本期Seurat weekly 就和大家探索一下Seurat 的交互系统。 在Seurat中交互的参数一般是interactive，我们需要找到哪些函数有这个参数。...思考：如何查一个R包中哪些函数有某一参数？ 先载入R包和数据，并执行简单的降维。...除了直接在线分析也可以在自己的R中安装azimuth 包，以方便本地使用。 if (!...包装它并不是复杂，如Azimuth的源码，shiny完成的是对Seurat包的调用程序。...界面版和命令行版针对的是不同条件的选择，看自己的实验室的编程条件和人员背景来选择。但是做单细胞数据分析迟早都要会R语言。
有的时候需要获取单细胞umap图中的部分点的坐标，并对其进行后续操作。 本文提供一种方法用于实现这个目的。 以Seruat的pbmc数据为例。 1....，并考虑获得右上角的点的坐标。...使用plotly手动绘制可交互的umap plot 使用plotly手动实现这个umap plot散点图。...将交互式的umap plot使用shiny打开，并可以使用套索工具获得选区边界 library(shiny) library(plotly) ui <- fluidPage( plotlyOutput...在shiny页面圈选感兴趣的区域 在shiny页面，使用套索工具圈选感兴趣的区域，程序会自动将选区边界坐标导出到家目录中的lassso_boundary.rds文件中。 5.
一般的图非常简单，和平常写R代码一样，不过不在.R中写，而是在.Rmd中写，将你的代码写入如下的代码框中，使用Control+Alt+i可以直接插入一个代码框。...一个shiny应用程序基本由两个重要部分组成：一个是Web浏览器交互的HTTP服务器，另一个是HTTP服务器交互的R会话。...下面我们看一个复杂有用的例子：可视化几何布朗运动的许多路径，几何布朗运动常用于股票价格建模，运动的结果取决于初始值、预期增长率、波动率、持续时间和周期数。...除了设定T=1外，我们允许用户修改其他所有参数。...我们可以根据想展示给用户的参数来定义shiny应用程序的用户界面，shiny提供了丰富的输入控件： shiny_vars = ls(getNamespace("shiny")) shiny_vars[
数据可视化仪表盘是将数据直观呈现并提供交互性的强大工具。R语言与Shiny框架的结合，使得创建交互式数据可视化仪表盘变得轻松而灵活。...在这篇博客中，我们将深入介绍如何使用R和Shiny创建一个简单而实用的数据可视化仪表盘。步骤1：安装和加载必要的包首先，确保你已经安装了以下R包：shiny、ggplot2、dplyr。...(shiny)library(ggplot2)library(dplyr)步骤2：创建Shiny应用创建一个新的R脚本（例如，app.R），用于编写Shiny应用。...以下是一个简单的Shiny应用的框架：RCopy code# app.R# 加载必要的包library(shiny)library(ggplot2)library(dplyr)# 定义UI界面ui R和Shiny创建一个简单的数据可视化仪表盘。
在本教程中，我们将使用 COVID-19 Data Hub 提供的 COVID19 这个 R 包来构建一个简单而完整的 Shiny 应用程序，这个应用程序正是通过 COVID19 这个 R 包来连接新型冠状病毒肺炎数据中心从而获得数据...加载以下软件包以便开始： library(shiny) library(plotly) library(COVID19) COVID19 COVID19 的 R 包通过 COVID19() 函数提供了与新型冠状病毒肺炎数据中心的无缝集成...关于这个函数的更多参数说明，我们可以通过 ?covid19 进行查看。下面我们将使用： country：国家名称或国际标准化组织代码的矢量。...type：使用的度量标准，可以是c("confirmed", "tests", "recovered", "deaths")中的一种 , 也可以是除此以外的其他值，完整的名单参考这里。.../ 在本地 RStudio 运行后的截图如下： 简单总结 我们构建了一个简单的应用程序，将 Shiny 与 COVID19 的 R 包连接起来，呈现了一个可重用的通用体系结构。
当前功能 •表单结果保存到本地文件；•支持必填字段和可选字段（在问题列表中使用 mandatory 参数）；•仅用一行代码即可为 Shiny UI 和 server 添加表单；•可以在同一 App 中包含多种不同形式...；•以干净和用户友好的方法来捕获和报告错误；•问题和表格数据采用 R 列表格式；•支持的问题类型：文本，数字，复选框；•能够多次提交同一表单（在表单信息列表中使用 multiple = FALSE 参数以禁止多次提交...如果你想查看所有收集结果，则必须输入密码以验证您是管理员 （在表单信息列表中使用 password 参数可设置密码）；•支持更复杂的输入验证，当字段不满足某些条件时，会给出错误提示消息（在表单信息列表中使用...validations 参数）；•可选加入“重置”按钮，用于重置表单中的字段（在表单信息列表中使用 reset = TRUE 参数）；•问题可包含提示文本，显示在标题下方（在问题列表中使用 hint...multiple = FALSE 选项，这表示用户只能提交一次（如果重新启动Shiny应用程序，则同一用户可以再次提交表单）。
library(shiny) 输入控件的通用结构 所有的输入（控件）函数第 1 个参数都是相同的 inputId。...第 3 个参数一般是 value，它用于设定默认的控件值。 其他的参数一般每个控件都不太相同，需要根据情况和文档说明进行设定。...一般当数值不那么重要时使用滑块，因为滑动选择一个指定值的体验比较糟糕。...使用 selectInput() 创建的下拉列表由于所占的空间固定，非常适用于长列表。如果设定了 multiple = TRUE，还支持多选。...如果你里面想要用到它，不妨参考 https://github.com/rstudio/shiny-examples/blob/master/009-upload/app.R 提供的示例 Shiny App
其一是shiny+shinydashboard+诸多可视化系统及组件（图表、表格、文本信息），shinydashboard是相当于前端UI模板化的R语言api接口，你可以以R语法的格式去配置交互控件以及组织页面逻辑...Page Navigation——导航页支持二级菜单选择 Multiple Columns 当然flexdashboard可以支持多列布局，只需要在代码中声明列参数即可，而且可以自定义各列的列宽。...输出的shiny图形组件，可以直接dashboard的控件布局，直接输出的R内置图形可以支持自定义单个图形的长款尺寸。...Tabular Data —— 表格 表格输出一般有两种情况，仅输出原生表格或者使用shiny中的renderTable函数封装动态更新的表格。...，很适合用于呈现单值指标： Gauges也可以直接用在shiny插件中，嵌入rmarkdown文档，实现动态更新数据 ### Contact Rate ```{r} renderGauge({ rate
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。
现在我们将内容转向对于 Shiny 服务端的讨论，它会让我们在运行时中使用R代码让用户界面栩栩如生。 在 Shiny 中，我们使用响应式编程表达服务逻辑。...最后，我们将回顾 Shiny 初级使用者遇到的一些常见问题。...相反，它们是 Shiny 启动时自动创建的，绑定一个特定的会话。从现在起，我们将关注前两个参数，最好一个参数留到以后介绍（通常情况下我们不会用到它）。...一开始它的初始值是 100，如果用户在浏览器端更改了它将会自动更新。 与常规列表不同的是，input 对象仅可读。如果你尝试在 server() 函数中更改它，你将会收到报错信息。...render 函数做了两项工作： 它建立了一个特殊的响应式语境用于自动捕获（追踪）输出使用的输入 它将 R 代码的输出转换为了 HTML 内容用于网页展示 像 input 一样，output 对使用方式也很挑剔
最近遇到了一个 RESULT_CACHE_MAX_SIZE 参数值无法更改的问题。 首先我们需要知道 RESULT_CACHE_MAX_SIZE 是什么。...RESULT_CACHE_MAX_SIZE 是结果缓存能够使用sga内存的最大大小的限制参数。 当我们需要使用结果缓存的时候，这个值一定不能是0。并且以下的查询结果是 ENABLED ....DBMS_RESULT_CACHE.STATUS() -------------------------------------------------------------------------------- ENABLED 这个参数的默认值依存于...可以使用如下方法恢复。 给shared_pool_size一个最小值。保证结果缓存可以拿到内存空间。...就可以解决无法使用结果缓存和无法修改RESULT_CACHE_MAX_SIZE参数值的问题了。
shiny introduction Shiny 是一个可以从R中方便地构建交互式的WEB应用的R包 作为一个实例展示， Shiny 中内置了一些例子，我们可以通过运行 runExample() 来探索...image-20201103185856829 存储和运行APP可以有几种方式： 单独的文件夹下存放app.R文件，使用runApp加上文件夹的路径 也可以不使用app.R文件名，但是需要在runApp...image-20201106230835574 每个render函数也都有一个参数：使用{}括起来的R代码，每次更新输出的时候，shiny都会运行这里面的代码 server函数还会将app当前的所有组件的值存为一个...和date)，如果没有改变就不会运行，仍然返回之前保存的值，如果发生改变就会再次运行并且保存更新后的结果 Share your apps 有两种方式可以将我们的shiny app分享给别人： R脚本 这种方式需要用户电脑上安装了...R并且有一定的R基础 网页 R脚本 Shiny提供了3个函数来使用网络上公开的shiny app: runUrl runGitHub runGist runUrl runUrl可以直接下载并启动shiny
上面是shiny团队的稿件 shiny是一个直接用R来制作交互式网页应用 (interactive web applications (apps)) 的R包 一、欢迎使用shiny 如下就是一个简单朴素的...(例如(my_app)),并把app.R存入这个文件夹(通常一个app用一个专属的文件夹)，然后把文件夹的名字作为参数给到runApp library(shiny) runApp("my_app")...runApp和其他R中的许多函数(read.csv, read.table)一样，第一个参数的是从工作目录到app的目录的文件路径，以上代码假设my_app文件夹包含在你的工作路径，因此，只需要输入文件夹的名字...改改代码练习一下 在工作目录创建一个新的文件夹App-1，用上面的代码创建一个app.R,看起来像这样 # 输入命令启动一下看看 runApp("App-1") 终止app并尝试做如下更改 1.把标题从...Shift+Enter) 点击灰色的向下展开小箭头还有更多惊喜哦 一个个点点看 5.回顾一下怎么创建一个app 创建一个以myapp为名的路径（文件夹） 保存app.R到myapp文件夹中 使用runApp
在仪表盘中添加 Shiny，可以利用viewers更改参数，并显示实时结果。...在 flexdashboard 中使用 Shiny 可以将一个静态的 R Markdown 报告变成一个交互式文档。...需要注意的是，交互式文档需要部署到 Shiny 的服务器上，以便广泛共享(而静态 R Markdown 文档是可以附加到电子邮件或从任何标准 web 服务器提供的独立 web 页面)。...这有利于界面在布局更改时，自动调整尺寸大小。...注：文档顶部标记为 global 的 R 代码块在全局环境中都可以被调用。这将为用户带来更好的启动性能，强烈推荐大家使用。
shiny是一个R包，它可以让你很容易地直接基于R语言构建交互式web应用程序。你可以在网页上托管独立的应用程序，或者将它们嵌入R Markdown文档或构建仪表盘。...您还可以使用CSS主题、htmlwidgets和JavaScript动作来扩展您的应用程序。...image 根据自己的喜好，我选择的是Multiple File（ui.R/server.R），主要是给人一种前端和后端分开的感觉，其实app.R也是一样的通过两个函数来分别控制，我起的名字是seuratreport...编写 server.R 以及ui.R 然后就可以开始写我们自己的shiny程序了，先来看一下我的server.R： # # This is the server logic of a Shiny web...其实在降维图那里我的本意是要写一个可以更改每个cluster名称的功能，这个留作课后作业吧·^_^·. 还可以添加函数实现图片下载功能哦~ 部署我们的云平台 故事远没有结束。
如下函数就指定了返回值的名字： func f(a int) (b int) { b = a return } 在这种使用方式中，返回值参数（这里是b）首先会被初始化成返回类型的零值（这里...其次，在return语句中可以不加任何参数，默认会将同名变量b的值返回。 02 何时使用带参数名的返回值 那么，在什么场景下会推荐使用带参数名的返回值呢？...在返回值中有两个float32类型的值，分别是经度和纬度。那么通过接口的签名你能知道返回值中哪个参数是经度，哪个参数是纬度吗？...一般情况下，第一个参数会是纬度，第二个参数会是经度，但最终我们需要通过具体的实现函数来确认。 如果在方法的返回值中加上参数名称，那么通过函数的签名就可以很容易的确认每个返回值的含义了。...因为在指定了参数名的情况下，该参数会被初始化成对应类型的零值，如果不小心就可能会产生副作用。 03 返回值中命名参数的陷阱 在上面的示例中可以看到，在一些场景下，给返回值指定参数名称会提高可读性。
非空值函数LastnonBlank第2参数使用方法 LastnonBlank(,) 参数 描述 column 列名或者具有单列的表，单列表的逻辑判断 expression...表达式，用来对column进行过滤的表达式 第2参数是一个表达式，是对第一参数进行过滤的表达式。...如果我们第二参数只写一个常数，则等同于返回列表的最大值，主要差异表现在汇总合计上。 有2张表，一张是余额表，另外一张是日历表，并做关系链接。 ? ? 我们来看下3种写法，返回的不同结果。...解释：带常数的LastnonBlank度量值，不会显示汇总，因为只返回日期列里的最大值。因为LastnonBlank是根据ACISS大小来返回最后一个，也就是返回ACISS的最大值。...第1个度量，既然知道第2参数是常数，也就是返回最大值，日历筛选的时候，因为汇总的时候是没有指定值的，所以返回为空白。 第2个度量，是在日历表上进行筛选后进行返回最后日期，所以返回的也不带有汇总。
什么是Shiny？ Shiny是R编程语言的库，允许您在本机R中创建交互式Web应用程序，而无需使用HTML，CSS或JavaScript等Web技术。...例如，要使用黑色边框将条形更改为红色： hist(x, breaks = bins, col = 'red', border = 'black') 要在本地测试项目，请单击文本编辑器右上角的“ 运行应用程序...： sudo apt install r-base 添加Shiny Package 使用install.packages()添加有Shiny包： sudo su - \ -c "R -e \"install.packages...directory_index on; } } 您可以编辑Shiny Server将侦听的端口，或更改提供应用程序的站点目录。...更改此文件后，重新启动该shiny-server服务： sudo systemctl restart shiny-server.service 总结 为了使部署的应用程序与本地环境中所做的更改保持同步，
sunburstR可绘制交互式旭日图 使用方法 ##安装包 install.packages("sunburstR") library(sunburstR) 01 add_shiny 添加Shiny事件...shiny是R的Web应用程序框架，使用R构建交互式Web应用程序较容易 1....例一 library(shiny) #读取source中提供的示例visit-sequences.csv示例数据 #只使用前100行来加速包的构建和检查 # https://gist.github.com...默认值是“size” count = TRUE, #避免pre-summed trees的重复计数 sumNodes = FALSE, #是否对非叶节点进行logical求和 colors...使用来自R数据集的颜色列 library(treemap) library(d3r) rhd <- random.hierarchical.data() tm <- treemap( rhd, index
告诉shiny如何在server函数构建对象，该对象会在它的代码构建一个小工具的值的时候反应 第一步：加一个R对象到UI shiny提供了一个函数家族，将R对象转换成在UI中的输出，每个函数创建特定类型的输出...，包含所有用来更新app中R对象的代码，每个R对象在list中要有自己的条目（名字） 在server函数中，可以通过在output定义一个新元素来创建条目，如下，元素名字应该与ui中反应元素使用的参数一致...那应该怎么做呢 通过在构建文本时，让shiny调用小工具的值，从而实现文本反应 看一下代码发现，server函数的第一行有两个参数input和output 已知output是个列表类的对象，储存构建app...当用户改变小工具，shiny会使用新的值重建依赖于那个小工具的所有的输出，重建对象达到更新的目的 这就是如何用shiny创建反应，通过连接input列表中的值到output中的对象。...构建了第一个有灵魂的（能反应的）app 在server中使用render*函数告诉Shiny如何构筑你的对象 在每个render*函数中，用{}抱住R表达式 将render* 表达式的结果保存到output
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