）内置3级等保核查命令、基线核查工具、键盘记录器等功能 项目使用 资产/组件/漏洞扫描功能预览 WEB目录扫描模式预览 弱口令/未授权现阶段支持类型 序号 类型 是否支持 备注 1 SSH √ 2 RDP...√远程或本地运行6MSSQL√远程或本地运行7H3C√SSH远程8华为√SSH远程9AIX√可自定义命令未内置10Ubuntu√可自定义命令未内置11MongoDB12Elasticsearch 序号...远程或本地运行 6 MSSQL √ 远程或本地运行 7 H3C √ SSH远程 8 华为 √ SSH远程 9 AIX √ 可自定义命令未内置 10 Ubuntu √ 可自定义命令未内置 11 MongoDB...√ 远程或本地运行 5 Oracle √ 远程或本地运行 6 MSSQL √ 远程或本地运行 7 H3C √ SSH远程 8 华为 √ SSH远程 9 AIX √ 可自定义命令未内置 10 Ubuntu...√ 可自定义命令未内置 11 MongoDB 12 Elasticsearch 常用启动参数 golin web (通过web方式启动,仅支持等保功能) golin port (自动读取本地网卡
二分类性状的logistics可以使用plink软件进行分析。这里介绍一下数据的整理和命令的应用。 plink的语境叫“case and control”，其中0和-9都表示缺失。...文件准备： 基因型文件：plink的文本文件或者二进制文件 协变量：pca，plink的pca文件即可 plink --file .....注意事项： 1，如果没有性别信息，在代码中加上： --allow-no-sex 2，如果有协变量，不想输出结果 --hide-covar 完整代码： plink --file ...../covar/plink.eigenvec --hide-covar
plink有两种格式类型，二进制文件（bed，bim，fam）在fam文件的第六列，文本文件（ped，map）在ped文件的第六列。...1. plink文本文件更新表型数据 下面我们用plink示例数据来进行演示，这个数据很小，也可以自己生成。...「表型数据：」 $ cat phenotype.txt 1 1000000000 2 1 1000000001 1 更新命令： plink --file toy --pheno phenotype.txt...--recode --out re1 结果生成re1的plink文件，看一下ped的第六列，可以看到，已经更新了： $ cat re1.ped 1 1000000000 0 0 1 2 0...0 A A 1 1000000001 0 0 1 1 C C G A 2. plink二进制文件更新表型数据 首先，用toy生成二进制的plink文件 plink --file toy
大家伙，我是邓飞，之前写过两篇Excle数据转为plink的格式： Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式 Excel的SNP数据变为plink格式的数据--代码分享 有些人可以成功，也有很多人各种报错...的格式 注意，这里的缺失定义为##，后面需要通过sed命令，将其转为00字符。...map数据： ped数据： 使用plink命令判断是否转化成功 plink --file file --missing 如果没有报错，就转化成功了。...) [1] 43251 4 > dim(ped) [1] 185 43257 可以看到map有43251行，也就是有43251个SNP，ped比map多六列，因为第七列才是SNP的数据，结果没有什么问题...思路： 将其读取到R中 转置 保存到本地 然后通过grep，去掉相关的行 然后再读到R中，再进行处理。 报错总结 数据有空行，有缺失，有indel。
数据 1 二进制文件 2. plink二进制文件变为文本文件（ped和map） 3. plink将vcf转化为plink文件 4....我已经下载整理好了，下载本书的电子版pdf+数据+代码，链接：书籍及配套代码领取--统计遗传分析导论 1 二进制文件 文件中包括二进制的三个文件： 2. plink二进制文件变为文本文件（ped和...map） 命令 plink --bfile hapmap-ceu --recode --out hapmap-ceu --bfile 是指定二进制plink的前缀名称 --recode是生成文本ped...数据汇总 6.1 次等位基因频率（maf） 查看基因频率的统计结果，用--freq 命令： plink --bfile hapmap-ceu --freq --out Allele_Frequency...命令： plink --bfile hapmap-ceu --missing --out missing_data 日志： $ plink --bfile hapmap-ceu --missing -
命令如下 plink --file hapmap1 --noweb 需要注意的是，plink默认情况下，会对输入数据进行过滤，主要是过滤突变位点和和样本。....fam 这里的bed指的就是binary ped, bim和fam是纯文本文件。...统计基本信息 分别统计样本和突变位点基因型缺失的比例，命令如下 plink --bfile hapmap1 --missing --out miss_stat --noweb 这一步会生成以下3个文件...plink --bfile hapmap1 --chr 1 --out res1 --missing 统计突变位点的MAF, 命令如下 plink --bfile hapmap1 --freq --out...关联分析 进行疾病和突变位点基因型之间的关联分析，命令如下 plink --bfile hapmap1 --assoc --out as1 --noweb 输出结果如下 CHR SNP BP A1 F_A
有小伙伴问我： ❝飞哥，plink的命令在哪里输入？...现在我提供三种方法，来运行plink软件。 首先是下载软件：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/ 下载到本地，解压即可。...如果输入plink.exe，就会出现帮助文档： 将plink文件变为0-1-2的编码形式：、 >plink --file toy --recodeA --out a1 结果： 如果有自己的文件，可以按照这个方式...，将plink.exe放到自己的文件夹中，然后按照这种方式执行命令即可。...测试一下： plink --file toy --recodeA --out a1 结果： 所以，你知道GCTA在windows是如何运行的吧？有三种方法……
与R一样，使用PLINK时，当前目录很重要。默认情况下，PLINK会将数据和结果文件加载并保存到该目录中。要更改目录，请使用：cd。我们在方框8.2中概述了普林克的基本规则。...2 将文件放在与相同的目录中/plink（或plink.exe）fle，以便从一个目录中进行所有分析。 3 所有结果都写入具有各种不同扩展名的文件。...vcf文件转换为PLINK二进制文件。A.vcf文件是指1000基因组项目文本变量调用格式，其中包含变量信息。包括样本ID和基因型调用文本文件。我们将在QC一节中更详细地定义和描述基因型调用。...该文件必须是一个以空格/制表符分隔的文本文件，第一列中有族ID，第二列中有族ID。 --keep 选项可用于从样本中选择个体。 --remove 选项执行相反的操作，并从分析中排除文件中列出的个人。...在GWASs中，通常假设与HWE的偏差是基因分型错误的结果。HWE测试的PLINK命令是--HWE，后跟违反显著性阈值的规范。
我已经下载整理好了，下载本书的电子版pdf+数据+代码，链接：书籍及配套代码领取--统计遗传分析导论 1 二进制文件 文件中包括二进制的三个文件： 2. plink二进制文件变为文本文件（ped和...map） 命令 plink --bfile hapmap-ceu --recode --out hapmap-ceu --bfile 是指定二进制plink的前缀名称 --recode是生成文本ped...命令： plink --vcf ALL.chr21.vcf.gz --make-bed --out test_vcf 日志： PLINK v1.90b5.3 64-bit (21 Feb 2018)...数据汇总 6.1 次等位基因频率（maf） 查看基因频率的统计结果，用--freq 命令： plink --bfile hapmap-ceu --freq --out Allele_Frequency...命令： plink --bfile hapmap-ceu --missing --out missing_data 日志： $ plink --bfile hapmap-ceu --missing -
将质控的plink数据和表型数据读入到TASSEL软件 质控后的plink数据和表型数据： 「读取表型数据到TASSEL中：」 「读取基因型数据到TASSEL中：」 2....3.1 对基因型数据进行PCA分析 选中qc_plink基因型数据，点击菜单 Analysis --> Relatedness --> PCA，然后点击确定即可。...GLM结果查看 可以看到，Result中有两个GLM结果，第一个为GWAS结果，第二个为每个SNP的效应值情况。看第一个就行。 因为这是多个性状的分析，所以所有结果放在了一起。...第一列为性状，这里包括三个性状，在进行作图时需要将数据分开 第二列为SNP名称 第三列为染色体名称 第四列为SNP的物理位置 第五列为F检验结果 第六列为p值 …… 6. 导出结果 7....TASSEL中的结果可视化 「QQ图：」 「曼哈顿图：」 这里，曼哈顿图需要指定性状，这里我们选择EarDia这个性状进行可视化： 图片可以保存到本地。 ok，第四篇搞定了。
将数据转为plink文本文件 plink --bfile HapMap_3_r3_1 --recode --out a1 这里，共有165个样本，每个样本1457897个位点。 2....质控标准： geno 0.1 # SNP 缺失率大于10% maf 0.05 # maf大于0.05 mind 0.1 # 样本缺失率大于10% hwe 1e-5 # 哈温平衡P值大于1e-5 质控命令...」 plink --file base_dat --pca 3 结果文件： $ head plink.eigenvec 1328 NA06989 -0.00375153 -0.143377 -0.335978...plink --file base_dat --pheno phe1.txt --logistic --covar covar.txt --out re1 --hide-covar 结果文件： $...结果可视化：
Setaria-pan-genome/blob/main/Population%20genomic%20and%20Demographic%20inference/Scripts.html 也可以从这个链接下载本地文件...对数据进行过滤 plink --vcf test.vcf.gz --set-missing-var-ids @:# --allow-extra-chr --biallelic-only strict...ld2_unadmixed_maf_1.prune.in --make-bed --out chr1_het_maf_geno_10kb_50 然后用convertf这个命令做一个文件格式转换 convertf...snpoutfilename: tomato_het_maf.snp indoutfilename: tomato_het_maf.ind 前三行是输入文件，后三行是输出文件 convertf 这个命令在...qpg_result$f3 plot_graph(qpg_result$edges) image.png 这部分论文中提供的代码应该是少了几个步骤 能跑通这个流程，但是很多内容都不理解，而且最终的结果也不会看
命令： ssh -D [本地IP或省略]:[本地端口] [登陆服务器的用户名@服务器IP] -p [服务器ssh服务端口（默认22）] 道理和上面是一样的，执行这个命令之后，本地会监听指定的端口等待连接...在主界面点击Options菜单->Edit Main Configuration，在弹出的文本文件中搜索forward-socks5，找到的章节就是讲socks5转换的。...回车新建一行，输入forward-socks5 / [本地IP]:[本地端口] . 注意后面还有个“.”，然后保存。...ssh命令行客户端对应的是plink.exe，命令稍微有一点不同（比如指定端口是大写的P），具体看帮助文件稍作修改就好了。...先说Windows平台，用plink -pw参数可以指定密码，所以只要写个批处理： :1 plink -pw “password” -D 7070 user@serverip goto 1 这样应该就可以解决大多数问题造成的断线
1 (PART) Part I 软件介绍 1 plink 软件介绍 准备写一系列plink软件常用的命令，最近在数据分析时，需要将基因型的数据转化为0-1-2的形式，编程实现效果太差，100万的数据，plink...命令行」 plink --file test2 --recodeA 「结果:」 FID IID PAT MAT SEX PHENOTYPE snp1_2 snp2_1 snp3_2 1 1 0 0 1...命令行」 plink --file test3 --recodeA 「结果不变」 FID IID PAT MAT SEX PHENOTYPE snp1_2 snp2_1 snp3_2 1 1 0 0 1...命令行」 plink --file test4 --recodeA 「结果不变」 FID IID PAT MAT SEX PHENOTYPE snp1_2 snp2_1 snp3_2 1 1 0 0 1...命令行」 plink --file test4 --recodeA 「结果不变」 FID IID PAT MAT SEX PHENOTYPE snp1_2 snp2_1 snp3_2 1 1 0 0 1
通过将PLINK命令中的-logistic替换为-1linear，还可以使用二元表型的逻辑回归选项。在下面的例子中，我们对二元特征（超重）进行了逻辑回归。...这种分析可以在PLINK中使用命令gfam执行。...在这里，我们报告了可以在PLINK中使用的命令，以使用选项pca 10估计前10个主成分。 代码： ....该命令生成一个以制表符分隔的文本文件，其中包含个体之间的汉明距离。文件组织如下。第一个元素是基因组1和基因组2之间的距离。基因组与自身之间的距离被忽略，因为它当然是0。默认命令生成下三角文件。...GCTA是一种基于命令的软件（如PLINK），可以轻松处理PLINK二进制文件。计算基于SNP的遗传力的第一步是使用make GRM命令计算基因组关系矩阵（GRM）。
下面介绍如何通过基因型数据和GWAS分析结果，绘制LDblock。...数据准备 vcf格式的数据，InVCF plink二进制文件，InPlink plink文本文件，InPlink 2....进阶：Heatmap + block vcf文件：Test.vcf.gz 在这里插入图片描述 命令： LDBlockShow -InVCF Test.vcf.gz -OutPut re1 -Region...进阶：Heatmap + block + GWAS 考虑GWAS的结果，加入参数：-InGWAS gwas.pvalue vcf文件：Test.vcf.gz GWAS结果文件：三列，Chr, Position...InGFF In.gff 也可以增加SNP的名称： $ cat Spe.snp chr11 24142660 chr11 24142669 SpeA chr11 24142760 SpeB 命令
命令，将基因型数据转化为012的raw格式： plink --file re2 --recodeA 结果生成plink.raw文件。...读取数据 m012 = fread("plink.raw") fread 是 data.table 包中的一个函数，用于快速读取文本文件。...这里尝试从名为 plink.raw 的文件中读取数据，并将其存储在变量 m012 中。 2....= m012[,-c(3:6)] dim(g012) fid = g012$FID iid = g012$IID m012[,-c(3:6)] 表示从 m012 数据框中移除第3列到第6列的数据，将结果存储在...计算特征值和特征向量 re = eigen(Gmat) eigen 函数用于计算矩阵的特征值和特征向量，结果存储在 re 中。 6.
划重点: 可以在R语言中实现软件Structure的功能 可以做类似admixture的图 简单操作, 几个命令实现相关功能 C语言开发, 可以处理大数据 3....,"mapplots")) source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("LEA") 如果安装不成功, 也可以通过CRAN把软件包下载到本地...测试数据 plink格式的ped文件, 具体格式参考:plink格式的ped和map文件及转化为012的方法 1 SAMPLE0 0 0 2 2 1 2 3 3 1 1 2 1 2 SAMPLE1 0...3 1 4 1 1 前六列为: 家系ID 个体ID 父本 母本 性别 表型值 SNP1-1(SNP1的第一个位点) SNP1-2(SNP的第二个位点) 测试数据采用admixture的示例数据, 使用plink...对比admixture的结果 # 对比admixture结果 qad = read.table("test.3.Q") head(qad) barplot(t(qad), col = rainbow(3
章节点 IPC，WMI，SMB，PTH，PTK，PTT，SPN，WinRM，WinRS，RDP,Plink，DCOM，SSH；Exchange，LLMNR投毒，Plink，DCOM，Kerberos_TGS...IPC常见的错误代码 （1）5：拒绝访问，可能是使用的用户不是管理员权限，需要先提升权限 （2）51：网络问题，Windows 无法找到网络路径 （3）53：找不到网络路径，可能是IP地址错误、目标未开机...、目标Lanmanserver服务未启动、有防火墙等问题 （4）67：找不到网络名，本地Lanmanworkstation服务未启动，目标删除ipc$ （5）1219：提供的凭据和已存在的凭据集冲突...administrator@192.168.3.21 “whoami” 2、Exe版：https://gitee.com/RichChigga/impacket-examples-windows CS本地用户明文连接...192.168.3.21 “whoami” CS域内用户明文连接： shell atexec.exe god/administrator:Admin12345@192.168.3.21 “ver” CS域内本地用户明文密文连接
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