开发者社区

文档建议反馈控制台

最新优惠活动

文章/答案/技术大牛

发布

R devtools::install_github("jzsbioinfo/APRD") utils：：download.file中出现错误(url，路径，方法=方法，安静=安静，

mode=mode) : 无法打开URL 'url' 请问你能提供更多的上下文信息吗？这个错误是在什么情况下出现的？

页面内容是否对你有帮助？

有帮助

没帮助

相关·内容

R包安装方式以及Github包安装报错解决

恰好看到了无法在线下载安装GitHub包？其实答案就隐藏在报错里面,正好之前也遇到了相似的报错，然后就整理一下笔记分享给大家叭!

02

什么鬼，你才60秒？

其实就是全局变量utils::download.file() in R 里面，默认它仅仅是给你60秒的时间去下载文件。

01

R语言︱文本挖掘——jiabaR包与分词向量化的simhash算法（与word2vec简单比较）

版权声明：博主原创文章，微信公众号：素质云笔记,转载请注明来源“素质云博客”，谢谢合作！！ https://blog.csdn.net/sinat_26917383/article/details/51068097

03

GENESPACE优雅的绘制基因组共线性图

01

GENESPACE优雅的绘制基因组共线性图

欢迎关注R语言数据分析指南本节来介绍一个用于了解多个基因组的同线性和直系同源模式分析及可视化的R包GENESPACE，软件运行需要依赖其它软件如OrthoFinder、MCScanX等，分析环境配置

02

看起来全部的报错但是R包居然是安装并且成功加载

前面的 install_github 命令，这个时候替换成 install_local 命令即可：

02

scRNA|R版CytoTRACE v2从0开始完成单细胞分化潜能预测

CytoTRACE v2 在2024.03月发表在预印本Mapping single-cell developmental potential in health and disease with interpretable deep learning。V2 使用可解释性的AI算法来预测单细胞RNA测序数据的细胞分化潜能。除了给出从0（分化）到1（全能）的连续发育潜能度量结果外，还根据细胞的发育潜能进行分为6类：具有广泛分化潜能的全能(totipotent)和多能(pluripotent)干细胞，到能够产生不同数量的下游细胞类型的谱系限制性多能细胞（lineage-restricted oligopotent），多能(multipotent)和单能(unipotent)细胞，再到最终的分化（differentiated）细胞。

01

整理了一些自己可能会用到的R包

rPlotter 非常方便的在图片中抽提颜色 #devEMF Rstudio不能够直接输出emf格式图片，借助devEMF包可以实现简单用法 library(devEMF) emf("bar.emf") plot(1,1) dev.off() 或者借助savePlot()函数在原生的Rgui中运行 library(ggplot2) ggplot()+geom_point(aes(x=1,y=1)) savePlot(filename="practice",type="emf")#文件名不用添加后缀 S

02

单细胞分析十八般武艺8：Garnett

单细胞初级8讲和高级分析8讲单细胞分析十八般武艺1：harmony 单细胞分析十八般武艺2：LIGER 单细胞分析十八般武艺3：fastMNN 单细胞分析十八般武艺4：velocyto 单细胞分析十八般武艺5：monocle3 单细胞分析十八般武艺6：NicheNet 单细胞分析十八般武艺7：CellChat

02

irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架

许多Functional Class Scoring (FCS)方法，如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision, VAM, gficf, pagoda2和Sargent，都会受数据集组成的影响，数据集组成的轻微变化将改变细胞的基因集富集分数。

01

KEGG数据库倒闭了吗

然后就找我，以为是我们的标准代码有问题，实际上我的 run_kegg 函数仅仅是包装了 Y叔的 clusterProfiler包而已，实际上里面没有啥玄机，如下所示：

03

R 语言 download.file 的几点知识

R 语言中，不管是安装包，还是下载数据，很多时候都会用到download.file这个函数。如果你在安装包或者下载数据过程中出现中断，或者异常，想要判断是远程源服务器的问题，还是自身服务器的问题，还是网络故障，甚至于你想要换一种方法去继续你的下载，了解一下download.file还是很有帮助的。

01

端到端的单细胞管道SCP-安装

SCP的完整安装分为两个部分，一个是R包安装，另一个是内部的python环境构建。

02

enrichplot的作者来介绍新功能啦，您不来看看吗？

enrichplot是一个非常受欢迎的R包，在官网上每年均有数万次独立IP下载。Bioconductor上共有1905个R包，enrichplot下载量排第45位。它不仅可以对我们本实验室开发的clusterProfiler、DOSE、ReactomePA和meshes等R包的结果进行展示，也有不少R包使用enrichplot进行可视化展示，如：gprofiler2。之前已经有师妹发布了一篇关于使用enrichplot可视化的文章，写的文笔很好，内容讲解也挺细致。enrichplot一直在开发中，会不断有新的功能出现。这次小编便以开发者的身份对它的新功能以及部分隐藏功能做个介绍。

04

Seurat Weekly NO.13 || 依赖关系与维护

遇到报错第一步肯定是先去浏览器查询啦。方法是：复制Error:后面的信息，黏贴到浏览器（必应或者Google），按搜索按钮就可以了。相信我，你并不孤独。果然有很多人遇到这个问题了，而且已经给出了解决方案，并在Seurat问答池中形成讨论：

01

【孟德尔随机化】代码分享：用循环代替大海捞针

这里我用了一篇文章的补充材料提供的暴露作为示例Phenome-wide Mendelian randomisation analysis of 378,142 cases reveals risk factors for eight common cancers | Nature Communications

01

求解答：为什么在r-stdio,cran安装R包总出错？

打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…”

02

同样的GitHub包你就下载失败

真的是如丝滑般顺利啊，首先，安装GitHub在线包，需要devtools包或者remotes里面的install_github函数：

06

microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram「建议收藏」

平日经常会分析shotgun宏基因组的数据，我们的pipeline使用MetaPhlAn，Kraken等profiler。这种数据经常会产生一个表格，如下

01

单细胞学习小组003期 Day6

The content of today is marker gene and and cell annotation.

01

ShinyCell：随手画出细胞比例图，不会单细胞分析的小白也可以做可视化分析

鉴于有些读者对单细胞分析还不是很熟练，但是又想要看单细胞数据里某个基因的表达，或者某种细胞的分组比例，或者画umap图、画小提琴图....

01

左手用R右手Python系列——循环中的错误异常规避

上一讲讲了R语言与Pyhton中的异常捕获与错误处理基本知识，今天以一个小案例来进行实战演练，让你的程序遇水搭桥，畅通无阻。本案例目标网址，今日头条的头条指数行业报告，全都是pdf格式的，需要先抓包获取PDF文件地址，之后我会随机抽取其中5个地址（因为PDF下载要看网速的，特别慢），然后将其中两个地址设置为不存在地址。这种错误非常常见，当然实际应用中错误类型多种多样，需要你仔细甄别，但解决的基本思路都是这样的。当遇到一个错误地址导致程序遇阻时，使用异常函数先捕获错误异常，然后使用next命令进行绕过即可

06

样式更多！R语言绘制UpSet图，真的很简单...

上一篇推文，我们介绍了upset图的原理及Python语言绘制方法(UpSetPlot-让你使用Python轻松绘制upset图~~),有同学就问R语言绘制upset图的方法和一些工具，这篇推文就給大家简单介绍一下：

01

velocyto-scRNAseq速率的计算

介绍：https://www.jianshu.com/p/63071b368be5 安装：注意：velocyto 需要 python 版本>=3.6.0

01

R语言︱文本挖掘——词云wordcloud2包

版权声明：博主原创文章，微信公众号：素质云笔记,转载请注明来源“素质云博客”，谢谢合作！！ https://blog.csdn.net/sinat_26917383/article/details/51620019

02

R语言包的安装

r语言的包中，集成了众多函数，大大扩展了r的功能且降低了使用难度。本篇文章就来介绍r语言中包的两种安装方式：install.packages和从github安装包。

02

「R」安装和使用 R 包

如果你正在使用支持 R 的图形界面软件，应该存在通过菜单栏方式安装 R 包的选项（例如，常用的 Rstudio 中，可以点击菜单栏 Tools 中的 Install Packages… 进行 R 包的安装）。这里主要介绍如何用命令行来安装 R 包，如下所示：

03

为什么要用conda来安装一个R包

比如最近有小伙伴问到了popsicleR这个包，它还在GitHub上面，官网是：https://github.com/bicciatolab/popsicleR

02

用Seurat做RNA Velocity

If you don't have velocyto's example mouse bone marrow dataset, download with the CURL command curl::curl_download(url = 'http://pklab.med.harvard.edu/velocyto/mouseBM/SCG71.loom', destfile = '~/Downloads/SCG71.loom')

04

八、R包安装、加载、报错

（1）CRAN网站 install.packages()

06

[书籍翻译系列]数据处理必备—R安装

Comprehensive R Archive Network CRAN是R包的最大集合。除了成功构建和安装之外，上传软件包的要求很少，因此文档和支持文件通常都很少，并且弄清楚如何使用这些软件包本身就是一个挑战。CRAN是R将搜索以查找要安装的软件包的默认存储库：

02

安装GitHub的R包困难解决方案

比如安装GitHub的R包，因为并不是所有的R包都会被正式的发布在CRAN或者bioconductor，所以对于简简单单分享在GitHub的R包一般我们搜索到如下代码：

02

R用户的福音︱TensorFlow：TensorFlow的R接口

————————————————————————————————————————————————————————————

04

我写了一个R包，简化芯片的差异分析

近期由于工作需要，有大批的芯片数据等着我分析。我想着简化一下代码，一步到位出来差异分析结果。配合练习写R包，今天算是搞定了大头，分享一下给有缘人使用~

02

爬虫的10种思路

我简单看了看页面（https://bis.zju.edu.cn/binfo/textbook/）上面的对应的各个章节的ppt路径，很清晰：

03

04. R studio/R 工具指南（三：R包安装与使用常见问题）

mean(), list(), sample()，这些function 都来自于某package中。这些函数以及它们的package 都作为基础的包默认安装在了R中。（安装R 就会默认安装它们）

05

2023.4生信马拉松day4-函数与R包

默认参数是函数作者预先设置的，使用函数时不是所有参数都需要使用者指定，没指定的都使用默认值；

生信入门马拉松之R语言基础-函数和R包(day 4)

生物R包网站Bioconductor-安装方式BiocManager::install("包名")

01

Windows电脑使用Rstudio会有多少错误呢

如果压根就下载不了，可能是网络的问题，或者是下载设置的问题，包括http和https的区别，下载协议的区别。

03

R文本挖掘 | 如何在用户词库中添加搜狗词典？

亲爱的小伙伴们！阔别大家将近10天，是不是等得有些着急了呢？本期大猫课堂将继续《R文本挖掘》系列，上节课中已经教大家如何用jiebaR分词包进行分词，本期将教大家一个更加进阶的分词功能：把搜狗专业词库添加进自己的用户自定义词典中。

04

R速成-统计分析与科研数据分析快速上手1

1.The following objects are masked from package: ...

01

终于赶走那些恼人的警告了

程序员的3个美德，其中之一就是懒惰，凡是不影响大局的代码警告我都懒得去解决，比如每次启动R语言都会有：

03

R包来源及安装

说实话，自从之前好好学习了一下入门的R以后，一直没有用过R，很多东西都忘了，还是需要靠做笔记方便日后查阅。本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。

02

点击此文，无需转发，即可下载上千个免费R包

写在前面：谨以此文献给那些“奋斗”在转发送别人资源，为了博人眼球，而践踏别人的辛勤的劳动成果的公众号们。当然了，R包本来就是免费的，你只是不会下载而已，所以重新发下这篇优秀的文章，教大家如何解决R包安装问题。如果你使用了别人的R包，一定要在写文章的时候引用，尊重别人的劳动。刚开始学习R语言的时候我们经常会遇到各种包安装错误，比如 package ‘airway’ is not available(for R version 3.1.0)等等，这篇文章我们就来系统性地整理一些新手可能遇到的问题以及解决

08

Monocel3简介以及安装

Monocel3是单细胞分析领域一个重要的R 包，它是之前 Monocel和 Monocel2的升级版本，之前的 Monocel2 主要用于单细胞拟时分析。而新版本的 Monocel3 在原有基础上，还可以进行聚类，单细胞亚型分类，细胞注释，拟时分析，基因表达等分析。包含了 Seurat+SingleR 的功能，可以说一个 R 包可以完成单细胞数据分析绝大部分的功能。使用同一个 R 包分析起来更加方便。

02

金融科技：建模工作环境

我基于公司申请的Ubuntu20.10系统的服务器搭建过可供多人使用Jupyter Hub建模平台，支持Python工作、R工作和Linux工作三种方式，同时，也可以做账户管理、权限管理、共享管理等。我也基于自己的本地机器，在Win系统上面搭建建模工作环境，支持Python工作和R工作。顺便说一下，我在金融科技行业做数据科学工作，Python语言和R语言，我都会使用。我从不做语言的好坏选择，只看语言是否有利于我解决问题。

01

评估肿瘤纯度的方法（三）: 基于拷贝数变异 ABSOLUTE和DoAbsolute

我们在对肿瘤样本进行研究的时候，为了保证研究质量，通常会选择肿瘤纯度高的样本，那么一般在分析前这样就需要评估样本纯度，接下来我们会介绍一些评估样本纯度的方法。

04

生信马拉松 Day4

function()是创造函数的函数，括号里是形式参数，有默认值就写上，例如这里的m=2

00

这个包绝对值得你用心体验一次！

这一段时间在研究R里面的数据抓取相关包，时不时的能发掘出一些惊喜。比如今天，我找到了一个自带请求器的解析包，而且还是嵌入的pantomjs无头浏览器，这样就不用你再傻乎乎的再去装个selenium驱

06

扫码

添加站长进交流群

领取专属 10元无门槛券

手把手带您无忧上云

扫码加入开发者社群

相关资讯

热门标签

活动推荐

运营活动

活动名称

广告关闭