RDKit不绘制氯离子

RDKit是一个用于化学信息学的开源软件包，它提供了一系列用于分子设计、药物发现和化学信息处理的工具和算法。RDKit可以用于分子结构的表示、转换、分析和可视化。

RDKit的主要特点包括：

分子表示：RDKit支持多种分子表示方法，包括SMILES、InChI和分子指纹等。这些表示方法可以用于描述分子的结构和性质。
分子转换：RDKit提供了一系列分子转换的工具，可以进行分子的构建、编辑和转换。例如，可以通过RDKit生成分子的互变异构体、计算分子的物化性质等。
分子分析：RDKit提供了多种分子分析的功能，包括分子描述符的计算、分子相似性的比较、分子对齐等。这些功能可以用于分子的结构活性关系分析和化合物库的筛选。
分子可视化：RDKit可以将分子结构可视化为2D或3D的图像，方便用户对分子进行观察和分析。

RDKit在药物发现、化学信息学和化学教育等领域有广泛的应用。例如，RDKit可以用于药物分子的虚拟筛选、药物分子的设计和优化、化合物库的管理和搜索等。

腾讯云提供了云计算平台和相关产品，可以支持用户在云端进行化学信息学的计算和分析。腾讯云的相关产品包括云服务器、云数据库、人工智能服务等。用户可以根据自己的需求选择适合的产品进行使用。

更多关于RDKit的信息和文档可以参考腾讯云的官方文档：RDKit官方文档

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RDKit不绘制氯离子

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我注意到这个图形在Spyder中永远不会绘制，所以我切换到了Jupyter。是否偏爱RDKit期望的微笑格式？我要说的是，成键和原子是正确的，但最终的形状是唯一错误的。<code>B3</code>谢谢,

浏览 82提问于2021-06-11得票数 0

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运行rdkit.Chem.SaltRemover()时会发生Python参数错误。(Python参数类型与C++签名不匹配)

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我正在使用RDKit完成一些任务，并遇到了一些问题。我正在尝试使用SaltRemover()函数对我的数据集进行清理，但是发生了ArgumentError，但我找不到它。所使用的代码如下：from rdkit.Chem import AllChemA1 = A1['SMILES'] A1_mol = Chem.MolFromSmiles

浏览 12提问于2019-12-03得票数 2

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ImportError: DLL加载失败

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我使用pip install rdkit-pypi安装了rdkit库。但是当我输入import rdkit as rd时，它会显示错误

浏览 0提问于2021-12-02得票数 3

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运行rdkit.DataStructs.cDataStructs.BulkTanimotoSimilarity().时会发生Python参数错误(Python参数类型与C++签名不匹配)

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我试着用RDKIT获得微笑化学相似性。我的dataframe "subs_df“包含两个列，其中一个列包含微笑数据。import Chemfrom rdkit.ML.Cluster import Butinafrom rdkit.Chem import rdFingerprintGenerator from rdkit.Chem.Draw import Simi

浏览 22提问于2022-09-13得票数 0

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RDKit可能是一个很好的软件包，如果它不是那么复杂的安装。因此，在安装RDKit时有几个问题。然而，在不同的操作系统或不同的环境下。我之所以犹豫不决，是因为这个过程似乎相当复杂，很多额外的安装都有新的问题和未知，而且，对于那些首次从源代码构建二进制文件的人来说，这些指令似乎已经过时而且不完整。>", line 1, in <module> File "C:\Users\xyz\Programs\RDKit\rdkit\__init__.py", lin

浏览 1提问于2019-07-19得票数 8

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使用RDKit将微笑字符串['x‘、'y’、‘z’)转换为mol文件或MDL块

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我希望使用RDKit将列表中的每个微笑字符串转换为单独的mol文件。我目前的代码是：print(Chem.MolToMolBlock(m)) ArgumentError: rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToMolBlock(NoneType)中的Python参数类型与C++签名不匹配: MolToMolBlock(RDKit::ROMol mol，bool includeStereo=Tru

浏览 1提问于2018-11-12得票数 0

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rdkit:如何绘制高分辨率的化学结构

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我正在使用jupyter实验室来绘制化学结构。但是输出图像的分辨率太低。我该如何改进它呢？from rdkit import Chemsmiles = 'C1=CC(=C(C=C1C2=C(C(=O)C3=C(C=C(C=C3O2)O

浏览 67提问于2020-05-07得票数 2

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如何在rdkit分子键图边缘和BGL双连接组件标识符之间创建一个boost属性映射？

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rdkit库提供了一个分子类，它提供一个成员函数getTopology，返回adjacency_list<vecS, vecS, undirectedS, Atom *, Bond *>类型的BGL图。我知道rdkit类型的定义了图形的边缘属性。我知道Bond提供了一个成员函数getIdx，它返回标识键的唯一整数，所以图必须有一个边编号的概念。由于rdkit不处理双连接组件，因此我得出的结论是，这个属性映射必须是图形的外部。在这种情况下，BGL文档建议使用适配器类(参见“外部属性”一节)。不幸的是，在BGL文档

浏览 15提问于2022-05-30得票数 1

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Rdkit绘图-隐藏(不除去)氢

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from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2Dfrom IPython.display import SVG Molblock = 'molblock information，我不隐藏隐含的氢原子--“很好……我想”--除了在大型结构

浏览 5提问于2020-08-31得票数 1

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为什么我们必须在Google Colab中附加Rdkit的路径

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time conda install -q -y -c conda-forge rdkit sys.path.append('/usr/local/lib/python3.7/site-packages/') 在这段代码中，为什么我们必须在安装rdkit之后添加路径？

浏览 33提问于2021-01-17得票数 1

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rdkit.Chem.rdMolDescriptors.GetMorganFingerprintAsBitVect(NoneType，int中的ArgumentError参数类型与C++签名不匹配

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因此，我正在使用RDKit和Python将微笑字符串转换为ECFP4指纹，我的代码如下所示。我得到了一个错误，但我也检查了这里的，但我似乎有正确的代码？但为什么我还会犯错呢？data_ecfp4_df = pd.DataFrame(data_ecfp4_lists, index = data.TARGET, columns = ecfp4_name)rdkit.Chem.rdMolDescriptors.GetMorganFingerprintAsBitVect(NoneType，int中的 ArgumentError：参数类型与C++签

浏览 13提问于2022-04-07得票数 1

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ValueError: BitVects必须是相同的长度(rdkit)

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我正在用rdkit计算两个鼹鼠之间的结构相似曲线。当我在google (rdkit=2020.09.2 python=3.7)中运行该程序时，程序运行得很好。当我在PC (rdkit=2021.03.2 python=3.8.5)上运行时，我得到了一个错误。这个错误有点奇怪。是否要安装rdkit=2020.09.2？

浏览 8提问于2021-06-07得票数 2

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与==比较RDkit函数抛出错误

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我有一个皮斯喀特UDF定义如下-converted_smile_inBoost.Python.ArgumentError: rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToSmiles(NoneType)中的Python参数类型与C++签名不匹配:MolToSmiles(RDKit:ROMol mol，bool isomericSmiles=True，

浏览 2提问于2020-02-04得票数 1

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用javascript模块“RDKIT”绘制.svg

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我在浏览器中得到以下错误消息： at drawmol (results:21:15) <script src="https://unpkg.com/@rdkit/rdkit/

浏览 7提问于2022-08-12得票数 0

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RDKit:如何更改原子标签fontsize？

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在用RDKit绘制结构时，原子标签字体大小和环大小不成比例。标签要么太小，要么太大，或者不对齐。from rdkit import Chem smiles = ' FC1OC2N3C4[Si]5=C6B7C(C

浏览 11提问于2020-11-13得票数 1

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Dataproc上的Pyspark作业在阶段0处停滞

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我是Pyspark的新手，但我不这么认为，数据太大了，它会被挂起。请帮帮我。我的用户定义项来自RDkit库。有没有可能使UDF有效，从而以秒为单位输出？from rdkit import Chem mol = Chem.MolFromSmiles(user_smile_string

浏览 4提问于2020-02-04得票数 3

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( rdkit.Chem.rdMolDescriptors.GetMorganFingerprintAsBitVect(Mol，int)

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我正在使用RDKit，并有以下问题。我试图创建一个函数，将一个分子从一个微笑的字符串编码成一个指纹。但是发生了一个ArgumentError，我搞不懂它。这是一个错误： rdkit.Chem.rdMolDescriptors.GetMorganFingerprintAsBitVect(Mol，int中的 ArgumentError: Python参数类型与C++签名不匹配:GetMorganFingerprintAsBitVect(类RDKit::ROMol，无符号int半径，无符号int nBits=2048，类boos

浏览 0提问于2021-05-08得票数 2

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RDKit的函数MolFromInchi不工作

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>>> from rdkit.Chem.inchi import MolFromInchiTracebacklast): File "C:\Users\tcherry\repos\dataslate_django\venv\my-rdkit-envremov

浏览 0提问于2020-04-10得票数 3

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子图中的分类数据

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我想绘制一个5x4矩阵的数据图。使用matplotlib和子图，我现在有了所有数字数据的图，但对于我的生活，我不知道如何包括分类数据。from rdkit.Chem import AllChem as Chemfrom rdkit.Chem importPandasToolsimport pybelimport matp

浏览 4提问于2015-08-30得票数 0

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