R coin包中的chisq_test问题 - 腾讯云开发者社区

为检验两种处理方式的差异，我们可遵循如下步骤： (1) 与参数方法类似，计算观测数据的t统计量，称为t0； (2) 将10个得分放在一个组中； (3) 随机分配五个得分到A处理中，并分配五个得分到B处理中...12.2 用coin 包做置换检验对于独立性问题，coin包提供了一个进行置换检验的一般性框架。通过该包可以回答如下问题： 响应值与组的分配独立吗？ 两个数值变量独立吗？...12.2.1 独立两样本和K样本检验虚拟数据中的t检验与单因素置换检验: > library(coin) > score<-c(40,57,45,55,58,57,64,55,62,65) >treatment...通过chisq_test()或cmh_test()函数，我们可用置换检验判断两类别型变量的独立性。...> library(coin) > library(vcd) 载入需要的程辑包：grid > Arthritis<-transform(Arthritis, +

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R问题｜如何本地安装R包

简介平常在各种R语言群里，总会遇到关于安装R包的问题，例如：搭载在github上的R包，由于网速（外网）原因而无法下载该怎么办？...这里小编分享下平常逼不得已才使用的“下三滥”方法——直接下载包，通过本地安装。网上好多解决方案都是基于R gui的，但现实中使用Rstudio这个IDE会更多些。...接下来以gmm包在Rstudio下安装为例：教程使用bing搜索该包，找到相应网站[1]。关键词：R包名称+R，或者可以再加上CRAN。 ?...搜索技巧：R包名称+R 找到Downloads板块，下载对应的压缩包这里以mac为例 ?...这个方法对一些有很多依赖包的包可能会很头疼，就怕安装完成，他还说你有其他包没安装，那你只能“将错就错”了！

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ChAMP R包安装中的事故

ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。

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在 R 中估计 GARCH 参数存在问题（基于 rugarch 包）

一年前我写了一篇文章，关于在 R 中估计 GARCH(1, 1) 模型参数时遇到的问题。我记录了参数估计的行为（重点是 β ），以及使用 fGarch 计算这些估计值时发现的病态行为。...RMetrics 套件包（包括 fGarch）由 ETH Zürich 的 Diethelm Würtz 教授维护。他在 2016 年的车祸中丧生。 Dr....with R Examples中），所以我非常感谢这个建议。...我将探讨包支持的不同优化程序。我不会像我在第一篇文章中那样画图，这些图只是为了表明存在的问题及其严重性。相反，我将考察由不同优化程序生成的估计器的特性。...注意估计的参数和标准差？即使对于 1000 的样本大小，估计也与“正确”数字相去甚远，并且基于估计标准差的合理置信区间不包含正确的值。看起来我在上一篇文章中记录的问题并没有消失。

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「R」获取R包中的函数和对象列表

问题你想知道包里有什么。方案在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version

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【R语言在最优化中的应用】lpSolve包解决指派问题和指派问题

lpSolve 包和运输问题运输问题(transportation problem) 属于线性规划问题，可以根据模型按照线性规划的方式求解，但由于其特殊性，用常规的线性规划来求解并不是最有效的方法。...造纸厂到客户之间的单位运价如表所示，确定总运费最少的调运方案。解：总产量等于总销量，都为48 个单位，这是一个产销平衡的运输问题。R代码及运行结果如下: ?...lpSolve 包和指派问题指派问题(assignment problem) 属于0 - 1 整数规划，是一种特殊的整数规划问题。...R中，lpSolve包提供了函数lp.assign() 来求解标准指派问题，其用法如下： lp.assign(cost.mat,direction = "min", presolve = 0, compute.sens...在实际应用中，常会遇到各种非标准形式的指派问题，有时不能直接调用函数，处理方法是将它们化为标准形式(胡运权, 2007)，然后再通过标准方法求解。

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区块链中token和coin的区别

一.token和coin介绍token：我们把通过智能合约产生的加密货币叫做token，也叫代币或者通证，它是一种可流通的数字权益证明coin：一条区块链上的原生加密货币，我们叫做coin这两者的关系，...coin很好解释，就是区块链上的原生加密货币，例如比特币链上的比特币，以太坊链上的ETH而token指的是依据智能合约生成的加密货币，更多的时候作为一种凭证例如一个国家发行的货币，其实就相当于是coin...，而这个国家里面的各种商店的代金券就是token，这里的商店就是运行在区块链上的一个个智能合约，或者去中心化应用DApp 题外话：为什么现在token越来越多？...----二.coin和token的区别coin：挖矿产生，有手续费token：由智能合约产生，具体规则由相应的Dapp制定题外话：现在发行一个token非常简单，几分钟就可以发行，而且token可以重名...题外话：如何识别一个虚拟货币是token还是coin，你就看它是区块链发行的还是Dapp发行的，区块链发行的叫做coin，Dapp发行的叫做token有不懂不明白之处可以在下方留言源码附件已经打包好上传到百度云了

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「R」ggplot2在R包开发中的使用

尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！

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Python中的闭包问题

下面的例子摘自慕课网：闭包-慕课网闭包在函数内部定义的函数和外部定义的函数是一样的，只是他们无法被外部访问： def g(): print 'g()...'...return g 像这种内层函数引用了外层函数的变量（参数也算变量），然后返回内层函数的情况，称为闭包（Closure）。...闭包的特点是返回的函数还引用了外层函数的局部变量，所以，要正确使用闭包，就要确保引用的局部变量在函数返回后不能变。...): def f(i): def g(): return i * i return g r...= f(i) fs.append(r) return fs f1, f2, f3 = count() print f1(), f2(), f3()

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「R」R检验中的“数据是恆量”问题

这是一般做基因差异表达分析在使用t检验或者其他统计检验中常出现的一个问题。...，我们需要解决的就是这个问题。...为什么出现这问题？如果解决？以下是我的回答：数据是恒量是无法做t检验的，因为计算公式分母为0（不懂的看下统计量t的计算公式，一般标准差/标准误为分母，所以恒量是不能算的）。...，如果出问题，返回相应的NA，这样我们可以算完后再检查数据。...9508518/why-are-these-numbers-not-equal https://stackoverflow.com/questions/23093095/t-test-failed-in-r

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Bioconductor 中的 R 包安装教程(续一)

这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...源码方式安装如果想要在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中安装 DiffBind==3.4.0，可以直接通过源码包的方式安装： > packageurl 的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。

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R包的安装

2、作用：实现特定的功能，你需要什么功能，安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机，需要使用微信与人聊天，你就按照微信APP，需要上腾讯视频看电视剧，你就安装腾讯视频APP。...R包，使用 “BiocManager::install()来安装（3）github网站，是R包作者写的，没有经过审核，使用”devtools::install_github...几乎不使用，使用时需要写明R包的作者，就是指明选择谁写的R包。...5、如何实现快速下载如果官网速度慢，请使用镜像网站图片图片官方网站CRAN网站的镜像使用方法1，Bioconductor网站的镜像使用方法2，方法2也适用CRAN 三、安装R包会遇到问题...，要学会解决问题图片以上图片均引用生信技能树数据挖掘课程小洁老师的课件。

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如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源

1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...（如果是自己制作的R包，同理在PACKAGES末尾添加包的描述信息也是可行的，未做验证有兴趣的朋友可以验证下告诉Fayson）。...4.配置R使用私有源 ---- 1.在$R_HOME/ lib64/R/etc目录下增加配置文件Rprofile.site 在Rprofile.site文件中增加如下内容： [root@ip-172-31

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「R」解决R包Check汇报marked UTF-8 strings问题

今天在处理 UCSCXenaShiny 的 R 包 check 时发现报出 Note: found 162 marked UTF-8 strings 这种字符串编码问题（具体 action 报告[1]）...继续搜索发现该问题是出在包中引入的数据对象上，就是我们放在包里的数据存在编码问题。...目前这个我处理的包有 10 个数据集，为了锁定问题源，我采用了 https://github.com/dankelley/oce/issues/1663 提到的策略，即逐步删除 data/ 目录下的文件...了下，是否 tools:::.check_package_datasets() 一直使用的是已经缓存到内存的包？...[3] 使用 stringi 包中的 stringi::stri_enc_toascii() 函数（推荐），配合 stringi::stri_enc_isascii() 使用： a <- "Sympathetic

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R包：ggalign调整和组合多个图形的R包

介绍这个包扩展了ggplot2，提供了用于对齐和组织多个图的高级工具，特别是那些自动重新排序观察结果的工具，比如树形图。...它提供了对布局调整和情节注释的精细控制，使您能够创建复杂的、出版质量的可视化，同时仍然使用熟悉的ggplot2语法。...create complex, publication-quality visualizations while still using the familiar grammar of ggplot2.案例安装R包...install.packages("ggalign")install.packages("ggalign", repos = c("https://yunuuuu.r-universe.dev"..., "https://cloud.r-project.org"))# install.packages("remotes")remotes::install_github("Yunuuuu/ggalign

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R包安装失败居然真的是版本问题

交流群有人询问一个包（oncoPredict）的安装问题，说是R版本问题，需要大于4.1.0。我下意识的认为他应该是有其它错误，但是看大家在群里讨论的热火朝天，我就去试了试。...install.packages : installation of package ‘oncoPredict’ had non-zero exit status 虽然这次仍然是报错了，但是这个很容易解决，仅仅是缺几个依赖包而已...：生信基石之R语言 B站的10个小时教学视频务必看完，参考 GitHub 仓库存放的相关学习路线指导资料：https://github.com/jmzeng1314/R_bilibili ，可以参考一些优秀笔记...www.bio-info-trainee.com/4385.html 可视化专题30题：http://www.bio-info-trainee.com/4387.html 再怎么强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识的打磨都不为过...，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理：《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》把R的知识点路线图搞定

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R 包安装常见问题解决

导读日常中使用R语言进行数据分析，或者画图的读者，相信一定逃不过的一个操作就是安装R包，那么在R包安装过程中，可能会出现一些问题，有时候这些问题并不是R包仓库下载过程中网络和R语言本身的问题，而是系统中缺失一些配置或者编译器...问题 gfortran 最近一位读者，在进行常规的转录组分析时，要在R中进行差异分析，因此需要安装DESeq2这个包，但是在安装过程中出现上面了这种情况，导致包没有安装成功。...R在安装你所需要的包时，可能会需要进行编译，编译的过程中，需要使用一些系统中的编译器和库文件，如果缺失这些文件，就会导致包安装不上，其实R中安装包，出现安装问题，大多都是这个原因（不包括包的版本之间出现冲突的情况...brew install gcc # mac下 gcc 包含了 gfortran # 读者需要将`gfortran`，换为自身缺失的软件，再去R中重新安装包即可。...★因此读者们在安装R包时，如果出现安装不成功的情况，一定要仔细阅读安装过程中打印出来的日志，查看问题的根源，在浏览器中检索，一般都有解决方案。

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问题之书-Rtudio中基础R问题汇总

问题之书一、序二、三、如何认识、组织和提出自己的问题四、Rtudio中基础R问题汇总已经太久没有遇到很基础性的问题，因此很多刚开始学代码时候的问题已经忘了。...因此写这部分并没有那么容易，要拼命回忆可能的常见问题。对于代码问题，你一定要相信的是：一定是自己的问题！代码一定没问题！一定是自己的问题！代码一定没问题！一定是自己的问题！代码一定没问题！...对于函数使用，比如我们要看vegan包diversity这个函数的用法，方法如下： #1.vegan包的函数都可以用?vegan找到。注意所有问号必须是英文的问号。 ?...如果数据是Excel弄好，有时候可能会多出来几行或者几列空的东西。这个在Excel里面是看不出来的。 R中读入文件的时候，read.table()或read.csv()最常用。...路径中有中文虽然Rstudio可以识别中文，大部分时候没有问题，但是还是在一些情况下可能报错，比如开发R包的时候。如果确认是字符的问题，可以试试全英文路径。

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疑难杂症-R中的Rwordseg包安装

一、通过install.packages安装步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。...毕竟我也是因为这个问题苦恼纠结了蛮久过来的，把经验分享给大家，祝大家都愉快安装成功！

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R语言入门之R包的安装

R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。...通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...接下来我将和大家分享R包的具体安装： 1）首先获取下载的R包的名字，比如下载metafor这个R包，可以先在官网（https://www.r-project.org/）上找到这个包，了解一下这个包的详细内容和使用说明...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。...4）关于手动安装R包，也是使用install.packages()函数,但是一般情况下使用较少，这里暂不叙述，如有问题，可以留言提问。

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R in action读书笔记（16）第十二章重抽样与自助法之置换检验

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