我们很多时候都很好奇作者的r包是如何写出来的，手痒的时候就想学习一下源码，顺便改一 问题来源 为什么要写今天这个推文呢？...，顺便学习一下 查找DoHeatmap源代码 查找源码，方法如下： 源码在github上：https://github.com/satijalab/seurat/tree/release/5.0.2...依次单击 master - Tags - v5.0.2，下载zip并解压到本地 可以看到它的主要文件夹如下 通过正则表达式来查询感兴趣的函数 find . | grep "R$" | xargs grep...('~/gzh/seurat_codes_learning/seurat-release-5.0.2/R/visualization.R') 最后就顺利找到了源代码，可以看到DoHeatmap的画图功能其实来自于另外一个函数...最后，附源代码于下一篇推文，供参考 参考： https://blog.csdn.net/qq_52813185/article/details/122003446 https://zhuanlan.zhihu.com
本文将介绍源代码包的安装方法、常见步骤以及一些实际的例子，以帮助用户更好地理解和应用源代码安装方式。 1. 源代码包安装简介 源代码包是软件的原始代码文件，通常以压缩包的形式提供。...通过源代码包安装软件可以在系统上进行更细致的配置和定制，适应特定的需求和环境。源代码包的安装通常包含以下步骤： 下载源代码包。 解压源代码包。 进入源代码目录。 执行配置、编译和安装命令。 2....2.2 解压源代码包 使用 tar 命令解压下载的源代码包： tar -xzvf software.tar.gz bashCopy code 2.3 进入源代码目录 进入解压后的源代码目录： cd software...系统一致性： 使用源代码软件包可能导致系统中存在多个不同版本的相同软件，需要谨慎管理。 5. 总结 通过本文的介绍，读者应该对如何使用源代码包安装软件有了更清晰的认识。...源代码安装提供了更高度的灵活性，但也需要用户更多的手动操作和管理。在选择源代码包安装时，需要权衡灵活性和系统维护的难度，以满足个性化需求。
3次，就应该写成函数或使用循环 3、默认参数 作者可以为参数设置默认值，不是所有的参数都要出现在代码里，没有出现的是默认值 二、R包 1、定义：多个函数打包存放的“容器”，包括函数、数据、帮助文件、描述文件等...2、作用：实现特定的功能，你需要什么功能，安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机，需要使用微信与人聊天，你就按照微信APP，需要上腾讯视频看电视剧，你就安装腾讯视频APP。...R包，使用 “BiocManager::install()来安装 （3）github网站，是R包作者写的，没有经过审核，使用”devtools::install_github...几乎不使用，使用时需要写明R包的作者，就是指明选择谁写的R包。...说人话，智能手机安装的腾讯视频，只要你不卸载，就一直在你的手机里，需要看电视剧是打开APP，看完电视了你退出APP，再次看电视时还需要再次打开APP。所有“加载”R包就相当于打开APP。
介绍这个包扩展了ggplot2，提供了用于对齐和组织多个图的高级工具，特别是那些自动重新排序观察结果的工具，比如树形图。...它提供了对布局调整和情节注释的精细控制，使您能够创建复杂的、出版质量的可视化，同时仍然使用熟悉的ggplot2语法。...create complex, publication-quality visualizations while still using the familiar grammar of ggplot2.案例安装R包...install.packages("ggalign")install.packages("ggalign", repos = c("https://yunuuuu.r-universe.dev"..., "https://cloud.r-project.org"))# install.packages("remotes")remotes::install_github("Yunuuuu/ggalign
R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。...通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...接下来我将和大家分享R包的具体安装： 1）首先获取下载的R包的名字，比如下载metafor这个R包，可以先在官网（https://www.r-project.org/）上找到这个包，了解一下这个包的详细内容和使用说明...') 这里需要注意的是，下载Bioconductor的R包需使用BiocManager包里的install函数。...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。
简介 最近有读者问我，如何查看R语言某包中某函数的源代码呢？我第一时间给出了自己比较常用的方法（见方法一），今天打算做个这方面的推文，于是又查了些资料，才发现原来水好深！...还有更好的方法(见方法二)，并且和不同的面向对象系统有关。 方法一 打开查R包的相关网站，比如：https://rdrr.io/ ?...查R包的相关网站 输入你的R包名称或者相应的函数，这里以nlme包中的lme()为例。 ? 找到对应位置 进入会出现这样的界面，界面相应介绍可以下图： ?...界面介绍 打开左上角的源代码（Source code）即可找到该包内部的所有函数了。 ? 源代码 找到你对应的函数，进入即可，任务完成。 ?...nlme源代码 方法二 Stack overflow[1]中给出了一些更加高效的方式，在R控制台输入相应函数，即可得到对应函数的源代码了。 这里小编做个知识点整理，自己也学一波。
调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包
当我们在使用很多R包的时候总会有些包里面的函数引发我们的好奇心，总想去看看他们具体怎么实现的，今天我们就来讲下如何去解析一个别人写好的R包。 1....我们先知道我们想去解析的R包的名字，比如“InformationValue”。 2. 打开R语言的官网R包的列表，然后利用浏览器的检索检索下我们找的包的位置，然后进入R包的详细介绍页面。 ? 3....在R包详细页面我们可以看到图中标出的位置，那就是R包的源代码文件，下载源代码问价，解压后文件的结构如下图： ? 4. 接下来就是激动人心的时刻了，进入R/目录，迎面而来是R语言代码文件了。 ? 5....我们首先打开主函数文件“Main.R”,然后就可以在R文件中检索我们想要的主函数名称。 ? ? 6. 当然，我们有时候并不满足于看看主函数，更想深入看其子函数程序，那也是没问题的，如图： ?...至此，我们便可以在R/目录下随心所欲查看R包的所有源程序。
大家应该很熟悉windows下的R语言，并且也知道如何安装R包。但是呢，如果对于我们这种Linux小白很好奇那些只有在Linux下才能用的包怎么能让我们在windows下体验下呢。...那么，作为神一样的R语言简直无所不能，他们开发了Rtool，这个工具不仅是为创建R包用的，同时也可以让那些以gz结尾的R包可以安装在windows环境下。...今天我们就来介绍下R语言与Rtool结合后是如何玩转R包的。...接下来将是见证奇迹的时刻了，填充好title后再次运行编译程序： ? 那么我们的R包建好了，当然R包也是gz结尾的，意味着只有Linux下是好用的。...既然这样，那么我们正好可以来试验下我们R结合Rtool的强大。直接在window是下导入我们建好的R包，不过提前声明的是如果导入Linux下的R包最好是本地导入，而不是直接在线下载，那样是不会成功的。
下面是2月优秀学员投稿 超多朋友咨询R语言可视化的配色问题，我也简单整理了一下，希望对大家有帮助！...首先 scales包的show_col显示颜色函数有大用处，其次函数 colors() 列出了 R 识别的所有颜色名称。...首先是获取颜色，有独立的函数，加载ggsci包即可： library(ggsci) cl=pal_lancet("lanonc",alpha = 0.6)(4) cl library(scales)...Rcolorbrewer 专注于调色的R包：RColorBrewer，首先是显示所有的 调色板 display.brewer.all() 函数： library(RColorBrewer) display.brewer.all...grDevices 跟前面的专注于调色的R包：RColorBrewer有点类似，也是内置了各种各样的配色体系。
当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中。然而，对于新手或需要一次性安装多个R包的用户来说，这个过程可能会有些繁琐。...为了大规模安装所需要的R包，你可以使用几种不同的方法。...以下是两种常见的方法：常用安装install.packages函数是我们常用的安装R包的方式，需要注意的是这些R包必须是在CRAN仓库中，否则安装将会失败。...R包的网址bioconductor。...该项目是存放了大量用于生物研究的R包，很多做生物信息分析的人都会使用里面提供的R包。它的安装包是通过BiocManager包提供的install函数实现的。
自杀式R包 只能安装成功一次，再次重复安装就会报错。 R包的依赖处理非常奇怪，随着安装R包的数量变多，有较大概率会遇到R包依赖崩溃的情况。...如果大家搜索过这个错误会发现遇到这个问题的人还挺多的，而且看起来他们的解决方案相对是没有切合问题本质或者是比较偶发的解决方案：如重新安装一个R包，修改R包的载入顺序等等。...调整R包的依赖项优先级和R包的DESCRIPTION文件有关系： R包结构 R包源码一般是一个压缩包的形式，后缀名tar.gz。...Suggests依赖项的包可以缺失，而Depends和Imports中的依赖项是需要先于当前包安装的。当前包载入后，所有Depends中的R包也会被载入。...R CMD INSTALL后面接修改好的tar.gz文件路径或者修改好的解压后的源包文件夹路径。
安装R语言的包的方法： 1....自动安装（在线安装） 在R的控制台,输入 install.packages("gridExtra") # 安装 gridExtra install.packages("stepNorm", contriburl...手动安装（离线安装） Windows: 下载package.zip文件 打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…” 选择package.zip...文件 Linux上安装R包（离线安装）: 下载package.tar.gz文件 在Shell终端（注意不是R）输入: sudo R CMD INSTALL package.tar.gz 注意：需要sudo...查看全部安装的R包： .packages(all.available=T) 查看某个安装的R包： library("XML") help(package="XML")
本文是本学期第一篇，聊一聊什么是好的R包。这个问题源于年前一个同学，她在学习R语言，然后拿着一张总结的一些R包的图片问我：还有没有更好的包？当时就把我问蒙了，问她什么是更好的包？...有关真正辣鸡的R包及抄袭别人R包发SCI文章毕业的事情，可以围观Y叔(公众号biobabble)的一系列文章。...那么什么是好的R包呢，对于我们这些只需要用R来做生信分析的人来说，如果功力没有那么深厚，看不懂R包的源代码，确实需要找到一些普遍都在使用且坚持更新的包，不仅仅不容易出错，而且网上这些包的学习资料也更多。...其实每个月生信类的杂志都会出很多新的R包的文章，但是大部分都没什么人用。能在网上留下痕迹的都是经过大家检验的。...对于R包在文献中的使用 6万多篇论文总共用到了2400个R程序包，其中也只有31个引用超过了100次。以这个标准来看，98.7%的炮灰率啊。。。
教程，可以参考官方文档：http://plyr.had.co.nz/ 3.2.2 dplyr dplyr是一个强大的R包，用于处理，清理和汇总非结构化数据，使得R中的数据探索和数据操作变得简单快捷，也是出于...Lubridate包可以减少在R中操作时间变量，内置函数提供了很好的解析日期与时间的便利方法。lubridate 包是 Hadley Wickham开发的用于高效处理时间数据的 R 包。...（base包函数） [1] "2020-01-23" （2）日期格式转化 日期值通常以文本的形式输入到R中，然后转化为以数值形式存储的日期变量。...R包。...可以方便的与ggplot进行涂层叠加，实现在R中的地图绘制需求。 ggmap包中的函数 get_map：ggmap包中最基本函数，用来下载地图。 geocode：用来返回某地的经纬度。
准备 安装Rtools,RStudio install.packages(c("devtools", "roxygen2", "testthat", "knitr")) 创建包目录 打开RStudio...library("devtools") create_package("D:/yyds") 运行之后会自动打开另外一个界面，当前目录即为包目录。...修改Description 修改描述包的一些信息。...创建函数 可以手动创建函数： library("devtools") use_r("hd") 自动在R目录创建了名为hd.R的文件，这这里面就可以写函数的所有信息 前面写函数的注释信息，然后接着写函数的内容...将此函数导出至环境中，使用户可以使用，不写该标签的话用户不能使用，但是可以在该R脚本内调用（private？？)
r语言的包中，集成了众多函数，大大扩展了r的功能且降低了使用难度。本篇文章就来介绍r语言中包的两种安装方式：install.packages和从github安装包。...install.packages() install.packages()是从镜像安装包，在括号中输入包的名称字符串就可以完成包的安装。...方法一：通过devtools包中的install_github函数。...本方法的缺点在于，因为要进行搜索，所以运行耗时较长。 除上述方法，通过本地安装包也是常用的方法之一。...但实际操作中，经常会遇到要安装一个包要先安装很多包的情形，因此本地安装方法有时可操作性较差，因此不在这里详细介绍。
今天有同学问我LULU的第一步blast的问题，我看他用的blast的命令比较奇怪，一问才知他用rBLAST这个包跑的blast。简单看了一下用法mark一下。...library(devtools) devtools::install_github("mhahsler/rBLAST") library(rBLAST) ##需要自己下载blast #寻找本地可用的blast...seq为需要比对的序列 output <- predict(bl, seq, custom_format = "qseqid bitscore length")
R包visdat可以展示缺失值数据，主要有2个函数： vis_dat() vis_miss() vis_dat() library(visdat) vis_dat(airquality) 此函数可以可视化整体数据...通过使用naniar包，可以达到以下效果： # 使用naniar可视化缺失值 library(naniar) ggplot(airquality, aes(x = Solar.R,...使用simpltation包进行缺失值插补，并可视化插补后的数据： library(simputation) library(dplyr) airquality %>% impute_lm(Ozone...如果不学习这个R包，我是真的想不到还可以这样搞缺失值！...这个包还有很多其他的用法，本次教程只是浅尝辄止，不得不说，包的作者真是太有才了，缺失值也能玩出花来！
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