本文在做学术论文中，正好想做一下把y轴一些数据进行截断的效果。通过网上检索，整理了一下两种方式构建坐标轴截断图。...plotrix包 利用gap.barplot()进进行绘制，将gap参数设置为90，420进行y轴截断，可加入参数axis.break()对截断形状进行修改。...下面两第一个图是未加axis.break()的结果，第二幅是加了该参数的结果。...),breakcol="black",style="slashuah")##在右侧Y轴把gap位置换成slash； ?...首先随机构造一个数据，，我们想把y为7~17的数数据进行截断。思路是：构造一列：type，把小于7的命名为“samll”，大于17的命名为“big”，然后利用facet效果构建图。
本文在做学术论文中，正好想做一下把y轴一些数据进行截断的效果。通过网上检索，整理了一下两种方式构建坐标轴截断图。...下面两第一个图是未加axis.break()的结果，第二幅是加了该参数的结果。...),breakcol="black",style="slashuah")##在右侧Y轴把gap位置换成slash； ?...首先随机构造一个数据，，我们想把y为7~17的数数据进行截断。思路是：构造一列：type，把小于7的命名为“samll”，大于17的命名为“big”，然后利用facet效果构建图。...参考资料： R语言作图——坐标轴截断画图 http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a4ee1ad0102x5at.html ggplot坐标轴截断 https://www.jianshu.com
在绘制柱形图的时候， 我们经常会遇到Y轴部分数据范围很广的情况。有些数值很大，但是有些有非常小，不在一个尺度范围内。...如果直接使用最大值作为y轴的范围，那么那些数值很小的柱子就会显得很矮，画出来的图会很难看。遇到这种情况我们该如何处理呢？今天就给大家分享一下截断Y轴的柱形图。...",style="slash") axis(2,at=from,las=2,bty="n") # 如果想要去掉上、右框，可以去掉gap.barplot(y,gap=c(from,to),las=2)中的
安装新版本R，报错R包版本冲突 前一段时间，安装了R4.0，然后就发现R包各种出错，要求重装，好不容易装好了R包，再转回R3.6.3时，发现R3.6.3的R包又出现了问题。报错信息大概类似下图： ?...每一次R更新总是这样的问题，没办法只能想办法解决一下。 R包搜索路径存在非版本依赖文件夹 在查看此时R包搜索路径，发现了一个问题： ?...导入R包的第一搜索路径是一个无版本依赖的目录（路径中没有3.6、3.6.3等R版本信息），那么如果是使用R4.0的话，且也是在使用这个目录，那么自然会造成R包的版本混乱。果不其然： ?...原来是这个地方的问题，先尝试将这个文件夹改名，然后重新测试，提示很多包不存在，需要重新安装，但是R包版本冲突的问题已经不出现了，所以主要就是这个文件夹的问题。...环境变量R_LIBS_SITE的锅 这个路径为什么会导入呢？ 查看R的配置文件Rprofile文件，它在R的base包的R文件夹下，发现R创建包路径时会读取一个环境变量R_LIBS_SITE。 ?
但是使用clusterProfiler包进行富集分析并绘图有时会遇到一个情况：一个富集分析的Terms的长度太长，会导致图片的轴标题或者legend很长，就会压缩了主绘图区域的显示。...一个示意图如下图所示，其实此图中的GO Terms长度相对是可以接受，实际情况下可能会遇到非常长的GO Terms，导致整个图的比例非常失调。...对y轴标题进行操作，则使用scale_y系列函数，由于y是离散变量，因此使用scale_y_discrete函数，相应的如果y轴是连续变量，比如此时的x轴，就使用scale_x_continuous函数调整...labels参数是控制的轴标题的显示，这个参数可以接受一个函数，函数接受原来的labels，然后返回修改过的labels。 除了labels，breaks、limits等参数也可以接受函数作为实参。...有的时候，ggplot2图是经过坐标轴变换的，如使用coord_flip进行x、y轴反转。此时竖直的坐标轴实际上是x轴，需要使用scale_x系列函数控制。
image.png 今天用ggplot2作图y轴的标题想实现上图红框里的形式，查了一下如何实现 记录一下代码 首先是构造一份数据集 df<-data.frame(x=1,y=1) R语言ggplot2...stackoverflow.com/questions/34892262/subscripts-and-superscripts-or-with-ggplot2-axis-labels-ionic-chemical 欢迎大家关注我的公众号...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记
在使用R绘制图形的时候，经常出现x轴刻度名称过长导致显示不完整的情况。...image.png 解决办法 调用par()函数设置外边框的大小，默认外边框的大小为mar=c(5.1,4.1,4.1,2.1), 分别对应下，左，上，右四个外边框。...image.png x刻度标签的问题解决了，但是x坐标标签又发生重叠了，怎么解决呢？ 我们需要将横坐标标签往下移，首先，设置xlab为空，然后调用mtext函数在外边框中输出文字。
，而是将新建实例的引用保存在 fig 变量中,如果我们想在图中新建一个坐标轴实例，只需要 调用 fig 实例的 add_axes 方法： fig = plt.figure() axes = fig.add_axes...尽管会写更多的代码，好处在于我们对于图表的绘制有了完全的控制权，可以很容易地多加一个坐标轴到图中： fig = plt.figure() axes1 = fig.add_axes([0.1, 0.1,...如果我们不在意坐标轴在图中的排放位置️，那么就可以使用matplotlib的布局管理器了，我最喜欢的是subplots，使用方式如下： fig, axes = plt.subplots() axes.plot...控制坐标轴的样式 坐标轴样式也是通常需要自定义的地方，像是标号或是标签的位置或是字体的大小等。...自定义标号位置与符号 set_xticks 与 set_yticks 方法可以显示地设置标号的位置，set_xticklabels 与 set_yticklabels 为每一个标号设置符号： fig,
(margin = margin(2,1,0,1,'cm'))) image.png 欢迎大家关注我的公众号...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记
参考链接 1、https://ggplot2.tidyverse.org/reference/sec_axis.html 2、https://www.r-graph-gallery.com/line-chart-dual-Y-axis-ggplot2...total_precip, na.rm = TRUE)) %>% mutate(date = mdy(paste0(month, "-15-2020"))) 这部分代码大家可以自己试着运行一下，我用R4.0.3...版本遇到的报错，没有找到解决办法，换成R4.1.0之后运行成功了 我将示例数据保存下来了，如果以上代码没有运行成功，可以在公众号获取数据，保存数据的代码 save(df_day,df_hour,df_normal...yend = -30), size = 8, colour = gray(0.5)) 对x轴操作的代码...，添加双坐标轴的代码 ggplot() + theme_bw() + geom_segment(data = df_normal, aes(x = date,
当我们想同时展示两种数据，如销售量（千/月）和增长率（百分比）的变化情况，由于两组数据的数量级差别非常大，如果在一个y轴上展示则较小数量级的一组几乎无波动变化，此时可以绘制双坐标轴的图形，设置两个...y轴，每个y轴都有自己的刻度范围，数据的波动就更加一目了然啦！...R语言plotrix包，可以帮助我们实现双坐标轴图形的绘制。...：设置左右坐标轴的颜色，这样可以起到图例的作用 xlab：设置横坐标轴标签 lytickpos：设置左坐标轴刻度标签的位置 ylab：设置左坐标轴标签 ylab.at：设置左坐标轴标签位置 rytickpos...：设置右坐标轴刻度标签的位置 rylab：设置右坐标轴标签 rylab.at：设置右坐标轴标签位置 lpch,rpch：设置左右坐标轴图形的外观 type：指定图形类型 xtickpos：设置横坐标轴刻度标签位置
因为最近自己购置了一个全新的Windows电脑，所以就系统性的配置了全部的生物信息学相关软件，当然是也包括R语言啦，毕竟我一直强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化...，以及基于Linux的NGS数据处理： 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》 把R的知识点路线图搞定，如下： 了解常量和变量概念 加减乘除等运算...用'contributors()'来看合作者的详细情况 用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。...中文解释居然是：起跳; 开始 ; 不过更让我惊奇的是它内置的R包，稍微有点多啊！我记得很久以前看的R书籍都写着内置R包都是7个！这个是为什么呢？...MiB 2020-02-29 16:05 居然是从2013年到2020年，也就是说绝大部分接触R语言的我们，都是在R3时代，不知道接下来的R4时代，我们好有什么变化？
pafr包的参考链接 https://cran.r-project.org/web/packages/pafr/vignettes/Introduction_to_pafr.html 首先用minimap2...比对两个基因组 这里我用NCBI下载的两个拟南芥基因组做演示 下载两个基因组 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/001/735...mv GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna target.fna grep ">" target.fna | wc -l ## 这个里有7条序列 minimap2的安装...900多兆，自己的电脑R语言读取应该很吃力，下面的操作还是使用这个R包自带的数据吧 接下来是R语言里的操作 安装pafr包 install.packages("pafr") 加载需要用到的R包 library...，看看能不能改成可以多对一 覆盖度 plot_coverage(fungi.paf.2) -> p1 plot_coverage(fungi.paf.2,fill='qname') -> p2 plot_coverage
机械臂以底端为关节点旋转，只能在图中红线所画的圆锥范围内（与垂直轴夹角不超过45度）靠扭矩力移动。...图中标号6，车子自身坐标的上方向，在世界坐标下的向量值（也就是车坐下面那根棍子，方向朝着车座，的单位向量）（+3） 图中标号7，车头相对于车身的旋转角度（左右旋转我都限制了不超过45度）（+1）。...图中标号8，当前时刻车子是否碰着地面（+1） 图中标号9，当前自行车后轮的扭矩力大小（动力，我设置的扭矩不超过80N）（+1） 图中标号10，11，14共同表示了重心的当前的状态（+3）。...图中标号12表示机械臂的在世界坐标下的旋转角度（由四元数表示，因此+4） 图中标号13，表示机械臂当前的角速度（+3） 以上，共31个状态。...2是固定了车子的Z轴旋转之后，玩家控制自行车，控制按键同模式2.
正好来复习一下前面[[111-R可视化35-结合grid与ggplot输出]] 的用法。 这里可以用任意的umap 结果作为绘图输入。...而且如果我想要给小坐标图坐标轴加点文字，就得用geom_text 在坐标里寻找它们的位置了。 如果是拼图呢？ 可直接拼接的话，是没有办法得到这种覆盖的效果。...把图层叠加上去 在[[111-R可视化35-结合grid与ggplot输出]] 我们提过结合不同输出的各种方法，同时也提到了可以通过annotation_custom 或是grid_panel的方法直接实现不同...改善一下位置 其实使用[[57-R可视化6-ggplot2三部曲最终之进阶为菜鸟]] 就多次提及的coord_cartesian 调整坐标轴的操作即可： expand_y 的箭头被遮住了似的。 用图层叠放函数方法 反正坐标空隙都已经出来了，即使是在坐标轴的图层位置叠放，也不难看的。
2.图割算法 计算机视觉领域的大部分问题可以转换为标号问题，在立体匹配中视差的求解就是对图像的像素在视察范围内的离散标号问题。...网格图的具体构建过程如下： 1.建立3维坐标系O-XYZ，把图像置于OXY平面，得的原点，X轴、Y轴与OXY平面的原点以及相应的轴重合。...2.在Z轴的正半轴上，从原点开始等距离的放置向量了l1,l2,…ln，在l1即原点O的地方放置q0，对于i=1,2,…n-1在li和li+1的中点放置点qi，最后在ln处放置qn。...基于图割的图像匹配算法[J]. 电子学报, 2006, 34(2):232-236. [25]Scharstein D, Szeliski R....[31]Kolmogorov V, Zabih R.
（下图中的位置）并且将项目命名为tetgen，命名结束后点击确定按钮 Step3：点击下一步（不要点击完成），在新出现的界面中的附加选项下选择空项目，然后点击完成 Step4：左边资源管理器中会出现一个...对每一个点的描述都只有一行，但是面的描述比对点的描述要复杂的多，对于一个面的描述至少需要两行。...描述圈的文本行内，第一个数表示这个圈内有几个点，剩余的数依次是点的标号。...需要注意的是，所有的点需要在同一个平面上，且顺序不能出错（线段与线段之间不能有交叉的情况），圈的具体格式为： 的个数#> 的标号> 的标号> ......的标号> 描述洞则是通过一个点的坐标，我们还是以上面的图例来进行说明，图中有两个洞，我们只需写出洞中任意一个点的坐标即可。
说起来有些绕，见下图（标号1,2,3的三角形，是结点X和Y的子树）： 图中，身为右孩子的Y取代了X的位置，而X变成了自己的左孩子。此为左旋转。...右旋转： 顺时针旋转AVL树的两个结点X和Y，使得父结点被自己的左孩子取代，而自己成为自己的右孩子。见下图： 图中，身为左孩子的Y取代了X的位置，而X变成了自己的右孩子。此为右旋转。 1....标号1,2,3,4的三角形是各个结点的子树。 在这种局面下，我们以结点A为轴，进行右旋操作： 2. 右右局面（RR） 祖父结点A有一个右孩子结点B，而结点B又有一个右孩子结点C。...在这种局面下，我们先以结点B为轴，进行右旋操作： 这样就转化成了右右局面。我们继续以结点A为轴，进行左旋操作： 例子中，以结点4为根的子树出现了不平衡的情况。...此时，以结点2为根的子树正好形成了“右左局面”，于是我们首先以结点4为轴进行右旋： 然后以结点2为轴进行左旋： 如此一来，AVL树重新恢复了高度平衡。 ?
左旋转： 逆时针旋转AVL树的两个结点X和Y，使得父结点被自己的右孩子取代，而自己成为自己的左孩子。说起来有些绕，见下图（标号1,2,3的三角形，是结点X和Y的子树）： ?...图中，身为右孩子的Y取代了X的位置，而X变成了自己的左孩子。此为左旋转。 右旋转： 顺时针旋转AVL树的两个结点X和Y，使得父结点被自己的左孩子取代，而自己成为自己的右孩子。见下图： ?...图中，身为左孩子的Y取代了X的位置，而X变成了自己的右孩子。此为右旋转。 ? ? 1. 左左局面（LL） ? 顾名思义，祖父结点A有一个左孩子结点B，而结点B又有一个左孩子结点C。...标号1,2,3,4的三角形是各个结点的子树。 在这种局面下，我们以结点A为轴，进行右旋操作： ? 2. 右右局面（RR） ? 祖父结点A有一个右孩子结点B，而结点B又有一个右孩子结点C。...我们继续以结点A为轴，进行左旋操作： ? ? ? 例子中，以结点4为根的子树出现了不平衡的情况。 不难看出，这个子树正好符合 “左左局面”。 于是，我们以结点4为轴，进行右旋操作： ?
gg.gap诞生记 “站长，小站工具qPCR在线分析功能非常好，但有些基因的表达量太高了，图做出来值非常大，能否想prism那样把y轴做个截断呢？”...面对的疑问，站长最开始并没有想到去开发一个R包解决。 ggplot2以及依赖它开发的包已经丰富，原以为在网络搜索一下肯定有解决方案，但谁曾想这样的需求真的没有找到完美的解决方案。...不管三七二一，画个草图先： 思路很简单，就是先按照y轴切，然后用cowplot去拼接。...一顿野路子代码操作，beta版出来了：gg1gap和gg2gap这两个包只能完成bar图y轴切割，而截断数最多也就只能两段。...小站VIP群中的树神（微信ID:一棵树）精通R包制作，为了让野路子出来的代码更完善，拉上树神一起干，不仅实现截取多个截断，还可以对任意ggplot2对象进行截断，再不断测试修补bug之后，gg.gap终于在今天这个有意义的日子正式上线
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