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Cell | 使用数据扩散从单细胞数据中恢复基因的相互作用

今天给大家介绍纪念斯隆凯特琳癌症中心的斯隆凯特琳研究所的Dana Pe’er教授等人发表在Cell上的一篇文章 “Recovering Gene Interactions from Single-Cell Data Using Data Diffusion” 。单细胞RNA测序技术受到许多技术噪音的困扰,包括mRNA分子采样不足等,造成的噪声被称为“dropout”,其可能严重模糊重要的基因-基因关系。为了解决这个问题,本文开发了MAGIC (基于马尔可夫亲和力的细胞图插补法) ,这是一种通过数据扩散在相似的细胞之间共享信息以消除细胞计数矩阵的噪声并填补“dropout”的方法。本文在几个生物系统上验证MAGIC,发现它在恢复基因-基因关系和附加结构方面是有效的。

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