写在前面： 在如何通过Google来使用ggplot2可视化这篇文章中，我们曾经介绍过R语言在生物信息学中的重要性。 这篇文章也激发了很多小伙伴学习的热情。...如何安装旧版本的包 既然你点进来看，肯定是有需求。 一般来说，R语言自带的 install.packages函数来安装一个包时，都是默认安装最新版的。...如何通过Google来使用ggplot2可视化 用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化（下） 如何切换镜像 这个技巧很重要，一般来说，R语言自带的 install.packages函数来安装一个包时，都是用的默认的镜像...,而我们需要更改成自己最方便的 install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"), contriburl = contrib.url(repos...如果是在国内， install.packages ("ABC",repos="http://mirror.bjtu.edu.cn/ "), 换成北大的镜像你会体验飞一般的感觉！
---- 如何安装旧版本的包 既然你点进来看，肯定是有需求。 一般来说，R语言自带的 install.packages函数来安装一个包时，都是默认安装最新版的。...如何通过Google来使用ggplot2可视化 用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化（下） ---- 如何切换镜像 这个技巧很重要，一般来说，R语言自带的 install.packages函数来安装一个包时...,而我们需要更改成自己最方便的 install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"), contriburl = contrib.url(...如果是在国内， install.packages ("ABC",repos="http://mirror.bjtu.edu.cn/ "), 换成北大的镜像你会体验飞一般的感觉！...如果想永久设置，就用options修改即可。 如果你是Rstudio的IDE，只需要鼠标点击直接进入全局设置，一劳永逸的选择好镜像！ ?
，因此卸载重新装了最新版本的R version 4.4.1 (2024-06-14)，在重新执行上述代码时遇到新的问题。...() #清空控制台信息 Control + L(非 Command + L) #清空环境变量 rm(list = ls()) 在使用R语言时，我们通常需要从CRAN（Comprehensive R Archive...CRAN是一个存储了大量R语言扩展包的网络服务器，用户可以通过它来获取需要的扩展包。默认情况下，R语言会使用CRAN的全球镜像源进行扩展包的下载。...然而，有时候全球镜像源可能由于网络连接问题或地理位置的限制而导致下载速度较慢。为了解决这个问题，我们可以自定义指定CRAN本地镜像源，以提高下载扩展包的速度和稳定性。...生物信息学开源工具库（BioConductor） #查看及设置CRAN,Bioconductor镜像源 options()$repos options()$BioC_mirror #options(BioC_mirror
“综合R档案网络”（CRAN）是一系列站点（称为镜像），它们携带相同的材料，由许多R包和R分发本身组成。您可以从任何CRAN镜像下载R和许多R软件包，但我们将使用RStudio镜像。...它使用一个特殊文件列出了应从中下载软件包的来源。那个文件是/etc/apt/sources.list。为了获得最新版本的R，我们需要通过在sources文件中添加一行来将正确的存储库添加到源列表中。...如前所述，CRAN不仅托管R本身，还托管许多R软件包。要安装CRAN上托管的新R包，或更新现有R包，可以使用R中的install.packages()函数。...# This is an example, do not run this install.packages("somepackage") 但是，默认情况下，R中特定用户安装的任何程序包只能供该用户使用...但是，建议不要以root身份登录，因此我们只能以root身份运行R命令。我们还将指定repos参数，以便从RStudio CRAN存储库下载包，这与我们下载R本身时使用的相同。
这将确保齐柏林首次见到R解释器。 使用R解释器 默认情况下，将R解释显示为两个Zeppelin解释器，%r和%knitr。 %r将表现得像普通REPL。您可以像CLI中一样执行命令。 ?...同样的情况下与共享%spark，%sql并%pyspark解释： ? 您还可以使普通的R变量在scala和Python中可访问： ? 反之亦然： ? ?...（请注意，%spark.r和%r是调用同一解释的两种不同的方式，因为是%spark.knitr和%knitr默认情况下，Zeppelin将R解释器放在%spark.翻译组。...如果您尝试安装在不区分大小写的文件系统（Mac OS X默认值）上，则maven可能无意中删除安装目录，因为r它们R成为相同的子目录。...如果您尝试使用SPARK_HOME运行Zeppelin，该版本的Spark版本与-Pspark-1.x编译Zeppelin时指定的版本不同。
（1）R包安装 按需索取，目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律。 不需要安装所有的R包，需要哪一个，装哪一个。...##已经安装的包，可以用 :: (双冒号)快速调用里面的函数，不需要加载。 BiocManager::install()....根据反馈出来的逻辑值判断是否安装成功。 require() 返回逻辑值是TRUE时，说明已经安装，而 !...图片 ##例如常用的画图软件的安装和加载，可以运行如下程序 #设置镜像 options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/...更换网络，设置镜像 6）not writable / permission denied 权限问题：管理员方式重新打开Rstudio,重新运行代码。 7）？？？？？ 中文用户名，需要修改环境变量。
| 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror，Ubuntu 的软件源配置文件是 /etc/apt/sources.list。...conda软件镜像源 依次输入以下命令设置软件镜像源，并展示镜像源地址，这里设置了中科大镜像： conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn...R环境设置 注意，安装使用R首先需要你的电脑用户名不能含有中文，否则后期运行程序会很容易报错，如果用户名含有中文请进行更改（很难。。。）...或新建一个用户； Rstudio是R的编译器，能提升用户交互体验，安装Rstudio前一定要先安装R 2.1 R与Rstudio下载安装 先在清华镜像源下载 R，地址：The Comprehensive...Rstudio中设置清华镜像源 依次进入：Tools——Global Options——Pakages——Change；选择镜像源 2.2 Bioconductor与R包下载 新建一个Rscript
使用国内镜像-推荐清华或中科大镜像-设置镜像即可-网址在day4的R脚本tools - global option -packages -primary CRAN repository中设置镜像，选择中科大或清华代码设置...-day4的R脚本中清华镜像CRAN清华镜像bioconductor清华镜像中科大镜像CRAN中科大镜像bioconductor中科大镜像R包安装和使用逻辑安装-加载-使用包里的函数已经安装的包可以用:...:快速调用包里的函数 比如：pheatmap::pheatmap(volcano)和library(pheatmap)+pheatmap(volcano)效果类似如果后续长时间使用某个包，使用library...require(qlcMatrix))install.packages(ad,repos = NULL)疑问package not available包名写错命令行错误可能R语言版本不适配（极少）包过时被剔除...require(ggstatsplot))install.packages("ggstatsplot")library(ggstatsplot)#尝试装ggstatsplot的包，学习使用它colnames
在R包版本依赖有误、新版R包存在bug或者新版R包函数重大更新导致自己代码报错等情况下，一个可选的解决方案是安装特定的旧版本的R包来解决。...R中安装R包的函数是install.packages函数，一般使用都是install.packages('包名')，比如安装ROCR包就是install.packages('ROCR')。...install.packages会自动从CRAN下载ROCR包的最新源码，并执行编译安装。...本地文件/文件夹安装R包时都是需要指定repos=NULL的，也就是上一句应该是： install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/ROCR...Version # "ROCR" "1.0-7" 注意，在windowns及部分版本的mac平台上，install.packages往往会尝试优先安装二进制R包而不是源码R包，如果安装时有报错这些信息
链接：网盘链接 提取码：ikya 之后的安装基本是都是 傻瓜式 安装 ---- 四、R 安装 双击之前下载好的可执行文件 R-X.X.X-xxx.exe 选择安装时使用的语言，确定 下一步...将以下配置粘贴上去 ## 设置镜像 local({ r repos") r["CRAN"] CRAN/" options(repos=r)} ) options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") ## 设置下载方式...修改全局设置 在 Tools 的 Global Options 选择 China 的镜像 2....升级 R 包 以下是经常会使用到的包，复制以下命令回车执行就完事 update.packages() if(!
❝接「R」R Docker 教程❞ 第五课：Dockerfile 前面我们学习了一个可以在 Docker 中运行 RStudio 的基础镜像，学习如何使用 docker commit 修改镜像的内容。...接下来，让我们基于该基础镜像添加一层，让 gapminder 提取安装好可以直接使用： RUN R -e "install.packages('gapminder', repos = 'http://cran.us.r-project.org...')" RUN 命令可以执行 Shell 命令，这个例子中，我们直接通过 Shell 调用包安装命令。...Docker 镜像时，你可能注意到了类似下面的输出： Step 2 : RUN R -e "install.packages('gapminder', repos = 'http://cran.us.r-project.org..., repos = 'http://cran.us.r-project.org')" 接下来将我们的分析写成脚本并将其添加到 Dockerfile 中。
，你所使用的网络环境，在访问清华镜像的时候存在问题，可以尝试换个网络环境，或者换个镜像源； # 运行这两句代码设置一下北外镜像 options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn...A13:提高下载速度 Q14:这个BiocManager的包一直安装不上，用测试代码download.file可以下载的，切换镜像也没有用 A14:这个报错的可能原因是，你所使用的网络环境，在访问清华镜像的时候存在问题...，可以尝试换个网络环境，或者换个镜像源 # 运行这两句代码设置一下北外镜像 options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.bfsu.edu.cn/CRAN/")) options...你之所以画不出来，其实是因为你的iris被你改动掉了，这个改动重启就可以解决 Q20:这个包怎么都安不上 A20:用这个代码 install.packages("https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...我看视频上需要二百多个包 A24:正常的 Q25: A25:这是R包兼容问题，需要安装特定版本的Matrix包，提示信息里有 Q26:为什么老师你在昨天的数据过滤中，要查看开头为MT 的细胞的百分比？
安装和加载R包 1.配置镜像 为了一劳永逸地完成镜像配置，我们需要在将镜像链接设置在R的初始配置文件.Rprofile里。...options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) # CRAN的清华镜像源 options(BioC_mirror...="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") # Bioconductor的中科大镜像源 2.安装R包 R包安装命令是install.packages(“R包名”) 或者BiocManager...::install(“R包名”) 3.加载R包 一般使用library(“R包名”)加载R包 dplyr包的学习 1.五个基本函数 首先构建一个储存数据的变量test 图片 新增一列数据mutate()...>% group_by(Species) %>% summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length)) # %>% 意思就将前面的内容作为后面的处理对象，依次执行下去
目录： 判断式安装 向量保存包名再安装 安装包技巧 还是使用我的R 包 R studio 修改镜像 如果你是通过R studio 使用R，是可以直接通过偏好中的设置去修改镜像： R 默认提供了非常多的镜像来源...使用R 包 比如我的R 包，你可以在主界面了解详细信息：https://github.com/mugpeng/pengToolkit (也可以点击原文链接) # install devtools install.packages...({ r repos" );# set CRAN mirror for users in China r[ "CRAN" ] CRAN/"; # CRAN的镜像地址 options( repos = r ) BioC <- getOption( "BioC_mirror" ); # set bioconductor...安装包技巧 判断式安装 我们可以利用requireNamespace 函数判断包是否安装在R 中，如果有则返回T，利用判断，看是否执行安装命令： # 安装biocmanager（bioconductor
R包R包在哪里及怎么安装(1) CRAN网站install.packages("包名称")(2) Bioconductor网站BiocManager::install("包名称")(3) Github网站.../bioconductor/ # 中科大镜像# http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/# http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/代理设置tools-global...option-packages CRAN代码设置# options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))# options...(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")R包安装和使用逻辑：安装-加载-使用函数已经安装的包，可以用::快速调用里面的函数，如果一个包要用的函数很多...## require(包名称)返回的是逻辑值，TRUE为已安装，FALSE为未安装### if TRUE执行后面的语句，if FALSE不执行# if(!
0,]#取出df1中#筛选test中，Species列的值为a或c的行test[test$Species!..."=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))#设置镜像#1.CRAN的直接installinstall.packages("tidyr")...require(string))install.packages("stringr")包是否下载成功的唯一标准是library()没有error，当提示package not available时，原因可能为...首先考虑原因1.2，多搜索多尝试提示connection、download：网络问题提示writable、permission：权限问题，管理员方式打开R图片读取表格、fread函数input 的文件夹内的文件时，写全路径多用tabfread函数读取快且遇空行不易出错引用自生信技能树马拉松课程小洁老师R语言基础
临时设置（会话级） 在 RStudio 会话中直接执行相应变量的设置，这种设置只在当前会话中有效。会话结束后，变量设置会丢失，下次启动 R 会话时需要重新执行该命令。...这种方式允许在每个 R 会话中灵活地调整变量设置，非常适用于临时或特定需求的调整。 镜像 镜像（Mirror） 是指在不同地理位置上维护的，内容是原始站点（如 CRAN）的复制版本。...镜像服务器提供了与原始服务器相同的数据和文件，但位于不同的物理位置，目的是通过分布式服务器网络来提高下载速度和可用性，特别是在不同区域的用户访问时。...了解上述设置，那么你应该理解了，我们共享服务器，可以根据你的使用体验，来选择是否调用公共R包库： 你可以选择调用R包库，同时如果有缺少的R包你也可以自己安装。...——Packages management(工具包管理)——Change(更改CRAN mirror) 选择中国区镜像——OK—Apply 设置镜像 安装R包 ##CRAN的包 install.packages
认识dplyr，函数、功能等---安装和加载R包镜像设置方法一：手动设置，Tools→Packages→Primary CRAN repository方法二：自动运行教程来自：https://www.jianshu.com.../p/861224f4251aoptions() 设置R运行过程中的一些选项设置options()$repos 查看使用install.packages安装时的默认镜像options()$BioC_mirror...查看使用bioconductor的默认镜像R最重要的两个配置文件: 一是.Renviron，能够设置R的环境变量； 二是.Rprofile，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动...Rstudio时完成的）首先，编辑文件file.edit('~/.Rprofile')options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn...安装和加载需要联网，以dplyr为例：options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options(BioC_mirror
在生信学习过程中，有两个最常见的R包库 一是Comprehensive R Archive Network(https://cran.r-project.org/mirrors.html) (CRAN)...Bioconductor 2、基础操作 2.1 设置镜像 提高下载安装包的速度。...如下分别为bioconductor与CRAN选择了清华的镜像源 options()$repos options()$BioC_mirror options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn.../bioconductor/") options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options()$repos...options()$BioC_mirror 2.2 安装R包 安装源自CRAN的包：install.packages()基础函数 install.packages("BiocManager")
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
对象存储
腾讯会议
云直播
