R Boxplot:在中值上方和下方使用不同的颜色 - 腾讯云开发者社区

做单细胞数据分析的时候，我们经常会用小提琴图来展示一些marker在不同细胞亚群中的表达情况。R的Seurat包中就有一个函数叫VlnPlot，专门用来画小提琴图的。...我们来看看这个函数的参数和使用方法我们用Seurat单细胞绘图函数DimHeatmap中的数据来举个例子。...= "CD3E",pt.size = 0)+NoLegend() 看样子是work的可能有些人想同时把箱型图也画出来，这样能看出各个分位数以及中值的情况。...0)+geom_boxplot()+NoLegend() 效果如下箱体的宽度和颜色有点奇怪，接下来我们来微调一下 VlnPlot(scRNA, features = "CD3E",pt.size...=0)+ #width控制箱体宽度，col控制边框颜色，fill控制填充颜色 geom_boxplot(width=.2,col="black",fill="white")+ NoLegend

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Python可视化神器——pyecharts的超详细使用指南！

+R),输入： pip install pyecharts 但笔者实测时发现，由于墙的原因，下载时会出现断线和速度过慢的问题导致下载失败，所以建议通过清华镜像来进行下载： pip install -i...使用实例使用之前我们要强调一点：就是python2.x和python3.x的编码问题，在python3.x中你可以把它看做默认是unicode编码，但在python2.x中并不是默认的，原因就在它的bytes...对象定义的混乱，而pycharts是使用unicode编码来处理字符串和文件的，所以当你使用的是python2.x时，请务必在上方插入此代码： from __future__ import unicode_literals...简单的几行代码就可以将数据进行非常好看的可视化，而且还是动态的，在这里还是要安利一下jupyter，pyecharts在v0.1.9.2版本开始，在jupyter上直接调用实例（例如上方直接调用bar）...图表布局 Grid 由于标题与图表是属于两个不同的控件，所以这里必须对下方的图表Line进行标题位置设置，否则会出现标题重叠的bug。

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UpSet|多集合可视化，韦恩图？upSet！

介绍一个R包UpSetR，专门用来集合可视化，当多集合的韦恩图不容易看的时候，就是它大展身手的时候了。...mb.ratio = c(0.55, 0.45),#控制上方条形图以及下方点图的比例 order.by = "freq", #如何排序，这里freq表示从大到小排序展示...,没设置的话将调用包里默认的调色板； active：被指定的条形图：TRUE显示颜色，FALSE在条形图顶端显示三角形； upset(data, main.bar.color = "black",...可以看到 list("Drama") ，list("Action", "Drama") 和 list("Drama", "Comedy", "Action") 均根据 color 设置显示了不同的颜色...query.legend = "top") #query图例在最上方 ?

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UpSet|多集合韦恩图看不太清楚咋整？用upSet吧！

介绍一个R包UpSetR，专门用来集合可视化，当多集合的韦恩图不容易看的时候，就是它大展身手的时候了。...mb.ratio = c(0.55, 0.45),#控制上方条形图以及下方点图的比例 order.by = "freq", #如何排序，这里freq表示从大到小排序展示...,没设置的话将调用包里默认的调色板； active：被指定的条形图：TRUE显示颜色，FALSE在条形图顶端显示三角形； upset(data, main.bar.color = "black",...list("Drama", "Comedy", "Action") 均根据 color 设置显示了不同的颜色。...query.legend = "top") #query图例在最上方 3.2 添加箱线图每次最多添加两个箱线图 upset(data, boxplot.summary = c("AvgRating

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R|UpSet-集合可视化

介绍一个R包UpSetR，专门用来集合可视化，当多集合的韦恩图不容易看的时候，就是它大展身手的时候了。...mb.ratio = c(0.55, 0.45),#控制上方条形图以及下方点图的比例 order.by = "freq", #如何排序，这里freq表示从大到小排序展示 keep.order = TRUE..., #keep.order按照sets参数的顺序排序 number.angles = 30, #调整柱形图上数字角度 point.size = 2, line.size = 1, #点和线的大小 mainbar.y.label...,没设置的话将调用包里默认的调色板； active：被指定的条形图：TRUE显示颜色，FALSE在条形图顶端显示三角形； upset(data, main.bar.color = "black", queries...2), # 添加的图分两列 query.legend = "top") #query图例在最上方 ?

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预处理一体化数据-基因芯片

5.0") >boxplot(CLLrma,col=colors,las=3,ylim=c(0,1000),main="RMA") >boxplot(CLLgcrma,col=colors,las=3...,main="gcRMA") >boxplot(CLLrma,col=colors,las=3,main="RMA") ?...不同数据需要进行算法比较才可以知道。 ? ? ? ? 箱线图中，三种算法处理后各样品的中值十分接近。MAS5算法总体不错。有一定拖尾现象。gcRMA的拖尾现象比RMA要明显得多。...MA(M代表Minus，A代表Average，MA图中，M=log2（R/G），A=1/2*log2（R*G），R和G指任何两个需要对比的数据，不是指双通道cDNA芯片中红和绿标记的样品表达量。...MA图反映基因在对比的样品中表达差异（对数化）随基因信号强度变化（对数化）的分布。在上图original，中值（红色曲线）偏离0，经过gcRMA算法预处理，中值基本保持在零线上。

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Day7：R语言课程 (R语言进行数据可视化)

尝试不同的东西，在图上同时显示细胞类型和基因型。为此，我们可以为列标题指定shape映射，不同形状表示不同的celltype。...箱形图提供了基于五分位数的数据分布图。框的顶部和底部代表第一和第三个四分位数（分别为25%和75%）。框内的线代表中位数（50%）。在框的上方和下方延伸到的点代表数据集的最大值和最小值。...图的直线达到的点是除异常值外的最小值和最大值。使用四分位值（IQR）确定异常值，IQR定义为：Q3-Q1。低于Q1或高于Q3超过1.5 x IQR的任何值都被视为异常值，并表示为竖线上方或下方的点。...这些异常值表示意外的观察结果。使用geom_boxplot()图来绘制Wt和KO基因型之间样本均值的差异。给图添加标题。...ggbox 注意：如果要更改这些箱线图的颜色，scale_fill_manual()可以在代码中添加另一个图层，并在函数中使用values参数指定要使用的颜色。

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R语言之可视化②点图

主要内容：准备数据基本点图在点图上添加摘要统计信息添加平均值和中位数带有盒子图和小提琴图的点图添加平均值和标准差按组更改点图颜色更改图例位置更改图例中项目的顺序具有多个组的点图...第三步：在点图上添加摘要统计信息，使用函数stat_summary（）可用于向点图中添加均值/中值点等。...第六步：添加平均值和标准差，使用函数mean_sdl。 mean_sdl计算平均值加上或减去常数乘以标准差。在下面的R代码中，使用参数mult（mult = 1）指定常量。...第七步：按组更改点图颜色，在下面的R代码中，点图的填充颜色由剂量水平自动控制： # Use single fill color ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len...也可以使用以下功能手动更改点图颜色： scale_fill_manual（）：使用自定义颜色 scale_fill_brewer（）：使用RColorBrewer包中的调色板 scale_fill_grey

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独特的箱型图版式，你学会了吗？

导语 GUIDE ╲ ggeconodist是开发者受Economist杂志独特风格的启发，开发的一款与普通绘制的箱型图不同风格的R包。...,上面是普通的箱型图，下方是改变后的图片，相比之下确实美观了很多呀！...(ncol = 1) 03 颜色设置旋转一下图片，设置上下边界的颜色看看效果 #将图片转为横向 (p + geom_boxplot() + coord_flip()) + #参数设置颜色 (p...使用R中自带的数据集看看ggeconodist的基本功能吧 ##普通boxplot boxplot(Petal.Width~Species,iris,col="#b07aa1") ##使用ggeconodist...，在本文中介绍的ggeconodist就是一个很好的例子，使用不同的函数，让你的图片在茫茫图海中脱颖而出！

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AMD R2000 Bilby 单板串口在Grub和Linux下的使用

Ubuntu 20启动时，自动加载了UART驱动，系统启动信息含有UART的相关信息。...2.418820] printk: console [ttyS4] enabled [ 2.424359] printk: console [ttyS4] printing thread started 使用命令...“echo “hello” > /dev/ttyS4 ” , 在串口能得到字符串“hello”。...Ubuntu 20.04.6 LTS Bilby-RV1-R2314ttyS4 Bilby-RV1-R2314 login: hello hello hello hello 修改/etc/default...GRUB_CMDLINE_LINUX="console=tty0 console=ttyS4,115200n8" Linux的串口界面： Ubuntu 20.04.6 LTS Bilby-RV1-R2314

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使用markdown，knitr和pandoc在R语言中编写可重现的报告

在本指南中，我们想向您展示如何使用现在提供的一些奇妙，免费的工具和软件包编写美观，可重复的报告。这些工具将帮助您交流科学知识，并希望您再也不会复制和粘贴R输出。...为什么要使用Markdown？此Markdown的目标是“ 在可行的情况下尽可能易于阅读和编写 ”。...## [1] 5.5 ``` Markdown会像这样渲染： mean(1:10) # or some other code ## [1] 5.5 R markdown在Rstudio中使用，并允许将R...knitr 报告该 knitr 软件包的编写是在单个文档中结合了RMarkdown和R代码的元素。从一个例子开始。...因此，有了它，您便可以使用一组工具在R中进行可重复的研究。

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我是如何还原NC中的美图的

Fig2b，分为三部分：上图为细胞系表达水平的箱线图。中间为热图，显示乳腺癌及其相关生物学过程中预测的抑癌基因和癌基因top50。基于欧氏距离矩阵进行层次聚类。下图是颜色标记不同注释信息。...看这个R包的直译就知道啦，它是用来画复杂的热图。那到底有多复杂？小编带你一览庐山真面目。 R包安装 ##bioconductor和github都能安装 if (!...right_annotation = rowAnnotation(foo = anno_histogram(mat,gp = gpar(fill = 2:3))), ) 右侧密度图注释anno_density() 04 加下方颜色注释...Fig2b图中颜色标记的基因注释在下方，我的数据中基因为行，所以就加到右边了，但代码是一样的。...小编总结 ComplexHeatmap由顾祖光博士创建，是一个全面绘制复杂热图的R包，利用它你能绘制许多文献中的图片并学习到美图的精髓。像小编我这样的手残星人都能复制出来，你还没有信心么？？？

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R语言基础作图

和fill两个属性### Q2-1 空心形状和实心形状都用color设置颜色ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length...dev.new()，甚至重启#附作业解答及注意事项# 6-1# 1.加载test.Rdata,分别test的以a和b列作为横纵坐标，change列映射颜色，画点图。...color = change))+ scale_color_manual(values = c("darkgreen","grey","red")) #可以调整位置使颜色对应不同群的点...，而是一个颜色的映射 geom_boxplot()+ geom_jitter(aes(shape=Species))+ coord_flip()# 6-3# 任意作3张ggplot2图library...#两张图拼接，横着为+，竖着为/，三张同理p1+p2+p3 #三张横向并排p1+p2/p3 #p1位于左侧，p2及p3叠置位于右侧(p1+p2)/p3 #p1及p2位于上方，p3位于下方p1+p2+p3

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freetype的交叉编译及在嵌入式linux上的简单使用及改变字体背景和颜色

它支持单色位图、反走样位图的渲染。FreeType库是高度模块化的程序库，虽然它是使用ANSI C开发，但是采用面向对象的思想，因此，FreeType的用户可以灵活地对它进行裁剪。...以往单片机中使用中文字库时，免不了需要制作各种字体大小的字模。且有的制作的效果不是很好,需要多大的字体需要提前备好。如果能用上FreeType,这些都不是问题了，且还能各种的变换。...但是freetype占的资源可能比较大，即便裁剪过也可能90多k吧，在资源受限的单片机环境中不推荐，还不如直接取字模来得快，在资源丰富的嵌入式linux板上可以玩一下。...接下来测试下在嵌入式linux上的简单使用,图像显示使用linux上的fb0：大体使用步骤： int main() { FT_Library library; FT_Face face; FT_Error...如何改变字体的颜色呢，关键在这里： ? 如果你的屏幕显示的图像是镜像翻转的，如何调整让显示正确呢，如下，调整下x,y坐标即可。 ?

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Python 数据可视化神器—Pyecharts

寻找中惊喜地发现了 pyecharts，只需在python中安装该模块即可使用。...1.Hive数据库查询sql hive_sql内容如下 # sql中所使用的部分语法为hive sql中常规的语法，与mysql有所不同，请注意。...") 柱状效果图展示生成的柱状效果图是html格式的，可以在浏览器中打开查看，在浏览器中支持下载成图片格式到本地，并且点击图例即可置灰对应的图例，同时隐藏图例对应的柱状图数据，如下图所示。...=True) # 使用add导入数据，设置坐标位置为【75，50】，上方的colums选项正常显示 pie.add("CWSWS_003", columns, CWSWS_003, center=[75...导入对应图表所使用的包 add()方法：主要方法，用于添加图表的数据和设置各种配置项 render()方法：用于保存生成的图表 end

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生信马拉松 Day6

今天的主要内容是绘图，包含ggplot2、ggpurb和patchwork开头一个小tips：在运行R project时，界面上最好每次只有一个脚本，否则不同脚本之间流程、变量容易混乱1.强悍的ggplot2library....几何对象一个geom_xxx()函数画出来的所有东西就得到一个几何对象，也就是一个图层，多个几何对象可以叠加，先写的函数在最底层局部设置和全局设置ggplot(data = iris) + geom_smooth...y = Sepal.Width, fill = Species)) + geom_boxplot()+ geom_point()此时散点图的点都集中在一条线上...jpeg('test.jpeg')，注意文件的后缀名和函数必须一致2.写作图代码，注意基础包画图，不同的函数连接不需要加“+”3.dev.off()方法3：eoffice包可以导出为ppt格式，打开相应的...R package分享1.好看的配色R包：RcolorBrewer以及paletter2.方便的拼图R包：patchwork最后一个无聊的分享library(ggplot2)ggplot(data =

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R获取数值向量的分位数值

如果我们手上有一个数值向量，怎么用R去获取这个向量的各个分位数值呢？...我们来看个具体的例子 a=1:10 summary(a) 我们可以得到下面的结果，summary(a)一共得到6个数值，分别是a的最小值，1/4分位数，中值（2/4分位数），均值，3/4分位数和最大值。...其实我们经常用的boxplot，也能展示这几个常用的数值（除了均值以外） boxplot(a) 除了使用summary这个函数以外，我们还可以使用quantile这个函数 quantile(a)...分位数，中值（2/4分位数），均值，3/4分位数和最大值。...如果我们要取出每一列的中值，直接使用下面的方法是得不到数值的，是一个字符串。

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数据清洗 Chapter03 | Seaborn常用图形

4、分别绘制抽烟者和不抽烟者账单的盒图使用hue指定抽烟(smoker)特征 sns.boxplot(x="day", y="total_bill",hue = "smoker", data...3、使用直方图和最大似然高斯分布拟合展示变量分布 kde用于指定是否在图上添加高斯核密度估计 kde=False from scipy.stats import norm sns.distplot...4、设置vertical参数和color参数，改变直方图的方向和颜色 sns.distplot(tips["total_bill"], vertical=True,color='y') ?...4、柱状图柱状图用于反映离散特征中不同特征值的数目 1、使用Seaborn中的.countpolt()绘制柱状图 sns.countplot(x="day", data=tips) ?...2、设置color参数，在核密度曲线下方区域进行颜色填充 sns.kdeplot(tips["total_bill"],shade=True,color='r') ?

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详谈R中散点图添加误差线的细节

❞ df %>% ggplot(aes(case_control,logCPM)) ❝使用 df 数据帧创建了一个新的 ggplot 对象，并将 x 轴和 y 轴变量分别设置为 case_control...fill 和 color 美学设置为 case_control，这意味着点的填充和颜色将基于该列的值。参数 pch 指定点的形状，width 指定点的宽度，size 指定点的大小。...❞ stat_boxplot(geom="errorbar", width=0.1, linetype="solid") ❝使用函数 stat_boxplot 向图表添加了误差条。...参数 geom 指定使用哪种误差条，参数 width 控制误差条的宽度。...❞ 自定义函数绘图 ❝上方给出了该图像绘制的代码及解释，那么我们也可以将其写成一个函数使其居然通用性，下面针对会员朋友小编将介绍如何定义函数绘制此图，代码见会员群文档。 ❞

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Python 数据可视化神器分享：pyecharts

Google后，找到一个国人开发的一个Echarts与Python结合的轮子：pyecharts，下面就来简述下pyecharts一些使用细则：写这篇文章用的是Win环境，首先打开命令行(win+R)...使用之前我们要强调一点：就是python2.x和python3.x的编码问题，在python3.x中你可以把它看做默认是unicode编码，但在python2.x中并不是默认的，原因就在它的bytes对象定义的混乱...简单的几行代码就可以将数据进行非常好看的可视化，而且还是动态的，在这里还是要安利一下jupyter，pyecharts在v0.1.9.2版本开始，在jupyter上直接调用实例（例如上方直接调用bar）...笔者数了数，目前pyecharts上的图表大概支持到二十多种，接下来，我们再用上方的数据来生成几个数据挖掘常用的图表示例：饼图-Pie ? ? 箱体图-Boxplot ? ?...由于标题与图表是属于两个不同的控件，所以这里必须对下方的图表Line进行标题位置设置，否则会出现标题重叠的bug。两图结合 Overlap ? ?

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单细胞小提琴图+箱型图

Python可视化神器——pyecharts的超详细使用指南！

UpSet|多集合可视化，韦恩图？upSet！

UpSet|多集合韦恩图看不太清楚咋整？用upSet吧！

R|UpSet-集合可视化

预处理一体化数据-基因芯片

Day7：R语言课程 (R语言进行数据可视化)

R语言之可视化②点图

独特的箱型图版式，你学会了吗？

AMD R2000 Bilby 单板串口在Grub和Linux下的使用

使用markdown，knitr和pandoc在R语言中编写可重现的报告

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