整理自：https://github.com/nanxstats/awesome-shiny-extensions 主题 与众不同的主题让您的 Shiny App 更显逼格。...•shiny.semantic https://github.com/Appsilon/shiny.semantic - 在 Shiny 中使用 Fomantic UI，仅添加几行简单的代码，即可使您的...移动端主题 •miniUI https://github.com/rstudio/miniUI - 为在小屏幕上使用的 Shiny App 提供的 UI 小部件和布局。 ?...•excelR https://github.com/Swechhya/excelR - 在 Shiny 中实现类似 Excel 的表格操作，包括添加/删除行列，合并，检索等。 ?...图像比较 •vdiffr https://github.com/r-lib/vdiffr - 用于比较两个图像。 ?
整理之前在知识星球打卡汇总的 Shiny 笔记，作为速学、速查使用和分享。 基于 https://shiny.rstudio.com/tutorial/ 视频而非文字教程写的笔记。...p4：分享 Shiny 将所有脚本和材料保存到一个目录，目录下代码通常以以下 2 种方式之一存储： app.R ui.R & server.R ? ? ?...p10：使用 reactive 表达式模块化 Shiny 回顾上一部分的学习中，当多处使用同一随机数据时，不同地方的数据将变得不一致。...p11：使用 isolate() 隔离响应表达式 如何在不更新图的情况下更新标题呢？这就需要使用 isolate() 了。 isolate() 创建一个非响应对象（看作 R 常规值）。...p12：使用 observeEvent 进行事件触发 有时候我们需要做一些按按钮才进行分析或者绘图的触发操作，在前端我们可以使用 actionButton，在服务端我们需要使用 observeEvent
上面是shiny团队的稿件 L7-如何分享你的app 分享你的app 你现在能构建一个实用的shiny app，但是如何分享给别人呢？...此篇将展示几个分享app的方法 当说到分享app，应有两个基本选项 将app作为R脚本分享。这是最简单的分享方法，但这种方法只有用户自己电脑上有R并且会用时才行 作为网页分享。...然后将您的app.R文件以及该应用程序使用的所有补充文件存储在存储库中。...您无需注册GitHub帐户即可使用此服务。即使您拥有GitHub帐户，gist也是共享Shiny项目的一种简单快捷的方法。 操作方法： 将您的app.R文件复制并粘贴到gist网页。...在一个方便的位置共享Shiny应用程序，R Markdown报告，仪表板，绘图，Jupyter Notebook等。
在这篇博客中，我们将深入介绍如何使用R和Shiny创建一个简单而实用的数据可视化仪表盘。步骤1：安装和加载必要的包首先，确保你已经安装了以下R包：shiny、ggplot2、dplyr。...(shiny)library(ggplot2)library(dplyr)步骤2：创建Shiny应用创建一个新的R脚本（例如，app.R），用于编写Shiny应用。...应用在R中运行Shiny应用：RCopy codeshinyApp(ui, server)这将启动Shiny应用，你可以在浏览器中访问http://127.0.0.1:XXXX（XXXX为端口号），查看创建的数据可视化仪表盘...步骤6：添加更多交互性通过Shiny的交互性组件，你可以进一步提升数据可视化仪表盘的功能。例如，你可以添加动态的过滤器、交互式图表切换等。...R和Shiny创建一个简单的数据可视化仪表盘。
菜单项切换不同的界面，输入项决定界面呈现什么内容。简单理解为：侧边栏（siderbar）就是主体(body)的输入“参数”，用于切换不同的界面和改变界面呈现的内容。...有输入就有输出，输入项需要传给输出项，输出项都是成对出现的：在ui中使用*Output，在serve中render*与之对应，两者通过变量名对应。常用的有以下几对常用的输出项： ?...上图主要实现选择不同参数fill、dodge和stack控制直方图的类型。 sliderInput输入项 滑动条形式选择某个数值，可以设置自动滑动按钮。...downloadLink与downloadButton输入项 用于下载数据，两个输入项函数可以等价替换，downloadLink输入项函数显示的是一个下载链接，downloadButton输入项函数显示的是一个下载按钮...actionLink与actionButton输入项 两个输入项函数作用相同，用于控制操作是否有效，可以等价替换。
在可视化用户群中每位开发人员都对用户提出的问题进行细致的记录与修改。之前我也尝试过一些其他软件的在线绘图功能，但是对比起来 Hiplot 具有功能丰富操作简单的优势。...By Chris Lou 随着注册用户人数不断增长，平台操作指南和绘图教学视频的需求日益迫切。...Mason Liu 大部分计算机小白刚上来就使用黑白界面的 R 语言是有难度的，从 R 包的安装、数据导入导出、包的用法，到图片的美化等等都可能遇到不同的问题。...在没有人指导的情况下，分分钟劝退一点都不夸张。可能 Hiplot 最基础的意义在于可以降低一些软件的学习和使用门槛。...By YTDai 很荣幸能加入到这样优秀的团队进行平台的开发，看到平台注册使用用户的不断增长和大家的肯定，是对我们莫大的鼓励，平台的功能和性能也在不断的增加和完善，极大地满足了人们对科研绘图的需求，真正实现了零基础绘图
可以看到界面主要分成四个区域，分别完成上传，预览，设置作图参数和绘图的功能（绘图区是隐藏的，等按下 Plot 按钮后会显示）。 ? 若不上传数据，则默认使用示例数据作图。...左列用两个 box 分别划分为传文件区和自定义参数区；右列用 tabBox 来生成预览文件区和绘图区，因为有会有三个上传文件和三幅图，用 tabBox 便于切换。...因为我想等按下按钮后再出现绘图区，所以这里使用了 uiOutput() 来生成绘图区 UI 。...)，只有 Custom colors for each taxon group 选项打上勾时才会显示取色器 UI，这部分会在 server.R 中介绍） 根据不同的选项类型，选择使用不同的输入方案，比如...同样使用了 uiOutput()，只有点击 【Plot】按钮后才会显示绘图区 UI，这部分会在 server.R 中介绍。
而之所以先从miRNA入手，主要有两个原因，一是因为我在博士前三年做了大量的small RNA的研究，尤其对 miRNA, piRNA, 以及其他听过没听过的内源small RNA都有过深入了解，同时也在秀丽隐杆线虫...miRNA组学(miRNome) 分析方法在TCGA以及循环miRNA数据集中非常类似。最大的不同是TCGA数据中可以做生存分析和预后模型。...CancerMIRNome可以鉴定高表达的miRNA(很多成熟miRNA的表达量是很低的)；不同组之间比如肿瘤和癌旁，早期和晚期等表达有差异的miRNA；基于AUC值得诊断标记；基于机器学习Lasso算法得诊断标记...另外有很多针对advanced Shiny app开发的R包可以直接拿来学习和使用。...写在文末： 正是考虑到网页工具的大量现实需求，我们《生信技能树》安排了《跟我一起玩转shiny》的系列课程，在b站可以免费学习哦，目录如下： 认识shiny 一些基本操作 Shiny App 的基本结构
，且个性化程度远远优于：[[66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）]] 那么我们可不可以直接指哪打哪，连代码都不用呢？...这里因为以火山图为例，先使用火山图绘图函数easyVolcano ：需要注意这里的数据框的行名需要是基因名 # 开始之前修改一下数据框 DEG$new_P <- -log10(DEG$P_value)...geom_hline 操作； 接下来我们就可以在shiny 中交互添加了： 在shiny 界面，你还可以对标签的位置进行个性化设置： 此外，除了在图上标记，还有一个非常有意思的筛选框，你可以通过输入基因名的方式标记...个人觉得，如果这个包可以直接给出绘图代码就好了，或者直接操作ggplot 对象，毕竟我对这种封装的美观体验，还是有要求的，你怎么知道你的绘图代码就能让我满意呢？...不过话说回来，这个包的一些绘图细节，比如火山图，还蛮值得学习的： 比如这个的小操作，还是蛮对我胃口的： 参考资料 [1]easylabel (r-project.org): https://cran.r-project.org
因此，让我们制作一个 Shiny 应用！ 原型 在构建复杂的应用程序时，我强烈建议读者尽可能简单地开始，这样你就可以在开始做更复杂的事情之前确认基本的机制是正常工作的。...在这里，我们将从一个输入（产品代码），三个表格和一个绘图开始。 制作第一个原型时，面临的挑战是“尽可能简单”。快速让基础功能工作和规划 Shiny 应用的未来之间存在着复杂关系。...通常，在启动 Shiny 应用程序之前花一点时间清理分析代码是个好主意，因此，在增加反应性的复杂性之前，我们可以在常规 R 代码中考虑这些问题。...要解决此问题，我们首先需要弄清楚如何截断表。我选择结合使用 forcats 函数来执行此操作：我将变量转换为因子，按级别的频率排序，然后将前 5 个级别之后的所有级别汇总在一起。...在之前 R 代码中，我们一次采样了多个叙述，但没有理由在可以进行交互式浏览的应用中进行该操作。 解决方案分为两部分。首先，我们在 UI 底部添加一个新行。
Web Service 这个概念比较成功了， 在SOAP服务之后， Restful服务的普及， 使得数据库的CRUD操作通过网络无限延伸。...——————— 二、ui.R+server.R+global.R 看到网上大多给你扯ui.R+server.R，很少会提到global.R，笔者在自己实践的时候遇到的了global.R的使用问题，...ui.R：搭框架，控件； server.R：每个控件背后的算法代码； global.R:server.R中，万一有很长的代码与调用很多其他packages就可以用global写一个函数集合，然后统一在...举个例子， server.R返回一个数据绘图， 但是每次运行需要重新读取数据。 但是当如果输入没有变化的时候， 这种重复的数据读取会极大的延迟反应， 浪费资源。...在注册完成后， 你只要遵照详细的链接， 授权， 和部署的步骤，就可以把本地Shiny App上传部署。
我们生信技能树已经有多位大神发表了自己的网页工具，其中基于R语言的shiny框架是比较适合初学者的，而且手把手的教程不少： 把你的shiny网页工具部署在云服务器 手把手教你使用shiny创建一个网页工具...但是R语言的shiny框架能让你在起步的时候突破网页工具的开发技术限制，简单的几句R代码，一个活灵活现的网页工具就出现在你眼前。...正是考虑到网页工具的大量现实需求，我们《生信技能树》安排了《跟我一起玩转shiny》的系列课程，目录如下： 认识shiny 一些基本操作 Shiny App 的基本结构 从零创建一个App 理解input...和output 保持正确的要点 渲染和输出 session的解释 ID的用法 根据数据更新UI 表格-方案选择 表格-renderTable 表格-kableExtra 表格-DT 绘图-基本图形 绘图...Shiny 在单细胞领域正展现出澎湃的生命力 相关案例--工具类 1.SCHNAPPs - Single Cell sHiNy APP C3BI-pasteur-fr/UTechSCB-SCHNAPPs
这里所说的解决方案不仅是指R语言里面有诸多的图形语法系统（比如base系统、grid系统、lattic系统等），更重要的是它拥有（目前比较成熟的）系统级输出方案，你可以理解为如何在项目中从一而终的组织你的分析内容...第二套框架便是使用rmarkdown+flexdashboard+可视化组间（各种图形语法以及表格、文本信息等），rmarkdown是基于通用markdwon语法深度扩展的R语言markdown实现，在保留通用标记语法的基础上扩展了相当多的应用场景...（随便叫） flexdashboard的核心布局理念是基于行列的矩阵型布局，即整个文档都是在操纵行列布局，以及侧边栏和tab切换。...Tabsets——页面切换按钮 使用flexdashoard中的tab功能可以组织页面切换效果： --- title: "Tabset Column" output: flexdashboard::flex_dashboard...tab切换功能核心在于在声明列参数后面的花括号中指定tabset参数。
在R和python上都可使用 readr：实现表格数据的快速导入。...它的一部分是由R语言编写的，另一部分是由Java和Python语言编写的。用户可以部署H2O的R程序安装包，之后就可以在R语言环境下运行了。 ROCR：通过绘图来可视化分类器的综合性能。...R代码的输出 yaml：用于实现R数据与YAML格式数据之间的通信。...自动化分析 以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品： shiny：一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...shinyjs：用于在Shiny应用程序中执行常见的JavaScript操作 miniUI：提供了一个UI小部件，用于在R命令行中集成交互式应用程序 shinyapps.io：为创建的Shiny应用程序提供托管服务
在本系列「R语言从入门到精通」前面的所有章节中，科研猫带领大家熟悉了R语言中的数据分析和绘图技巧。相信这些已经足够让大家在平时的学习工作中游刃有余吧。...换句话说，使用shiny包能让你的数据分析结果“表达能力”更强。...在之前的R代码中，要展示不同对变量为坐标轴时样本的聚类情况，我们需要绘制多幅图片，而在这个例子中，只需要调整参数就可以灵活展示了。...（脚本app.R也可以拆分成ui和server function两个脚本，但是最新版本的shiny包不推荐这种拆分得写法。）...了解了参数在ui和server function两端的传递过程之后，我们就可以按照R语言一般的原理将数据和参数传递给绘图函数，然后将图形显示在ui上了。
在R和python上都可使用 readr：实现表格数据的快速导入。...它的一部分是由R语言编写的，另一部分是由Java和Python语言编写的。用户可以部署H2O的R程序安装包，之后就可以在R语言环境下运行了。 ROCR：通过绘图来可视化分类器的综合性能。...R数据与YAML格式数据之间的通信。...自动化分析 以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品： shiny：一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...shinyjs：用于在Shiny应用程序中执行常见的JavaScript操作 miniUI：提供了一个UI小部件，用于在R命令行中集成交互式应用程序 shinyapps.io：为创建的Shiny应用程序提供托管服务
在我们知道如何创建一系列输入和输出控件之后，我们需要学会如何在一个页面中对它们进行排列，以达到比较好的展示效果。这正是布局函数的工作，布局函数提供了一个应用高层次的可视化结构。...这篇文章的内容聚焦于 fluidPage() 函数，它提供了大多数应用使用的布局风格。在未来的文章中我们将讨论布局函数家族的其他成员，如仪表盘、对话框。 依旧先载入 Shiny。...多行页面结构 细心的读者可能注意到了每一行的总宽是 12，这是 Shiny 设定的，我们可以在此基础上使用不同宽度的组合。...目前的操作很简单吧，只是在 fluidPage() 中设置 theme 参数。...技术实现 可能会有读者惊讶我们上面使用了一个 R 函数 theme_demo() 来创建 Shiny 的 UI。
前言 shiny官网(https://shiny.rstudio.com/) 在R for data science这本书中，作者提出数据分析的一个流程，在数据转换、可视化以及建模之后，来到数据分析的新阶段...那么，在数据分析进入下游之后，如何给自己的研究增加更多可交付的内容呢？Shiny会是一个不错的选择。 ?...R for data science 有不少文章在发表的最后也会附上数据探索的一个Shiny程序，方便读者再利用文章的数据。...image 根据自己的喜好，我选择的是Multiple File（ui.R/server.R），主要是给人一种前端和后端分开的感觉，其实app.R也是一样的通过两个函数来分别控制，我起的名字是seuratreport...最后在浏览器输入网址，就可以在线操作啦。
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