R如何执行此统计代码: by panel_key (t)，sort: keep if _N == 2？ - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

开发者社区

文档建议反馈控制台

最新优惠活动

文章/答案/技术大牛

发布

系统性能优化工具集合与使用技巧

Connections to keep open -d, --duration T> Duration of test -t, --threads N> Number...CPU 花在用户态代码的时间称为用户时间，而执行内核态代码的时间称为内核时间。内核时间主要包括系统调用，内核线程和中断的时间。当在整个系统范围内进行测量时，用户时间和内核时间之比揭示了运行的负载类型。...计算密集型应用会把大量时间花在用户态代码上，用户时间/内核时间之比接近 99/1。这样的例子有图像处理，数据分析等。I/O 密集型应用的系统调用频率较高，通过执行内核代码进行 I/O 操作。...这里简单说下linux进程的几种状态： R (TASK_RUNNING)，可执行状态。 S (TASK_INTERRUPTIBLE)，可中断的睡眠状态。...执行的 Native Method 是重新创建的线程。代码 bug，堆内存耗完，jvm 不断执行 full gc。 jvm 自身 bug。

6771 0

系统优化总结—帮你剖析系统问题

Connections to keep open -d, --duration T> Duration of test -t, --threads N> Number...CPU花在用户态代码的时间称为用户时间，而执行内核态代码的时间称为内核时间。内核时间主要包括系统调用，内核线程和中断的时间。当在整个系统范围内进行测量时，用户时间和内核时间之比揭示了运行的负载类型。...计算密集型应用会把大量时间花在用户态代码上，用户时间/内核时间之比接近99/1。这样的例子有图像处理，数据分析等。I/O密集型应用的系统调用频率较高，通过执行内核代码进行I/O操作。...这里简单说下linux进程的几种状态： R (TASK_RUNNING)，可执行状态。 S (TASK_INTERRUPTIBLE)，可中断的睡眠状态。...执行的Native method是重新创建的线程。代码bug，堆内存耗完，jvm不断执行full gc。 jvm自身bug?。

9462 0

您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

甲基化芯片数据的一些质控指标

甲基化芯片数据下载的多种技巧甲基化芯片数据下载如何读入到R里面成功下载了数据而且导入了R里面，按照道理应该是要直奔主题搞差异分析啦，但是呢，我强调过很多次，甲基化信号值矩阵是有它的特殊性，虽然分析流程与...C2,,C,,,G09,7990895118,R05C02 C3,,C,,,E02,9247377086,R01C01 C4,,C,,,F02,9247377086,R02C01 T1,,T,,,B09,7766130112...,R06C01 T2,,T,,,C09,7766130112,R01C02 T3,,T,,,E08,7990895118,R01C01 T4,,T,,,C09,7990895118,R01C02 大多数人的...除非是你三五年后看到这个教程，有可能R包更新导致某些函数会失效。当然了，这也就是给你提个醒咯，函数和代码是有可能失效的哈。...[cg,]))) # 'scale'可以对log-ratio数值进行归一化 n[n>2]=2 n[n2]= -2 n[1:4,1:4] pheatmap(n,show_colnames

2.5K2 0

MACS3—探索基因组调控的钥匙

例如，--keep-dup 选项用于处理重复读取，--cutoff-analysis 选项用于分析不同的统计显著性水平。...#### 常规转录因子 ChIP-seq 的峰值识别 macs3 callpeak -t ChIP.bam -c Control.bam -f BAM -g hs -n test -B -q 0.01...--broad-cutoff 0.1 #### ATAC-seq 的峰值识别（成对末端模式） macs3 callpeak -f BAMPE -t ATAC.bam -g hs -n test -B...默认值200 6实例测试 /usr/bin/time -v macs3 callpeak -t SRR19436492_H3K27ac-Comb_sort.bam SRR19436493_H3K27ac-Palb_sort.bam..._test.log 2>&1 ##单样本 macs3 callpeak \ -t SRR19436492_H3K27ac-Comb_sort.bam \ -c SRR19436496_Input-Comb_sort.bam

8991 0

可以假装你的转录组测序有重复吗？

RNAseq T24R2 Rep2 GSM7304673 RNAseq T24R2 Rep3 GSM7304674 RNAseq T24R2 Rep4 GSM7304675 RNAseq T24R2...,n=2,simplify = T)[,1] data 2,simplify = T)[,1] group_list T","R")) # [1] T T T T T R R R R R...GSM7304671_RNAseq-T24R2-Rep1-featureCounts.txt.gz" 然后重新走上面的代码拿到 symbol_matrix 矩阵，这个时候只有两个样本： head(symbol_matrix...(symbol_matrix),replace = T ) ) colnames(df) T1","T2","T3","T4","T5","R1","R2","R3","R4","R5

701 0

程序一定要从main函数开始运行吗？

对于静态链接先提出两个问题： Q: 每个目标文件都有好多个段，目标文件在被链接成可执行文件时，输入目标文件中的各个段如何被合并到输出文件？...源代码： int main() { printf("程序喵\n"); return 0; } gcc -c test objdump -r test.o test.o: file...fini段：进程终止代码，当main函数正常退出后，glibc会安排执行该段代码。...\n\t" "movl $0,%%ebx \n\t" "movl $4,%%eax \n\t" "int $0x80 \n\t" :...I：该符号对另一个符号的间接引用 N：debug符号 R：该符号位于只读数据区 T：该符号位于代码段 U：该符号在当前文件未定义，定义在别的文件中 ?

1.3K3 0

Linux 命令 | 每日一学，文本处理之内容分割排序实践

# 字符集2：指定要转换成的目标字符集。 Tips: 当执行转换操作时，必须使用参数"字符集2”指定转换的目标字符集。...：2K 1G-即文件大小排序) -n, --numeric-sort 根据字符串数值比较(数字排序，默认是升序) -R, --random-sort...cut -d ":" -f1,3 /etc/passwd | sort -t ":" -k 2 -n root:0 bin:1 daemon:2 adm:3 lp:4 sync:...# 只针对公司英文名称的第二个字母进行排序，如果相同的按照员工工资进行降序排序： $ sort -t ' ' -k 1.2,1.2 -nrk 3,3 facebook.txt # n 数字/ -r..."） # 示例3.统计各行在文件中出现的次数 sort file.txt | uniq -c echo -e " 10.0.0.1 \n 10.0.0.2 \n 10.0.0.2 \n 10.0.0.1

1731 0

作为高级Java，你应该了解的Linux知识

这是个高频问题，别怪我没告诉你 ps命令勃大茎深，除了查进程号外，你还需要知道R、S、D、T、Z、N状态位的含义 top和ps很多功能是相通的，比如watch "ps -mo %cpu,%mem,pid...这都是终端作业，当你把term关了你的后台命令也会跟着消失，所以想让你的程序继续执行的话，需要nohup命令，此命令需要牢记 mpstat 显示了系统中 CPU 的各种统计信了解cpu亲和性内存 free...如何组织起来 linux的命令很有意思，除了各种stat来监控状态，也有各种trace来进行深入的跟踪，也有各种top来统计资源消耗者，也有各种ls来查看系统硬件如lsblk、lsusb、lscpi。...| uniq -c | sort -n -k 1 -r 首先使用netstat查看列表，使用’awk’截取第六列，使用uniq进行统计，并对统计结果排序。...netstat -ant | awk '{arr[$6]++}END{for(i in arr){print arr[i]" "i }}' | sort -n -k 1 -r 这和“分析apache日志

6281 0

RT-thread finsh移植到linux平台

传统命令行模式此模式又称为 msh(module shell)，msh 模式下，FinSH 与传统 shell（dos/bash）执行方式一致，例如，可以通过 cd / 命令将目录切换至根目录。...其命令执行格式如下所示： command [arg1] [arg2] [...] 其中 command 既可以是 RT-Thread 内置的命令，也可以是可执行的文件。...C 语言解释器模式此模式又称为 C-Style 模式。...o ) .ctors)) KEEP (*(SORT(.ctors.*))) KEEP (*(.ctors)) } .dtors : { KEEP (...o ) .dtors)) KEEP (*(SORT(.dtors.*))) KEEP (*(.dtors)) } .jcr : { KEEP (*(.jcr

3.3K1 0

作为高级Java，你应该了解的Linux知识（非广告）

这是个高频问题，别怪我没告诉你 ps命令勃大茎深，除了查进程号外，你还需要知道R、S、D、T、Z、N状态位的含义 top和ps很多功能是相通的，比如watch "ps -mo %cpu,%mem,pid...这都是终端作业，当你把term关了你的后台命令也会跟着消失，所以想让你的程序继续执行的话，需要nohup命令，此命令需要牢记 mpstat 显示了系统中 CPU 的各种统计信了解cpu亲和性内存 free...如何组织起来 linux的命令很有意思，除了各种stat来监控状态，也有各种trace来进行深入的跟踪，也有各种top来统计资源消耗者，也有各种ls来查看系统硬件如lsblk、lsusb、lscpi。...| uniq -c | sort -n -k 1 -r 首先使用netstat查看列表，使用’awk’截取第六列，使用uniq进行统计，并对统计结果排序。...netstat -ant | awk '{arr[$6]++}END{for(i in arr){print arr[i]" "i }}' | sort -n -k 1 -r 这和“分析apache日志

5571 0

TiDB 查询优化及调优系列（四）查询执行计划的调整及优化原理

本章节会介绍在优化器产生的查询执行计划和预期不符时，如何通过 TiDB 提供的调优手段来调整及稳定查询计划。...本篇文章为查询执行计划的调整及优化原理解析，主要会介绍如何通过使用 HINT 来调整查询的执行计划，以及如何利用 TiDB SPM 来绑定查询语句的查询执行计划；最后将介绍一些规划中的功能。...，t2 where t1.id = t2.id; 提示优化器使用 Sort Merge Join 算法，简单来说，就是将 Join 的两个表，首先根据连接属性进行排序，然后进行一次扫描归并, 进而就可以得出最后的结果...使用 MAX_EXECUTION_TIME(N) 在 SELECT 等语句中可以使用 MAX_EXECUTION_TIME(N)，它会限制语句的执行时间不能超过 N 毫秒，否则服务器会终止这条语句的执行...然而，当出现类似统计信息过时、添加或者删除了索引等情况时，优化器并不能确保一定生成一个很好的执行计划。此时执行计划可能发生预期外的改变，导致执行时间过长。

6473 0

SAS-生物等效性PK分析程序合集

设置替换规则 SAS中的代码在SAS中，BQL的替换也是很简单的，下面来看看代码。.../ R) subjid 受试者编号 Keyword 关键词 bql1 填补方式1生成的变量 bql2 填补方式2生成的变量...采用此公式计算出来的结果与winnonlin结果数值是一致的（T2的正负除外）。 ? ? ? ? 参考另外一篇文献，将T2公式稍改一下，即可得出与winnonlin一致的结果。 ? ? ? ?...-log(1.25))/StdErr; t2_TostP =1-probt(abs(t2_Tost),DF); run; 置信区间法常规表格三，生物等效性中的置信区间的计算，如下图所示。...)*100; Lower1=exp(Lower); Upper1=exp(Upper); keep Estimate2 ratio Lower1 Upper1 ; run; data

6.6K5 3

GEO数据挖掘-基于芯片

如果p为false,执行if(!...#也可以用代码直接得到对应的R包前缀：pkg_all[pkg_all$gpl==gpl_number,2]#⭐要操作的地方#用上面找到的前缀替换下面所有的hgu133plus2，共5处if(!...# 2.top 1000 sd 热图---- g = names(tail(sort(apply(exp,1,sd)),1000)) #day7-apply的思考题n = exp[g,]library(...)deg = mutate(deg,probe_id = rownames(deg))#2.加上探针注释ids = distinct(ids,symbol,.keep_all = T)#其他去重方式在zz...#3.加change列,标记上下调基因#⭐阈值，可按需修改logFC_t = 1p_t = 0.05#⭐思考，如何使用padj而非p值k1 = (deg$P.Value t)&(deg$logFC

1821 0

hdparm

借助此命令，您可以获得有关硬盘，更改写入间隔，声学管理和DMA设置的统计信息。它还可以设置与驱动器高速缓存，睡眠模式，电源管理，声学管理和DMA设置相关的参数。...该性能可以作为-t和-T时序的一部分执行。 -g：用于显示驱动器的配置，驱动器的扩展以及设备从驱动器起始点的起始偏移量。 -h：显示帮助信息并退出。...此功能是实验性的，未经过有效测试，因此必须自行承担使用风险。 -n：用于获取/设置“ 忽略写错误 ”标志。如果不首先解码驱动程序的源代码，就不应该使用此功能。...-r：用于获取/设置设备的只读标志。设置此选项后，设备上不会批准写入操作。 -S：设置驱动器的待机超时。当该值设置为零时，它将关闭。 -T：它执行高速缓存读取的时序，用于标准和差异化目的。...它在没有访问磁盘的情况下直接从Linux缓存的缓冲区中读取读取速度，您需要执行此操作两到三次以获得更好的结果。

1.1K2 0

PG 13新特性汇总

(1,1000000) n; INSERT INTO t_is(a,b,ctime) SELECT n,round(random()*100000000), clock_timestamp() FROM...generate_series(1,1000000) n; CREATE INDEX idx_t_is_a ON t_is USING BTREE(a); 查看测试数据，如下: lhrdb=# SELECT...Worker 1: Sort Method: top-N heapsort Memory: 25kB -> Parallel Seq Scan on t_is (cost...Presorted Key: a和 Incremental Sort两行，SQL执行时间为0.544 ms。...当关闭enable_incremental_sort时，执行SQL,执行计划中没有Incremental Sort相关信息，SQL执行时间上升为 5134.361 ms，性能相比开启增量排序时差了好几个数量级

1.3K1 0

离职前他分享了阿里的核心面试题库

(LISTEN状态的套接字) -p : 显示进程标识符和程序名称，每一个套接字/端口都属于一个程序 -n : 不进行DNS解析 -a 显示所有连接的端口 2.怎么查看内存？...20位数字和字母的密码 [root@xinsz08-63 ~]# echo $(date +%t%N)$RANDOM|md5sum|cut -c 2-21 bc1234b5b0276c4db48b...首先确保设置了ssh无秘钥登陆，然后使用命令ssh进行远程执行命令，例如我们要查看的是磁盘信息 ssh 192.168.1.63 df -h 8.如何查看系统版本号？...[root@xinsz08-63 ~]# uname -r 3.10.0-1062.12.1.el7.x86_64 10.统计网页/inde.html的uv grep "/index.html"...| uniq -c | sort -n 1 100.100.30.25 1 Address 1 servers) 2 120.244.154.106 此套面试题

6342 0

多基因风险评分（PRS）分析教程

此部分可参考 target data 的质控部分。最终，Height.QC.gz 文件可用于下游分析。...：只保留 EUR.QC.snplist 中的 SNPs•--indep-pairwise：执行 prunning 的窗口大小为 200kb，每次步长为 50 个 SNP，并过滤掉 LD r2 大于 0.25...R 代码如下。...在执行性别检查之前，应先进行 pruning： plink \ --bfile EUR \ --extract EUR.QC.prune.in \ --keep EUR.valid.sample...因此，我们建议在 R 中执行转换，或者用 PRS 软件直接执行转换。

16.1K4 4

文件查看分割命令

缺省每2秒运行一下程序，多用于周期性执行命令/定时执行命令。...： 2K 1G-即文件大小排序) -n, --numeric-sort 根据字符串数值比较(数字排序，默认是升序) -R, --random-sort...,以第一栏第一个单词排序来排序（默认按照字母排序） cat /etc/passwd | sort -t':' -k 7 -u cat /etc/passwd | sort -t ':' -k 3n...#只针对公司英文名称的第二个字母进行排序，如果相同的按照员工工资进行降序排序： $ sort -t ' ' -k 1.2,1.2 -nrk 3,3 facebook.txt #n 数字/ -r 反向...4个字符进行正向排序,再基于第一个域进行反向排序 cat /etc/passwd | sort -t':' -k 6.2,6.4 -k 1r #示例3.个人理解、 sort -t "," -rk 1.2,1,5

3.9K2 0

shell命令基本知识点（下）

f 1-3 //第一段到第三段 sort_wc_uniq_split cut 分割，-d 分隔符 -f 指定段号 -c 指定第几个字符 sort 排序， -n 以数字排序 -r 反序... -t 分隔符 -kn1/-kn1,n2（-t 不经常用） wc -l 统计行数 -m 统计字符数（统计字符数一般末尾还有$符号用#cat -A 1.txt 查看） -w 统计单词 uniq 去重，...），-l 行数 # sort 2.txt |uniq -c |tee a.txt //对2.txt排训和去重后重定向给a.txt # > a.txt /...txt || 的意思是前面一条命令执行不成功，才会执行第二条； # ls 111 && cat 2.txt ...# [ -d dir1 ] || mkdir dir1 //如果此目录中有dir1目录就不创建，没有就创建一个！

6287 0

莫队学习总结

数据范围 1≤N≤50000 1≤M≤2×10^5 1≤L≤R≤N 输入样例： 6 1 2 3 4 3 5 3 1 2 3 5 2 6 输出样例： 2 2 4 1.1 暴力做法我们先来思考最暴力的方法...在代码实现时有个小技巧：假设第 t 次更新操作，将 a[pos] 更新为 col ，那么我们可以在更新完后 swap(a[pos],c[t].col)，即将第 t 次修改的值与原数组中对应位置的值交换...，这样下次如果需要撤销修改，可以直接再执行一次修改就行了（同样再进行一次swap），具体看代码。...另外，此题的数字取值很大但是个数在 10^5 以内，所以需要进行一下离散化，具体在代码中体现。...考虑如何计算这些区间的匹配个数和：对于这些查询，我们可以发现他们用来统计的区间 [1,i] 左端点都是确定的 1，于是我们按照右端点递增处理，到这里我们可以发现，其实就是再计算一次 g[x] 然后将此次查询涉及的数对应的

6155 0

点击加载更多

扫码

添加站长进交流群

领取专属 10元无门槛券

手把手带您无忧上云

扫码加入开发者社群

相关资讯

热门标签

活动推荐

运营活动

活动名称

广告关闭