R闪亮的应用程序ggplot2超时 - 腾讯云开发者社区

尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...("ggplot2::autoplot", "discrete_distr") } } 参考资料 [1]roxygen2: https://cran.r-project.org/package=roxygen2...]testthat: https://testthat.r-lib.org/ [7]vctrs: https://vctrs.r-lib.org/

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R语言ggplot2作图好看的配色备选

配色来源于论文 https://www.nature.com/articles/s41577-022-00707-2 里面图的颜色看起来非常舒服，摘下来作为自己数据可视化作图的备选项第一个图 image.png...八个配色 library(ggplot2) cols<-c("#88c4e8","#db6968","#982b2b","#0074b3", "#e5ce81","#f47720",

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R语言ggplot2散点图如何使用更多的形状

R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...) source("ggstar02/geom_star.R") source("ggstar02/primitive.R") source("ggstar02/utilities.R") library...，就能够把这个形状用于ggplot2的散点图中

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R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本需要示例数据和代码点赞点击在看然后在后台留言 20210605 就可以了小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python...做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！

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R语言ggplot2做云雨图的简单小例子

云雨图的样子如下 ?...是一半的小提琴图加散点图的组合，看起来有些像云朵加雨滴的形式，所以得名云雨图，主要的作用还是用来展示数据的分布情况之前看到过相关推文进行介绍，大部分的推文介绍的实现办法都是使用gghalves包，这个包中的函数可以将...ggplot2的常规图形只画其中的一般，比如 geom_half_boxplor() geom_half_violin() 最近在一个介绍ggplot2扩展包的链接里发现了一个包叫see，这个包里有一个函数是...geom_violindot()函数，画云雨图非常方便，下面简单介绍一下代码首先是安装see这个R包 install.package("see") 使用鸢尾花的数据集作图 library(ggplot2...see这个包里还提供了许多新的配色方案，通过help(package="see")命令查看帮助文档，以scale开头的函数有很多 ?

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R语言ggplot2作图好玩的配色包~宫崎骏动画配色

R包的github主页 https://github.com/ewenme/ghibli R包的名字是ghibli,查了下这个单词是吉普力工作室的意思，吉普力工作室和宫崎骏之间的关系我不是铁杆粉，我也搞不明白...%9B%E5%B7%A5%E4%BD%9C%E5%AE%A4/7389798 接下来是介绍代码首先需要安装这个R包 install.packages("ghibli") 查看包的帮助文档 help...(ggplot2) ggplot(data=df1,aes(x=x,y=y,fill=x))+ geom_col(show.legend = F)+ scale_fill_ghibli_d("TotoroMedium...df2<-data.frame(x=letters[1:7], y=1:7) library(ggplot2) ggplot(data=df2,aes(x=x,y=y...PonyoMedium", direction = -1) -> p4 library(patchwork) p3+p4 image.png 应该仔细研究下这个R包的代码

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「R」魔性的ggplot2，多个图例时顺序会变？

今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...当然，如果你理解了上面的英文文档，怎么设定怎么排都是可以的。

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R语言ggplot2画气泡图展示富集分析的结果

之前的推文介绍了画柱形图展示富集分析的结果R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果，今天的推文介绍一下画气泡图展示富集分析结果的代码。气泡图就是散点图的一个变种。...多了一个变量映射给点的大小，富集分析里通常是用来映射基因的数量。比如下图 image.png 示例数据集还是之前的KEGG富集分析结果。...但在真实的数据了这个阈值设置为多少就得根据自己的数据情况来了。...library(tidyverse) dat %>% filter(Corrected.P.Value dat01 dim(dat01) dim(dat) 最基本的图 library...(ggplot2) dat01$GeneRatio<-dat01$Input.number/200 ggplot(dat01,aes(x=GeneRatio,y=Term))+ geom_point

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R语言ggplot2绘制曼哈顿图展示GWAS分析的结果

之前分享过一篇推文介绍过这个内容 R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子，但是当时自己不太懂曼哈顿图，实现是直接借助ggplot2的geom_jitter()这个函数实现的。...这个函数并不会考虑每个变异位点的位置，而实际的曼哈顿图是需要根据变异位点的位置来画的。今天的推文重新介绍一下ggplot2绘制曼哈顿图的代码。...R语言中也有现成的包和函数可以直接画曼哈顿图，我这里选择用ggplot2来画是因为出图后可以非常方便的组合其他的图，比如可以叠加一个基因结构的图，然后再拼一个展示不同基因型表型差异的图。...这些如果是用ggplot2来做，都可以用代码实现，省去了手动拼图的过程。...，我这里的示例数据是每条染色体的长度多加了10M chr.lenR_4_1_0_working_directory/env001/data/20230912/at_gwas.xlsx

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R语言ggplot2气泡图叠加图片的简单小例子

image.png 之前有人在公众号留言问这幅图的实现办法，这个是气泡图，用ggplot2很方便能够实现，但是这个图比较特殊的是横坐标还有对应的图片，当然出图以后用其他软件来编辑是可以实现的，但是对齐之类的可能会比较麻烦...如果能用代码实现就能节省一些时间，正好最近看到一个ggplot2的扩展包叫做 ggimg 对应的github的主页是 https://github.com/statsmaths/ggimg 下面我们就来试试能不能用这个包来实现推文开头的图...首先第一步是安装ggimg install.packages("ggimg") 接下来我们运行一个简单的小例子我将三张图片放到了当前目录下的 ggimg_example 文件夹下代码 library...(ggimg) library(ggplot2) ggplot()+ geom_point_img(data=df, aes(x=x,y=y,img=img),...小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记

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R语言ggplot2画带有弧度的线段简单小例子

image.png 在一个交流讨论群里看到有人讨论这个图，很早之前就看到过这个图，当时记得有一个现成的R包可以做。如果让自己使用ggplot2来实现当时还真没有思路。...现在有一些思路，这个就是点和线段的组合，把握好坐标位置就好了但是这个图里的线段是带有弧度的，之前画图的线段都是直线，所以就查了一下ggplot2画带有弧度的线段的办法，找到了参考资料 Line...segments and curves — geom_segment • ggplot2 (tidyverse.org) 没有弧度的线段使用的是geom_segment()函数有弧度可以使用geom_curve...()函数下面是一个小例子 library(ggplot2) b <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg)) + geom_point() df 的内容暂时先到这里了欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学

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R tips：调整ggplot2的坐标轴或legend的label长度

但是使用clusterProfiler包进行富集分析并绘图有时会遇到一个情况：一个富集分析的Terms的长度太长，会导致图片的轴标题或者legend很长，就会压缩了主绘图区域的显示。...ggplot2对象，其实使用scale系列函数就可以达到目的。...有的时候，ggplot2图是经过坐标轴变换的，如使用coord_flip进行x、y轴反转。此时竖直的坐标轴实际上是x轴，需要使用scale_x系列函数控制。...，有些时候过长的labels是出现在legend中，而且str_wrap只在有空格的地方才会折叠，那么一个很长的没有空格的字符串需要如何处理才能折叠？...= TRUE) 这个图直接使用scale_color_discrete进行修改是不会有任何改变的，因为这个图的color映射并不是ggplot2的默认情况，而是使用ggraph的geom_edge

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R语言ggplot2一幅好看的频率分布直方图实例

推文内容来自于链接 https://www.andrewheiss.com/blog/2021/12/18/bayesian-propensity-scores-weights/ 这个博文里的内容还挺多的...，我们只关注其中关于频率分布直方图的实现代码。...https://github.com/BlakeRMills/MetBrewer 这个用到的都是博物馆里的油画的配色，挺有意思的，大家可以试试使用ggplot2作图这里频率分布直方图用到的是geom_histogram...()函数，这里的代码多了一个weight参数，暂时没有想明白这个参数起到什么作用还遇到一个新函数colorspace::lighten()操作颜色，看帮助文档是是颜色更亮。...做一个散点图试试效果 library(ggplot2) library(patchwork) p1<-ggplot()+ geom_point(aes(x=1,y=1),size=50,color

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R语言ggplot2漂亮的热图和配色简单小例子

偶然间在github 上发现的这个链接，示例数据和代码都有，很好的R语言学习素材链接是 https://github.com/blmoore/blogR ，主要内容有 image.png 光看这个可能有些枯燥...，我们来看结果图 image.png image.png image.png image.png image.png image.png 这些看起来是不是还挺酷炫的，接下来的推文争取把这些图片对应的代码全部重复一遍...，今天重复这个热图这个图具体的数据是什么意思暂时还没太看明白，最终用于作图的数据格式如下 image.png 前半部分准备数据的代码这里就不介绍了 image.png 准备数据的过程可能稍微有点枯燥，...大家感兴趣的话可以自己研究研究我们直接运行画图代码加载ggplot2 library(ggplot2) 最基本的热图 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c...欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记

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R语言ggplot2作图的时候给坐标轴添加文本π

image.png 今天用ggplot2作图y轴的标题想实现上图红框里的形式，查了一下如何实现记录一下代码首先是构造一份数据集 df<-data.frame(x=1,y=1) R语言ggplot2...散点图并添加文本 library(extrafont) fonts() library(ggplot2) ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_text(label=...stackoverflow.com/questions/34892262/subscripts-and-superscripts-or-with-ggplot2-axis-labels-ionic-chemical 欢迎大家关注我的公众号...小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记

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R语言之可视化①⑨子ggplot2中的图例修改

目正文自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...另外，请访问非常强大的ggplot2文档以获取更多信息。...我们从mtcars数据集和默认图例开始： library(ggplot2) basic=ggplot(mtcars, aes(wt, mpg, colour = factor(cyl), shape =...image.png 修改图例中的分类名字 basic+labs( colour = "name1", shape = "name2" ) ?...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?

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旧版本的R3.6安装最新版的ggplot2

事实证明，包还是非常难安装的，一边安装，一边想着，一些收费的软件是有原因的…… 目录： 1. ggplot2包安装报错 2，安装rlange1.0.0 3. 安装Rtools3.6 4....测试成功安装ggplot2 现在最新的R版本是4.2.1，因为有些包只能运行在3.6版本中，因此我需要安装3.6，这里安装常用的ggplot2时报错了，总结一下问题解决的方法。...2，安装rlange1.0.0 如果现在网上搜索R包的地址，包括其不同的版本，可以键入： https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ 如果知道包的名称...，比如ggplot2，键入： https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2 可以看到，旧版本的ggplot2，下载到本地，然后安装就可以了...测试成功安装ggplot2 测试，载入，然后看一下R的版本和ggplot2的版本： > library(ggplot2) > sessionInfo() R version 3.6.3 (2020-02

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R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果

如果是研究比较多的物种，可以直接使用R语言包clusterProfiler做富集分析当然是最好，最后可以很少的代码拿到很漂亮的结果图。...但是如果是比较小众的物种，没办法借助clusterProfiler这个R包的话,如何得到和clusterProfiler一样的可视化结果呢？...今天的推文介绍一下相关的R语言ggplot2作图代码 clusterProfiler能出的图有柱形图、气泡图、网络图、热图等今天的推文只介绍柱形图和气泡图，网络图和热图相对比较复杂。...以下是ggplot2的作图代码读取数据 dat<-read.table("kegg.txt", sep = "\t", header=...library(ggplot2) ggplot(dat01,aes(x=Input.number/500,y=Term))+ geom_col(aes(fill=Corrected.P.Value

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R：ggtext包丰富ggplot2中文本的表现力

ggtext让ggplot2图像也可以使用html、markdown及css语法，丰富了ggplot2文本的表现力。...NULL, padding = margin(4, 4, 4, 4), margin = margin(4, 0, 0, 0), linetype = 1, r..., color = "white", fill = "#5D729D", box.color = "#4A618C", halign = 0.5, linetype = 1, r...上图是固定的格式显示，strip的格式都是一样的，其实也可以更进一步，将strip按照分组显示，从而实现多一个维度的信息展示，比如此图的stipe文本是class信息（因为这里的分面是facet_wrap...color = "white", fill = "#5D729D", box.color = "#4A618C", halign = 0.5, linetype = 1, r

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R语言ggplot2画一幅漂亮的哑铃图

在找资料的时候偶然发现的这个图，这个图来源于论文 Russian periphery is dying in movement: a cohort assessment of internal youth...所以我们来重复一下这个图横坐标是变化率，纵坐标是地区，每一个纵坐标对应的是两个 1980-84 1988-92 变量，其中每一个对应的是实心点和空心点，census和stat record 这个图目前还想不到如何应用于我自己的数据...df_plot_1<-read.csv("20210822.csv") head(df_plot_1) image.png 画图代码 library(ggplot2) library(tidyverse...，次条推文是广告欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本小明的数据分析笔记本公众号主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记...；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！

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「R」ggplot2在R包开发中的使用

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