介绍 Metafor 程序包由Viechtbauer 开发，除可完成 二分类及连续性变量的Meta 分析外，还可行Meta 回归分析、累积Meta 分析及对发表偏倚的Begg’s 检验和Egger’s...此外，Metafor 程序包是R 软件Meta 分析程序包中唯一可以进行混合效应模型（包括单 个、多个分类或连续性变量）拟合运算的程序包， 还可以检验模型系数并获得可信区间，以及对参数 进行精确检验如置换检验...rm(list=ls()) options(stringsAsFactors = F) my_data <- read.csv('da.csv', header = T) library(metafor
从那时起，meta分析不仅成为医学的基本工具，而且在经济学，金融学，社会科学和工程学中也越来越受欢迎。负责制定循证医学标准的组织，如英国国家健康和护理卓越研究所（NICE），广泛使用meta分析。...meta分析重建立严格搜索相关研究的系统评价标准非常关键。研究者必须努力避免“选择偏见”，“发表偏见”和其他困难。...R语言 从历史上看，大多数meta分析可能是通过Excel等常规工具或Cochrane协作网的RevMan等专业软件进行的。但其计算繁琐，操作较复杂且是收费的统计软件。...然而，R同样是做meta分析的绝佳平台，因为统计分析正是R语言的强项，并且R语言上已经包含了许多针对meta分析的软件包，可以满足meta分析的各个方面需求。...meta包中的命令是metainf()。metainf(meta1),随机效应模型需要修改参数pooled=random，而这里默认是固定效应模型。
R语言meta分析（7）诊断性meta分析（meta4diag包） meta4diag程序包是R软件中专用于实现诊断准确性试验（diagnostic test accuracy，DTA） Meta分析的程序包...本文以实例形式就 meta4diag程序包实现诊断准确性试验DTA Meta分析的数据准备与分析、结果汇总及图形绘制等功能作相 关简述。...R语言作为一款功能强大的统计和制图软 件，可独立完成诊断试验Meta分析的所有统计学 分析，用于诊断性试验Meta分析的程序包诸多且 使用方法多样，其方法主要分为频率学派与贝 叶斯学派，meta4diag.../R/testing”) install.packages(‘sp’) library(meta4diag) library(INLA) 数据导入 > setwd('D:\\train\\meta\\...meta4diag程序包通过软件内在处理简化了 贝叶斯推理过程中的复杂性，为简易制作DTA Meta分析提供了可能。
这次和大家分享的还是基于R包‘gemtc‘的网状Meta分析，之前已经讲解过如何导入数据以及使用固定效应模型去分析。...这一次主要内容是使用随机效应模型去进行网状Meta分析，同时包括一致性检验和概率排序的结果。 1. 首先利用之前的数据network_b_bin去构建随机效应模型。...network反应的是网状meta分析的最终结果。 6....另外mcmc_b_bin_fe这个文件是在上一期的内容中就已经创建好的，大家可以查阅往期内容网状Meta分析之R语言‘gemtc’包实战（2）。 ?...好了，以上就是使用‘gemtc’包进行网状Meta分析的最后一部分内容，希望大家能喜欢！有问题欢迎在留言区进行讨论。
昨天和大家分享了使用‘gemtc’这个R包去读取和汇总网状meta分析数据的方法。...今天主要想和大家介绍一下如何在这个包里使用固定效应模型（fixed effect model, FEM）去计算网状meta分析的结果。在这之前，我们需要简单认识并区分固定效应模型和随机效应模型。...在meta分析合并效应量（effect size）时，通常有两种模型可供选择，一种是固定效应模型（FEM），另一种是随机效应模型（random effect model，REM）。...第一步，利用昨天生成的mtc.network结果并建立mtc.model，昨天的内容参见网状Meta分析之R语言‘gemtc’包实战（1） model_b_bin_fe <- mtc.model(network_b_bin...上图显示的是和A相比不同疗法的效果，森林图的解读和一般的meta没有什么区别。
网状Meta分析的工具主要有R语言，STATA，SAS和WinBUGS，各自有各自的特点，鉴于本人对R语言熟悉，所以网状Meta的实战训练均会以R语言为例开展。...在实战之前，我想和大家说一下，现在网状meta分析的统计方法主要有两大类，一类是频率学派的‘netmeta’包，另一类是贝叶斯学派的‘gemtc’包。...从实用性和适用性角度看，这次使用的是‘gemtc’包。 ?...第一步，安装相关R包 install.packages('gemtc') install.packages('rjags') 注意，在使用‘rjags’包之前需要现在电脑上安装好JAGS这个软件（https...第二步，加载相关R包 library('gemtc') library('rjags') 这一步的相关内容就不多说 第三步，读取数据并将数据集转换成mtc.network格式 data_b_bin=read.csv
> m2d=function(x){+mean(x)+2*sd(x)} #sd()是标准差 不会是一个值 > m2d(rnorm(10)) [1] 1.738949 R包 介绍 R包都在哪里 ####...1) CRAN网站 >install.package( ) #包名要加“” #### 2) Bioconductor 网站 >BiocManager::install( ) #### 3) github...>devtools::install_github( ) #需要把用户名也写上 #如果不知道包从哪里来 先试前两个 若不行 就是github上的 # 安装完之后的加载(相当于打开软件) >library...可用：：快速调用 >pheatmap::pheatmap(volcano) #相当于 >library(pheatmap) >pheatmap(volcano) 图片 图片 #require()和library...#表格文件读到R语言中，就得到了一个数据框，对数据框进行的修改不会同步到表格文件，需重新导出 分隔符 常见的分隔符：逗号、空格、制表符（\t) 将表格文件读取到R语言中 read.table() #
问题 你想安装和使用一个 R 包。...这里主要介绍如何用命令行来安装 R 包，如下所示： install.packages("reshape2") # reshap2为包名 在一个新 R 线程中使用该包之前，你必须先导入它。...R包 remove.packages 移除一系列已安装的R包 installed.packages 将已经安装的R包更新到最新版本 setRepositories 设定当前的R包的资源库列表 通过命令行安装...R 包 R CMD INSTALL aplpack_1.1.1.tgz # 安装aplpack包 从其他资源库安装 R 包 devtools 包提供了从其他流行的 Git 资源库或其他 URL 上安装...R 包的工具。
Plots)介绍[1] 漏斗图(Funnel Plots)的不同绘制方法 这一部分小编主要介绍多种漏斗图(Funnel Plots)的绘制方法，具体包括R和Python的绘制方法，主要如下： R-FunnelPlotR...包绘制 R-FunnelPlotR包是专门为绘制漏斗图(Funnel Plots) 所构建的绘制包，这里我们介绍例子即可，更多内容可参考：R-FunnelPlotR包[2]。...funnel_plot() 「注意」：由于 R-FunnelPlotR包hi基于ggplot2绘制的，则可以通过plot() 函数对其进行更好的定制化操作(如介绍的例子) R-metafor包绘制 有一种表现形式更加易被理解的漏斗图形式...(contour-enhanced funnel plots),这里用到R-metafor包进行绘制，首先，我们构建数据，如下： library("metafor") # Load dataset dat...[3]R-metafor包: https://www.metafor-project.org/doku.php/plots。
1.函数与参数 （1）形式参数与实际参数 （2）写函数的函数 2.R包（R package）介绍 R包可以理解为是多个函数的打包存放，包含函数、数据、帮助文件、描述文件等。...3.R包都在哪里 （1）CRAN网站 （2）Bioconductor （3）github 4.xxR包怎么安装 从哪里来/怎么安装 不知道从哪里来的？...安装后需要加载 运行 library（） #检查是否安装成功 运行 require（） #也可以检查是否安装成功，与library有区别 每次打开新的session都需要加载 5.怎样实现快速下载 6.R包安装和使用的逻辑...安装包——加载包——使用包里的函数 ## library（）没有error 是检查是否安装成功的标准 （2）已经安装的 R包，可以用：：快速调用里面的函数 7.常见疑问 （1）提示信息 检查是否有...+函数名称 （2）找R包介绍界面（直接搜） （3）Vignettes ls("package:lima") #列出一个包里都有哪些函数数据 R语言中的符号 解决问题的思维（报错时）
R语言网状Meta 分析-原理和实战 (1)网状Meta 分析介绍 网状Meta 分析（NMA）是一种允许在同一meta分析中比较多种治疗方法的统计技术 ，其近年来在医学文献中越来越受欢迎。...为什么选择R语言 有多种统计学软件可以执行NMA所需的各种步骤。可以使用诸如SAS和STATA之类的商业程序来实现频繁模型。...通过组合几个包的功能，几乎所有网络meta分析所需要的输出都可以在R中获得。...R语言中最近有三个软件包可以实现网状meta分析： gemtc （http://cran.rproject.org/web/packages/gemtc/index.html）， pcnetmeta...本文旨在向读者介绍三个R软件包，即gemtc，pcnetmeta和netmeta，以便临床研究人员和研究人员可以根据他们的分析需求快速进行网状Meta 分析。
Plots)介绍[1] 漏斗图(Funnel Plots)的不同绘制方法 这一部分小编主要介绍多种漏斗图(Funnel Plots)的绘制方法，具体包括R和Python的绘制方法，主要如下： R-FunnelPlotR...包绘制 R-FunnelPlotR包是专门为绘制漏斗图(Funnel Plots) 所构建的绘制包，这里我们介绍例子即可，更多内容可参考：R-FunnelPlotR包[2]。...funnel_plot() 「注意」：由于 R-FunnelPlotR包hi基于ggplot2绘制的，则可以通过plot() 函数对其进行更好的定制化操作(如介绍的例子) R-metafor包绘制 有一种表现形式更加易被理解的漏斗图形式...(contour-enhanced funnel plots),这里用到R-metafor包进行绘制，首先，我们构建数据，如下： library("metafor") # Load dataset dat...[3] R-metafor包: https://www.metafor-project.org/doku.php/plots。
R语言meta分析(1)meta包 R语言meta分析(2)单个率的Meta分析 R语言meta分析(3)亚组分析 R语言meta分析(4)网状Meta 分析 R语言meta分析（5）累积Meta分析...(3)累积Meta分析步骤与实战 （1）步骤 ①提出问题，并撰写研究计划，网上注册； ②检索所有相关的研究文献， 包括公开发表和未 公开发表的文献，需要建立一个全面检索的策略， 要尽可能查全查准， 这一步骤直接影响后期...献数据信息采集调查表， 通过调查表采集文献资 料中的各种合并信息，如文献发表的年代、设计类 型、是否采用盲法、样本大小、效应值等； ⑤资料的 统计学处理，包括描述各个研究结果的主要特征、 绘制森林图、异质性检验和统计模型的选择等...，最 终获得合并效应量的估计和检验； ⑥敏感性分析， 用于评价 Meta 分析结果的真实性， 如通过选择不 同的模型或排除某项研究， 来考察 Meta 分析结论 的稳健性； ⑦结论的分析与讨论。...以上内容已经说明了该方法具有重要的实际应用功能， 但如果研究目的是确认某个因素和效应的关系，合适的分析方法应当选择meta回归或亚组分析， 这一点作为研究者必须引起注意。
一、函数（1）形式函数和实际函数图片（2）自定义函数>自定义函数名称 hpf hpf(2,3...() 可以查看默认值, 例如sort()函数的默认值为decreasing=F二、R包介绍1)⚠️下载原始方法：install.packages(" ") 适用于大部分的R包生信相关包：BiocManager...("开发者用户名/R包名称") ‼️要首先下载devtools包，install.packages("devtools")2)R包的使用每次使用前必须library() 相应的包不然会报错。...2:安装命令写错，install.packages和BioManager::install()都试一下可能原因3：本机R语言版本与R包不符可能原因4:包过时了3、更新问题图片all /some/ no...5）R包安装成功的标志图片图片补充：列出一个R包内的函数和数据> ls("package:stringr") [1] "%>%" "boundary" "
metawho是一个非常简单的R包，实现了deft 元分析方法（见后面参考文献），相比于之前的元分析方法，deft方法先在研究内进行比较，然后再评估所有研究结论的一致性。...该方法被我用于19年发表的文章（见参考文献）中，不过当时我是基于metafor包用几行代码试了一下，然后用邮件咨询文章作者，他使用的是Stata，开发了一个叫ipdmetan的包（比我厉害多了~），最后也是使用...因为对元分析一知半解，当时对包开发也是力不从心，后面请教作者想了解下它开发的stata包的结构也没用回信，此时就不了了之了。...然后我跟他说我这个包根本就没写，已经弃疗一年了，叫他去找Stata包，然后附送了之前使用的R代码。因为他是一个R用户，所以回信跟我说有个R包就好了。...The goal of metawho is to provide simple R implementation of “Meta-analytical method to Identify Who
理论上讲，被纳入Meta分析的各独立研究效应的点估计，在平面坐标系中的集合应为一个倒置的漏斗形，因此称为漏斗图。...Plots)介绍[1] 漏斗图(Funnel Plots)的不同绘制方法 这一部分小编主要介绍多种漏斗图(Funnel Plots)的绘制方法，具体包括R和Python的绘制方法，主要如下： R-FunnelPlotR...包绘制 R-FunnelPlotR包是专门为绘制漏斗图(Funnel Plots) 所构建的绘制包，这里我们介绍例子即可，更多内容可参考：R-FunnelPlotR包[2]。...funnel_plot() 「注意」：由于 R-FunnelPlotR包hi基于ggplot2绘制的，则可以通过plot() 函数对其进行更好的定制化操作(如介绍的例子) R-metafor包绘制 有一种表现形式更加易被理解的漏斗图形式...(contour-enhanced funnel plots),这里用到R-metafor包进行绘制，首先，我们构建数据，如下： library("metafor") # Load dataset dat
R语言meta分析(1)meta包 R语言meta分析(2)单个率的Meta分析 R语言meta分析(3)亚组分析 R语言meta分析(4)网状Meta 分析 R语言meta分析（5）累积Meta分析...R语言meta分析（6）一文解决诊断性meta分析（第一章） R语言meta分析（7）诊断性meta分析（meta4diag包） R语言meta分析（8）基于生存数据的meta分析 R语言meta分析（...9）连续数据的meta分析 本文将介绍用R软件的meta数据包介绍连续数据资料的Meta分析。...meta数据包提供分析连续数据的命令是: metacont()，能够计算连续型资料的固定效应值或随机效应值，命令提供了SMD和MD两种方法。...、均数和标准差。
R语言meta分析⑴meta包 介绍 在科学研究中，设立对照是一项基本原则，如病例对照研究的病例组和对照组、队列研究中的 暴露组和非暴露组，临床随机对照试验的试验组 和对照组。...单个率可包括流行病学现况研究中的患病率、感染率，临床试验的有效率，药物试验中的不 良反应发生率等，只要收集到各个原始研究的样 本量和事件发生数，在R软件就可以用metaprop 函数对单个率进行定量的Meta...R软件是一种共享的免费统计软件，有专门的Meta分析程序包，可以进行单个率的Meta分析，而且提供了五种方法估算率，研究者可以根据原始率的分布选择合适的方法。...本文结合编程和Meta分析程序包，以实例说明R软件在单个率Meta分析中的应用，以期为今后的Meta分析提供方法学指导。...具体操作 1.加载meta数据包 library(meta) 2.具体分析操作 数据的读取 > library(meta) > setwd('/home/ub/Rwork') > meta_data
R包 多个函数的打包存放 相应的R包可实现特定的分析功能 R包包含函数、数据、帮助文件、描述文件 安装 R包来源有CRAN、Bioconductor、GitHub install.packages(tidyr...jmzeng1314/idmap1") library("tidyr")#加载 devtools::install_local(“xxxx.zip”)#本地安装 安装后每次使用都要先加载，也可用来检验是否成功安装 载入包时回答提示信息尽量...no* 已经安装的包，可直接调用其中的函数 pheatmap::pheatmap(volcano)#包名::函数名 library(pheatmap) pheatmap(volcano) 学习R包的使用...browseVignettes("limma") #作者一手教程，不是每个包都有 ls("package:limma")#列出包中的函数等 引用自生信技能树 小洁老师
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。..."package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...===========\n") cat("Objects: \n") cat(objectlist$name[objectlist$object]) cat("\n") } 以 base 包作为示例测试...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
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