遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...geom_tree(aes(color=group))+ geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 这样就把图例去掉了...自定义颜色 colors<-c("#3cb346","#00abf0","#d75427","#2e409a") ggtree(tree_1)+ geom_tree(aes(color=group...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python
今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。 本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...如果我们要改变图例顺序，按下面的操作，将color变成1，然后fill使用默认排序： # And we can reverse the order p + guides( color = guide_colorbar
目 正文 自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。 此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...另外，请访问非常强大的ggplot2文档以获取更多信息。...我们从mtcars数据集和默认图例开始： library(ggplot2) basic=ggplot(mtcars, aes(wt, mpg, colour = factor(cyl), shape =...image.png 修改图例位置 要删除图例，请在theme（）中使用legend.position =“none”。 要更改其位置，但在图表外使用bottom，left，right或top。...一些自定义图例的测试 # 图例被红框包裹 basic + theme( legend.box.background = element_rect(color="red", size=2),
常规气泡图的图例 示例数据就直接用内置的鸢尾花的数据集了 library(ggplot2) colnames(iris) ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width...image.png 这里还可以看到图例是带灰色背景的，如果想要去掉怎么办呢？...image.png 添加圆形的分组边界 用到的是ggforce这个包里的geom_circle()函数 library(ggplot2) library(ggforce) colnames(iris)...="black", fill = "transparent"))+ geom_circle(aes(x0=5,y0=3.5,r=...alpha=0.2, color="red")+ xlim(2,8)+ ylim(2,8)+ geom_circle(aes(x0=7,y0=3,r=
20220627/ExtendedFig2.xlsx", sheet = "leg") 第一个小图a library(latex2exp) library(ggplot2...coord_cartesian(ylim = c(0,0.5)) + scale_fill_manual(values = as.character(eqtls$cls)) im1 image.png 这里新接触到一个R包...coord_cartesian(ylim = c(0,0.25)) + scale_fill_manual(values = as.character(eqtls$cls)) im2 image.png 贡献的图例...guide_legend(ncol = 1)) im3 library(ggpubr) pm3 <- as_ggplot(get_legend(im3)) pm3 image.png 这里新接触到一个知识点是 ggplot2...作图的图例可以单独提取出来然后和其他图去拼图 最后是拼图 p <- ggarrange(ggarrange(im1, im2, nrow = 2, labels
结果也可以看出：虽然设置了alpha ,但也会根据 “重复“绘制，导致线的粗细不同，再者，散点(scatter)与 线(vlines) 的连接也不能满足绘图需求。...(3) 散点图颜色设置及图例添加 散点图的颜色设置，我们采用字典方法，详细可以查看我之前的推文(推文连接)，具体代码如下： ? 涉及列表表达式和字典的构建，不熟悉的可以自行百度啊，结果如下： ?...还是那句话，列表和字典的灵活应用，可以使数据处理的效率加倍！！ 图例添加还是和之前推文教程一样(Hans Rosling Charts Matplotlib 绘制)，如下(部分)： ?...部分解释如下： ① 第 6 行，在 plt.subplots()中设置了fig背景颜色facecolor和边框颜色edgecolor。 ② 第 12- 16 行， 绘制散点图多类别图例。...⑥ 第 47 – 51 行，为具体的图例属性设置，包括图例标题、字体颜色、大小、图例填充颜色以及图例的位置微调等。 ⑦ 第 65 行 去除axis 包括网格线、刻度等属性。
（1）设置死因(case)对应的颜色(字典的灵活应用) 代码： ? 结果如下： ?...（3）构建图例数据 这里用到pandas 的DataFrame()构建，如下： ? 03....至于文本颜色的设置，还是采用字典的依次取值，大家有什么不懂得地方可以看下我之前的推文Bar Chart Race Matplotlib制作，或者直接联系我 ? 。...（5）图例文本的绘制 用于文本图例的绘制方法，即上面介绍的死因(cause)新数据集，绘制如下： ? 效果如下： ?...也已添加到电脑系统字体中 ，但在引言时还是不起作用 ，最终通过如下方法解决： from matplotlib.font_manager import FontProperties font_file = r"E
Date : [[2022-01-06_Thu]] Tags : #R/index/02 #R/R可视化 #R/R数据科学 #其他/答粉丝问题 前言 感觉ggplot 绘图中的图例/legend，完全可以作为一个单独的内容讲很久...guides 函数的color 属性专门设置图例颜色标记，比如标记大小： ggplot(chic, aes(x = date, y = temp, color = season)) + geom_point...除非在aes 中指定变量，否则颜色并不会创建图例，但我们可以借助scale_color_discrete ： ggplot(chic, aes(x = date, y = o3)) + geom_line...比如我同时设置了图例的color 与fill 元素，制造图标具有背景的效果： 然而图例显示也加了一层外框： 如何去掉这个外框呢？...搜了一圈，发现参数：key_glyph 比如：key_glyph = draw_key_rect，就只会画出图例的背景颜色。新问题来了。那么该如何解决tile 图的内部线段呢？
最初的想法是左侧的颜色条用堆积柱形图来实现，又看了一遍Y叔公众号关于aplot这个包的推文，发现他是用geom_tile()函数实现的，仔细想想还是geom_tile()函数实现起来比较方便。...首先解决昨天的遗留问题：ggplot2画图添加文字内容的时候如何添加下划线 非常感谢下面这位的留言 文本添加下划线的小例子 df<-data.frame(A=1:10, B...expression(paste(italic("ABC"),"123"))) 下面进入今天推文的正式内容 首先是准备热图的数据 如何画这个热图昨天的推文已经介绍过了，点击下方蓝色字可以直达昨天的推文 R语言...ggplot2画带有空白格的热图简单小例子 接下来是准备分组颜色条的数据 下面是画这个颜色条 df2<-read.csv("example_data/ggplot2_heatmap_color_bar.csv...scale_fill_manual(values = c("green","blue","red")) p1%>% insert_left(p2,width = 0.05) 这里遇到一个问题是如何将右侧的图例放大左上角去
image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...image.png 正常做一个柱形图 library(ggplot2) ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x)) ?...image.png 拉大图例与主图的距离 使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 还有另外两个知识点是调节图例的标题和图例的距离以及图例的文本和图例的距离 分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数 ggplot(data=...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
接下来一步算是比较重要的数据处理过程了，即将groupby操作后的结果转成字典，然后再根据字典结果对生成新数据。...颜色字典构建： color = ("#486090", "#D7BFA6", "#6078A8", "#9CCCCC", "#7890A8", "#C7B0C1", "#B5C9C9...设置填充颜色，boxstyle 设置边框的类型。...（4）第64-76行 对散点图图例的定制化设置。...ggplot2的可视化绘制图文后期也会跟上的，希望大家能够喜欢。能力有限，有错误或者不理解的地方可以后台交流或加入 DataCharm交流群进行讨论。
patchwork是基于ggplot2的拼图包，因为ggplot2本身没有强大的拼图语法，而一般使用的gridExtra与cowplot的拼ggplot2图形都存在不少问题。...我关注这个包蛮久了，现在Github上的Star数已经远超大部分的R包，但似乎还没有发布到CRAN。我的工作看似跟作图相关，写的博文大多数也如此，但实际对图形的掌控力并不咋的，所以还是要多多学习。...下面进入正题，掌握好ggplot2与patchwork的基本用法，一般的图形都可以搞定了，并必要搞的很复杂。解决问题是关键，认真工作也是关键，画图看起来是，其实不是。...我们不用创建对象，也可以像ggplot2本身使用一样相加。...现在p1+p2与p3在同一嵌套层。 |与/操作符可以用来水平和垂直布局。
本节来介绍ggplot2绘制中图例设置方面的问题，通过一个热图的案例进行阐述。整个过程仅参考，希望对各位观众老爷能有所帮助。...ggplot2中的图例体系 ❝在ggplot2中针对图例的自定义设置可通过guide与guides函数来完成，二者虽只有一字之差具体参数上也基本一致，但是使用时却也有些许不同。...这时就可使用「guide_colorsteps」函数来实现，该函数可将区域显示为单一恒定颜色，而不是从颜色条对应项中已知的渐变。...下面就通过此函数来自定义设置图例 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(MetBrewer) df % drop_na...guide_colorsteps(title.position = "top", show.limits = TRUE), # 显示了数据的最小值和最大值 color="none") # 剔除颜色图例
#所需的包 library(reshape2) #数据处理相关 library(ggplot2) # 绘图相关 library(grDevices) #绘图颜色相关 library(RColorBrewer...改变x轴题目(axis.title,大小为15，字体形式为常规体face="plain"，颜色黑色)，x轴文字(axis.text),图例标题(legend.title)图例文字,(legend.text...添加等高线的具体数值 在上面的图基础上，利用directlabels包的direct.label()添加等高线的具体数值，从而不需要颜色映射的图例，同一轮廓上的数值相同。...本篇视为《R语言数据可视化之美》学习笔记，并进行函数详细介绍与解释，其他可视化图可参考在菜单命令中搜索得到。对应代码与相关数据，请在我的github中获取（文末原文）。...Plots within {ggplot2} to Visualize Relationships between Three Variables: https://www.r-bloggers.com
（2）构建地区颜色字典 使用python字典给‘regison’进行颜色赋值，这里‘regison’分为4种，构建颜色字典如下： ?...结果如下：(字典的构建可以在绘图过程中省去很多麻烦的步骤，如类别颜色赋值，感兴趣的同学可以多加练习) ? （3）构建地区与国家对应字典 ?...使用Series的to_dict()方法构建字典，结果如下（部分）： ? 可以看出 地区（region) 与 国家(name) 之间已构建出字典形式。...上述两个字典的构建在本推文颜色赋值中非常重要，字典和列表等灵活应用，可以使平时的数据处理过程变得更加简单和高效。 （4）给barh及对应的文本赋颜色 操作如下： ?...’,将选择出的region名再在字典colors_region选择对应的颜色值。
MOESM8 没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图 今天的推文重复一下论文中的Figure1c image.png 今天主要的知识点是多个图例的时候如何分开放...，目前想到的办法是使用ggpubr这个R包把图例单独挑出来，然后使用annotation_custom()函数再把图例加回去。...variants,name) %>% summarise(mean_value=mean(value)) %>% ungroup() -> new.data 最基本的图 library(ggplot2...breaks = c(0.4,0.6,0.8,1.0), expand = expansion(mult = c(0.1,0))) image.png 图例位置...b6e0f0", "SV"="#ea6743"), name="")+ labs(y=TeX(r"
2019 14 ID002 2020 19 ID003 2018 14 ID003 2019 15 ID003 2020 16 「tidyverse」系列包，喜欢长数据，无论是清洗数据，还是汇总统计，还是ggplot2...怎么转化为长数据 我知道三种方法： reshape2的melt函数，现在还知道这个包的人，R龄应该在5年以上了，反正我一直都用，很好用，但是被作者嫌弃了，现在被很多人嫌弃了…… data.table的metlt...作图怎么搞 之前我使用ggplot2作图时，想做什么图，就在网上copy代码，然后根据自己的数据名称，修改代码，然后运行代码。...当我知道了ggplot2用长数据之后，又是另一种理解： library(ggplot2) re %>% ggplot(....我看了ggplot2的入门，画图分为三个部分： 数据在哪里：re是数据 x轴，y轴在哪里：x轴是Year，y轴是Height 画什么类型的图：这里是箱线图，所以是geom_boxplot 「如果是画分组散点图
R语言中的ggplot2是最美的绘图包之一。但调整主题的细节需要写大量代码，而且还要反复修改、预览，很是费时费力。...ggThemeAssist横空出世，它依赖shiny (>= 0.13), miniUI (>= 0.1.1), rstudioapi (>= 0.5), ggplot2和formatR，可以对ggplot2...Type、宽度Size和颜色Colour 标题与标签 Title and label ?...－vertical 图例标题属性 Legend Title Family：字体家族 Face: 字体样式 Size：字体大小，可调8-10，个人喜欢和坐标轴同样大小，有人喜欢大点 Colour：颜色 图例文字属性...Legend Text 同上 图例背景属性 Legend Background 括填充色Fill，外边框类型Type、线宽Size和颜色Colour 图例核心属性 Legend Keys 即图例中颜色图状的属性
学习了ggplot2的基本绘图元素ggplot2|详解八大基本绘图要素，可以初步绘制出需要展示的图形，legend可以对图例进行细节的修改ggplot2 |legend参数设置，图形精雕细琢，那theme...theme是解决图是否美观的一个工具，其与scale最大的区别在于不受数据左右。先把scale做好，就是一张合格的图；再处理theme，则是一张出色的图。...载入数据，R包 library(ggplot2) #载入数据 data(diamonds) set.seed(1234) diamond <- diamonds[sample(nrow(diamonds...可以看到上图的标题，轴标签和图例已经默认设置好了，是否可以个性化修改呢？当然可以！！！ R控制台输入?...删除图例和更改图例位置 图例是主题的一个方面，因此可以使用theme()功能进行修改。
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