R中的K-mer词
是指在基因组学和生物信息学中常用的一种序列分析方法。K-mer是指长度为K的连续子序列，它可以用来描述DNA、RNA或蛋白质序列的特征。
K-mer词在基因组学中有广泛的应用，包括基因组序列比对、DNA序列组装、基因表达分析等。通过统计K-mer词的出现频率和分布情况，可以揭示序列中的重复区域、基因家族、编码区域等重要信息。
在R中，可以使用Bioconductor包中的kmer包来进行K-mer词的分析。kmer包提供了一系列函数，可以计算K-mer词的频率、生成K-mer词的频率分布图、进行K-mer词的比对等操作。同时，kmer包还提供了一些可视化工具，方便用户对K-mer词的分析结果进行展示和解释。
腾讯云提供了一系列与基因组学和生物信息学相关的云计算产品，包括基因组测序分析平台、基因组数据存储和计算服务等。其中，推荐的腾讯云产品是基因组测序分析平台（https://cloud.tencent.com/product/gsa），该平台提供了一站式的基因组测序数据分析解决方案，包括K-mer词的分析和其他常用的生物信息学分析方法。
总结起来，K-mer词是一种在基因组学和生物信息学中常用的序列分析方法，可以用来描述DNA、RNA或蛋白质序列的特征。在R中，可以使用Bioconductor包中的kmer包进行K-mer词的分析。腾讯云提供了与基因组学和生物信息学相关的云计算产品，推荐的产品是基因组测序分析平台。
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我仍然是R编程的新手，我只是不知道如何将下面的代码从python写到R。 human_data是CSV文件中的数据帧。该单词包括字母序列。基本上，我希望将字符串的“word”列序列转换为长度为6的所有可能的k-mer单词。
浏览 20提问于2021-10-04得票数 1
我想根据给定的k-mer列表扫描一组DNA序列；k-mer列表上的每个元素都是一组相同长度的相似k-mer，它们看起来像可以使用哪些软件/ R-script来获取每个序列中k-mer的出现次数--结果应该是一个表：
k-mers出现table1:
浏览 0提问于2013-08-26得票数 2
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然而，我发现的只是“识别并行任务并在hadoop上执行它们”。如果你们能在因特网上用Java引导我找到正确的Hadoop资源，我会非常感激，在那里我可以找到一些可靠的例子，而不是单词计数。这就是我想做的
我有一个非常大的文本文件(大约100 MB)，其中包含字符行(A，G，T，C)，随机A，G，T，C的randomized.Long序列可能形成一个重要序列k的字符串，例如(ATCGAGC我可能在这个名为“r”的文本文件的</e
浏览 3提问于2012-10-30得票数 3
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浏览 22提问于2017-08-19得票数 0
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我正在创建一个k-mer频率计数器(类似于Hadoop中的单词计数)，它是用Scala编写的。我对Scala相当陌生，但我有一些编程经验。输入是一个包含基因序列的文本文件，我的任务是获取每个k-mer的频率，其中k是该序列的指定长度。
因此，序列AGCTTTC有三种5-mers (AGCTT，GCTTT，CTTTC)。我已经对输入进行了分析，并创建了一个巨大的字符串，这是整个序列，新的行抛出
浏览 0提问于2014-10-06得票数 4
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Hamming距离的逆
、、、、
“‘ACGTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCT”)，要搜索的单词的长度(即。和在字符串中搜索该单词时可接受的不匹配(即。1)返回最频繁的单词或“变异”的单词。为了明确起见，给定字符串中的长度为4的单词可以是(在“”之间)：这或者这个
ACGTTGCATGTCGC
浏览 5提问于2013-11-12得票数 22
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aa
浏览 0提问于2019-09-09得票数 0
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我有一个包含字符串列表的文件。我试着生成所有的k-mer。这是我的密码：#include <stdlib.h>}
FILE *file;
file = fopen("out/clean_read_1.txt", "r</
浏览 1提问于2019-05-01得票数 0
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这里将优先考虑计算速度。
浏览 27提问于2022-08-19得票数 -1
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我正在尝试实现频繁词的伪代码。根据一个样本数据集，我应该返回2个频繁出现的单词，但我只返回第一个。Text, k) for i <-- 0 to |Text| - k remove duplicates from FrequentPatterns下面是我<
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2 seqs，最大长度133，avg长度1
浏览 3提问于2014-12-13得票数 1
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我正在构建一个非常长的字符串(~1G)的字典，其中键是一个固定长度的k-mer，值是所有出现的位置。当k很大(>9)时，预先构建k-mer字典是没有意义的，因为不是所有的值都会发生&它会使表膨胀。目前，我正在执行这样的任务： hash = {}
for
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这是我所关注的基因组学课程中的一个问题。我们目前正在处理搜索方法，特别是如何检测(对齐)较短的DNA序列(p，字符串)在较长的DNA序列(t，也是字符串)中的所有出现。alphabetize by k-mer def query(self, p):
''' Return index hits for first k-mer of P教员指出，他将值设置为-1用于特定目的，
浏览 5提问于2022-05-25得票数 0
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DNAlst<-list("CAAACTGATTTT","GATGAAAGTAAAATACCG","ATTATGC","TGGA","CGCGCATCAA"
浏览 0提问于2014-10-28得票数 6
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R中的词关联
、、、
我正在寻找一个解决方案/库或任何在段落中找到最频繁的单词关联的函数。例如：
树红: 0.41树-苹果: 0.46香蕉-黄色: 0.30苹果-红: 0.8
文本中最常见的两个词是“苹果红”组合，因为这两
浏览 0提问于2016-05-18得票数 2
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然后，我用t组进行分区，这意味着这是它们发生的次数，基本上是对一个偏移量为k的分区组中的最后一项和第一项的差异(因为所有的k都应该适合L-窗口，这将通过扩展它来解释最后一个times )。丛集查找问题:寻找在字符串中形成丛集的模式。
(d
浏览 0提问于2013-11-20得票数 0
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我有一个数据夹有这样的结构：10 Good Products good productsData_clean$Raison.Reco.clean1 <- Corpus(VectorSource(Data_clean$Review.clean.lower))
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浏览 4提问于2021-10-17得票数 1
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