为什么要用Linux系统 个人认为,Linux操作系统和类Linux操作系统的命令行界面是最适合进行生物信息分析的操作系统。原因有三点: 长期运行的稳定性 多数软件只有Linux版本 强大的Bash命令简化繁琐的操作,尤其是大大简化重复性工作 但对于初学者来说,接触和理解Linux操作系统需要一些时间和摸索。陡然从可视化点选操作的Windows进入到只有命令行界面的Linux,最大的陌生感是不知道做什么,不知道文件在哪?本文希望能通过几个示例帮助大家适应Linux系统。 如何获取Linux系统 如果自己的单
awk和sed想一对兄妹,一个出现,就会问起另一个。现在,都来了。 sed基本参数解释 sed是stream editor的简称,擅长对文件进行各种正则操作、插入操作、替换操作和删除操作,可以全局,可以指定特定范围的行或者特定特征的行。 s/pat/replace/: 正则替换 前插行i, 后插行a, 替换行c, 删除行d, 输出行p N: 读入下一行,同时存储;n:读入下一行,抛弃当前行 常见操作 替换特定的文本 ct@ehbio:~/SXBD$ cat mat ID 2 cell 4 cel
Linux下的标准输入、输出、重定向、管道 在Linux系统中,有4个特殊的符号,<, ‘>’, ‘|’, ‘-‘,在我们处理输入和输出时存在重要但具有迷惑性的作用。 默认Linux的命令的结果都是输出到标准输出,错误信息 (比如命令未找到或文件格式识别错误等) 输出到标准错误,而标准输出和标准错误默认都会显示到屏幕上。 >表示重定向标准输出,> filename就是把标准输出存储到文件filename里面。标准错误还是会显示在屏幕上。 2 >&1 表示把标准错误重定向到标准输出。Linux终端用2表示标准
Linux学习系列文章是生信宝典最开始主推的一块,力图从一个新额视角帮助初学者快速入门Linux系统,熟悉Linux下的文件和目录,文件操作, 文件内容操作。而且教程摒弃了完美操作,列举出常见错误和解决方式,管道、标准输入输出解惑Linux下多种信息输出方式。 在文件排序和FASTA文件操作中简述了awk和sed的使用,作为一个引子。本篇则详细列举关于awk常用的操作和一些偏门的操作。 awk基本参数解释 awk擅长于对文件按行操作,每次读取一行,然后进行相应的操作。 awk读取单个文件时的基本语法格式是a
本文介绍连接跟踪(connection tracking,conntrack,CT)的原理,应用,及其在 Linux 内核中的实现。
经常会碰到列数特别多的文件,而屏幕又不足以放下这么多列;即便能放下,也不容易清晰的辨别出想提取的信息在第几列。 根据我们前面的学习,可以用一行命令或简单的写一个bash脚本来处理这个问题。 命令如下,命令的解释见 Linux学习-文件排序和FASTA文件操作。 ```bash ct@ehbio:~$ vim test ct@ehbio:~$ cat test sample A B C D E F G H ID1 1 2 3 4 5 6 7 8 ID2 1 2 3 4 5 6 7 8 ID3 1 2 3 4
Linux下命令的一些异常情况 命令不全:在命令没有输入完 (引号或括号没有配对),就不小心按下了Enter键,终端会提示出一个>代表命令不完整,这是可以继续输入,也可以ctrl+c终止输入,重新再来。(下面sed命令使用时,还有另外一种命令不全的问题) ct@ehbio:~/ehbio_project$ rename 'ehbio2 >' ct@ehbio:~/ehbio_project$ rename 'ehbio2 > ^C ct@ehbio:~/ehbio_project$ 文件名输入错误: 多一个
电信客服分析平台_学习总结 电信项目: 一、idea 项目构建 1、安装 jdk 并配置环境变量。 2、安装 maven,解压离线仓库,并设置 settings。 ** conf 目录下的 setttings.xml 文件复制到离线仓库的 m2 目录下,并修改 mirror 标签以及离线仓库路径。 ** 设置 idea 工具的 maven 选项,涉及到 4 个地方:Work offline(脱网工作/离线模式),以及 3
连接跟踪(也叫会话管理)是状态防火墙关键核心,也是很多网元设备必不可少的一部分。各厂商的实现原理基本雷同,只是根据各自的业务进行修改和优化。其中,还有不少厂商干脆是基于Linux内核实现的。下面,我们就来看看Linux内核中连接跟踪的几个要点。
Linux系统下,软连接是我们常用来方便文件快速访问,节省空间,保证文件内容统一,简化环境变量设置的一个方式。使用起来也很简单 ln -s source target就可以搞定,但它总有调皮的时候。 文件目录结构如下所示,想把当前目录下的ehbio.fa链接到~/data目录下,按如下操作发现链接后的文件访问不了,提示符号连接的层数过多,仔细查看时原来是出现了一个自己指向自己的链接。问题出在建立软连接时源文件未使用全路径。 ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls ehbio3.fa eh
Pxe启动CentOS livecd 6.0 & Fedora 15 livecd 实战
ct 是一款使用 rust 语言进行开发,并且基于 ZoomEye 域名查询以及利用域名字典进行子域名爆破的工具,同时在最终爆破完成后,自动生成 Windows/*nix 下的可执行脚本。脚本内容为自动将相应的的.gv 文件转化成为相应的 .png 文件,graphviz 下载安装请参见 https://graphviz.org/download/,支持在Windows/Linux/Mac上使用。
Linux下文件内容操作 常用的文件内容操作有文件压缩解压缩、文件大小行数统计、文件内容查询等。 gzip: 压缩文件; gunzip: 解压缩文件 # gzip -c 把压缩的文件输出到标准输出 (一般是屏幕) # '>' 输出重定向,输出写入文件 ct@ehbio:~/ehbio_project$ gzip -c ehbio.fa >ehbio.fa.gz # 多了一个.gz文件 ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls ehbio3.fa ehbio4.fa ehbio5.fa
本篇是我最开始学习Linux命令时看的一篇帖子,最早见于ChinaUnix (这次查找其出处时发现2002年就有这篇)。学习过程中,遇到问题就查一下。这次看到,把格式整理了,部分内容做了校对,增加了解释和示例,分享于此,也是对之前我们写的16篇Linux入门和生物信息常用Linux命令文章 (包括最基础操作、环境变量、可执行属性,命令行运行监测、常见错误、快捷操作、管道、标准输入输出、软件安装、Docker、Conda、定期备份、配置信息查询、awk、sed、vim)的补充。 Bash特殊字符 1.
其它新建文件的方式 nano类似于Windows下记事本的功能,nano filename就可以新建一个文件,并在里面写内容;ctrl+x退出,根据提示按Y保存。 vim 功能更强大的文本编辑器。vim filename就可以新建一个文件, 敲击键盘字母i,进入写作模式。写完后,敲击键盘Esc, 退出写作模式,然后输入:w (会显示在屏幕左下角),回车保存。vim的常用方法,以后会单写一个,这里点到为止。 Linux下文件操作 常用的文件操作有移动文件到另一个文件夹、复制文件到另一个文件夹、文件重命名等。
最近研究了一下ARM的交叉编译环境搭建,太麻烦了必须作一下记录啊。 前两个方法比较简单一点,关键是淫家Google帮你弄好了大部分功能
童鞋们众所周知LVS是基于第4层来做负载均衡调度的,默认也是基于端口来做后端服务器的健康状态检测,但公司总是出现一些后端Real Server如JBOSS假死后不服务,端口却还存活着的状况,这样导致LVS继续将用户的请求分发给这台宕机的服务器,结果返回给用户的却是502,503......,当然也可以用HAProxy或Nginx做7层负载均衡,但是转发性能有瓶颈,这里不对产品和功能做介绍,本文主要与下面这种架构的童鞋们做交流。
我们Hadoop 2.4集群默认不支持snappy压缩,但是最近有业务方说他们的部分数据是snappy压缩的(这部分数据由另外一个集群提供给他们时就是snappy压缩格式的)想迁移到到我们集群上面来进行计算,但是直接运行时报错:
文件的可执行属性和环境变量 Linux下文件有一个特殊的属性即可执行属性,用来指示这个文件是一个可执行的脚本或可以运行的二进制文件。前面所提到的这些命令,都具有可执行属性。 which: 表示查看命令的路径。一般用于当我们想知道使用的命令来源于什么地方时,比如安装了多个R或多个python,但又分不清用的是哪个时,which一下,立即明了。在这儿我们用which获取的是可执行的命令所在的路径,进而查看其属性。 ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ ls -l "`which cd`"
命令运行监测 监测命令的运行时间 time command ct@ehbio:~$ time sleep 5 real 0m5.003s # 程序开始至结束的时间,包括其它进程占用的时间片和IO时间 user 0m0.001s # 进程真正执行占用CPU的时间, sys 0m0.002s # 进程在内核中调用所消耗的CPU时间 user+sys是进程实际的CPU时间。如果多线程执行,这个时间可能大于Real。如果IO是瓶颈,则real会大于user+sys (单线程)。 查看正
CoreOS 配置工具已由 Ignition 代替 cloud-config。 GitHub:https://github.com/coreos/ignition 使用 Ignition 需要两步: 第一步编写 Container Linux Config ( yaml 格式 ) 第二步使用 container-linux-config-transpiler 将 Container Linux Config 转化为 Ignition Config (json 格式) $ ct-v0.5.0-x86_
毕竟在文章《A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regulatory network analysis》,有这个时间消耗对比,不服不行!
https://zhuanlan.zhihu.com/p/273536550zhuanlan.zhihu.com
工具vulhub官网的poc,输入id参数查看是否存在该漏洞。发现成功执行了333*3的语句,说明存在该漏洞。
根据vulhub官网的poc,查看是否存在该漏洞。发现成功执行了333*3的语句,说明存在该漏洞。
发现plink2 和plink 差别还是挺大的,没什么plink2 教程,还是用老版。
1. 全局(所有命令)配置 ---- rebar3支持一些系统环境变量 变量设置 解释 REBAR_PROFILE="term" 强制使用基础配置 HEX_CDN="https://..." CDN端点设置 REBAR_CONFIG="rebar3.config" 修改rebar配置文件名称 QUIET=1 只输出错误信息 DEBUG=1 输出DEBUG信息 REBAR_COLOR="low" 如果支持,减少输出信息的颜色数量 2. Alias(别名) ---- 别名允许你根据现有命令,创造一个新的命令出
CC攻击就是说攻击者利用服务器或代理服务器指向被攻击的主机,然后模仿DDOS,和伪装方法网站,这种CC主要是用来攻击页面的,导致系统性能用完而主机挂掉了,下面我们来看linux中防CC攻击方法。
就是通过网络共享目录,让网络上的其他服务器能够挂载访问共享目录内的数据。(一般共享视频,图片等静态数据)
这篇文章主要介绍“linux怎么快速清空文件”,在日常操作中,相信很多人在linux怎么快速清空文件问题上存在疑惑,小编查阅了各式资料,整理出简单好用的操作方法,希望对大家解答”linux怎么快速清空文件”的疑惑有所帮助!接下来,请跟着小编一起来学习吧!
工欲善其事必先利其器,优雅的代码离不开静态代码检查工具,大家可能平时使用较多的是cppcheck,但今天我想跟大家分享另一个静态代码检查工具clang-tidy。
进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。
以下测试项目列表,为20191007版本的项目列表!测试内容随时可能发生变化,以实际版本为准!
最近一年的时间里,现网碰到RST问题屡屡出现,一旦TCP连接中收到了RST包,大概率会导致连接中止或用户异常。如何正确解决RST异常是较为棘手的问题。
ICMP和ICMPv6是Internet的主要协议。这些协议设计用于在数据包未到达目的地时进行连接测试和错误信令。接收ICMP消息让应用程序了解故障原因:数据包太大,没有可用路由等。
Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合,本文列出自己学习其官方文档的几个点,对后面计算不同样品peak相似性的脚本做了下更新和调整,使用起来更为简单方便。 内容摘要 区域注释,如peak注释,peak分布分析,peak与调控元件交集等。 区域合并,如求算多样品peak合集,或合并重叠区域 区域互补,如得到非基因区 利用比对结果对测序广度和深度评估 多样品peak相似性计算,评估ChIP类区域结果的样品相似性。 bedtools主要功能 bedtools: flexible tools for
Proxmox VE是一个完整的企业虚拟化开源平台。借助内置的Web界面,您可以轻松管理虚拟机和容器,软件定义的存储和网络,高可用性集群以及单个解决方案上的多个现成工具
2,查询服务器旁站以及子域名站点,因为主站一般比较难,所以先看看旁站有没有通用性的cms或者其他漏洞。
1.自己A记录填写的CloudFlare IP并不是永久可用,保不齐哪天你填写的CloudFlare IP被GFW给屏蔽了,那你的网站就歇菜了。
Invesalius是专门应用于医学图像3D重建,输入数据必须是一个序列的2D的DICOM图像,可以是CT或者是MRI序列,输出的是3D表面轮廓,该工具就是为生成解剖学的物理模型而做准备的。该软件在Windows,Linux和MAC中兼容,使其易于实施。下载地址:https://www.cti.gov.br/pt-br/invesalius#download。
PHP如何解决JSON中文显示问题?本文主要介绍了PHP JSON格式的中文显示问题解决方法,本文总结了3种解决中文显示u开头字符问题的方法。希望对大家有所帮助。 返回json数据中文显示的问题
之前一直耳闻 nftables 是下一代 iptables 。前段时间配了一台主机,折腾成家里的软路由。就一并来尝鲜一系列新东西,其中就包括 nftables 。nftables 和 iptables 、ebtables 等一样,都是对底层 xtables 的封装,目前看来 nftables 比 iptables 更简洁易用,更易读,更容易理解,扩展性和也更好。但是目前各个发行版中对 nftables 的支持还比较参差不齐,导致 nftables 很多功能比 iptables 还是有所缺失,所以个人感觉短期内还是替代不了 iptables (比如 tproxy 功能需要 linux kernel 4.19+, 而即便是 CentOS 8 的内核版本也只是 4.18 ,所以都不支持 )。 nftables 所支持的功能列表及所以来的内核版本和内核模块可以在这里找到 https://wiki.nftables.org/wiki-nftables/index.php/Supported_features_compared_to_xtables 。
《Bioinformatics Data Skills》全书500多页,虽然是全英文,但是通俗易懂,适合对Linux、Python(文本处理语言)等有一些基本了解的新手学习。
TCP的经典异常问题无非就是丢包和连接中断,在这里我打算与各位聊一聊TCP的RST到底是什么?现网中的RST问题有哪些模样?我们如何去应对和解决?
修改/ServerStatus/server/config.json文件,注意用户名、密码的值需要和客户端一致
国密即国家密码局认定的国产密码算法。主要有SM1,SM2,SM3,SM4。密钥长度和分组长度均为128位。
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