例如，我创建的一个名为 ensembleR 的包主要依赖 caret 包以及另外一些用于运行例子和创建 vignette 的包：e1071, ipred, knitr, rmarkdown。...因此，我创建了一个名为 ensembleR 的包，你可以在 CRAN 上找到它。这个包使人们能够在 R 中创建多个模型的集成。...将包发布在 CRAN 上是最难的一步，因为为了维持 CRAN 上包的质量和稳定性，要对包进行大量的严格测试。...在发布包的过程中会用到两大平台：CRAN 和 GitHub. 6.1 在 CRAN 上发布你的包 将包发布在 CRAN 上是较难的一步，因为在成功发布前要对包进行大量的严格测试。...在完成在 CRAN 上的发表后，我意识到这次发表为我带来了以下好处： 我开始深深感激在 CRAN 上发布包之前进行的质量检查。
，事实上只要用 3.0.0 之后的版本都差距不是很大。我的电脑上的 R 的版本是 R version 3.6.2 (2019-12-12)。...）： xcode-select --install 安装一些 pkg-config 和 gdal（在终端运行）（一些 R 包的依赖）： brew install pkg-config brew install..., Built) %>% DT::datatable() 安装字体 可以在知识星球上搜索 字体合集 找到我电脑上安装的一些字体。...一个小的练习：爬取 CRAN 上的所有 R 包的名称、发布日期和标题 可以爬清华镜像源的列表：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/web/packages...://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/", x = "", y = "") 可以看到，今年截止到今天，CRAN 上一共有 15334 个 R 包，今天新发布的
在想要运行的某个conda环境下特定的R版本 首先，安装jupyter conda install jupyter 打开这个环境下的R,并安装IRkernel install.packages('IRkernel...') 然后在R的命令行里激活 IRkernel::installspec() 打开jupyter，此时出现了R的选项，就可以用这个环境下的R了。...还可以通过jupyter代码框中运行.libPaths()查看是否是想要的R环境。....libPaths() Jupyter 还可以让你在同一个代码框，同时写python代码和R代码的方法——rpy2详情参考：在python中使用R—rpy2包学习 欢迎关注生信编程日常~
、管理、弹性，及网络等四个范畴.Server Core上新增对ASP.NET的支持.不过Windows Server 2008 R2只有64位版本了,如今64位的处理器不论在台式计算机或是服务器上都已成为业界标准...，因此微软聚焦在64位处理器上；Windows Server 2008 R2将透过Windows on Windows（WOW）功能，仿真32位及x86架构系统来支持32位的应用程序。...NET freamwork的部分功能在Server Core得到支持，包括：.NET 2/3/3.5的子集和ASP.NET。另外，PowerShell也在Server Core上可用。...IIS7在Server Core上缺少的功能仅仅是本地的管理GUI。...曾经尝试过在Server Core上安装.NET Framework,竟然不支持。等待Windows Server 2008 R2 Server Core的到来。
该脚本将帮助你确定高 CPU 消耗进程在 Linux 上运行了多长时间。 # vi /opt/scripts/long-running-cpu-proc.sh#!...# chmod +x /opt/scripts/long-running-cpu-proc.sh 运行此脚本时，你将获得类似以下的输出： # sh /opt/scripts/long-running-cpu-proc.sh...nautilus 24:14daygeek 6301 Web 57:40---------------------------------------------------- 2）检查高内存消耗进程在...Linux 上运行了多长时间的 Bash 脚本 该脚本将帮助你确定最大的内存消耗进程在 Linux 上运行了多长时间。...# chmod +x /opt/scripts/long-running-memory-proc.sh 运行此脚本时，你将获得类似以下的输出： # sh /opt/scripts/long-running-memory-proc.sh
编程正确的打开方式是在实战中学习，在帮助文档中摸索。 如果要获取关于某个函数的帮助信息，例如glm，输入： > help(glm) 或者 > ?...glm 如果想要搜索关于某个操作符的帮助信息，需要用使用反引号(`)括起来： > ?`+` 如果想要尝试帮助文件中的例子，可以使用example函数来自动运行它们。...比如，查看affy包的指南文档： > vignette("affy") 想要查看已加载的所有包中的指南文档，可以使用下面命令： > vignette(all=FALSE) 想要查看已安装的所有包的指南文档...，使用： > vignette(all=TRUE) 最后介绍一下在实战中如何去搜索和学习一个 R 包： 打开浏览器，使用你自己最喜欢的搜索引擎 使用 CRAN 包名（优先）或Bioconductor...包名 的方式搜索一个包，如CRAN UCSCXenaTools，一般会看到类似下图的信息： ?
因此，本文以 Ubuntu 为例分享一下 R 在 Linux 等操作系统上的特定版本安装和 rstudio-server 中 R 版本的切换。...事实上 rserver.conf 配置文件控制 Workbench 的 rserver 进程的行为，用来调整身份认证、HTTP 和授权选项等设置8。...-O https://cran.rstudio.com/src/base/R-4/R-${R_VERSION}.tar.gztar -xzvf R-${R_VERSION}.tar.gzcd R-${.../bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"sudo apt install --no-install-recommends r-baseWin各种版本的...语言包、以及多环境运行 R_r 官网怎么找旧版本的 r-CSDN 博客20.04 - How to install specific R version in ubuntu - Ask UbuntuPosit
第一章 R简介 本章概要 1安装Ｒ ２理解Ｒ语言 ３运行Ｒ程序 本章所介绍的内容概括如下。 一个典型的数据分析步骤如图1所示。...4）R是一个能够进行交互式数据分析和探索的平台。 5）R是一个以容易且直观的方式编写统计方法的无与伦比的平台。 6）R实现了很多高级统计方法。 7）R可以在多个系统上运行。...你可以在命令提示符（>）每次输入一条命令或者在一个源文件中写好所有命令集。 R的赋值符号是”<-“。...() 方法九：vignette(“foo”) R 工作空间是R当前工作环境和用户定义的所有对象。...CMD BATCH options infile outfile 结果重用 f分析的结果可以保存，并作为下一次的输入。
R 语言在统计作图方面有独特优势，目前已成为许多数据科学团队最常用的语言之一。本章简要介绍 R 语言的基础知识，让读者能够开启 R 语言的学习，首先要做的是准备工作环境。...1.1 R 的安装 进入CRAN 官方网站，选择对应平台的版本。...运行脚本： Ctrl + Enter，没有选定行时，执行光标所在的一行； Ctrl + Enter，有选定的行时，执行选定的行； Ctrl + Shift + S，运行整个脚本。...所有运行过的命令都被保存到一个名为“.Rhistory”的文件中，所有对象被保存到名为“.Rdata”的文件中。当 R 重新启动后，将自动恢复上一次保存的工作环境以及使用过的命令。...mode=“function”) 列出名称中含有foo的所有可用函数 data() 列出当前已加载包中所含的所有可用示例数据集 vignette() 列出当前已安装包中所有可用的vignette文档 vignette
这里汇总的信息和视频解读推荐每个想要进阶和学习 R 包开发的读者看一看，是我两年开发经验的一个总结。...R 包的开发目前是前所未有的简单，但大部分 R 用户不了解，无从下手，希望这篇文章可以为大家减少一些拦路虎（下方有二维码可以直达视频）。...() 代码覆盖度 - usethis::use_coverage() 提交CRAN/Bioconductor devtools::check() rhub::check_for_cran() 这个包提供的测试功能比较丰富...先测试好再提交 devtools::submit_cran() Bioconductor没提交过，官网有说明，照着做。...总结一下要点： 掌握 R 包结构 掌握 usethis 、devtools包 编写简约有效的函数代码 处理好 devtools::check() 显示的 NOTE/WARNING/ERROR 逐步学习写示例
See #troubleshooting section in vignette 2....解决方案 在安装前运行一句代码： options(BIOCONDUCTOR_ONLINE_VERSION_DIAGNOSIS=TRUE) 这个是设置了：让Bioconductor通过联网去验证版本。...R软件其实有一个配置文件，以我的电脑为例： R版本：4.2.1 R的安装地址：C:\Program Files\R\R-4.2.1 这样的话，其对应的配置文件地址就在：C:\Program Files\...R\R-4.2.1\etc\Rprofile.site 我们用记事本打开这个文件，然后在文件最后添加以下代码： ## 设置镜像 local({r <- getOption("repos") r...，这些代码就会自动运行一次，我们就可以愉快的安装R包了。
事实上，还有很多的平台包可以使用 因为我们要打造一个多样的内核空间，这里再加一个R语言 https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download...这里的话，R-stdio也安装一下 https://cran.r-project.org/bin/windows/base/ R的执行文件 如果你安装完成以后就是这样的 点运行，我们默认可以看到是启动了...日志 IRkernel::installspec() 执行 IRkernel::installspec(user = FALSE) 执行 在R里面运行一下这两条命令 在CMD里面运行一下笔记本...netacr里面打开一下，运行环境有R了 已经配置好了 就是这样的 这里安装Julia的内核： using Pkg Pkg.add("IJulia") https://github.com/jupyter.../jupyter/wiki/Jupyter-kernels 在安装的中间，可以看看jupyter支持的计算内核 当然Python也是可以玩耍的 using IJulia IJulia.installkernel
对于商业化的软件SAS来说，其帮助文档都是SAS Inc.一家写的，而R则依靠CRAN上的许多包作者共同提供帮助文档。...然而R就不一样了，虽然有CRAN，但是每个包的manual感觉都没“说透”，特别是最后的例子，槽点不能更多，和SAS比起来，简直称得上简陋。...当你不知道要选哪个包时候，果断选vignette最多的以及托管在github上的 ” 其实，大猫写这段的目的不是比较两种语言的support孰优孰劣，而是告诉大家在选择语言的时候，一定要选择well supported...对于R而言，就是那些vignette了，一般使用广泛的R包都拥有不止一篇的vignette，甚至还拥有自己的网站。...所以当你不知道要选哪个包时候，果断选vignette最多的以及托管在github上的，这至少说明这个包还拥有旺盛的生命力，许多人在用他。
看一下数据集的“运行状况检查 ”： https://public.roboflow.ai/object-detection/bccd/health 可以清楚地看到数据集中存在大量的类不平衡。...当检查对象（细胞和血小板）在图像中的分布方式时，看到红血球遍布各处，血小板有些散布在边缘，白血球聚集在图像中间。...更快的R-CNN是TensorFlow对象检测API默认提供的许多模型架构之一，其中包括预先训练的权重。这意味着将能够启动在COCO（上下文中的公共对象）上训练的模型并将其适应用例。...在笔记本中，其余单元格将介绍如何加载创建的已保存，训练有素的模型，并在刚刚上传的图像上运行它们。 对于BCCD，输出如下所示： 模型在10,000个纪元后表现不错！...例如是要在移动应用程序中，通过远程服务器还是在Raspberry Pi上运行模型？模型的使用方式决定了保存和转换其格式的最佳方法。
我们常见的视频流接入协议包括RTSP协议、RTMP协议、GB28181协议三种，针对这三种协议，TSINGSEE青犀视频研发了不同的视频解决方案，其中EasyDSS是支持推流协议RTMP接入的平台，它与其他平台不同的点在于...EasyDSS也具备双系统的版本，近期我们测试在Linux脚下运行start.sh 失败，失败信息提示有/r存在，但缺乏文件或者目录。...有/r证明该文档是在Windows操作系统下生成的，因此出现问题。在Windows系统下，/r/n才是回车键，在其他操作系统下/n代表回车键。...这个问题当中我们需要把所有的/r都去除掉，运行以下命令，去除所有的 \r 即可： sed -i 's/\r//' start.sh 修改完毕后，可以正常运行。
今天的推文没有详细介绍代码，代码的介绍会以视频形式放到B站，欢迎大家关注我的B站 小明的数据分析笔记本 https://space.bilibili.com/355787260 image.png 首先是示例数据的格式...画热图的数据 image.png 用来添加文本的数据 image.png 如果还有其他文本需要添加，可以再准备一份数据 image.png 加载需要用到的R包 library(ggplot2...) library(tidyverse) #install.packages("see") library(see) ggplot2 是用来作图的 tidyverse 是用来做数据整理的 see 这个包里有很多配色函数...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记...今天推文的示例数据和代码可以在后台留言20211007获取
参考：https://www.jianshu.com/p/cb16ded75672[1] 在linux 中我们有conda，python 中有pip，而不同的系统中也提供了多种多样的包管理工具。...R base包虽然提供了library 相关的函数以支持相关的管理操作，但有些时候依旧不是很方便。 这时候就祭出pacman 包啦。比起library 来说，会方便很多。...package_dependencies & dependsOnPkgs 包依赖或反向依赖 p_exists available.packages & list.files + .libPaths 检查包是否存在于本地或者是...CRAN p_functions loadNamespace + getNamespaceExports 包函数 p_help help HTML/PDF Manuals查看 p_information...包版本 p_vignette browseVignettes 包 Vignettes查看 参考资料 [1]https://www.jianshu.com/p/cb16ded75672: https:
毫无疑问，Seurat流程是目前单细胞转录组数据分析的主流，但是我们在过去的五年都熟悉了它的V4版本的代码架构，在R语言的cran官网可以看到其历史更新情况： https://cran.r-project.org...") library(Seurat) 这个SeuratObject 是Seurat的底层，所以必须一起弄： https://cran.r-project.org/web/packages/SeuratObject.../index.html https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/SeuratObject/ 而且可以看到都是V4版本，都是它的旧版本 [ ] SeuratObject...”) 如果你有rstudio软件，也可以在界面自己操作鼠标去卸载两个包。.../seurat/articles/de_vignette 实际上，我之前也分享了：单细胞层面的表达量差异分析到底如何做，提到了pseudobulks方法，而且给出来了多种代码实现方式，详见：单细胞差异分析之
软件源代码位于Github: https://github.com/corybrunson/ggalluvial CRNA官方演示教程: https://cran.r-project.org/web/packages.../ggalluvial/vignettes/ggalluvial.html 安装 以下三种方装方式，三选1： 显示帮助文档 使用vignette查看演示教程 接下来我们的演示均基于此官方演示教程，我的主要贡献是翻译与代码注释...长表格数据 主要列说明： x, 主要的分类，即X轴上每个柱 stratum, 主要分类中的分组 alluvium, 连接图的索引 5....R package version 0.5.0. https://CRAN.R-project.org/package=ggalluvial https://en.wikipedia.org/wiki/...ggalluvial包源码：http://corybrunson.github.io/ggalluvial/index.html 官方示例 Alluvial Diagrams in ggplot2 https://cran.r-project.org
的感觉。 pacman包是一个整合了基础包library相关函数的包，用于更方便地对R包进行管理。该包可以添加到.Rprofile以便于显式地指定该包的函数，增加工作效率。...p_install(dbConnect, qdap, reports) 从Github安装和载入包 pacman提供了从Github上安装和载入包的函数，其实就是基于devtools包的函数： Note...（不是删除），但基本的R包不能被卸载（R启动就用到的包）。...，下面可以返回所有包： p_loaded(all = TRUE) 检查包： p_loaded(base, MASS) base MASS TRUE FALSE p_isloaded(methods...包版本 p_vignette browseVignettes 包 Vignettes查看 内容有点多，想全部学习的，查看 http://trinker.github.io/pacman/vignettes
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