PHP shell_exec函数是用于执行外部命令并返回输出结果的函数。当shell_exec返回空字符串而手动执行同一命令时不会返回空字符串的情况，可能是由于以下原因之一：

1. 权限问题：PHP进程可能没有足够的权限执行该命令。请确保PHP进程具有执行该命令所需的权限。可以通过更改文件或目录的权限或使用sudo命令来解决此问题。
2. 环境变量问题：PHP进程的环境变量可能与手动执行命令时的环境变量不同。某些命令可能依赖于特定的环境变量设置。您可以尝试在shell_exec函数调用之前设置所需的环境变量，例如使用putenv函数。
3. 路径问题：PHP进程的执行路径可能与手动执行命令时的执行路径不同。某些命令可能需要在特定的路径下执行。您可以尝试在shell_exec函数调用之前更改当前工作目录，例如使用chdir函数。
4. 输入输出问题：某些命令可能需要从标准输入读取数据或将输出写入标准输出。您可以尝试使用其他相关函数，如proc_open或popen，来处理输入输出。

总之，要解决PHP shell_exec返回空字符串的问题，您可以检查权限、环境变量、路径和输入输出等方面的问题。如果问题仍然存在，您可以尝试使用其他相关的PHP函数来执行外部命令并获取输出结果。