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类似py 中的readlines 方法，同样，R 的函数也会逐行（识别） x_line <- readLines("MsigDB/h.all.v7.2.symbols.gmt") ps：发现对于gmt...thttp://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/cards/HALLMARK_HYPOXIA\tPGK1\tPDK1\tGBE1\tPFKL\tA" 'strsplit 函数将文本按照换行符切割...： x_split <- strsplit(x_line, "\t") 每个向量会被按照指定符号切割，每个向量会被转换为列表对象，列表中的元素为按照换行符拆开的一个个元素。...接着我们需要将该列表元素再进行一些处理： names(x_split) <- vapply(x_split, function(x) x[1], character(1)) # 将每个列表的第一个元素，...也就是通路名，作为列表名 x_split <- lapply(x_split, "[",-c(1,2)) # 删除每个列表中的前两个元素 # 这里 "[" 方法可以理解为 function(x) x[-
[{“locationId”:2,”quantity”:1,”productId”:1008}]}orr’s type = class org.json.simple.JSONObject 我正在尝试将这些数据放入数组.../列表/任何可以使用密钥的地方,470,471来检索数据....任何建议或指示非常感谢非常感谢… 澄清： JSONObject orr = (JSONObject)orderRows.get(“orderRows”); JSONArray orderOne = (JSONArray
❝apply 家族是 R 语言中常用的函数，用于对列表、数组或其他类型的数据进行循环操作。 ❞ apply 家族包括以下几个函数： ❝lapply：用于遍历列表中的每一个元素，并对其执行函数操作。...sapply：与 lapply 类似，但它自动将结果转换为向量、矩阵或数组。 apply：用于对矩阵或数组的行、列或其他维度进行循环操作。...❝如果想要将结果转换为向量、矩阵或数组，可以使用 sapply 函数。它的基本语法与 lapply 类似，只是将 lapply 替换为 sapply 即可。...❞ 例如，下面的代码使用 sapply 函数将列表中的每个字符串转换为大写： # 创建列表 x <- list("apple", "banana", "cherry") # 使用 sapply 函数对列表中的每个字符串执行...6 9 例子 2：使用 apply 函数将矩阵转置 下面的代码使用 apply 函数将矩阵转置： # 创建矩阵 x <- matrix(1:9, nrow = 3) # 使用 apply 函数将矩阵转置
class3数据框、矩阵和列表向量-一维：表格—二维 ：matrix 矩阵-二维，只允许一种数据类型；data.frame数据框-二维，每列只允许一种数据类型。...list列表：可装万物 向量 矩阵 数据框 数字 列表 。用class可以判断是矩阵或数据框，还可以用is族函数来判断。...#重点：数据框#1.数据框来源# （1）用代码新建# （2）由已有数据转换或处理得到# （3）读取表格文件 （对数据框操作）# （4）R语言内置数据 （可以直接使用的的数据框）heatmap(volcano...","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames(df1)[2] <- "CHANGE"列名和行名都是向量#6.两个数据框的连接test1 <- data.frame(name...mm[2,]m[,1]m[2,3]m[2:3,1:2]mt(m):转置 行变列m<-as.data.frame(m) 转换为数据框 必须要赋值矩阵画热图： pheatmap::pheatmap(m)
我致力于通过笔记，将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误，欢迎指正。让我们一起加油，一起学习进步鸭? 这份思维导图可以让大家更容易地了解笔记里面的内容哦?...变量名只起提示作用，是赋值对象 ②、由已有的数据转换或处理得到：as.data.frame() ③、读取表格文件： df2 <- read.csv("gene.csv") df2 ④、R语言内置数据：如..."r4") #只修改某一行/列的名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" 6、数据框的连接 我们如何将这两个数据框连接起来呢？...： 二、矩阵 ①、新建矩阵和取子集 ##### 矩阵和列表 m <- matrix(1:9, nrow = 3) colnames(m) <- c("a","b","c") #加列名 m m[2,] m...[,1] m[2,3] m[2:3,1:2] ②、矩阵的转置和转换 如上图所示，colnames()<-c()列名重新赋值，t()转置，行和列互相转换，as.data.frame()将矩阵转换为数据框
| 第一部分：数据预处理 R语言|第2讲：生成数据 R语言常用的数据输入与输出方法 | 第三讲 R语言数据管理与dplyr、tidyr | 第4讲 R语言 控制流：for、while、ifelse...14、数据管理相关 vector：向量 numeric：数值型向量 logical：逻辑型向量 character；字符型向量 list：列表 data.frame：数据框 c：连接为向量或列表 length...data.matrix：把数据框转换为数值型矩阵 lower.tri：矩阵的下三角部分 mat.or.vec：生成矩阵或向量 t：矩阵转置 cbind：把列合并为矩阵 rbind：把行合并为矩阵 diag...：矩阵对角元素向量或生成对角矩阵 aperm：数组转置 nrow, ncol：计算数组的行数和列数 dim：对象的维向量 dimnames：对象的维名 row/colnames：行名或列名 %*%：矩阵乘法...计算数组的概括统计量 aggregate：计算数据子集的概括统计量 scale：矩阵标准化 matplot：对矩阵各列绘图 cor：相关阵或协差阵 Contrast：对照矩阵 row：矩阵的行下标集 col
数据框数据框的创建数据框来源主要包括用代码新建(data.frame)，由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作)，读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据函数...应选用header=T#2.读取ex2.csv 导入后生成一个数据框#ex2 <- read.csv("ex2.csv") #读入该文件后会发现原文件第一列被错误当作数据而非行名，且列名的.变成了-，R语言将列名的特殊字符...= ls())load(file = "soft.Rdata") #使Rdata中的向量出现在环境内，本身有名称，无需赋值矩阵和列表矩阵矩阵内所有元素数据类型必须相同*警惕因数据类型不同导致矩阵强制转换引起报错...#取子集方法同数据框t(m) #转置行与列，数据框转置后为矩阵as.data.frame(m) #将矩阵转换为数据框列表列表内有多个数据框或矩阵，可通过list函数将其组成一个列表l <- list(m1...rownames(a)<-paste0("flower",1:5);a##是rownames不是rowname，可见tab的重要性#再次说明1：5可以换为1:nrow(a)# 4.探索列表取子集l[2]
在 R 中，这个任务包括两个步骤：首先选择一种数据结构来存储数据，然后将数据输入或者导入这个数据结构中。下面介绍 R 中用于存储数据的多种数据结构。...常见的矩阵运算都可以在R 中实现，如矩阵加法、矩阵乘法、求逆矩阵、矩阵转置、求方阵的行列式、求方阵的特征值和特征向量等。...dim(mat1) # 32 dim(mat2) # 23 mat1 %*% mat2 1.3.3 转置：t( ) 矩阵的转置运算就是把矩阵的行和列互换。...R 提供了一系列用于判断某个对象的数据类型的函数，还提供了将某种数据类型转换为另一种数据类型的函数。...开头的函数的返回值为 TRUE 或 FALSE，而以 as. 开头的函数将对象转换为相应的类型。
数据类型向量——一维表格——二维1：矩阵matrix：只允许一种数据类型2：数据框data.frame：每列只允许一种数据类型列表——可装万物数据框1.数据框来源 （1）用代码新建 （2）由已有数据转换或处理得到...（3）读取表格文件 （4）R语言内置数据> class(iris)[1] "data.frame"> class(volcano)[1] "matrix" "array"2.新建和读取数据框df1 <...","r2","r3","r4")#只修改某一行/列的名colnames(df1)[2] <- "CHANGE"6.两个数据框的连接（merge函数）test1 <- data.frame(name =...矩阵m <- matrix(1:9, nrow = 3)colnames(m) <- c("a","b","c") #加列名mm[2,]m[,1]m[2,3]m[2:3,1:2]mt(m)###矩阵转置...as.data.frame(m)###转换为数据框##矩阵画热图install.packages("pheatmap")library(pheatmap)pheatmap::pheatmap(m)pheatmap
数据框 data.frame 数据框 约等于表格：1.数据框不是一个具体文件，只是R语言内部的一个数据；2.数据框每一列只能有一种数据类型 图片 新建和读取数据框 #新建和读取数据框 df1 <- data.frame..."r2","r3","r4") #只修改某一行/列的名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" # | 或符号前后不可以连接字符，只能用于数字，逻辑值 两个数据框的连接 test1 <...#矩阵的新建和取子集 m <- matrix(1:9, nrow = 3) colnames(m) <- c("a","b","c") #加列名 m m[2,] #矩阵取子集不支持使用$ m[,...1] m[2,3] m[2:3,1:2] m #矩阵中的重要函数 t(m) #行列的转置，行变列，列变行，行名和列名都跟着变换 as.data.frame(m) #将转换为数据框 #作图 pheatmap...= matrix(1:9, nrow = 3), m2 = matrix(2:9, nrow = 2)) l l[[2]] #列表取子集 l$m1 #列表中的元素有名字，可以用
matrix ：矩阵，整个表只允许一种数据类型 data.frame：数据框，每一列只允许一种数据类型 可以根据生成的函数或者用class或者is族函数判断。...图片 数据框的来源： 可由代码新建、已有数据转换或处理、读取表格文件、R语言内置数据 内置数据多用于新手练习，eg：iris、volcano、letters、LETTERS 新建数据框： 图片 ##A....","r2","r3","r4") 修改行名 d.只修改某一行/列的名 colnames(df1)【2】 = "CHANGE" 将第二列的名字改为CHANGE e.两个数据框的连接merge merge...(m) = c("a","b","c") #加列名 rownames(m) = c("q","w","e") #加行名 矩阵的转置和转换： 转置：t(m) 行变列，列变行 转换：as.data.frame...(m) 转换为数据框 列表 列表新建和取子集 新建 q = list(m1 = matrix(1:9, nrow = 3), m2 = matrix(2:9, nrow = 2)) 取子集 如果有
1.数据框来源 1）用代码新建 2）由已有数据转换或处理得到 3）读取表格文件 4）R语言内置数据 2.新建和读取数据框 df1 <- data.frame(gene = paste0("gene...","r2","r3","r4") 只修改某一行/列的名 > colnames(df1)[2] <- "CHANGE" 6.两个数据框的连接 > test1 <- data.frame(name = c...2 5 2, 3 6 矩阵的转置 > m a b c 1, 1 4 7 2, 2 5 8 3, 3 6 9 > t(m) #行变列 列变行 ,1 ,3 a 1 2 3 b...4 5 6 c 7 8 9 ####矩阵转换为数据框 > as.data.frame(m) a b c 1 1 4 7 2 2 5 8 3 3 6 9 列表 什么都可以装...（嵌套）,列表的下一级也是元素 列表 #生成两个包含矩阵元素的列表 #画图都是针对矩阵和数据框 没有针对列表设置的 > l <- list(m1 = matrix(1:9, nrow = 3),
作业讲解 R data 文件：存储有用变量，传递数据 save load # 使用save()函数保存为RData文件 # 创建一些要保存的变量 study1.df <- data.frame(id =...只能有一种数据 是特殊的数据框 | 数据框 一列只能有一种数据 | 列表 没有限制 | 区分矩阵和数据框：根据生成它的函数 或 class() is()族函数 重点：数据框 1.数据框来源 （1）用代码新建...（2）由已有数据转换或处理得到 （3）读取表格文件 （4）R语言内置数据 2.新建和读取数据框 # data.frame 函数 df1 <- data.frame(gene = paste0("gene...blood_type weight ## 1 Damon O 140 ## 2 jimmy A 145 ## 3 nicker B 110 矩阵和列表...，heatmap只能接受矩阵，看函数说明 列表 #列表建立 x <- list(m1 = matrix(1:9, nrow = 3), m2 = matrix(2:9, nrow =
一、对象类型： 包括标量、向量、矩阵、数组、数据框和列表。 1)向量(vector)：用于存储数值型、字符型或逻辑型数据的一维数组。...C1 C2R1 1 3R2 2 4 3)数组(array):与矩阵类似，维度可以大于2。...data.frame()创建： mydata <- data.frame(col1, col2, col3,…) 其中的列向量col1, col2, col3,… 可为任何类型(如字符型、数值型或逻辑型...一般来说，列表就是一些对象（或成分，component）的有序集合。列表允许你整合若干（可能无关的）对象到单个对象名下。...logical_value,sep="delimiter", row.names="name") 注1：help(read.table)：更多详情 注2：stringsAsFactors=FALSE，可禁止将字符型变量将转换为因子
；-列表什么都可以放；-class()函数可以用于判断数据类型/数据结构本节内容图片1.数据框来源-（1）用代码新建df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:...将这些元素筛选出来。...2,3]m[2:3,1:2]#矩阵的转置和转换mt(m)as.data.frame(m) class(m) #看着是把m变成了数据框，但是没有赋值就没有发生过；要m=as.data.frame...ctrl+l小结图片-练习3-2# 1.统计内置数据iris最后一列有哪几个取值，每个取值重复了多少次table(iris[,ncol(iris)])# 2.提取内置数据iris的前5行，前4列，并转换为矩阵...l [[2]] class(l[2]) #是列表class(l[[2]]) #是矩阵
一、基本 1.数据管理 vector：向量 numeric：数值型向量 logical：逻辑型向量character；字符型向量 list：列表 data.frame：数据框c：连接为向量或列表 length...字符串处理 character：字符型向量 nchar：字符数 substr：取子串format，formatC：把对象用格式转换为字符串paste，strsplit：连接或拆分charmatch，pmatch...数组 array：建立数组 matrix：生成矩阵data.matrix：把数据框转换为数值型矩阵lower.tri：矩阵的下三角部分 mat.or.vec：生成矩阵或向量t：矩阵转置 cbind：把列合并为矩阵...rbind：把行合并为矩阵diag：矩阵对角元素向量或生成对角矩阵aperm：数组转置 nrow, ncol：计算数组的行数和列数dim：对象的维向量 dimnames：对象的维名row/colnames...下 面我们列出各分布后缀，前面加前缀d、p、q或r就构成函数名： norm：正态，t：t分布，f：F分布，chisq：卡方（包括非中心）unif：均匀，exp：指数，weibull：威布尔，gamma
详见帮助文档（二）矩阵（matrix）矩阵是二维的。只允许一种数据类型。Tips: 判断数据结构根据生成他的函数来判断用函数class或is族函数来判断I.新建矩阵和取子集矩阵取子集，不支持$符号。...> m[2:3,1:2] a b[1,] 2 5[2,] 3 6II.矩阵的转置和转换> m a b c[1,] 1 4 7[2,] 2 5 8[3,] 3 6 9#转置> t(m)...(m) #将矩阵转换成数据框的数据结构 a b c1 1 4 72 2 5 83 3 6 9重点：将数据框或举证转置之后，其数据结构都是矩阵。...，因此，转置后的矩阵数据都是字符串类型。...如上例中，取出的子集是矩阵。若用1个中括号，取出来的子集数据结构仍然是列表，内容虽然一致。
在R中对象（object）是指可以赋值给变量（variable）的任何事物，在R语言中使用对象来存储数据也即储存变量，对象类型有标量、向量、矩阵、数组、数据框、列表。...（包含空格）paste()paste(a,b,c,sep=" ")将a、b、c粘贴为一个字符串，空格分割tolower()转换为小写，toupper()转换为大写substring()substring...)返回列名字rownames()返回行名字t()矩阵转置 数组（array）与矩阵相似似，但是维度可以大于2，类似的具有array()、as.array()、is.array()函数，创建方式如下所示：...数据框可以使用data.frame()来创建，数据来源可以是任何类型的矩阵、向量等，其实用方法如下所示： data.frame(matrix, row.names=NULL, check.names=FALSE...由于因子的存在，数据分组信息等都可以转换为一个变量，从而使得数据框可以存储远多于矩阵的数据。 1.4列表 列表（list）是R中最复杂的一种数据类型。
Markdown*数据框来源(1) 用代码新建(2) 用已有数据转换或处理得到(3) 读取表格文件（存在于R语言之外的文件，只操作数据框而不修改表格）(4) R语言内置数据（heatmap(volcano...12,23,50,2)#新增一列（"$"后使用新列名）df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05)#行（列）名的修改等价于修改向量rownames(df1) <- c("r1...m <- matrix(1:9,nrow = 3)#取子集m2,;m,1;m2,3;m1:2,2:3*矩阵的转置和转换colmanes(m) <- c("a","b","c")t(m) #转置as.data.frame...(m) #转换为数据框#此时m数据结构并没有发生改变，仍为矩阵（m = as.data.frame(m)）*列表新建和取子集x <- list(m1 = matrix(1:9,nrow = 3),...m2 = matrix(2:9,nrow = 2))x[1] / x$m1 #取列表中第一个矩阵m1*补充：元素的“名字”-names()scores = c(100,59,73,95,45)names
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