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使用四元数计算两个分子之间的RMSD(附Python代码)

本文将简要介绍如何使用四元数方法计算两个分子之间RMSD,同时附上简单的示例Python代码。 1....我们的目标是使用四元数方法,写出一个可以计算A、B两个分子之间RMSD值的Python脚本rmsd.py,即在给出两个坐标文件a.xyz和b.xyz后,输入如下命令: $ ....由此我们可以看出,在计算两个分子RMSD值之前,还至少需要四个步骤:确认两个分子的原子类型和数量相等、优化同类原子的编号顺序、优化分子的平动和优化分子的转动。 3....什么是四元数 我们首先看看四元数是什么。...此外,在上面的计算中,我们是在同类型原子之间进行编号优化,这也很好理解,比如对于甲烷分子,把C原子和H原子进行编号交换是不合理的。 接下来就到了四元数参与的部分了[3]。

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Apache Doris 在橙联的应用实践:数仓架构全面革新,千万数据计算时间从 2 小时变成 3 分钟

数仓架构演进 早期数仓架构 公司在成⽴初期业务量不⼤,数据团队规模⽐较⼩,对数据的需求仅局限于少量 T + 1 定制化报表需求。...当然在架构构建过程中也遇到一些问题和挑战,我们针对问题进行了相应的优化。 Apache Doris 构建数仓优化方案 在数仓的使用过程中,主要遇到三方面问题。...在这个方案中,虽然 Flink CDC 支持全量历史数据的初始化,但由于历史遗留问题,部分表数据量较大,单表有几亿数据,而且这种表大多是没有设置任何分区和索引,在执行简单的 COUNT 查询时都需要花费十几分钟的时间...;使用 Apache Doris 之后,只需要 3min 就可以完成计算,之前每周更新一次的全链路物流时效报表,现在可以做到每 10 分钟更新最新的数据,达到了准实时的数据时效。...与此同时,我们正在着手进行用户行为分析平台的构建,也在考虑使用 Apache Doris 作为核心的存储和计算引擎。

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    Python数据分析实战基础 | 初识Pandas

    假如我是个旱鸭子,想去学游泳,教练很认真的给我剖析了蛙泳的动作,扶着我的腰让我在水里划拉了5分钟,接着马上给我讲解了蝶泳,又是划拉了5分钟,然后又硬塞给我潜泳的姿势,依然是划拉5分钟。...从上面直接可以知道数据集的行列数,数据集的大小,每一列的数据类型,以及有多少条非空数据。 3、统计信息概览 快速计算数值型数据的关键统计指标,像平均数、中位数、标准差等等。 ?...2、 数值型 数值型数据,常见的操作是计算,分为与单个值的运算,长度相等列的运算。 以案例数据为例,源数据访客数我们是知道的,现在想把所有渠道的访客都加上10000,怎么操作呢? ?...只需要选中访客数所在列,然后加上10000即可,pandas自动将10000和每一行数值相加,针对单个值的其他运算(减乘除)也是如此。 列之间的运算语句也非常简洁。...要注意的是,这样操作,把9.98%变成了9.98,所以我们还需要让支付转化率除以100,来还原百分数的真实数值: ? 然后,再用三个指标相乘计算销售额: ?

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    一文带你快速入门Python | 初识Pandas

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    Python数据分析实战基础 | 初识Pandas

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    Python数据分析实战基础 | 初识Pandas

    这是Python数据分析实战基础的第一篇内容,主要是和Pandas来个简单的邂逅。已经熟练掌握Pandas的同学,可以加快手速滑动浏览或者直接略过本文。...假如我是个旱鸭子,想去学游泳,教练很认真的给我剖析了蛙泳的动作,扶着我的腰让我在水里划拉了5分钟,接着马上给我讲解了蝶泳,又是划拉了5分钟,然后又硬塞给我潜泳的姿势,依然是划拉5分钟。...从上面直接可以知道数据集的行列数,数据集的大小,每一列的数据类型,以及有多少条非空数据。 3、统计信息概览 快速计算数值型数据的关键统计指标,像平均数、中位数、标准差等等。 ?...只需要选中访客数所在列,然后加上10000即可,pandas自动将10000和每一行数值相加,针对单个值的其他运算(减乘除)也是如此。 列之间的运算语句也非常简洁。...要注意的是,这样操作,把9.98%变成了9.98,所以我们还需要让支付转化率除以100,来还原百分数的真实数值: ? 然后,再用三个指标相乘计算销售额: ?

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    Python | 加一行注释,让你的程序提速10+倍!numba十分钟上手指南

    如果你在使用Python进行高性能计算,Numba提供的加速效果可以比肩原生的C/C++程序,只需要在函数上添加一行@jit的装饰。它支持CPU和GPU,是数据科学家必不可少的编程利器。...之前的文章《源代码如何被计算机执行》已经提到计算机只能执行二进制的机器码,C、C++等编译型语言依靠编译器将源代码转化为可执行文件后才能运行,Python、Java等解释型语言使用解释器将源代码翻译后在虚拟机上执行...虚拟机的出现导致程序和硬件之间增加了中间层,运行效率大打折扣。...十分钟上手Numba Numba是一个针对Python的开源JIT编译器,由Anaconda公司主导开发,可以对原生代码进行CPU和GPU加速。...小结 无论你是在做金融量化分析,还是计算机视觉,如果你在使用Python进行高性能计算,处理矩阵和张量,或包含其他计算密集型运算,Numba提供的加速效果可以比肩原生的C/C++程序,只需要在函数上添加一行

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    14个pandas神操作,手把手教你写代码

    导读:Pandas是Python数据分析的利器,也是各种数据建模的标准工具。本文带大家入门Pandas,将介绍Python语言、Python数据生态和Pandas的一些基本功能。 ?...在Python语言应用生态中,数据科学领域近年来十分热门。作为数据科学中一个非常基础的库,Pandas受到了广泛关注。Pandas可以将现实中来源多样的数据进行灵活处理和分析。...关于为何有Python这个项目,吉多·范罗苏姆在1996年曾写道:6年前,也就是1989年12月,我在寻找一门“课余”编程项目来打发圣诞节前后的时间。...作为Python的三方库,Pandas是建构在Python的基础上的,它封装了一些复杂的代码实现过程,我们只要调用它的方法就能轻松实现我们的需求。...图5 按team分组后求平均数 不同计算方法聚合执行后的效果如图6所示。 ?

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    python3中datetime库详解

    1介绍datetime库之前 我们先比较下time库和datetime库的区别 先说下time 在 Python 文档里,time是归类在Generic Operating System Services...index_col:使用pandas 的时间序列数据背后的关键思想是:目录成为描述时间数据信息的变量。所以该参数告诉pandas使用“月份”的列作为索引。...I 12小时制小时数(01-12) %M 分钟数(00=59) %S 秒(00-59) %a 本地简化星期名称 %A 本地完整星期名称 %b 本地简化的月份名称 %B 本地完整的月份名称 %c 本地相应的日期表示和时间表示...01:35', '%b-%d-%Y %H:%M:%S') 2017-04-16 21:01:35  四、datetime的timedelta类 datetime.datetime.timedelta用于计算两个日期之间的差值...""" print(time1-time2).days """计算两个日期之间相隔的秒数""" print (time1-time2).total_seconds()

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    这里有 300 篇 Python 与机器学习类原创笔记

    Pandas,让数据处理更easy系列4 玩转Pandas,让数据处理更easy系列5 玩转Pandas,让数据处理更easy系列6 玩转Pandas,让数据处理更easy系列7 Python 69...Python数据分析必备学习路线与技术 深入Python数据分析:宽表如何重构为长表 深入Python数据分析:数据由长格式变为宽格式 Python数据透视功能之 pivot_table()介绍 数据分箱技术在...Pandas 必备操作之 Index 推荐Pandas一个很好的实战Github库 Python识别完美数 Python绘制玫瑰和佩奇 Python数据分析学习路线个人总结 Python读取csv文件...这是我的10分钟 js 入门笔记 学文科的他发明堆排序,逆袭成为斯坦福终身教授! 原创系列 |「冒泡排序」提升为「快速排序」,都发生了什么? Python对象之间的比较,你Ok吗?...Python定做一个计算器,小而美哒~ Python自动群发邮件 学会Python正则表达式,就看这20个例子~ Python进阶必读,作者有20年Python使用经验!(附pdf翻译版下载)

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    Python数据分析作业二:Pandas库的使用

    一、前言   Pandas(Python Data Analysis Library)是基于是基于 NumPy 的数据分析模块,它提供了大量标准数据模型和高效操作大型数据集所需的工具,可以说 Pandas...是使得 Python 能够成为高效且强大的数据分析环境的重要因素之一。...2、查看交易额数据的总体统计情况 df['交易额'].describe() 描述性统计信息describe()方法通常包括总数、平均值、标准差、最小值、25th、50th(中位数)、75th 百分位数和最大值...‘2019-03-01’ 和 ‘2019-03-15’ 之间的条件,选择相应的行。...然后,使用.sum()方法两次对这个布尔值的 DataFrame 进行求和,第一次对每列求和,第二次对每行的结果再求和。

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    孤立森林:大数据背景下的最佳异常检测算法之一

    iForest在各种数据集上的性能均优于大多数其他异常值检测(OD)算法。我从Python离群值检测包(PyOD)的作者那里获取了基准数据,并在Excel中应用了行向绿-红渐变条件格式。...我们看到,iForest在大多数数据集中均处于领先地位,如我所计算的均值,中位数和标准差行的颜色所示。iForest的相同优异结果也适用于N次精度: ? 可扩展性。iForest是性能最快的算法。...观测值x的路径长度h(x)通过从根节点横穿iTree直到横向终止于外部节点的边数x来度量。E(h(x))是来自孤立树集合的h(x)的平均值。...算法的历史 一个伟大的新想法和更广泛的采纳之间可能有几十年的滞后性。例如,logistic 函数在1845年被发现,在1922年被重新发现,现在被现代数据科学家用于logistic 回归。...我发现iForest可以轻松快速地处理750万行和36个特性,按分钟的顺序完成计算。

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    针对SAS用户:Python数据分析库pandas

    Randy编写这本指南,让SAS用户熟悉Python和Python的各种科学计算工具。...pandas为 Python开发者提供高性能、易用的数据结构和数据分析工具。该包基于NumPy(发音‘numb pie’)中,一个基本的科学计算包,提供ndarray,一个用于数组运算的高性能对象。...5 rows × 27 columns OBS=n在SAS中确定用于输入的观察数。 PROC PRINT的输出在此处不显示。 下面的单元格显示的是范围按列的输出。...在删除缺失行之前,计算在事故DataFrame中丢失的记录部分,创建于上面的df。 ? DataFrame中的24个记录将被删除。...我们可以在应用该方法后验证DataFrame的shape。 ? 资源 来源于pandas.pydata.org的10 分钟了解pandas。

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    《Pandas Cookbook》第10章 时间序列分析1. Python和Pandas日期工具的区别2. 智能切分时间序列3. 只使用适用于DatetimeIndex的方法4. 计算每周的犯罪数5.

    Python和Pandas日期工具的区别 # 引入datetime模块,创建date、time和datetime对象 In[2]: import datetime date...# 注意到有三个类型列和一个Timestamp对象列,这些数据的数据类型在创建时就建立了对应的数据类型。 # 这和csv文件非常不同,csv文件保存的只是字符串。...一些时间差的别名 http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/timeseries.html#offset-aliases # 5天 In[72]: crime_sort.first...计算每周的犯罪数 # 读取crime数据集,行索引设定为REPORTED_DATE,然后对行索引排序,以提高后续运算的速度 In[83]: crime_sort = pd.read_hdf('data....set_index('REPORTED_DATE') \ .sort_index() # 为了统计每周的犯罪数,

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    左手用R右手Python系列14——日期与时间处理

    日期与时间格式数据处理通常在数据过程中要相对复杂一些,因为其不仅涉及到不同国家表示方式的差异,本身结构也较为复杂,在R语言和Python中,存在着不止一套方法来处理日期与时间,因而做一个清洗的梳理与对比将会很有价值...lubridate包和chron包(无法控制时区)则不仅包含常用的日期与时间数据处理函数,还完善了一些日期日期计算与时区时区转换的若干函数。...POSIXct函数与as.Date()函数类似,在日期输入时,默认支持的日期格式是包含月日年,由斜杠或者破折号分割。日期与时间之间用空格隔开,时间格式为小时:分钟:秒数。...Python: Python中的常用时间与日期处理函数除了Pandas内置的时间对象之外,还有datetime\time模块。...当然Python序列处理的函数在Python中无处不在,这里仅介绍以上几个经常会用到的高频函数。想要深入了解Python中的时间序列处理模式,还是需要深入研究其源文档。

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