相关教程----R语言之生信（11）五分钟学会用R语言构建ceRNA网络 一般做分子或者基因蛋白等的调节网络，不可避免的需要绘制调节网络，如下图所示： ?...之前，我一般都是首选cytoscape软件，将数据导入cytoscape以后，就可以绘图。...但是cytoscap的缺点是：第一个cytoscape软件下载和运行占用空间比较大，第二个需要手动调节每一个节点，或者批量调节节点，比较费时费力。所以我比较希望一个能够自动帮我绘图且省时省力的软件。...因此我们可以使用R语言绘制如下的图片： ? ? 第一种方法
R语言长用的4个绘图系统：base，grid，lattice，ggplot2 base系统有以下几个特点 ? grid系统有以下几个特点 ? lattice系统有以下几个特点 ?...一般的绘图，base+ggplot2就已经够用了，所以，我们的课程就是以这2个系统进行绘图教学。 低水平绘图函数 ? 高水平绘图函数 ? 常用的绘图参数 ?
•shinyalert https://github.com/daattali/shinyalert - 轻松创建漂亮的弹出消息。 ?...•shinypop https://github.com/dreamRs/shinypop - 包含了多种样式的消息提示。 ? ? ? ?...•kableExtra https://github.com/haozhu233/kableExtra - 用 knitr::kable() 创建复杂的表格。 ? ?...•esquisse https://github.com/dreamRs/esquisse - 用拖拽的方式实现 ggplot2 绘图。 ?...图片/音频/视频 •shinysense https://github.com/nstrayer/shinysense - 包含一系列模块以帮助 Shiny 感知周围的世界（绘图，刷卡，用摄像头记录图像
Date : [[2021-12-19_Sun]] Tags : #R/index/02 #R/R可视化 #R/R数据科学 #R/R包 参考： R 绘图 – 中文支持 | 菜鸟教程 (runoob.com...此外，对ggplot 中的字体进行一些设置，但这个family 特有限的，比如Times, Arial 这些比较标准的字体： ggplot(chic, aes(x = date, y = temp, color...打卡了一个新世界的钥匙： library(showtext) font_add_google("Playfair Display", ## name of Google font...wqy-microhei" "source-han-serif-cn" font_add("source-han-serif-cn") showtext_auto() 如果无法直接下载，可以先查看自己的字体的目录...绘图 – 中文支持 | 菜鸟教程 (runoob.com): https://www.runoob.com/r/r-charts-cn.html [2]yixuan/showtext: Using Fonts
发布地址： https://yanshenli.shinyapps.io/shinydemo/ （shinyapp.io打开比较慢） 参考资料 《Mastering Shiny》 https://mastering-shiny.org...pwd=cnxr 提取码：cnxr 使用方法：下载代码包，修改“shiny.R”中的工作路径，正常就可以直接运行了。...（有疑问欢迎交流，仅限周六日） shinyapp.R library(shiny) library(ggplot2) setwd("C:\\Users\\ysl\\Desktop\\shinydemo"...) load("global.R") load("ui.R") load("server.R") shinyApp(ui, server) global.R data = iris ui.R ui...Input the Title", value = "GGPLOT2") ) ), # supanel panels navbarMenu("subpanels(空)
我们生信技能树已经有多位大神发表了自己的网页工具，其中基于R语言的shiny框架是比较适合初学者的，而且手把手的教程不少： 把你的shiny网页工具部署在云服务器 手把手教你使用shiny创建一个网页工具...但是R语言的shiny框架能让你在起步的时候突破网页工具的开发技术限制，简单的几句R代码，一个活灵活现的网页工具就出现在你眼前。...和output 保持正确的要点 渲染和输出 session的解释 ID的用法 根据数据更新UI 表格-方案选择 表格-renderTable 表格-kableExtra 表格-DT 绘图-基本图形 绘图...-ggplot2 绘图-交互图plotly 绘图-交互图echarts 用户上传数据 用户下载数据-图表 用户下载数据-程序产生的文件 网页表格收集数据 调试-控制台 调试-shinyjs-runcodeUI...R包，它允许用户创建交互式的Shiny APP来 可视化单细胞数据:https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btab209 ?
参考： easylabel (r-project.org)[1] 前言 先前我介绍过ggrepel 这个包：[[67-R可视化11-用ggrepel更加美观的添加标记（火山图的实现）]] 其实现的文本标记更加美观...基于shiny 的easylabel 包或许是你的选择。 这里我以火山图为例。...geom_hline 操作； 接下来我们就可以在shiny 中交互添加了： 在shiny 界面，你还可以对标签的位置进行个性化设置： 此外，除了在图上标记，还有一个非常有意思的筛选框，你可以通过输入基因名的方式标记...个人觉得，如果这个包可以直接给出绘图代码就好了，或者直接操作ggplot 对象，毕竟我对这种封装的美观体验，还是有要求的，你怎么知道你的绘图代码就能让我满意呢？...不过话说回来，这个包的一些绘图细节，比如火山图，还蛮值得学习的： 比如这个的小操作，还是蛮对我胃口的： 参考资料 [1]easylabel (r-project.org): https://cran.r-project.org
在 flexdashboard 中使用 Shiny 可以将一个静态的 R Markdown 报告变成一个交互式文档。...需要注意的是，交互式文档需要部署到 Shiny 的服务器上，以便广泛共享(而静态 R Markdown 文档是可以附加到电子邮件或从任何标准 web 服务器提供的独立 web 页面)。...注意， shinydashboard 包提供了用 Shiny 创建仪表盘的另一种方法。...当代码中包含绘图函数时（例如：hist()），得将它们封装在 renderPlot() 中。这有利于界面在布局更改时，自动调整尺寸大小。...注：文档顶部标记为 global 的 R 代码块在全局环境中都可以被调用。这将为用户带来更好的启动性能，强烈推荐大家使用。
在本系列「R语言从入门到精通」前面的所有章节中，科研猫带领大家熟悉了R语言中的数据分析和绘图技巧。相信这些已经足够让大家在平时的学习工作中游刃有余吧。...大家需要拿到后台代码才能在本地运行本例，没有安装shiny包的同学需要先安装并载入shiny包 代码文件保存在文件夹kmeans下的app.R中，在R中运行（*此时R中的路径应在app.R的上一级，即和文件夹...（上图可以通过运行得到） > runApp(“app1”, display.mode = “showcase”) 先从ui部分开始，shiny app中一般用函数fluidPage()生成页面，页面中的元素都包含在函数...图7，server function中相对应的生成R obiect的常用函数。 ? 例4 这里app4是一个不错的例子，它将两个control widgets的参数用文本的形式返回在ui上。...了解了参数在ui和server function两端的传递过程之后，我们就可以按照R语言一般的原理将数据和参数传递给绘图函数，然后将图形显示在ui上了。
小站的由来 最近，和同事一起做了个绘图小站，刚刚起步，虽然只有两个图的画图功能，可能还存在bug，欢迎试用反馈呀！本着先上线，小步迭代的思想，决定把这个小站公布下，希望能坚持做下去。...建站的方法比较简单，之前已经搭建好的lamp，外加上shiny server，使用shiny解决的啦，基于基本没有前端基础，审美也一般情况，于是就采用了一个还算美观的模块，把shiny App嵌入其中实现的...估计小站没有什么流量，就用了自己搭建博客的小站，性能一般，画图应该几秒可以出来的，不过网页加载有点慢，请轻拍砖。如果有更多个性化绘图需求，请联系我们。...https://shiny.zd200572.com/plots/ 带有显著标记的免费在线科研绘图小站[1] github加速 最近有同学在后台联系我，一个github文件下载的难题，我觉得应该分享上一两个方法...一个是GitClone - GitHub缓存加速网站[2]，用起来速度还可以的，有时上M 使用方法: 方法一（替换URL） git clone https://gitclone.com/github.com
关于Shiny app开发 是否要选择使用Shiny开发数据库/网页工具 我自己只会用Shiny，看到其他人用更“高端”的工具开发数据库也会着实羡慕一下。尤其是UI，简直太好看了。...个人理解Shiny的确有一些缺陷，比如网页设计不够灵活、有些功能无法实现、时间长了会掉线等等，我也注意到目前有很多新的R包被开发出来用于解决这些问题。整体来看应该会越来越好。...抛开这些不足，Shiny可能是最容易上手的工具且跟R语言无缝连接 (只是说“可能”，因为其他工具我也不了解)，再多花些时间学习一下也能做出很专业漂亮的页面。...另外有很多针对advanced Shiny app开发的R包可以直接拿来学习和使用。...表格-DT 绘图-基本图形 绘图-ggplot2 绘图-交互图plotly 绘图-交互图echarts 用户上传数据 用户下载数据-图表 用户下载数据-程序产生的文件 网页表格收集数据 调试-控制台
详见统计之都的一篇介绍 randomForest：提供了用随机森林做回归和分类的函数 ranger：用于随机森林算法的快速实现 h2o：H2O是0xdata的旗舰产品，是一款核心数据分析平台。...它的一部分是由R语言编写的，另一部分是由Java和Python语言编写的。用户可以部署H2O的R程序安装包，之后就可以在R语言环境下运行了。 ROCR：通过绘图来可视化分类器的综合性能。...自动化分析 以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品： shiny：一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...shinyjs：用于在Shiny应用程序中执行常见的JavaScript操作 miniUI：提供了一个UI小部件，用于在R命令行中集成交互式应用程序 shinyapps.io：为创建的Shiny应用程序提供托管服务...：提供了一个执行非负矩阵分解的算法和框架 crayon：用于在输出终端添加颜色 RJSONIO：rjson是一个R语言与json进行转的包，是一个非常简单的包，支持用 C类库转型和R语言本身转型两种方式
详见统计之都的一篇介绍 randomForest：提供了用随机森林做回归和分类的函数 ranger：用于随机森林算法的快速实现 h2o：H2O是0xdata的旗舰产品，是一款核心数据分析平台。...它的一部分是由R语言编写的，另一部分是由Java和Python语言编写的。用户可以部署H2O的R程序安装包，之后就可以在R语言环境下运行了。 ROCR：通过绘图来可视化分类器的综合性能。...自动化分析 以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品： shiny：一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...shinyjs：用于在Shiny应用程序中执行常见的JavaScript操作 miniUI：提供了一个UI小部件，用于在R命令行中集成交互式应用程序 shinyapps.io：为创建的Shiny应用程序提供托管服务...crayon：用于在输出终端添加颜色 RJSONIO：rjson是一个R语言与json进行转的包，是一个非常简单的包，支持用 C类库转型和R语言本身转型两种方式。
说在前面 此前我们已经推送了不少深入解读的文章，今天希望做一点新的尝试——介绍 R 语言绘图。...什么是 R 语言？R 语言，一种自由软件编程语言与操作环境，主要用于统计分析、绘图、数据挖掘。...参数中比较重要的参数是： x, 需要绘图的矩阵 Rowv 决定“行系统树图”是否以及如何被计算和重新排序，其默认值为空； Colv 决定“列系统树图”是否或如何被从排序。...（shiny 是 RStudio 开发的一款用于构建交互式网页 app 的 R 包，shiny 的构建有点复杂，这里暂且略过，因此只讲解 d3heatmap） 按照惯例，我们还是试一试下面的代码： 你会得到以下这幅图...用simplot进行相似性分析 九、Lattice包里面的levelplot 函数 Lattice 包是基于 grid 创建的，有自己独特的绘图风格。
shiny 学习3 概述 正文 使用R脚本和带入数据 数据集：counties.rds是美国每个县的人口统计数据集，由UScensus2010 收集。...rds文件，需要在之前介绍的app文件夹中建立data文件，然后将数据集移动到data中 脚本：help.R: https://shiny.rstudio.com/tutorial/written-tutorial...\GitHub\\R_and_python\\R") counties <- readRDS("census-app/data/counties.rds") head(counties) # 包含州的名字和人口构成...这里用深绿色表示各县白人居民的比例。 percent_map(counties$white, "darkgreen", "% White") 结果 ?..."Percent Hispanic" = "% Hispanic", "Percent Asian" = "% Asian") # 这里是绘图的函数
数据可视化仪表盘是将数据直观呈现并提供交互性的强大工具。R语言与Shiny框架的结合，使得创建交互式数据可视化仪表盘变得轻松而灵活。...在这篇博客中，我们将深入介绍如何使用R和Shiny创建一个简单而实用的数据可视化仪表盘。步骤1：安装和加载必要的包首先，确保你已经安装了以下R包：shiny、ggplot2、dplyr。...(shiny)library(ggplot2)library(dplyr)步骤2：创建Shiny应用创建一个新的R脚本（例如，app.R），用于编写Shiny应用。...以下是一个简单的Shiny应用的框架：RCopy code# app.R# 加载必要的包library(shiny)library(ggplot2)library(dplyr)# 定义UI界面ui <-...以下是一个简单的例子，包含一个标题、一个选择框和一个绘图区域：RCopy codeui <- fluidPage( titlePanel("数据可视化仪表盘"), sidebarLayout(
这绝对是最用户友好的方式。用户用网页浏览器就能体验你的app。...作为R脚本分享 任何使用R的人都可运行你的shiny app，他们需要你的app.R的一个副本，还有其他支持材料（比如www文件夹或者帮助脚本） 发送你的文件到另一个用户，email或者github等...但是，Shiny创造了绝佳的机会，可以与没有R（也无意安装它）的人们共享输出。您的Shiny应用恰好是世界上使用最广泛的通信工具之一：网页。...在一个方便的位置共享Shiny应用程序，R Markdown报告，仪表板，绘图，Jupyter Notebook等。...您可以将应用程序共享为几个R脚本，也可以将其共享为具有自己的URL的功能完善的Web应用程序。每种方法都有其自身的优点。 任何人只要拥有R，Shiny和应用程序文件的副本，就可以启动您的应用程序。
用shiny开发一个简单的画人物关系应用 —————————————————————————————— 案例三:官网的案例库 http://shiny.rstudio.com/gallery/...ui.R：搭框架，控件； server.R：每个控件背后的算法代码； global.R:server.R中，万一有很长的代码与调用很多其他packages就可以用global写一个函数集合，然后统一在...基本的框架就是: # ui.R library(shiny) shinyUI(fluidPage( )) # server.R library(shiny) shinyServer(function...举个例子， server.R返回一个数据绘图， 但是每次运行需要重新读取数据。 但是当如果输入没有变化的时候， 这种重复的数据读取会极大的延迟反应， 浪费资源。...3、global.R 那么关系现在是这样的，ui.R负责前端，是数据获取的地方，server.R是处理的地方，返回的是处理好后的数据列；那么global.R是用来补充server.R的功能的。
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