Pheatmap:在树状图中重新排序树叶_在pheatmap中使用heatmaply树状图排序_在R树状图中，如何减少树叶长度来拟合标签？ - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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绘制有间隙的热图绘制-gapmap

gapmap在树状图和热图的可视化中都引入了间隙，以指数方式将两个节点的距离（不相似）映射到间隙大小的比例。..., v_ratio= c(0.1,0.8,0.1), h_ratio=c(0.1,0.8,0.1) ) 二、 dendsort dendsort包与gapmap结合，可以重新排列树状图的结构...dendsort对树状图对象进行排序，通常用于层次聚类后。根据每个合并点处子树的平均距离，对生成的树状图中的子树进行排序。较紧密的群（平均距离较小的群集）位于分支的左侧。...当叶子与簇合并时，叶子将放置在右侧。...dendsort(row_d, type = "average")), d_col = dendsort(col_d, type = "average"), #dendsort对树状图对象进行排序

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ComplexHeatmap包更新支持pheatmap转换

是热图中使用频率比较高一个R包，ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图。...新增的 ComplexHeatmap::pheatmap()该功能实际上将中的所有参数映射pheatmap::pheatmap()到中的适当参数ComplexHeatmap::Heatmap()，这意味着可以直接将它转换为一个复杂的热图...热图组件是标题，树状图，矩阵名称和热图注释，它们放置在heamap主体的四个侧面上，并支持热图主体进行重新排序或拆分。同时，热图和注释（列注释）也可以垂直排列。...它提取在细胞之间可变表达并与其他基因相关的特征基因。...在第一个热图中，基于树状聚类的两个主要组，在两个树状图的基础上对列树状图进行了铺底，以突出显示这两个亚群。

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pheatmap 排序

library(pheatmap) set.seed(13) test = matrix(rnorm(200), ncol = 10, nrow = 20, dimnames...Geno12"undefined13 "Geno13" "Geno14" "Geno15" "Geno16" "Geno17" "Geno18"undefined19 "Geno19" "Geno20" 强制重排序...因此，可以直接用order去强制控制hclust的顺序，从而控制热图的顺序，但这样热图的聚类树状图会非常混乱。...= hclust_mat) reorder 函数 reorder.dendrogram {stats}可以通过一个值向量实现聚类树次序重排，从而控制pheatmap的顺序，这样做的好处是实现了局域型排序...，即同聚类水平的数据按照给定index排序，避免了聚类树乱序。

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灵活的热图谁不喜欢？

矩阵的行和列按顺序排列以突出显示模式，并且通常伴随有树状图。热图在许多领域中用于可视化观察、相关性、缺失值模式等。...背景介绍热图可以说是我们在日常可视化中最常用到的图形之一了，绘制热图的R包和工具也是数不胜数，我们也介绍过许多常见的工具，比如pheatmap、complexheatmap等等，今天小编给大家介绍一个可以交互式绘制热图的...heatmaply_cor( cor(mtcars), xlab = "Features", ylab = "Features", k_col = 2, k_row = 2 ) 很多情况下，我们在相关性热图中还要体现...默认选项是“OLO”（最优叶排序）。另一种选择是“GW”（Gruvaeus 和 Wainer），它旨在实现相同的目标，但使用可能更快的启发式算法。...选项“none”为我们提供了树状图，没有任何基于数据矩阵的旋转。

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生信代码：“热图”来袭（pheatmap）

参数像积木，拼凑出你最喜欢的热图即可，如下图：基因和样本都可以单独聚类，排序，聚类再分组，行列注释，配色调整，调整聚类线以及单元格的宽度和高度均可实现。 ?...设定 text 热图中展示数值 # display_numbers = TRUE参数设定在每个热图格子中显示相应的数值，#number_color参数设置数值字体的颜色 pheatmap(test,...= ann_colors,gaps_row = c(10, 14),cutree_col = 2,main = "Pheatmap") #记录热图的行排序 order_row = A$tree_row...$order #记录热图的列排序 order_col = A$tree_col$order # 按照热图的顺序，重新排原始数据 result = data.frame(test[order_row...= data.frame(rownames(result),result,check.names =F) colnames(result)[1] = "geneid" #result结果按照热图中的顺序

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pheatmap|暴雨暂歇，“热图”来袭！！！

参数像积木，拼凑出你最喜欢的热图即可，如下图：基因和样本都可以单独聚类，排序，聚类再分组，行列注释，配色调整，调整聚类线以及单元格的宽度和高度均可实现。 ?...设定 text 热图中展示数值 # display_numbers = TRUE参数设定在每个热图格子中显示相应的数值，#number_color参数设置数值字体的颜色 pheatmap(test,...= ann_colors,gaps_row = c(10, 14),cutree_col = 2,main = "Pheatmap") #记录热图的行排序 order_row = A$tree_row...$order #记录热图的列排序 order_col = A$tree_col$order # 按照热图的顺序，重新排原始数据 result = data.frame(test[order_row...= data.frame(rownames(result),result,check.names =F) colnames(result)[1] = "geneid" #result结果按照热图中的顺序

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RNA-seq下游分析-2

#RSEM定量后直接生成FPKM，无需标准化#RNA-seq下游-1有些混乱，重新整理#与原文存在差异的原因是原文mRNA-seq要对注释gtf文件对进行过滤甲基化区域和polyA尾以及原文用的hg19...RNAseq-下游分析-2"output: html_documentdate: "2023-10-26"---R Markdown#RSEM定量后直接生成FPKM，无需标准化#RNA-seq下游-1有些混乱，重新整理...res[order(res$padj, res$log2FoldChange, decreasing = c(FALSE, TRUE)), ]#依次按照pvalue值log2FoldChange值进行排序...angle_col=45, color =colorRampPalette(c("blue", "white","red"))(100)) library(pheatmap...#plot(hc, hang = -1) 是绘制树状图。plot 函数用于绘制树状图，其中 hang = -1 表示树状图的横轴从底部开始绘制。

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10种绘制热图方法，你想要的全都有！

R 在可视化方面也提供了一系列功能强大、覆盖全面的函数和工具包，今天小编就总结了一些易操作且美观的热图绘图方法，一起来学习一下吧静态热图 01 ggplot2包的ggplot函数 library...heatmap.2(x, Colv=full$colDendrogram[[2]], Rowv=full$rowDendrogram[[1]], #然后根据向量的顺序计算树状图并重新排序...#提供行/列标签(从左到右，从上到下)对齐的2个元素向量 srtCol=45, adjCol=c(1,1) ) 04 pheatmap...包 pheatmap算是大家最常用的绘制热图的R包了。...library(pheatmap) ###构建示例数据 test = matrix(rnorm(200), 20, 10) test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10,

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绘图代码|10种绘制热图方法，你想要的全都有！

R 在可视化方面也提供了一系列功能强大、覆盖全面的函数和工具包，今天小编就总结了一些易操作且美观的热图绘图方法，一起来学习一下吧 ? ? ?...heatmap.2(x, Colv=full$colDendrogram[[2]], Rowv=full$rowDendrogram[[1]], #然后根据向量的顺序计算树状图并重新排序...04 pheatmap包 pheatmap算是大家最常用的绘制热图的R包了。...library(pheatmap) ###构建示例数据 test = matrix(rnorm(200), 20, 10) test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10,...05 ComplexHeatmap包 ComplexHeatmap包擅长绘制复杂的热图，有很多功能，大家在实操的时候可以多多尝试。

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015.组合模式

公司的人事管理是一个典型的树状结构： ? 我们今天的任务就是要把这个树状结构实现出来，并且还要把它遍历一遍....从这个树状结构上分析，有两种节点：有分支的节点（如研发部经理）和无分支的节点（如员工A、员工D等），总经理叫做根节点，类似研发部经理有分支的节点叫做树枝节点，类似员工A的无分支的节点叫做树叶节点，三个类型的的节点...看类图中的红色方框，只要增加两个方法就可以了，一个是设置父节点是谁，一个是查找父节点是谁，我们来看一下程序的改变： /** * 公司人员抽象类 */ public abstract class Corp...，都增加了一个属性：父节点对象，这样在树枝节点增加子节点或叶子的时候设置父节点，然后整棵树除了根节点外每个节点都一个父节点，这样每个节点上都有父节点了，有了这个parent 属性，后序遍历（从下往上找...再提一个扩展问题，树叶节点和树枝节点是有顺序的，比如我们上面的例子，研发一组下边有三个成员，这三个成员是要进行排序的，这种情况怎么处理？本文原书：《您的设计模式》作者：CBF4LIFE

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PCA图显示分组无差异，怎么办？

median这一列的每一行 ids=ids[order(ids$symbol,ids$median,decreasing = T),]#对ids$symbol按照ids$median中位数从大到小排列的顺序排序...all_samples_PCA.png') #热图 cg=names(tail(sort(apply(dat,1,sd)),1000))#apply按行（'1'是按行取，'2'是按列取）取每一行的方差，从小到大排序...'step1-output.Rdata') # 每次都要检测数据 dat[1:4,1:4] table(group_list) x=deg1$logFC #deg取logFC这列并将其重新赋值给...ac=data.frame(group=group_list) rownames(ac)=colnames(n) #将ac的行名也就分组信息（是‘no TNBC’还是‘TNBC’）给到n的列名，即热图中位于上方的分组信息...heatmap if(T){ # 每次都要检测数据 ex_b_limma[1:4,1:4] table(group_list) x=deg2$logFC #deg取logFC这列并将其重新赋值给

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不同谱系的差异基因分类注释

根据第二个谱系的细胞名称，得到属于它的表达矩阵 L2_cells <- de_matrix[,names(L2_ordered_lineage)] } 2.3 按照表达矩阵的细胞顺序，对谱系和分群的细胞名重新排序...cells", L1_spe_cells) ) names(L1_cellLin) <- c(common_cells, L1_spe_cells) 然后按照之前L1的小表达矩阵L1_cells的列名进行重新排序...L2_spe_cells) ) names(L2_cellLin) <- c(common_cells, L2_spe_cells) # 将L1_cellLin按照之前得到的L1表达矩阵列名重新排序...L2_cellLin <- L2_cellLin[match(colnames(L2_cells),names(L2_cellLin) )] } 接着按照之前分群的结果对小表达矩阵的列名重新排序...4 功能分析上一步将基因分成了G1-G17组，然后作者根据相似的表达模式又进行整合，再看原文的那张图，将G1-G4规定为a（从热图中能看到它们都在早期表达，在晚期不表达），类似地分成了a-g7组。

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R语言绘制圈图、环形热图可视化基因组实战：展示基因数据比较

你应该在使用heatmap()之前应用列的重新排序，例如。 hclust(dist(t(mat1)))$order 对树状图的回调聚类产生树状图。回调函数可以在每个树状图生成后应用于相应的类。...回调函数可以编辑树状图，例如：1.重新排列树状图，或者2.给树状图着色。在circos.heatmap()中，一个用户定义的函数应该被设置为callback参数。该用户定义的函数应该有三个参数。...dend: 当前扇区的树状图。 m: 与当前扇区相对应的子矩阵。 si: 当前扇区的扇区索引（或扇区名称）。默认的回调函数定义如下，它通过对矩阵行均值加权来重新排列树状图。...reorder(dend, rowMeans(m)) 下面的例子通过dendsort()对每个扇区的树状图重新排序。...同时，原始矩阵也被重新排序。如果增加更多的轨道，需要考虑所有这些影响，以确保与热图轨道有正确的对应关系。热图布局完成后，轨道/扇区/单元的额外信息可以通过特殊变量CELL_META来检索。

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R 语言绘制热图的 10 种方法

参数中比较重要的参数是： x, 需要绘图的矩阵 Rowv 决定“行系统树图”是否以及如何被计算和重新排序，其默认值为空； Colv 决定“列系统树图”是否或如何被从排序。...调整参数后用 heatmap 函数绘图二、pheatmap 包里的 pheatmap 函数 pheatmap 实际上是 Pretty Heatmaps 的缩写，新的命名充满了对原始 heatmap 的嫌弃...利用上面的 NBA 数据，我们只是在绘制热图的那一步利用 pheatmap 函数，输入以下代码：图 3....用 pheatmap 绘制热图果然，pheatmap 一出手就不同凡响，信息要比 heatmap 更多。根据这幅图，我们再倒退回去看 pheatmap 函数中的一些关键参数。...用 heatmap.2 绘制的热图我们发现，图中多了很多绿色的线，这是什么呢？

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GEO数据挖掘4

基因差异分析这里需要使用差异比较用到的limma包，在使用这个包进行分析之前，需要准备三个矩阵 * 表达矩阵 * 分组矩阵 * 差异比较矩阵 # 如果没有这个包，需要进行install，应该是biocmanger...一组的平均表达量减去control一组的平均表达量的值火山图绘制进行差异比较滞后，绘制火山图，对差异基因进行可视化 # 这里的if函数用于折叠代码，方便阅读，没什么重要意义 nrDEG=deg# 重新赋值...size = 0.5, label = "name", repel = T, label.select = head(rownames(deg)), #挑选一些基因在图中显示出来...差异基因热图 load(file = 'step1-output.Rdata') x=deg$logFC # deg为差异比较的结果 names(x)=rownames(deg) # 将基因名添加 # 对差异排序...) # 对差异基因绘制热图 pheatmap(dat[cg,],show_colnames =F,show_rownames = F) ?

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详解设计模式：组合模式

2、关于组合模式的构成外观模式一般包含三种角色：抽象构件（Component）角色：它的主要作用是为树叶构件和树枝构件声明公共接口，并实现它们的默认行为。...我们一般认为树状结构的每个节点都是一样的，但是也有不一样的情况，这里相当于树状节点的父级，这样来看每个节点就都一样了，一般都有添加、删除、和动作（该树形结构的功能）方法。...树叶构件（Leaf）角色：是组合中的叶节点对象，它没有子节点，用于继承或实现抽象构件。这是树状结构最底层那个，没有下级了。...3、关于组合模式的优缺点 # 组合模式的主要优点有：组合模式使得客户端代码可以一致地处理单个对象和组合对象，无须关心自己处理的是单个对象，还是组合对象，这简化了客户端代码；更容易在组合体内加入新的对象...* * 通知，上面下个政策一级一级的传递，一般都有一个动作方法 */ abstract void notice(); } # LeafRegion Leaf /** * 树叶地区

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聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序？

) pheatmap(exprTable) ?...人为指定顺序排序样品按发育时间排序样品 manual_order = c("Zygote", "2_cell", "4_cell", "8_cell", "Morula", "ICM") dend...按某个基因的表达由小到大排序可以按任意指标排序，基因表达是一个例子。...梯子形排序：最小的分支在右侧 col_cluster % as.dendrogram %>% ladderize(TRUE) %>% as.hclust pheatmap(exprTable...梯子形排序：最小的分支在左侧 col_cluster % as.dendrogram %>% ladderize(FALSE) %>% as.hclust pheatmap(

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GSEA确实搭配热图后更直观易懂

，并且Z-score标准化，在GSEA图的最底端展示的就是排序后的基因列表：纯粹的GSEA方法出图那么图中间，就是我们每个gene set里面的基因（通常是几十个基因甚至上百个基因）在所有的2...万个排序好基因的位置，如果gene set里面的基因集中在2万个基因的前面部分，就是在case里面富集，如果集中在后面部分，就是在control里面富集着。.../')[[1]] cg length(cg) dat=log2(edgeR::cpm(exprSet)+1) #dat[1:4,1:4] table(group_list) pheatmap...n=t(scale(t(dat[cg,]))) # 'scale'可以对log-ratio数值进行归一化 n[n>2]=2 n[n< -2]= -2 # n[1:4,1:4] pheatmap...show_colnames =F,show_rownames = F) ac=data.frame(group=group_list) rownames(ac)=colnames(n) pheatmap

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245热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵

图表结果：图中展示了人工重组的菌在接种后，也可以形成丰度各异的微生物群体，并与自然条件下很多组成结构保持一致。图表结论或规律：受水杨酸调控差异表达的菌，可以在人工重组实验中得到验证。...图片优点：配色采用红白蓝，比较严肃；图中添加了聚类信息、分组信息和菌分类信息，极大的增加了图片的信息丰富度和可读性。例2....列表示按治疗后反应分组分为R分组和NR分组的患者，并将它们按照多样性进行了排序；行表示细菌OTU，根据其相对于R与NR的富集和/或消减，分为三组，然后按每组内的平均丰度进行排序。...图表结果：图中展示了免疫治疗后，R和NR组微生物组成发生了改变；并通过扇形图具体指示了目水平上的具体分布比例(top10)。...图中对角度为自身相比距离为零为蓝色，越红则差别越大。具体的差异程度(距离)显示在小格中。

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C++经典算法题-排序法 - 改良的选择排序

36.排序法 - 改良的选择排序说明选择排序法的概念简单，每次从未排序部份选一最小值，插入已排序部份的后端，其时间主要花费于在整个未排序部份寻找最小值，如果能让搜寻最小值的方式加快，选择排序法的速率也就可以加快...，Heap排序法让搜寻的路径由树根至最后一个树叶，而不是整个未排序部份，因而称之为改良的选择排序法。...首先必须知道如何建立堆积树，加至堆积树的元素会先放置在最后一个树叶节点位置，然后检查父节点是否小于子节点（最小堆积），将小的元素不断与父节点交换，直到满足堆积树的条件为止，例如在上图的堆积加入一个元素12...建立好堆积树之后，树根一定是所有元素的最小值，您的目的就是：将最小值取出然后调整树为堆积树不断重复以上的步骤，就可以达到排序的效果，最小值的取出方式是将树根与最后一个树叶节点交换，然后切下树叶节点...，重新调整树为堆积树，如下所示： ?

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