和一般的自动化流程一下[[02-可重复工作执行简明指南（上）]]，bookdown 的创作，我们也要养成一个好习惯，创建一个目录，用Rproj 来管理这个目录下的bookdown 内容。...这是我的第一个测试，时间：`r date()` 上面的setup 代码块为了便于md 文件显示，我将反问号打了注释。 你可以将这个index 理解为对所有Rmd 的整体配置，一劳永逸。...2.3-其他细节 将你的章节按照顺序编辑： 你的Rmd 名称并非是你的目录上的章节名称。给每个Rmd 文件仅仅配置一个# 标题，这个标题名也就是你的章节名。...不同章节中的R 环境，会继承到后续章节（按照代码顺序），包括使用的包、变量等等； 不同章节中的代码块不可以有相同的名称； 你可以自由管理Rmd 文件的位置，比如放在工作目录的其中某个子目录下。...（后面会说到） 编译整本书为pdf_book格式时，如果成功编译， 也会弹出一个PDF预览窗口。可以在_book子目录中找到这个PDF文件。
以R markdown编写的文件具有扩展名 .Rmd。 将R markdown视为可以编译 为上述markdown变体之一的东西 。...knitr 报告 该 knitr 软件包的编写是在单个文档中结合了RMarkdown和R代码的元素 。从一个例子开始。...("example.md", "example.html") # converts an md file to html 注意，要使此代码正常工作，示例文件必须位于您的工作目录中，或者您需要提供RMD...人们现在将 knitr 用于各种用途，例如 编写有关其数据的报告 准备教程 撰写博客文章。 避免麻烦 我们建议您使用 setwd() 中的脚本。这在这里更重要。在Rmd文件中更改工作目录将导致麻烦。...因此，建议您假设所有Rmd文件都在项目的根目录中运行，以使其运行。 显示和隐藏代码及输出 通过为每个代码块设置选项，您可以选择要包含在虚拟报告中的内容。
该目录中的所有的文本文件都要使用UTF-8编码。 2.3.1 index.Rmd文件 一本bookdown书， 一般都需要有一个index.Rmd文件， 这是最后生成的网站的主页的原始文件....在bookdown项目中与index.Rmd同级的所有.Rmd文件都自动作为书的一章，其好处是作者可以任意地增删章节，编译整本书时将按照文件名的字典序依次进行。...一个bookdown图书项目除了index.Rmd文件之外，还有一些设置文件从index.Rmd文件的元数据部分抽离出来。...文件中的R程序都在一个单独的R会话中独立地运行，避免了不同Rmd文件之间同名变量和同名标签的互相干扰。...文件， 项目中每个.Rmd文件都作为一章，其第一行是以一个#号和空格开头的一级标题。
第二步 将下面两个函数保存到一个R文件（以.R结尾）中： ################ ## 用rmd写博客 ## ################ # 作者：王诗翔 # 更新日期：2018-02...我推荐在与你markdown博文目录同级创建一个_rmd目录，你可以将该目录设为一个项目目录，专门用来写rmarkdown文档。 或者你每次用setwd()函数设定工作目录。...将前两步创建的两个文件扔到该目录。运行R文件： source("./new_post.R") 这样就能在R控制台调用里面的两个函数了。...细心的娃娃可以感觉到我单独创建_rmd目录并将其设为工作目录的好处：需要键入函数的参数非常少。...特别是你固定你自己的写法之后，你将两个函数中的目录路径默认参数全部对应上，再使用R的TAB键补全，运行命令简直秒秒钟，专心写文章就好啦。
通过单独安装的LaTeX编译器支持将书籍转换为一个PDF文件， 支持中文；可以生成ePub等格式的电子书。bookdown除了可以编写有多个章节的书籍， 也可以用来生成单一文件的研究报告。...设置文件名和路径，点击创建即可 ? 这时候就会出现下面的界面，右下角是自带的一些文件，其中小框内部是每章节的rmd，可以看到bookdown是将很多个rmd文件合成的一本书。...为了在本地支持网页中的数学公式显示还有一个MathJax目录， 参见其中的readme.txt说明文件。...使用教程 新建一个新的project（File-New Project），然后将CBook文件夹内部的所有文件复制粘贴到project文件夹中，例如： ?...xxx.Rmd 除了index.rmd外，项目中每个.Rmd文件都作为一章。
1、一个项目对应一个文件夹 避免项目与项目间的内容污染，A 的input 文件夹就在A 项目目录下，而不是A、B 项目的input 都在C 目录下，这样造成不必要的混乱； 方便你的流程的传播，直接将项目文件夹压缩...，不仅方便，而且可以训练你的习惯； 2、脚本与数据分离 将脚本（Script）与数据（Data），放置在两个文件夹中； 3、原始数据与处理(derived)数据分离 我习惯将数据分成三个文件夹，存放在一个大的...R包（pengToolkit）； 8、在最终确定你的项目时，请假装是个新手 如果你和我一样习惯使用Rmd，那么直接编译即可，看看输出结果是否满意； 重头运行一遍你的代码，看看结果是否满意 对于R 使用者的特别建议...除了传统的代码习惯以外，我们还可以使用Rmd 等特殊脚本。 这时我会利用Rmd 优秀的代码管理功能，将本来分步骤的与输出有关的01_XXX, 02_XXX R脚本，重新组织到一个大的Rmd 项目中。...、python等，我会将它们写在最终的Rmd 中，并写一个不执行仅展示的代码块，并直接在md 部分介绍其原因； 4、使用随机数时，别让数目乱飘 设置好具体的种子，set.seed(91820205 +
两种bookdown作用形式 合并再编织（M-K）：将不同的Rmd文件（不同章节）合并到一个Rmd 文件中（Merge），再将他们输出成一本书（knit）。...M-K： 不同章节中的R 环境，会继承到后续章节（按照代码顺序），包括使用的包、变量等等； 不同章节中的代码块不可以有相同的名称； 你可以自由管理Rmd 文件的位置，比如放在工作目录的其中某个子目录下。...K-M： 各Rmd 代码彼此独立，互相的变量、环境中的函数、加载的包，互不干扰； 不同章节中的代码块可以有相同的名称； 必须将所有章节对应的Rmd 文件放在工作目录中。...比如我们在编译时，就是先生成一个大的_main.Rmd 文件，其集合了所有的Rmd 文件代码： 如果你希望切换到K-M 模式： new_session = TRUE when calling render_book...而有时候为了确保最终输出的书本没有排版问题，需要一遍遍knit 代码。
； :set browsedir=current – 用当前工作目录； :Sex – 水平分割一个窗口，浏览文件系统； :Vex – 垂直分割一个窗口，浏览文件系统； 光标的移动...w: 前移一个单词，光标停在下一个单词开头； W: 移动下一个单词开头，但忽略一些标点； e: 前移一个单词，光标停在下一个单词末尾； E: 移动到下一个单词末尾，如果词尾有标点，则移动到标点； b:...n%: 到文件n%的位置。 zz: 将当前行移动到屏幕中央。 zt: 将当前行移动到屏幕顶端。 zb: 将当前行移动到屏幕底端 标记 使用标记可以快速移动。...I: 在当前行第一个非空字符前插入； gI: 在当前行第一列插入； a: 在光标后插入； A: 在当前行最后插入； o: 在下面新建一行插入； O: 在上面新建一行插入； :r filename在当前位置插入另一个文件的内容...:[n]r filename在第n行插入另一个文件的内容。 :r !date 在光标处插入当前日期与时间。同理，:r !
在项目中经常会遇到系统历史数据迁移的问题，数据迁移是将当前数据从一个存储系统或计算机移动到另一个存储系统或计算机。...通常有很多方面的原因，例如，替换服务器、将其内部IT基础设施转移到云计算环境、使用合并或收购的新数据更新当前数据库或将数据移动到新的CRM系统等。 据统计，70-90%的数据迁移项目没有达到预期。...1、备份数据 有时事情并不按照计划进行，因此在开始将数据从一个系统迁移到另一个系统之前，请确保进行了数据备份，以避免任何潜在的数据丢失。...如果出现问题，例如，您的文件损坏、丢失或不完整，您将能够将数据恢复到原始状态。 2、验证数据的复杂性和数据质量 数据迁移的另一个重要的部分是验证数据复杂性，以确定采用的最佳方法。...如果选择“一次性”迁移，则整个数据传输将在特定的时间段内完成，例如在24小时内完成。当数据经过ETL处理并被移动到一个新数据库时，活动的系统会关闭。这种类型数据迁移策略处理速度快，但风险也更大。
”键可以忽略启动磁盘，并自动寻找另一个介质做启动盘； 5.启动时，按住“Optionion+P+R”键可以重设“选配器”和“控制板”，这种方法对于使用时间较长（半年以上）且系统有问题的电脑会有意想不到的效果...http://hovertree.com/h/bjaf/a28c7owl.htm 二、使用显示图像或文件夹工作时的巧妙使用： 1.鼠标边按图像或文件夹可以打开图像或文件夹； 2.用鼠标拖曳图像或文件夹可以移动到所需位置...3.按住“Optionion”+鼠标拖图像或文件夹可以将图像或文件夹拷贝到其它文件夹中，而不是移动； 4.在拖曳图像或文件夹时将图像或文件夹拖至窗口上端的菜单栏可以取消对它的移动或拷贝； 5.按住“...（注：中文名称以第一个字的汉语拼音的第一个英文字母为准）； 9.按方向右键或方向左键将选择左面或右面的图像或文件夹；按方向上键或方向下键将选择上面或下面的图像或文件夹； 10.按“shift”+点按所需图像或文件夹可以选择多个图像或文件夹...三、使用文件对话框时的巧妙使用： 1.打开对话框时（如使用“文件”菜单下的“打开”或“存储”等命令时同时）按“.”或按“esc”键可以取消该命令； 2.同时按“苹果键 + 方向上键”或点按桌面图像可以上移一层
里面涉及到一个文件Rproj用于项目管理。 本身是一个很简单的文件，里面的内容一般不需要修改，只是放置在每个项目目录下即可。...在我们之前的易生信培训课程中，R代码都以Rmarkdown的形式呈现，因为它有一个便利的地方在于Rmd中运行的代码默认以Rmd所在目录为工作目录，这样就方便设置相对路径访问文件了。...因为开始学习时对命令和命令下处理文件的不熟悉，找不到文件是我们最常见的错误之一。 ? 但如果需要临时调试，在Console下写代码时，工作路径是需要自己切换的。...(Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows) 而有了Rproj，问题就解决了，直接在培训教案所在目录放置一个Rproj文件 (内容如上，文件名甚至也不需要修改)，然后用...另外如果我们自己开发R包，可以用如下的Rproj文件，配置信息稍微多了一些。
要将当前位置移动到另一个目录，我们使用cd命令。要转至/etc/目录，请使用以下命令:： cd /etc/ 您还可以使用各种快捷方式来导航文件系统树。...默认情况下，cp不会复制目录的目录和内容，如果需要将目录的内容复制到另一个目录，则需要使用-R标志（区分大小写，用于递归）。...shell允许我们将输出从一个命令定向到另一个命令，直到输出对我们有用为止。...除了C-n和C-p访问历史记录中的下一个和上一个命令之外，以下键绑定使得更容易在bash-terminal中导航文本（C表示ctrl，M-表示alt）： C-a将光标移动到行的开头 C-e将光标移动到行尾...C-f 将光标向前移动一个字符 C-b 将光标移回一个字符 M-f 将光标向前移动一个单词 M-b 将光标移回一个单词 更多信息 怎么样，学会了吗？
Ctrl + R（或 F5） 刷新活动窗口。 Ctrl + Y 恢复操作。 Ctrl + 向右键 将光标移动到下一个字词的起始处。 Ctrl + 向左键 将光标移动到上一个字词的起始处。...Ctrl + Shift + 箭头键 当磁贴的焦点放在“开始”菜单上时，将其移到另一个磁贴即可创建一个文件夹。 Ctrl + 箭头键 打开“开始”菜单后调整其大小。...Windows 徽标键 + Shift + 向左键或向右键 将桌面上的应用或窗口从一台显示器移动至另一台显示器。 Windows 徽标键 + 空格键 切换输入语言和键盘布局。...Page Up 将光标向上移动一个页面。 Page Down 将光标向下移动一个页面。 Ctrl + Home（标记模式） 将光标移动到缓冲区的起始处。...Ctrl + End（标记模式） 将光标移动到缓冲区的结尾处。 Ctrl + 向上键 在输出历史记录中上移一行。 Ctrl + 向下键 在输出历史记录中下移一行。
在更改过程中，您需要一种方法来保护您的代码和文件，在更新生效之前测试更新，并在出现问题时回滚到之前的工作版本。...以下是它的工作原理： 在工作目录中创建或修改文件。对更改满意后，使用git add命令将修改后的文件移动到暂存区。 新文件和已修改文件的快照将添加到暂存区。现在您可以预览文件了。...当您准备好将文件提交到存储库时，请使用git commit命令。暂存区中的文件将永久存储在Git目录中。 下面显示了该过程的图示概述。...进入项目所在的目录，然后输入以下命令： git init 仓库（一个.git子目录）已被创建，但尚未添加任何内容。...这样，您就可以发出命令将文件从一个环境的仓库推送到另一个环境的仓库。由于不同的环境将使用不同的数据，您还应该为每个环境创建不同的数据库。您可以将生产数据库中的数据复制到暂存和开发环境。
那么问题就来了，这个项目的单细胞RNA-seq数据肯定是可以推断具体的每个细胞是否有突变位点，不然就不会有上面的表格了！再具体看附件Excel表格，发现有更具体的信息，如下： ?...$sample.bam ${sample}_rmd.bam $gatk SplitNCigarReads -R $GENOME \ -I ${sample}_rmd.bam \ -O ${sample...}_rmd_split.bam # 因为我的star比对得到的bam文件里面没有 Read groups # 参考：https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk...-I $bam --dbsnp $DBSNP -O ${sample}_gatk.gvcf done 关于这个star软件安装，已经配套数据库文件的准备工作， 见：2019年11月:最新版针对...，可以仅仅以键盘交互模式完成常规文件夹及文件管理工作。
同时还有一种特别的算法用于对数据块进行追踪，如果数据块传输出现问题算法还能中断或者重启传输流程。 第三种是压缩模式。...文件传输类似ctrl+c和ctrl+v，区别在于复制操作是在同一台电脑内将数据从一个目录转移到另一个目录，文件传输是将数据从一台电脑转移到另一台电脑。...但这是这一区别产生了一些问题，例如在windows上文本文件的结尾使用CR+LF表示，但在Mac系统上文本文件结尾使用CR表示，于是把一个文本文件从Mac拷贝到windows，在文件末尾处就容易出问题，...STOR 存储 客户端要发送文件给服务器 STOU 唯一存储 要求服务器在确保当前目录下所传输的文件只能有一份 APPEN 内容添加 如果当前传输的文件在目录下有同名文件，那么将传输的内容添加到同名文件末尾而不是覆盖同名文件...将指定文件改名为指定名称 ABOR 取消命令 通知服务器取消执行上一次发送的命令 DELE 删除 通知服务器删除某个文件 RMD 删除目录 通知服务器删除整个目录 MKD 创建目录 通知服务器创建一个新目录
Ctrl + D（或 Delete） 删除所选的项目，将其移至回收站 Ctrl + R（或 F5） 刷新活动窗口 Ctrl + Y 恢复操作 Ctrl + 向右键 将光标移动到下一个字词的起始处 Ctrl...+ 向左键 将光标移动到上一个字词的起始处 Ctrl + 向下键 将光标移动到下一段落的起始处 Ctrl + 向上键 将光标移动到上一段落的起始处 Ctrl + Alt + Tab 使用箭头键在所有打开的应用之间进行切换...Alt + Shift + 箭头键 当组或磁贴的焦点放在“开始”菜单上时，可将其朝指定方向移动 Ctrl + Shift + 箭头键 当磁贴的焦点放在“开始”菜单上时，将其移到另一个磁贴即可创建一个文件夹...按 Shift 与任何箭头键 在窗口中或桌面上选择多个项目，或在文档中选择文本 Shift + Delete 删除选定项，无需先移动到回收站 向右键 打开右侧的下一个菜单，或打开子菜单 向左键 打开左侧的下一个菜单...Page down 将光标向下移动一个页面 Ctrl + Home（标记模式） 将光标移动到缓冲区起始处 Ctrl + End（标记模式） 将光标移动到缓冲区结尾处 Ctrl + 向上键 在输出历史记录中上移一行
您可以使用ls命令将inode映射到文件： $ ls --inode example.txt 7344977 example.txt 移动文件时，实际上并没有将数据从一个索引节点移动到另一个索引节点...$ ls --inode 7476865 foo $ ls --inode foo 7344977 example.txt 但是，将文件从一个硬盘驱动器移动到另一个硬盘驱动器时...无论您将文件移动到另一个目录还是使用新名称移动到同一目录，这两个操作均由同一基础程序执行。 本文重点介绍将文件从一个目录移动到另一个目录。...例如，在GNOME桌面上，将文件从一个窗口拖放到另一个窗口时的默认操作是移动文件而不是复制文件，因此这可能是桌面上最直观的操作之一： 默认情况下，KDE Plasma桌面中的Dolphin文件管理器提示用户进行操作...移动文件 要使用mv将文件从一个文件夹移动到另一个文件夹，请记住语法mv 。
要想上移或者下移一个字符，你可以按ctrl-P和ctrl-N。左移或右移一个字符，按ctrl-B和ctrl-F。这样等同于按下方向键，但是一些人不喜欢把他们的手移到方向键的位置。...它会打开一个列表，包含当前文件中所有的符号，你可以通过cmd-t进行模糊查找。使用cmd-shift-r来查找存在于整个项目中的符号。...首先，你需要确保你的项目中生成了tags（或者TAGS）文件。通过安装ctags，并且从命令行中，在你的项目根目录下运行ctags -R src/这样的命令，来生成文件。...你可以通过在你的主目录下生成.ctags文件（~/.ctags），来自定义tags如何生成。这里是一个例子。 符号浏览功能在atom/symbols-view包中实现。...你可以在整个项目中设置一些书签，并且使用它们快速跳到项目中一些重要的行。一个小的书签标识会加在行号后面，像下面这张图的第22行。 按下F2之后，Atom会跳到当前文件的下一个书签的位置。
Manim 这篇文章的目的是给出另一个关于如何让 Manim 使用 Python 3.7 在 Mac 上 工作的帐户，仅此而已。...您可以通过键入以下内容找到当前目录（当前文件路径）： pwd 您可以通过键入以下内容找到当前目录中的文件夹： ls 并且您可以通过运行以下命令更改目录以输入其中一个文件夹： cd folder/subfolder...确保您当前的工作目录是 Manim37，然后运行： source venv/bin/activate 您的终端线将更改，并且 （venv） 将出现在提示的开头： image 使用 Manim 所做的一切都需要在这个虚拟环境中完成...您应该用您的文件路径替换它（请记住，上面一行中的 〜 是主目录的文件路径的缩写）。 第 9 步：测试 现在我们需要运行一个快速测试来查看某些动画是否正常工作。...打开 utils/tex_file_writing.py 并向下滚动到最后两个函数，然后更改它们，使它们看起来像这样（对于截图感到抱歉 - 目前在保持格式化的同时发布代码时出现问题）： image
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