ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
Java Heap Memory 堆内存（heap memory）是被用来在runtime的时候给对象和jre的那些class分配内存的。注意是runtime的时候。...那个我们熟悉的gc（垃圾回收站）负责把那些不再被引用（reference）的对象从heap memory中清理掉，这也是gc的职责所在。在heap空间里创建的任何对象都是全局访问的。...当main()方法在line1那个地方被发现后，Java Runtime就会创建stack memory给main()方法这个线程来用。...2 只要是对象的创建，都是被存储到heap space中，同时stack中有这个对象的引用地址。stack memory中只包含基本类型变量和存储在heap space中的对象的引用变量。...3 存储在heap中的对象是全局都可以访问的，然而stack memory不能被其他线程访问。
写在开头 相信大家对富集分析都很熟悉，但是对富集分析结果的美化却永无止境。 今天我们介绍Y叔系列中enrichplot包的cnetplot函数。...除了标准的富集分析结果，cnetplot() 函数也支持基因集富集分析 (GSEA) 的结果展示，并仅显示核心富集基因。...，barplot用于展示最重要的或者你感兴趣的条目的富集结果，比如富集到的基因个数、条目名字，P值等信息。...cnetplot可以给基因加上foldchange信息，让图更好看 #3 readable-- edox <- setReadable(edo, 'org.Hs.eg.db', 'ENTREZID'...参数： x：包含富集分析结果的 R 对象。 foldChange：基因的表达量变化值。 colorEdge：是否根据富集术语对边进行着色。 category：类别节点的颜色。
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...源码方式安装 如果想要在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中安装 DiffBind==3.4.0，可以直接通过源码包的方式安装： > packageurl 的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。
1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...（如果是自己制作的R包，同理在PACKAGES末尾添加包的描述信息也是可行的，未做验证有兴趣的朋友可以验证下告诉Fayson）。...4.配置R使用私有源 ---- 1.在$R_HOME/ lib64/R/etc目录下增加配置文件Rprofile.site 在Rprofile.site文件中增加如下内容： [root@ip-172-31
一、通过install.packages安装 步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。...毕竟我也是因为这个问题苦恼纠结了蛮久过来的，把经验分享给大家，祝大家都愉快安装成功！
使用默认方法安装相关R中文文本挖掘包（tmcn、Rwordseg、Rweibo）时，会出现安装失败。合适的方法是：通过源代码安装相关包的程序：手工下载源代码及其依赖，然后编译安装。...首先是基础性的tm包。tm包是R文本挖掘的通用包。直接使用install.package即可安装。...本帖隐藏的内容 1 install.packages("tm")tmcn、Rwordseg、Rweibo是李舰等人开发的中文文本挖掘包。三个网页（官网）中提供了包说明与安装方法。...但经测试，其中的安装方法不可用。正确的安装方法为：先下载tmcn、[Rwordseg]、Rweibo的源码。tmcn无依赖关系，直接使用。...该包需要预先安装Java环境。如果未曾安装Java，请先安装Java，安装Java（及PATH的配置）过程不再赘述。
使用默认方法安装相关R中文文本挖掘包（tmcn、Rwordseg、Rweibo）时，会出现安装失败。合适的方法是：通过源代码安装相关包的程序：手工下载源代码及其依赖，然后编译安装。...首先是基础性的tm包。tm包是R文本挖掘的通用包。直接使用install.package即可安装。...install.packages("tm") tmcn、Rwordseg、Rweibo是李舰等人开发的中文文本挖掘包。三个网页（官网）中提供了包说明与安装方法。但经测试，其中的安装方法不可用。...正确的安装方法为： 先下载tmcn、[Rwordseg]、Rweibo 的源码。 tmcn无依赖关系，直接使用。...该包需要预先安装Java环境。如果未曾安装Java，请先安装Java，安装Java（及PATH的配置）过程不再赘述。
本次展示shiny的功能有： 1、读取本地数据； 2、交互展示数据（view） 3、动态交互作图（自动读取上传数据的列名） 体验网址：https://yanshenli.shinyapps.io...x = input$variableNames_x, title = "ggplot") } }) } shinyApp(ui, server) 一个完整的shiny...， 在ui中通过*input调整数值参数、上传数据等，并将数据传递给server进行相应计算； 然后，Server对数据进行计算、绘图，并将计算结果（图片、表格等）返回给ui 最后，通过ui中的*output...来展示server计算返回的结果（图片、表格等）
但是list包中大部分对于e *Element进行操作的元素都可能会导致程序崩溃，其根本原因是e是一个Element类型的指针，当然其也可能为nil，但是golang中list包中函数没有对其进行是否为...//panic: runtime error: invalid memory address or nil pointer dereference fmt.Println(value1) } 从程序中可以直观的看出程序崩溃...但是再进一步查看一下原因，便会得出如下结果。...问题就出现在循环n次，如果在这个过程中other的元素变化的话，例如其中有些元素被删除了，这就导致e的指针可能为nil，此时再利用e.Value取值，程序便会崩溃。如下所示。...建议： 在golang中如果对与list的操作只有串行操作，则只需要注意检查元素指针是否为nil便可避免程序崩溃，如果程序中会并发处理list中元素，建议对list进行加写锁（全局锁），然后再操作。
MySQL中explain中的结果字段介绍（三） 之前的文章中对于explain的数据结果中的字段已经进行了一部分介绍了，今天来说一说剩下的几个字段，为了防止忘记，先看看这个表结构： mysql...如果是varchar这种变长类型的，那么它的最大长度就是变长类型定义中的长度，比如对于varchar(20),采用utf8编码，最大长度就是20*3=60字节 2、如果索引列中可能包含null值，那么会额外占用...，与条件匹配的值是一个常数还是一个变量之类的，我们可以看到，上面的结果中，ref字段的值都是const，是因为我们使用常量a或者常量2和索引字段进行匹配，如果我们使用某个字段进行匹配，来看下面： mysql...Using where 表示Mysql将对storage engine提取的结果进行过滤，过滤条件字段无索引； Using temporary 要解决查询，MySQL需要创建一个临时表来保存结果。...Using join buffer 这种情况主要发生在join的连接查询中，将外层循环的行/结果集存入join buffer, 内层循环的每一行与整个buffer中的记录做比较，从而减少内层循环的次数
❝本节来介绍在 R中如何使用ggplot2结合for循环绘图并保存，下面通过一个案例来看具体操作 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(data.table) library...library(patchwork) 设置文件路径 file_name <- "loop_data.tsv" 读入数据 dat <- fread(file_name, sep="\t") 获取唯一的城市名称进行循环...cities = unique(dat$city) 创建一个空列表来保存创建的图 city_plots = list() 循环遍历并绘图保存 for(city_ in cities) { city_plots...file=paste0("plot_",city_,".pdf"), width =3.04, height =3.10, units = "in", dpi=300) } 上面我们将每一张图都单独输出了...，下面来介绍如何将其全部组合起来，分别介绍两种R包的方法gridExtra&patchwork grid.arrange(grobs=city_plots,ncol=3) patchwork::wrap_plots
R中的因子用于存储不同类别的数据，可以用来对数据进行分组，例如人的性别有男和女两个类别，根据年龄可以将人分为未成年人和成年人，考试成绩可以分为优，良，中，差。...R 语言创建因子使用 factor() 函数，向量作为输入参数。...levels：指定各水平值, 不指定时由x的不同值来求得。 labels：水平的标签, 不指定时用各水平值的对应字符串。 exclude：排除的字符。 ordered：逻辑值，用于指定水平是否有序。...这个顺序也是有讲究的，一般是按字母顺序来排列。我们也可以按照自己的需要来排列因子的顺序。...关于这个参数后面我们还会给大家举个更实际的，跟临床数据相关的例子。 R中的因子使用还是更广泛的，例如做差异表达分析的时候我们可以根据因子将数据分成两组。
继续之前的Lua系列教程，这里记录一些关于闭包的内容 闭包 local function func0(param) local function f1() param = param...每次调用这些闭包时，它们都会记住 param 的当前值，并在下一次调用时继续修改它。...upvalue共享（嵌套的闭包） 在Lua中，每个闭包可以有一个upvalue值，或者多个闭包共享一个upvalue数值param。 重要的是要理解，upvalue是共享的，并且是在闭包创建时捕获的。...这意味着，对于由func0返回的每一个闭包（即f1和f2），它们共享相同的upvalue引用，即它们对param的引用是相同的。...因此，当f1或f2修改param的值时，这个改变对其他闭包以及外部函数FunctionMain中可见的param都是可见的。
Python中的闭包 1. 闭包的概念 首先还得从基本概念说起，什么是闭包呢？...来看下维基上的解释: :: 在计算机科学中，闭包（Closure）是词法闭包（Lexical Closure）的简称，是引用了自由变量的函数。...，闭包（wrapper）持有了外部的func这个参数，并且能够接受外部传过来的参数，接受过来的参数在原封不动的传给func，并返回执行结果。...，但是上面query返回的结果并不是函数，而是具有函数功能的类。...最后总结下，闭包这东西理解起来还是很容易的，在Python中的应用也很广泛，这篇文章算是对闭包的一个总结，有任何疑问欢迎留言交流。 4.
我们首先知道闭包有3个特性： ①函数嵌套函数 ②函数内部可以引用函数外部的参数和变量 ③参数和变量不会被垃圾回收机制回收 本文我们以闭包两种的主要形式来学习 在这段代码中，a()中的返回值是一个匿名函数...，这个函数在a()作用域内部，所以它可以获取a()作用域下变量name的值，将这个值作为返回值赋给全局作用域下的变量b,实现了在全局变量下获取到局部变量中的变量的值 再来看一个闭包的经典例子 一般情况下...，在函数fn执行完后，就应该连同它里面的变量一同被销毁，但是在这个例子中，匿名函数作为fn的返回值被赋值给了fn1，这时候相当于fn1=function(){var n = 0 … }，并且匿名函数内部引用着...再来看一个经典例子-定时器与闭包 写一个for循环，让它按顺序打印出当前循环次数 按照预期它应该依次输出1 2 3 4 5，而结果它输出了五次5，这是为什么呢？...（ps:如果把for循环里面的var变成let，也能实现预期结果） 引入闭包来保存变量i，将setTimeout放入立即执行函数中，将for循环中的循环值i作为参数传递，100毫秒后同时打印出1 2
Python中的包 什么是python的包与模块 包就是文件夹，包中还可以有包，也就是文件夹 一个个python文件就是模块 包的身份证 __init__.py是每一个python包里必须存在的文件 如何创建包...要有一个主题，明确功能，方便使用 层次分明，调用清晰 包的导入 import 功能 将python中的某个包（或模块），导入到当前的py文件中 用法 import package 参数 package...：被导入的包的名字 要求 只会拿到对应包下__init__中的功能或当前模块下的功能 模块的导入 form..import.....功能 通过从某个包中找到对应的模块 用法 form package import module 参数 package：来源的包名 module：包中的目标模块 举例： form animal import...dog dog.run 我们通过 form import 直接找到了dog模块 所以只需要使用dog模块用.的方式找到里面的方法并执行 as可以取别名 代码 test1.py # coding
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