至此这个包的主要参数都已展示，当然这只是一些简单的基础图，真正在需要的时候可以美化后在进行标记组间信息。 欢迎大家学习交流！
交流群有人询问一个包（oncoPredict）的安装问题，说是R版本问题，需要 大于4.1.0。 我下意识的认为他应该是有其它错误，但是看大家在群里讨论的热火朝天， 我就去试了试。...文件里面的R版本依赖 Depends: R (≥ 4.1.0) ，如下所示： oncoPredict: Drug and Biomarker Discovery Bridges in vitro drug...Version: 0.2 Depends: R (≥ 4.1.0) 哪怕是下载源代码进行安装，也是绕不过去这个版本依赖 ： > install.packages('oncoPredict_0.2.tar.gz...',repos=NULL, type="source") ERROR: this R is version 4.0.2, package 'oncoPredict' requires R >= 4.1.0...tar.gz’ had non-zero exit status 但是可以把 oncoPredict_0.2.tar.gz 解压，进入 oncoPredict 文件夹 修改 DESCRIPTION 文件里面的R版本依赖
R的绘图参数几乎可以定制图形的任何显示（如标题，坐标轴，颜色，字体等）。 R 拥有一个数目很大的图形参数列表。该列表包括控制线条样式，颜色，图形排列和文字对齐等方面的参数。...3: 粗体,4: 粗斜体);和cex类似, 还可用: font.axis, font.lab, font.main, font.sublas控制坐标轴刻度数字标记方向的整数(0: 平行于轴,1: 横排,...,type="n")绘制一个“空白”的图形, 然后用低级函数来添加点,坐标轴,标签等：低级绘图命令R还可以在现有图形（通过高级绘图命令绘制）的基础上增加一些额外的显示，如标题、绘制坐标轴、在特定的位置增加图形...R对此有很好的支持，允许用户直接用鼠标在一个图上提取和提交信息。R中最简单、最常用的函数是locator(n, type)。...比如：x = rnorm(10) plot(x) locator(5,"o") locator也可以先不绘图，只把用户点击的坐标记录下来：r = locator(2) r 另一个有意思的交互函数是
简介 平常在各种R语言群里，总会遇到关于安装R包的问题，例如：搭载在github上的R包，由于网速（外网）原因而无法下载该怎么办？...网上好多解决方案都是基于R gui的，但现实中使用Rstudio这个IDE会更多些。接下来以gmm包在Rstudio下安装为例： 教程 使用bing搜索该包，找到相应网站[1]。...关键词：R包名称+R，或者可以再加上CRAN。 ? 搜索技巧：R包名称+R 找到Downloads板块，下载对应的压缩包 这里以mac为例 ?...参考资料 [1] gmm包对应网站: https://cran.r-project.org/web/packages/ggm/index.html
写 在前面 本期大猫课堂将会开始一个新的系列：你不知道的R Tricks。这个系列将搬运stackoverflow.com（以后简称SO）上关于R数据处理的一些经典问答。...其实这些问题基本上都是大猫自己在数据处理过程中实际遇到的，看了SO上的答案不禁拍案叫绝，忍不住和大家分享。 第一期的主题是：如何巧为观测标记序号？...这个问题在事件研究法时经常会遇到，但仅看标题小伙伴们是不是还觉得云里雾里？快点往下看吧！ 提 出问题 话说有个小伙伴在StackOverflow上提出了这样一个问题：假设我现在有这样一个数据集： ?...现在的问题是，我希望为每个连续的0或者1编号。例如连续出现3个0， 那么n就标记为1、2、3，如果后面接了一个1， 那么就重新从1开始标记。也即最终的结果应该是： ?...” 虽然最终版本的代码只需要一行，但在这里大猫将会把它拆解为三部分： 首先，我们需要有一个变量能标记出group的变化。也就是当group不变时取0，变化时取1。
所以我就用资深数据分析师那意味深长的语气劝他（而且一定要营造出分析结果不理想是他数据的问题），R包有很多，为何不换一个呢？...头脑风暴 我有一个设想： 用root权限，新建一个环境R4.1，然后在里面安装R4.1 在R4.1中安装那几个包 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1 我的顾虑： 不确定我用root新建的环境...，能不能让大家使用 不确定Rstudio-server能不能指定新建环境中的R4.1版本 3....多年的（摸鱼）经验告诉我，不慌，先解决这个问题/lib64/libz.so.1: versionZLIB_1.2.9' not found` 先查看这个lib有哪些版本： strings /lib64...总结 1，conda新建环境安装R4.1.0，因为是全新的环境，可以安装任何包都不会报错，如果报错了，就分开安装，然后再安装，一般都能解决问题。
R的绘图参数几乎可以定制图形的任何显示（如标题，坐标轴，颜色，字体等）。 R 拥有一个数目很大的图形参数列表。该列表包括控制线条样式，颜色，图形排列和文字对齐等方面的参数。...,3: 粗体,4: 粗斜体);和cex类似, 还可用: font.axis, font.lab, font.main, font.sub las控制坐标轴刻度数字标记方向的整数(0: 平行于轴,1: 横排...,type="n")绘制一个“空白”的图形, 然后用低级函数来添加点,坐标轴,标签等： 低级绘图命令 R还可以在现有图形（通过高级绘图命令绘制）的基础上增加一些额外的显示，如标题、绘制坐标轴、在特定的位置增加图形...R对此有很好的支持，允许用户直接用鼠标在一个图上提取和提交信息。 R中最简单、最常用的函数是locator(n, type)。...比如： x = rnorm(10) plot(x) locator(5,"o") locator也可以先不绘图，只把用户点击的坐标记录下来： r = locator(2) r 另一个有意思的交互函数是
说实话，自从之前好好学习了一下入门的R以后，一直没有用过R，很多东西都忘了，还是需要靠做笔记方便日后查阅。 本期讲一下R包的几种来源以及安装指定版本R包的几种方法。 R包来源及安装方法 1....安装指定版本R包 复现文章或R包的更新与当前的R版本或R代码不兼容时，就需要考虑安装某个特定版本的R包了，这里列一些常见的安装指定版本R包的方法供大家参考。...，下载0.1.8的版本即可。...在装有devtools的基础上，我使用以下命令重新装了0.1.8版本的rvcheck后，顺利的安装了clusterProfiler。...源码安装 在这里也许能找到你需要的R包历史版本。
R的版本升级比较频繁，很多R包对R版本的要求也比较高，我的R还停留到3.4版本，完全跟不上了。...又懒得卸载原来的R再下载新的，搜了一下，以下方法实测好用（来自https://zhuanlan.zhihu.com/p/39349696）： # install.packages('devtools')
R2015b 版本 MATLAB 产品系列更新： MATLAB： 新增更快运行 MATLAB® 代码的执行引擎；用于创建、分析图形和网络并实现可视化的图形函数和有向图函数；附加浏览器 — 用于增加社区创作的工具箱和
版本控制其实是一个老生常谈的问题。 比如有的包在3.6 的R 里，有的包在4.0 的R 里。他就是不支持其他版本，我能怎么办呢？...找打手去威胁作者； 自己写个新函数适配新版本； 买台新电脑，装个额外的R； 对，但不完全对。到底为了这个小小的R 包（醋），我们有没有必要折腾成这样呢（包一顿饺子）？ 未必，版本控制一下就好。...你直接可以在R studio 中的全局设置中选择。之间指定不同R 版本所在的目录即可。 Mac 最近终于让电脑更新到10.14，也终于让R 更新到4.0 了。...忽然发现有一个天然的R 版本控制工具，下载一下：https://rud.is/rswitch/ 各个功能描述如下： 令人惊喜的是，这个工具还提供了一些R 的学习资源： Linux 相对来说，linux...但其实操作起来也是非常的简单，就相当于告诉R studio 在xx 目录找我的R 。接着把不同的版本的R 按照需求软连接到这个位置（可以简单理解为快捷键）。
解决R语言排序问题的方法： order from base arrange from dplyr setorder and setorderv from data.table arrange from...## dplyr sort(dd, f = ~ -z + b) ## taRifx dd[with(dd, order(-z, b)), ] ## base R
安装新版本R，报错R包版本冲突 前一段时间，安装了R4.0，然后就发现R包各种出错，要求重装，好不容易装好了R包，再转回R3.6.3时，发现R3.6.3的R包又出现了问题。报错信息大概类似下图： ?...每一次R更新总是这样的问题，没办法只能想办法解决一下。 R包搜索路径存在非版本依赖文件夹 在查看此时R包搜索路径，发现了一个问题： ?...导入R包的第一搜索路径是一个无版本依赖的目录（路径中没有3.6、3.6.3等R版本信息），那么如果是使用R4.0的话，且也是在使用这个目录，那么自然会造成R包的版本混乱。果不其然： ?...原来是这个地方的问题，先尝试将这个文件夹改名，然后重新测试，提示很多包不存在，需要重新安装，但是R包版本冲突的问题已经不出现了，所以主要就是这个文件夹的问题。...问题找到，只需要把这个环境变量删除，再把非版本依赖的R包文件夹（C:\Users\DELL/.RLibrary）删除，重新安装缺失的包就好。谨慎起见，我把这个环境变量改了，R包文件夹也是先改名。
参考： 141-R小技巧-R包的多版本控制 | BIOINFOPLANET (jieandze1314.com)[1] 前言 之前我们提到过 [[09-R工具指南08-R的版本控制]]，那么我们可不可以对...value = idents) : [[<- defined for objects of type "S4" only for subclasses of environment 网上找了一圈，发现是版本的问题...如果需要旧版本，指定旧版本所在的位置即可。 当然，你需要记得哪个版本在哪个目录。...ps：之前写过一个[[62-R工具指南18-用pacman管理你的R包]] 的R包，可惜它并没有R包的版本控制的功能。...还有一个就是我个人电脑，比如mac 中使用Rswitch 管理R 版本，而R 包我则是区分多个R 包目录，按照访问顺序如下： base R 和重要R 包； 数据库类型的非常占用空间的R 包； 某版本R
这是一般做基因差异表达分析在使用t检验或者其他统计检验中常出现的一个问题。...之前我学习和自己分析时就遇到过，尝试使用判断的方式事先检查它是不是数据存在问题（这类数据明显不服从正态分布），可以使用正态性检验，或者直接判断是不是样本组内的数据是完全一样的，如果一样就不要这个了。...所遇到的问题： 分析两个样本之间是否存在差异，每个样本三个重复。现在用的是t.test，但有些样本三个重复的值一样（比如有0,0,0或者2,2,2之类的），想问下像这种数据应该用什么检验方法呢？...为什么出现这问题？如果解决？以下是我的回答： 数据是恒量是无法做t检验的，因为计算公式分母为0（不懂的看下统计量t的计算公式，一般标准差/标准误为分母，所以恒量是不能算的）。...9508518/why-are-these-numbers-not-equal https://stackoverflow.com/questions/23093095/t-test-failed-in-r
最近星球里面的小伙伴提到了一个问题，如何安装老版本的R3.6，Linux系统。...安装是可以的，但是安全的安装是值的推荐的，所谓安全的安装，就是不和系统已有的R语言和R包有冲突，不能把现有的系统搞崩了…… 所以，写篇博客，介绍一下。...因为，回答一个问题，顺便写篇博客，实在是一箭双雕，甚至，不用回答，直接写篇公众号，然后把链接提上去，不是更有极客精神吗。...3，不要直接用conda安装，新建一个conda环境（非常重要） conda create -p ~/R3.6 conda activate ~/R3.6/ 激活后，显示：R3.6： 4，安装R3.6...conda install r-base=3.6.0 -c pkgs/r 点击y之前，确保是R3.6 测试一下R语言： (/home/gwas/R3.6) [gwas@192 ~]$ R
===v0.5.0版本下载失败问题== ====问题现象==== 通过一号通平台下载时， repo init -u ssh://xxx@sdk.allwinnertech.com/git_repo/...P101901/manifest.git -b master -m R329-Tina.xml 后提示： tina$ repo init -u ssh://xxx@sdk.allwinnertech.com...New version is available at: /home/xxx/workspace/tina_r329/.repo/repo/repo ......====问题原因==== 新版repo不支持虚链接 ====解决方法==== vim .repo/manifests/R329-Tina.xml 第十五行改为： <copyfile src="build.sh.../的都删掉 然后重新执行:repo init -m <em>R</em>329-Tina.xml 即把-u和-b的参数去掉，在用本地的repo配置文件重新下载。
image.png Conda是一个非常好用的工具，既可以管理packages，也可以管理和下载软件，还可以建立多个虚拟环境来独立运行多个版本的软件。...做生信常常用的一些包只支持老版本的R，一些新开发的包又只支持最新的R，这里我们用conda建立多个版本的R环境。...conda activate py37 #或者 source activate py37 退出环境： conda deactivate #或者 source deactivate py37 创建不同版本...R环境： conda create -n r36 r=3.6 安装特定版本R conda install -c r r=3.6 #或 conda install r=3.6 conda来安装R的packages...https://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/ conda install -c r r-dplyr 查看已创建的环境
多版本安装 问题 在使用RSwitch的过程中,mac只会保留最后一次安装的框架及运行程序 原因 You can also use the .pkg versions if you prefer a...然后直接安装需要版本的pkg文件安装即可....https://rud.is/rswitch/ R for macOS pkg下载地址: https://cran.r-project.org/bin/macosx/base/ R for macOS...tar.gz下载地址: https://cran.r-project.org/src/base/R-4/ 参考链接: 如何在mac上安装多个版本的R？...199-想在Mac上安装多个R版本？Easy！
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