作者使用原始数据CLEP生成...图3 训练用于在认知障碍患者健康对照之间进行分类五个ML模型基准实验 3.2 通过CLEP进行生物学解释患者亚组识别 作者研究发现将患者纳入KG中有助于患者亚组进行生物学解释识别(图4a)。...图4 将患者纳入KG有助于患者亚组进行生物学解释识别 3.3 CLEP表征在对精神疾病患者健康对照进行分类时优于原始数据 作者还在一个额外数据集上重现了作者方法,该数据集包含精神疾病患者健康对照...图5 训练用于在精神疾病患者健康对照之间进行分类五个ML模型基准实验 4 总结 在本文中作者提出了一个新混合数据知识驱动框架CLEP,它利用患者水平数据KG来生成个性化患者表征。

    56830

    COVID-19患者免疫反应单细胞景观

    研究背景 2019年冠状病毒疾病(COVID-19)由严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染引起,疾病严重程度与宿主免疫反应之间关系并没有一个很好理解。...不同疾病条件下细胞组成差异 3 在天然免疫细胞中观察到强烈干扰素反应 为进一步研究SARS-CoV-2感染后天然免疫细胞转录变化,分别比较了中度或重度患者与HD之间CD14CD16单核细胞表达模式...差异基因通路富集分析,发现COVID-19患者差异基因上调,参与了IFN反应、细胞因子产生、细胞杀伤、白细胞粘附等过程。...为了进一步研究SARS-CoV-2感染后B细胞差异转录变化,比较了中度或重度B/浆细胞表达谱, 在COVID-19患者中最显著富集差异基因参与了IFN反应。...值得注意是,在重症患者中选择性使用显性IGV基因,特别是IGHV3-7IGKV3-15,可能有助于疫苗设计。

    60420

    单细胞转录组测序中线粒体基因表达情况

    与正常人肝细胞株相比,在SMMC一7721细胞中,ND6、ATPase8、ATPase6等线粒体基因表达总体是增高[3];应用RT-PCR方法检测42例配对胃癌癌旁正常胃粘膜组织线粒体编码基因ND4...癌症遗传异质性不仅表现在不同患者之间,同一患者不同肿瘤结节,甚至是同一个结节中也存在差异。...样本情况:4名健康对照4名SSc-ILD患者13例肺组织样本共56196个细胞。 结论:健康对照肺中有两个主要成纤维细胞群,分别是SPINT2hiMFAP5hi,以及一个次要WIF1hi。...对照SSc-ILD间充质细胞组合分析确定了SPINT2hi,MFAP5hi少数WIF1hi成纤维细胞大量新成肌纤维细胞群,比较了所有SSc-ILD对照间充质细胞群之间以及成纤维细胞亚群之间差异基因表达...结论:使用该技术可以得到大批单细胞表达测量数据,有助于研究基因表达动力学单个细胞类型分子谱系。 ? 文献引用:Zheng GX, Terry JM, Belgrader P, et al.

    4.2K30

    这篇两周就接受4+分文章:作者要是中国人早就被拒?

    Dementia Spectrum Disorders”,作者使用AD,VaDFTD患者额叶皮层转录组数据,通过网络、通路转录因子分析确定痴呆症相关基因、通路,以及三种痴呆症之间异同。...作者比较了AD,VaDFTD患者额叶皮层转录组,共有的通路转录因子可能表明潜在共同病因,而差异则有助于区分三种痴呆症。 二、分析流程 ?...表二:本研究纳入样本信息 2.AD,VaDFTD中DEGs相关性分析 作者分别分析了AD,VaDFTD四项研究之间样本共同DEGs数量及其fold change方向,结果显示FTD与AD患者之间...、VaD与AD患者之间表达谱显著重叠且正相关,而VaDFTD相关分析显示正相关负相关均存在,表明在这些痴呆类型额叶皮质中发生了相似的分子变化。...表三:三种痴呆症中显著上调/下调基因 Venn图比较3种痴呆之间共享独特DEGs 12个共享上调基因,包括AQP1及11个与神经变性相关基因:例如MTUS1表达与AD患者Braak分期有关

    96650

    文献阅读:NAD+代谢相关基因在肌萎缩侧索硬化症中预后研究

    提取ALS患者NMRG基因表达谱,进行一致性聚类,得到ALS患者NMRG分子亚型,并研究不同亚型之间预后差异 5....ALS患者NMRG基因表达图谱 图A以热图形式展现了NMRG基因表达总体情况;图B展示了NAD+代谢通路GSEA富集分析结果;图C展示了ALS患者正常人CTRL之间NMRG差异基因结果;...E展示亚型24之间NMRG差异基因结果 3....NMRG预后模型NPRS分析 图A展示了纳入NPRS回归模型中各个基因系数;图B图C展现了NPRS低表达表达之间生存分析;图D用冲击图形式展示了亚型,NRPS生存结局分布;图EF...ALS患者免疫浸润 图A展示了NPRS低表达表达免疫浸润差异分析情况;图B-F展示了免疫细胞组分NPRS score之间相关性 6.

    45730

    Nature子刊:识别偏头痛脑与遗传标志物

    同一患者强迫症状态(偏头痛期间对热刺激敏感性增加)基线状态之间BOLD-fMRI信号差异显示在红橙色区域。 静息状态网络(RSN)fMRI显示顶额叶静息状态具体变化。...首批IHGC研究分析841例患者及884例健康对照155个编码离子通道基因5257个单核苷酸多态性(SNPs)。...首项2010年IHGC GWAS包含2731例MA患者及10747例匹配对照。研究确定来自8q22.1染色体SNP(rs1835740)基因,编码异粘蛋白(MTDH)及羧肽酶Q(CPQ)。...该关联基因在3203例仅MA患者,MO患者或MA及MO患者与40062例对照组进行了验证。研究rs1835740基因型如何影响临近基因表达发现rs1835740是MTDH基因顺式调节元件。...对于146项关联度最强SNP指标的分析发现效应量在MA及MO亚群之间、基于临床中心及基于人群之间、男性与女性之间相似。

    1.4K10

    重症新冠肺炎患者外周免疫反应单细胞图谱

    在校正读取深度以及线粒体读取计数后,我们获得了细胞-基因表达矩阵,并且通过UMAP进行主成分分析,共获得30个细胞群,进一步分析每个细胞群表达差异基因并分别进行标记。...降维分析表明COVID-19患者对照之间存在显著表型差异,主要体现在单核细胞,T细胞自然杀伤细胞。...这些细胞表达一些编码中性粒细胞颗粒蛋白基因(例如,ELANE, LTFMMP8),但不表达编码传统中性粒细胞标记基因如FCGR3BCXCR2。...我们首先分析编码炎性细胞因子基因表达。有文献曾提出这些炎性细胞因子是由COVID-19病人外周单核细胞所产生。...通过对单个细胞中所有HLA ii类编码基因表达水平评分显示,这种下调在所有COVID-19患者中均显著,但在呼吸机依赖患者中可能更为明显。

    37820

    爱恨难分—癌症免疫治疗获得性抗性

    HLA部分基因可以编码细胞表面抗原受体,成为自身细胞"独特信号",可以作为免疫系统区分自身异体物质基础 HLA抗原决定簇在Chr6短臂上,分为三类:Class I、II、III,是目前已知的人类染色体中基因密度最高...疾病相关死亡率约为33%~46%,局部MCC患者5年总生存率为55.6%;晚期疾病患者区域性淋巴结患者5年生存率为35.4%,远处转移患者约为13.5%。...接着利用aggr流程将Tumor与PBMC样本整合,生成两个gene-barcode表达矩阵(tumorPBMC),同时进行了测序深度校正!...(responding阶段)差异基因分析也是利用MAST。...首先可以看到是,这个组织中肿瘤细胞占比较大,并且治疗前后分还是很开,意味着治疗前(蓝色)与复发后(橘色)差别还是很大,为了看这个差异是由哪些基因导致,又做了差异分析+热图,得到255个差异基因

    96310

    Nature综述|整合组学分析护航健康,推动精准医学时代到来!

    此外,人类遗传物质微生物组之间互作会影响疾病,同时整合这两种图谱研究会很有价值。...因此,综合分析基因组、代谢组、微生物组及其它组学可能有助于健康管理疾病诊治。...该模块富集了参与突触传导基因,并且RNA-seq数据显示其中一个子模块中许多基因在ASD患者胼胝体具有差异表达DESeq2差异基因分析批次效应移除),这为许多ASD患者相比于正常人有更小胼胝体现象提供了一个假定分子解释...然而只有一小部分疾病属于这一类,因此将非编码调控注释信息与疾病相关其它数据整合起来,对于鉴定疾病基因查明病因非常有价值。特别是,用于测量基因表达(RNA-seq,转录组分析工具哪家强?)...因此,这是确定患者体内靶向哪种通路一个有用工具,即使在这些通路中未检测到强候选突变(如难以表征编码突变或间接效应)。例如,转录组学DNA甲基化模式分析已被用于识别与预后相关癌症亚型。

    5.2K34

    整合单细胞bulk RNA数据确定心力衰竭关键细胞类型生物标志物

    通过细胞组分基因集富集分析,将髓样细胞鉴定为参与 HF 原代细胞群。对髓样细胞差异分析揭示了 HF 中细胞通讯细胞因子调节免疫反应之间交互,MIF 通路成为关键免疫调节通路。...研究结果 单细胞图谱揭示了HF患者免疫细胞异质性 作者首先使用scRNA-seq数据集比较了健康个体HF患者之间差异。...单细胞表达谱中髓系细胞差异基因表达分析 文中通过进行差异基因表达分析来鉴定比较 DCM/ICM 与正常对照之间髓系细胞中失调基因,从而研究 HF 潜在失调机制。...在髓系细胞相互作用中信号通路关键因子作用 为了预测髓系细胞其他细胞之间细胞间相互作用,作者根据配体表达水平和相互作用与它们各自受体将这些细胞群联系起来。...髓样细胞亚簇功能分析 为了研究每个髓样细胞亚簇功能,作者对每个亚簇进行了差异基因表达分析(图7(a))。

    23210

    单细胞测序揭示 MDA5+ 皮肌炎特有适应性免疫特征

    来自 MDA5+ DM 患者对照外周 B T 细胞单细胞图谱 scRNA-seq采用了7名活跃MDA5+ DM患者(MDA5+DM-Act)、3名缓解期配对MDA5+ DM患者(MDA5+DM-Rem...)、5名IIM疾病对照(Ctrl-IIM)、4名健康供体(HD)外周血BT细胞,另外还有一个接受肺移植终末期MDA5+ DM患者肺组织。...MDA5+DM患者外周血BT细胞中I型IFN信号通路过度激活 为了更深入地了解这四组表达特征,作者对外周血T、B细胞中top15差异基因进行聚类,在B、T细胞之间没有发现很显著表达差异。...之后使用上调DEG进行GO富集分析,发现MDA5+DM-Act 组高表达I型IFN信号相关途径基因(ISG15、MX1IFI6)。...MDA5+DM-Rem组基因表达模式与HD组相似,具有与稳态相关丰富途径,其中包括膜蛋白水解 SCENIC分析了外周BT细胞中TF调节网络,I型IFN相关TF IRF2/3/7/9STAT1/

    56521

    Drug Discov Today|人工智能增强药物设计开发:迈向计算型精准医学

    这类模型是在使用多组学技术对患者与健康对照组进行广泛分子分析后产生,将疾病表示为基于潜在病理生理机制定义内型(endotypes)。...为此,从数千名特定疾病患者血液/或目标器官中获得分子分析数据,与疾病进展、严重程度或治疗反应方面的详细临床信息相结合,可将患者分为反映疾病异质性同质亚群。...这一验证(例如,CRISPR-Cas9基因缺失或siRNA基因沉默)步骤,包括对来自患者细胞或组织靶点表达(相对于健康对照)表型评估,或在动物模型中进行功能检测,在使用计算预测模型时可以大大简化。...走向虚拟临床研究 人工智能可用于支持评估候选药物疗效安全性临床试验设计、实施监测,以提高成功率。例如,对疾病患者异质性理解有助于选择试验中招募患者。...在试验监测期间,人工智能有助于以远程方式捕捉由可穿戴传感器或设备产生患者报告测量结果。

    2.5K21

    重磅!中文版GEO数据库来了!

    临床生信之家之前发起了一个调查,就是GEO数据库你最想录入是哪些疾病数据: ?...比如GSM24752这个数据集,通过浏览,很容易知道这个实验是人原发性高血压患者外周血细胞差异基因表达微阵列分析,对比是高血压患者正常血压作为对照组,如果想更详细了解这个实验,可以直接点击citation...设置好样本之后,就可以开始对geo芯片数据进行各种分析啦,比如以下这个差异基因,样本一选择高血压组,样本二组选择对照组,此时,数据标准化,去批次效应会自动完成,然后点击plot,差异基因分析完毕。...图片是高清矢量图,包含了标准化后去批次效应结果图,这2个图发文章时候可以放在补充材料,说明你做过了。然后就是差异基因经典火山图,热图kegg通路富集go功能富集啦。 ? ?...其他分析模块此处就略了,TCGA数据库分析一样一样。也同样有高清矢量图,原始数据下载,对应图例,方法学,结果中英文对照参考文献。 但如果你还不能检索到关键词咋办呢?

    1.9K10
    领券