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R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子

之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...首先画热图 这个热图和常规的还稍微有点不太一样，可以简单的理解为带有缺失值的热图，缺失值是空白格，其他值分别填充颜色。...那我们就按照这个思路来构造数据 将数据集按照以上格式整理好，存储在csv文件中。...首先是读入数据 df<-read.csv("example_data/ggplot2_heatmap.csv",header=T) 以上数据是宽格式，借助reshape2这个包中的melt函数将宽格式转变为长格式...df1<-reshape2::melt(df) ggplot2画热图 library(ggplot2) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+ geom_tile(aes

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R语言ggplot2绘制带有底纹的柱形图~patternplot扩展包

做柱形图的时候如果要区分不同的类别 最直观的方式就是用不同的颜色，但是有的期刊如果要求黑白灰配色的话，用颜色可能就不太好区分，这个时候可以用添加底纹的形式。...R语言的ggplot2包没有提供直接绘制带有底纹的柱形图的函数，如果想要实现需要借助扩展包patternplot，参考链接 https://cran.r-project.org/web/packages...vignettes/patternplot-intro.html 下面介绍几个简单小例子 第一次使用这个包需要安装，直接运行install.packages("patternplot")命令进行安装 第一个是普通的柱形图...画图代码 library(patternplot) library(readxl) library(ggplot2) df1<-read_excel("patternplot/patternplot_example.xlsx...png", sep = "")) : unable to open C:/Users/pome/AppData/Local/Temp/Rtmp2Lr3pm/dots.png 暂时不知道是什么原因 簇状柱形图重复的时候一直遇到报错

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    跟着Nature Communications学画图：R语言ggplot2画带有底纹的柱形图

    descriptors for uncharacterized chemical compounds 本地存储文件名 s41467-021-24150-4.pdf 公众号后台有读者留言问到了这个论文里的一些图的实现办法...复现起来还是比较麻烦的。浏览全文的时候发现了其中一个带有底纹的柱形图。这个还是比较有用的。因为有的期刊可能会要求配色只能用黑白灰。区分不同的分组加上底纹可能会比较好看。...之前出推文介绍过patternplot这个R包画带有底纹的柱形图，但是他的代码和ggplot2的格式区别还挺大的。...最近又发现了一个R包ggpattern，画带有底纹的柱形图或者给柱形图添加图片都非常方便。...()，填充的内容有4个，分别是 'stripe' (default), 'crosshatch', 'point', 'circle' 做一个简单的柱形图看下效果 df<-data.frame(x=LETTERS

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    跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2绘制带有条纹的分组柱形图

    data analysis https://www.nature.com/articles/s41467-022-31724-3 本地pdf s41467-022-31724-3.pdf 论文中公布了大部分图的数据...，但是没有公布对应的作图代码，没有关系，我们可以自己写代码试着模仿，今天的推文重复一下论文中的Figure 2A 带有条纹的分组柱形图 示例数据截图 image.png 这里实现条纹柱形图用到的是...ggpattern这个R包 参考链接 https://coolbutuseless.github.io/package/ggpattern/index.html https://github.com/...coolbutuseless/ggpattern 安装 remotes::install_github("coolbutuseless/ggpattern") 因为是ggplot2的扩展包，除了把作图函数替换...，其余的细节都可以用ggplot2的语法来调节 读取数据 library(readxl) dffig2a<-read_excel("data/20220806/41467_2022_31724_MOESM4

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    （数据科学学习手札38）ggplot2基本图形简述

    abline()、hline()与vline() 　　在R的基础绘图系统中我们可以在已绘制的图床上通过abline来添加线条，在ggplot2中当然也有类似的方法： geom_abline()： 　　...x轴，则可以使用geom_vline()来快捷地添加垂直线条，xintercept传入的参数即为线条在x轴上的位置，若传入向量则可同时添加多条线条： library(ggplot2) p 的说起： geom_density()： 　　和R基本绘图系统中的密度曲线绘制方法很接近： library(ggplot2) data 的主要参数类似，需要在aes()中定义起点坐标x、y，以及终点坐标xend、yend，如需要线段或曲线上带有小箭头，则额外定义参数arrow即可，箭头方向由之前的起点终点决定： data ggplot2可以绘制出与seaborn中的小提琴图同样优美的图形，因为涉及的内容比较复杂，我准备在之后单独开一篇来介绍，下面仅展示一张简单的小提琴图： library(ggplot2)

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    提升R语言的数据可视化效果的五个范例

    在R语言中，我利用绝妙的ggplot2包中的geom_segment()命令，绘制起讫点重心间纤细透明的白色线条。...我觉得，R语言制作出的图片在黑色背景下显得特别漂亮，不过，之后我们将其导入AdobeIllustrator，Oliver将一系列透明效果应用在线条上，使得线条在深蓝的背景下熠熠夺目（我们在整本书中使用了深蓝...为了制作这幅图，我复制了制作人口线图的代码，而Oliver努力手动清除了我过度绘制的红色线条的边缘（我在ggplot2中调试不出如何自动清除线条）。...我们坚持使用输出时地图的颜色，然后手动编辑水流图的颜色。水流图是利用ggplot2包中的geom_ribbon()功能制作的。 目前为止展示的所有图片都是从数据开始的，最少也有数千行数据。...这里最关键的是，R语言里的几行代码，节省了一天手工绘制线条的时间。

    1K60

    如何通过R语言制作BBC风格的精美图片

    在BBC数据团队开发了一个R包，以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形，并且使新手更容易到R创建图形。 例如： ? 加载所有所需的R语言包 通常在R中创建图表需要安装和加载某些软件包。...它本质上修改了ggplot2的主题功能中的某些参数。例如，第一个参数是设置绘图标题元素的字体，大小，字体和颜色。...bbplot软件包的第二个功能finalise_plot（）将使标题和副标题左对齐，并在图的右下角添加带有源和图像的页脚。...在轴标签中添加千位分隔符 可以指定轴文本具有千位分隔符，并带有scale_y_continuous的参数。...例如，如果要创建带有很多条形图的条形图，并要确保每个条形图和标签之间有一定的呼吸空间，则可能是这种情况。 如果您确实保留了较大高度图的边距，那么轴和标签之间的间隙可能会更大。

    13.1K10

    R for data science （第一章） ②

    facet_wrap（）的第一个参数应该是一个公式，你用〜后跟一个变量名创建（这里“formula”是R中数据结构的名称，而不是“equation”的同义词）。...在ggplot2语法中，我们说它们使用不同的geom。 geom是绘图用于表示数据的几何对象。 人们经常根据情节使用的几何类型来描绘情节。...例如，条形图使用条形图，折线图使用线条图，箱形图使用箱形图格栅等。 散点图打破了这一趋势; 他们使用点geom。 如上所述，您可以使用不同的geom来绘制相同的数据。...在这里，geom_smooth（）根据他们的drv值将汽车分成三行，描述汽车的动力传动系统。 一行描述具有4值的点，一行描述具有f值的点，并且一行描述具有r值的点。...这里，4代表四轮驱动，f代表前轮驱动，r代表后轮驱动。 如果这听起来很奇怪，我们可以通过在原始数据上叠加线条然后根据drv着色所有内容来使其更清晰。 请注意，此图包含同一图表中的两个geom！

    4.4K30

    「R」ggplot2数据可视化

    R有几种不同的系统用来产生图形，但ggplot2是最优雅而多变的那一种。ggplot2实现了图形语法，一种描述和构建图形的逻辑系统。通过ggplo2，我们能够快速学习，多处应用。...ggplot2 初探 在ggplot2中，图是采用串联起来（+）号函数创建的。每个函数修改属于自己的部分。...分组 在R中，组通常用分类变量的水平（因子）来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...在ggplot2中标尺的概念很普遍，可以通过查看以scale_开头的函数来了解更多信息。 主题 主题可以让我们控制这些图的整体外观。...将多个ggplot2包的图形放到单个图形中最简单的方式是使用gridExtra包中的grid.arrange()函数。我们需要事先安装这个包。 让我们创建3个ggplot2图并把它放在单个图形中。

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    R语言作图——density plot(密度图)

    原创 黄小仙 上次分享了小提琴曲线(violin plot)的作图方法,今天小仙同学给大家介绍一下如何用R画出漂亮的密度图(density plot)。 Step1....绘图数据的读取 data<-read.csv(“your file path”, header = T) #注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用 header=F Step3....绘图所需package的安装、调用 install.package(“ggplot2”) #注释：ggplot2是目前公认绘图很强的一个安装包，如果已经安装，这句就不需要啦 library(ggplot2...导出高清图的方法在这里： R语言作图技巧——导出高清图 R语言作图系列还有： R语言作图——Beeswarm(蜜蜂图) R语言作图——Circular bar plot(环形柱状图) R语言作图...R语言作图——Radar chart R语言作图——Pie chart （公众号：生信了） 版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点仅代表作者本人。

    2.4K10

    R可视化：不一样的ggplot2箱线图

    在ggplot2 中，可以通过使用 geom_point() 来在箱线图上增加点，这些点可以代表分组中特定指标的出现率。...patternplot 包的 pattern_boxplot() 函数可以生成这样的图形，它允许用户在网格中为每个子集绘制箱线图，从而可以直观地比较不同组别或条件下的数据。...density: 密度参数，可能用于调整箱线图内密度图的显示。legend.h: 图例的高度。legend.x.pos 和 legend.y.pos: 图例在图表中的位置。...R包library(tidyverse)library(ggplot2)​rm(list = ls())options(stringsAsFactors = F)导入数据data("iris")​head...pl结果：带有显示Index在不同分组出现率的箱线图画图: prism主题结果：带有显示Index在不同分组出现率的prism风格的箱线图

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    数据处理神器tidyverse（2）ggplot2

    基本思想是ggplot2将数据的几何对象（圆圈，线条等），主题和比例放在上面。...任何ggplot图的基础层都是由ggplot（）函数定义的空ggplot层，它描述了用于绘图的数据框。...例如，如果你想在x轴上绘制带有gdpPercap的散点图，在y轴上绘制lifeExp，那么你可以添加一个带有相关美学函数的geom_point（）几何图层： # describe the base ggplot...在这里，你可以通过总结每年的预期寿命并将结果输入ggplot而不必定义任何中间变量来对dplyr操作与ggplot2进行一些巧妙的组合。...但是，如果您想使用数据框中的变量来定义geoms的颜色（或任何其他美学特征），需要将它包含在aes（）函数中。

    2.2K30

    ggplot2中如何自定义数据地图版面范围~

    之前联系过程中遇到的一个小技术问题，就是在ggplot2制作数据地图时，使用标度调整参数进行范围限定时，总是出现错误，版面上出现交错的线条和条带。...倘若我想将该地图版面聚焦到中国的领土范围内，但是呢，又不想单独呈现孤零零的中国地图，我需要中国周边的这些邻国边界，来锁定中国在亚洲地区的大致位置，这些周边领国边界不要求都拥完整的行政区划，可以根据版面的需要...我们都知道在ggplot2系统中，调整X，Y的标度范围拥有布置一个的可选参数： xlim/ylim expand_limits() scale_x/y_continuous() 其实坐标轴系统中也可以嵌入标度调整参数...这次结果又失败了，不仅没有完成目标，底部还出现了一条莫名其妙的线条。...在ggplot2版面中制作数据对图，想要对版面进行有效的控制，需将标度范围的调整参数在坐标系内进行限定，否则会出现错乱，而是在限定范围的同时可能需要放弃使用空间投影（有没有更好的解决方案，目前还未知，留待以后解决

    1.6K81

    R语言入门系列之二

    R最常使用的作图函数为plot()，下面通过一个简单的例子来介绍R中图形构建方法： attach(mtcars) #加载R内置示例数据（这是一个数据框，可自己查看） plot(wt, mpg) abline...points()：在以由图形绘制点图 lines()：在已有图形绘制线图 plot.new()：绘制新的图形，如若不设置参数，绘制一个新的空白图形 segments()：根据起止点坐标，在已有图形添加直线...2.3Ggplot2绘图 ggplot2（http://ggplot2.tidyverse.org/reference/）是专门用来绘制数据图形的R软件包，与其他R语言包相比，其语法相对独特，是基于图形语法...（scale）：将数据的取值映射到图形空间 ggplot2中两个主要的作图函数为qplot()和ggplot()。...qplot()更简单一些但是参数较少，下面通过一个简单的例子来介绍ggplot2图形构建方法： attach(mtcars) #加载R内置示例数据 library(ggplot2) ggplot(mtcars

    3.9K30

    创建一个欢迎 cookie 利用用户在提示框中输入的数据创建一个 JavaScript Cookie，当该用户再次访问该页面时，根据 cookie 中的信息发出欢迎信息。…

    创建一个欢迎 cookie 利用用户在提示框中输入的数据创建一个 JavaScript Cookie，当该用户再次访问该页面时，根据 cookie 中的信息发出欢迎信息。...cookie 是存储于访问者的计算机中的变量。每当同一台计算机通过浏览器请求某个页面时，就会发送这个 cookie。你可以使用 JavaScript 来创建和取回 cookie 的值。...的欢迎词。而名字则是从 cookie 中取回的。 密码 cookie 当访问者首次访问页面时，他或她也许会填写他/她们的密码。密码也可被存储于 cookie 中。...当他们再次访问网站时，密码就会从 cookie 中取回。 日期 cookie 当访问者首次访问你的网站时，当前的日期可存储于 cookie 中。...日期也是从 cookie 中取回的。

    2.7K10

    R in action读书笔记（22）第十六章 高级图形进阶（下）

    它弥补了R中创建图形缺乏一致 性的缺点，使得用户可以创建有创新性的、新颖的图形类型。ggplot2中最简单的绘图方式是利用qplot()函数，即快速绘图函数。...对于直线图，colo将把线条颜色与变量水平联系起来，对于密度图和箱线图，fill将把填充颜色与变量联系起来。...16.4.2 playwith playwith包提供了一个GTK+图形用户界面（GUI），使得用户可以编辑R图形并与其交互。...playwith()函数允许用户识别和标注点、查看一个观测所有的变量值、缩放和旋转图形、 添加标注（文本、箭头、线条、矩形、标题和标签）、修改视觉元素（颜色、文本大小等）、应用先前存储的图形风格，以及以多种格式输出图形结果...依赖于GTK+ GUI，用户可以使用鼠标编辑图形 与identify()函数不同，playwith()既对R基础图形有效，也对lattice和ggplot2 图形有效。

    1.4K20

    跟着Nature microbiology学画图~堆积柱形图+箱线图以及组合图

    image.png 重复的图片是Figure1中的堆积柱形图和箱线图，然后将其组合 ? 需要的工具及准备 本次可视化基于windows 10系统。...需要的R 包即具体实现过程： install.packages('ggplot2') #安装ggplot画图包 library(ggplot2)#导入ggplot包 然后就是要读取数据了,为了方便初学者...3）ctrl+shift+N 新建图层--用文字工具输入标签---再点击选择工具，点击文字--输入-45度--应用---得到比较好看的理想图： ? ? 其他的文字部分也是类似处理并保存：得到下图 ?...各类检验适用 的情况如下： ? ggsignif主要的一个函数是geom_signif()，使用方法和ggplot2中其他的geom_***()一样，作为图层添加到图形中就可以，他的主要参数为： ?...,p2,p3,labels = c("A","B","C","D",ncol=2,nrow=2))#两行两列 说明：输入每个箱图的名字p0,p1,p2,p3,给定图名，几行几列，运行就可以得到组合图：

    4.8K20

    路径分析图「建议收藏」

    需大于0.7；根据结果逐步去除每个模块中Loading值小于0.7的变量，直至所有变量Loading > 0.7，重新运行路径分析模型 blocks=list(1, 4:5, c(7,9,10), 11...将结果的Inner Model中，路径Pr值小于0.1作为所谓“显著”路径，并在图中用红色线条显示。...中的总效应柱状图依次复制到4.1路径图的AI画板中，各柱状图设置为上边缘对齐； 柱状图中横坐标修改为对应模块名称，并将柱状图颜色修改为与路径图4.2中相对应的颜色； 柱状图的x和y轴坐标刻度数字字体大小设置为...最终效果图如下： 将组合图在180*135 mm（包括了2mm的出血或天地边）画板中调至合适大小，图中路径系数最终字体大小为6.5 pt，block变量框中字体大小为7 pt，柱状图坐标轴刻度及R2字体大小为...该图用Photoshop打开，并“另存为”，勾选“LZW压缩”，至此，完成图表的压缩。最后检查图表，是否放大800倍，线条仍无锯齿，且图小于2 M为最佳。

    1.7K10

    我汇总了韦恩图(Venn Diagram)所有绘制方法，推荐收藏~~

    今天这篇推文小编就汇总一下有关Venn Diagram(韦恩图) 的绘制方法，主要内容包括： Venn Diagram(韦恩图)的简介 Venn Diagram(韦恩图)的R绘制方法 Venn Diagram...，主要用于显示元素集合重叠区域的图示，如下图所示： Venn Diagram Example 那么，我们如何使用R或者Python实现Venn Diagram(韦恩图)的高效绘制呢？...Venn Diagram(韦恩图)的R绘制方法 R-ggvenn包绘制 使用R绘制Venn Diagram图，首先想到的肯定是ggplot2,而ggvenn包作为ggplot2的拓展包且有geom_*(...更多细节，感兴趣的小伙伴可参考官网进行理解哈~ R-ggVennDiagram包绘制 R-ggVennDiagram包和ggvenn包一样也是ggplot2的拓展包，其可以支持2~7维的韦恩图绘制，这里小编直接通过使用...，更多细节大家可参照官网进行探索哈~ 总结 今天这篇推文，小编较为系统的介绍了使用R和Python进行Venn Diagram(韦恩图)的绘制且简单介绍了Venn Diagram(韦恩图)的用途，希望大家可以有所收获哈

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