改位置 高级 便携式 便携式切换完成 取消勾选安装 TeXworks ，这个编辑器太老，使用 VSCOde 即可 可选择语言包（这里默认，不进行设置...） 安装很慢，耐心等待，很多小文件包，目测安装不需要网络，大概花了1小时30分钟左右 1.3 配置 Windows 环境变量 经过测试，发现安装后，并不会自动配置环境变量，需要自己手动配置...设置环境变量 路径如下 1 D:\Program Files\texlive\2022\bin\win32 1.3 测试 tex -v latex -v xelatex -v...· James-Yu/LaTeX-Workshop Wiki 注意: 实测，此步可省，直接使用也可以 VSCode 设置 参考设置 示例1 settings.json "latex-workshop.view.pdf.viewer...LaTex 的编译测试 在本地新建一个文件夹并新建一个 .tex 结尾的文件，例如新建一个 test-latex.tex 文件，文件内容如下: test-latex.tex \documentclass
安装完在命令行下输入latex --version，能看到版本信息就成功了。如果提示找不到命令，可能你需要找到texlive的安装目录，将其添加到环境变量中去。...（3）安装vscode插件LaTex Workshop 打开vscode的扩展库，搜索latex，找到LaTex Workshop并进行安装 二、配置LaTex Workshop 安装好后，我们还得配置一下编译的选项...，因为tex文件的格式有很多很多种，编译的系统也有好几种，我们得配置一下，在vscode中按住ctrl + shift + P，打开settings.json： 然后把下面的代码附加在你自定义的设置后面..."pdflatex -> bibtex -> pdflatex*2", "tools": [ "pdflatex", "bibtex", "...这里放一个INFORMS journals的模板，有需要的同学可以在公众号后台回复【tstp】即可下载。
number_sections: yes toc: yes 做过的失败尝试1安装rticles包rticles包提供了适用于各类场景的rmd模板，安装以后便可以选择支持中文的模板，在rstudio...not set up for use with LaTeX.Try other LaTeX engines instead (e.g., xelatex) if you are using pdflatex...See 201_第一步：构建Seurat对象.log for more info.停止执行做过的失败尝试2打开MikTeX，设置→自动（即时）安装缺失的宏包→总是，记得修改xelatex!...., xelatex) if you are using pdflatex....9A%E4%B8%BB%E4%BA%86&comment_replyId=&article_id=85281933&comment_userId=&commentId=记录RMarkdown输出PDF的设置
EnableCodeIndexing: Yes UseSpacesForTab: Yes NumSpacesForTab: 2 Encoding: UTF-8 RnwWeave: Sweave LaTeX: pdfLaTeX...在我们之前的易生信培训课程中，R代码都以Rmarkdown的形式呈现，因为它有一个便利的地方在于Rmd中运行的代码默认以Rmd所在目录为工作目录，这样就方便设置相对路径访问文件了。...因为开始学习时对命令和命令下处理文件的不熟悉，找不到文件是我们最常见的错误之一。 ? 但如果需要临时调试，在Console下写代码时，工作路径是需要自己切换的。...Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows) 而有了Rproj，问题就解决了，直接在培训教案所在目录放置一个Rproj文件 (内容如上，文件名甚至也不需要修改)，然后用Rstudio...而且因为每个人背景不同，作者以为他知道的信息读者可能也知道，就会省略掉这些信息，初学者看到后却不知道怎么操作，学习起来并不是太顺畅，还得继续搜索。
Date : [[2022-07-09_Sat]] 微信公众号 : 北野茶缸子 Tags : #好物分享/效率工具/win 前言 在[[40-超级右键——你的mac右键]]，我们介绍了mac 中的超级右键...重新打开一个md 文件的属性，在打开方式那里，手动设置全部的md 文件默认打开方式为typora 即可。...如果需要使用Rstudio，打开Rproj，而默认下都是使用sublimetext 打开R 格式的。 ContextMenuManager 添加Rproj格式稍微有些麻烦。...但是打开后却发现报错了，显示我的Rproj 创建版本出错。 这里需要解决一下，因为它并不知道我们的Rproj 注册的版本信息，因此会发生一定的问题。...EnableCodeIndexing: Yes UseSpacesForTab: Yes NumSpacesForTab: 2 Encoding: UTF-8 RnwWeave: Sweave LaTeX: pdfLaTeX
可能的值为xelatex（默认值），lualatex和pdflatex。 请注意，当选择pdflatex时，必须在序言中配置字体和 unicode 处理。...在 Windows 上，可能需要修改PATH环境变量来包含 latex，dvipng 和 ghostscript 可执行文件的目录。详细信息请参阅环境变量和在窗口中设置环境变量。...确保你想要做的事情在 LaTeX 文档中可实现，你的 LaTeX 语法是有效的，并且你正在使用原始字符串，如果必要的话，避免意外的转义序列。...如果 matplotlib 使用的字体配置不同于你的 LaTeX 文档中的字体设置，则导入图形中的文本元素对齐可能会关闭。...在极端情况下，这可能导致 TeX 内存不足：TeX capacity exceeded, sorry（TeX 容量过大，对不起）。
下载完成后按照提示一步一步安装就可以了： 安装好R语言的环境之后，再开始安装R Studio，同样的访问R Studio的官方网站，下载最新的安装文件进行安装。...模式，至于具体的Beamer模板的选择，在后续的设置中会介绍。...For more details on using R Markdown see ....写完了Rmd文件之后，如果本地环境已经安装好了pdflatex，可以直接点击Knit中的Beamer模式，直接生成Beamer文档的pdf文件，也可以在R Studio中预览： 但问题是，博主本机Win11...在R Studio中点击设置，找到Output Option： 在弹窗中可以选择主题和颜色主题，比如博主选择了Dresden-seagull这个主题： 然后就可以回到主界面上点击Knit进行构建，当然
# 在环境中安装 Rstudio conda install rstudio # 打开 Rstudio rstudio # 如果怕占用命令行，可以 nohup rstudio & 在命令行中输入...rstudio弹出以上报错，我们前往MobaXterm的设置中取消勾选RANDR即可。...取消勾选后重新输入rstudio即可打开。 MacOS 由于MobaXterm只有Windows版本，而MacOS是不自带图形化的，因此直接尝试打开rstudio会报错。...# 启动xquartz xquartz # 设置DISPLAY环境变量 export DISPLAY=:0 # ssh添加-Y flag登录远程主机 ssh -Y user@host 再输入rstudio...需要注意的是，每次在MacOS上打开服务器的Rstudio，都需要设置环境变量，且只能在终端里打开（Termius不行）。
之所以有乱码其实是因为Rstudio开发者及其公司都是欧美人，英文为主，对中文的友好度没那么强，我一直在思考，会不会泰文和印度语那边的学生使用Rstudio会更麻烦，有机会去泰国一定要去他们网吧试试看这个...设置RStudio文本显示的默认编码 其实就是4个步骤： RStudio菜单栏的Tools -> Global Options ? 在配置界面选择code下面的saving的 默认编码格式 ?...在弹出的编码中，选择UTF-8编码。 点击OK，然后再点击OK，保存设置。...深层次原因是Rstudio在运行的时候会创建一些临时文件，这些临时文件默认是放在你的C盘里用户名下的一个文件夹里，由你电脑里面的TEMP这个环境变量指定。需要修改它, 比如修改为D盘。...首先查看环境变量，先点击控制面板里面的高级系统设置 然后在高级里面寻找环境变量按钮如下：修改后如下： ? 这样问题就解决啦。
【注】这样安装 TeXLive 后无法在终端使用 texdoc 工具，会报错：/usr/local/texlive/2020/texmf-dist/doc/generic/pgf/pgfmanual.pdf.../install-tl 安装完后，会提示需要添加路径： Add /usr/local/texlive/2020/texmf-dist/doc/man to MANPATH....Workshop，然后将以下设置加入到 VSCode 的设置 json 文件中： { // Latex workshop "latex-workshop.latex.tools": [...-> bibtex -> pdflatex*2", "tools": [ "pdflatex", "bibtex",...文档 【注】使用LaTeX写作过程中，若想查看某一宏包（XXX）的官方手册，可以在终端使用 texdoc 命令： texdoc XXX
R和Rstudio的安装 用户名需要是英文 下载R和Rstudio 2....RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。 图片 图文来自微信公众号生信星球 3....设置字体 Tools -> Global Options -> Apperance自行设置 4. R语言基本操作 a....Rproject管理工作目录 工作目录是默认的读取和储存位置，这样R语言就能和一个文件夹进行互动，不会导致脚本、文件、图片各种乱跑，找不到 b....赋值 <- 赋值符号，alt 与 -可以实现相同操作 赋值后，赋值的变量会显示在右上角的框，Environment里的Value列表里 e.
2 RStudio的相关设置 切换不同R版本 R允许多个版本共存，比如我在电脑上同时安装了2个版本（如下图）。通过RStudio可以很方便在各个R版本间进行切换。 ?...→【Choose a specific version of R】→选中切换的R版本→【OK】→【OK】；下次启动RStudio后，R将切换到相应版本。...这里需要注意的是，在Choose a specific version of R中出现的R版本是已经配置了环境变量的。没有配置环境变量不会自动显示，需要点击Browse去选择你安装的版本。 ?...界面样式的修改 这里，我的RStudio背景是黑色，不同人喜欢不同背景。可通过【Tools】→【Global Options...】，接着点【Appearance】进行设置。 ?...，接着点【Code】→【Saving】进行设置。一般选择UTF-8. ?
最后一步是设置系统环境变量： 三、Rstudio下载及安装过程 下载地址：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download...可以在开始菜单看到安装好的RStudio和R软件。...最后一步是设置系统环境变量： 四、R使用教程 图 2 R主界面 图 3 R中执行一个简单程序 五、RStudio使用教程 图 6 RStudio主界面 Source...RStudio一些其它小技巧： 切换不同R版本 R允许多个版本共存，比如我在电脑上同时安装了3个版本（如下图）。通过RStudio可以很方便在各个R版本间进行切换。...后，R将切换到相应版本。
在Windows操作系统使用conda，大家很容易陷入一个可视化界面的误区，就是安装了Anaconda这个exe格式的界面软件。...latest-Linux-x86_64.sh # 接下来使用bash命令来运行我们下载的文件，记得是一路yes下去 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 安装成功后需要更新系统环境变量文件...操作系统使用conda，大家安装了Anaconda这个exe格式的界面软件，根本就找不到它，而且也没办法进入可以交互输入命令的终端界面。...scMLnet python=3.7 conda activate scMLnet conda install -y scMLnet 这样，就算是你安装了Anaconda这个exe格式的界面软件，根本就找不到它...，也不知道如何输入命令，也可以进入我们熟悉的Rstudio里面输入代码替代它。
学习生信时，最常用的可视化软件就是R，可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio，究竟什么是R和Rstudio？ R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。...RStudio是免费提供的开源集成开发环境（IDE）。RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。...基本界面 03 外观设置和基本操作 Tools→Global options Appearance选项可以设置字体大小以及主题等 具体可以参照我的设置 04 R基本操作 1.显示文件列表 dir...2.加减乘除 和其他编程语言相同，直接输入即可 示例 3.赋值 赋值符号 <- 或 ALT - x <- 2+3 #将2+3的结果赋值给x y <- 5/6 #将5/6的结果赋值给y 赋值结束后即可在右上角...getwd() #查看工作目录 当有多个项目需要进行，而命名又不是特别显而易见时，很容易出现文件找不到或者杂乱无章的情况，因此创建多个工作目录有利于解决多项目的问题。
这里要求比较严格，以保证各软件兼容，如果找不到对应版本的包，则会使用pip自动下载。...3.2、Timeout was reached: [api.github.com] Connection timed out after 10005 milliseconds 下载连接超时，在R中设置”...在Rstudio打开一个新的session，按几个回车没那么快反应出命令提示符>的话，那应该是你的rstudio正在帮你载入一些包，其中就会包括这些当事”包”。...后就载入一些包，可以取消Rstudio所有的启动后加载功能：打开Tools –> Global Options –> General，将下图的选项框全部取消勾选： 3.4、Error: package...有两种解决办法： 在R console加载运行SCP，或者取消Rstudio所有的启动后加载功能； 在你的home目录下或者R project目录下, 新建.Rprofile（它是R的启动文件，会在R环境启动时自动加载
点击后开始下载安装包（一个exe文件） ?...环境变量的配置 我的电脑》》右键》》属性》》高级系统设置 ? 高级模块下选择环境变量 ? 在系统变量中找到Path变量，点击编辑 ?...在dos命令行窗口输入R，回车就进入R环境。 ? Rstudio安装 R语言是用于统计分析，图形表示和报告的编程语言和软件环境；Rstudio是编辑、运行R语言的最为理想的工具之一。...下载地址：https://www.rstudio.com/products/rstudio进入下载页面后，可以发现有Desktop和Server两个版本，我们选择Desktop。 ?...下载后安装和安装其他软件一样，这里就不多说了。如果在安装Rstudio之前已经安装R，那么Rstudio会自动配置好R环境。
安装好后我们可以在windows文件管理器中一个文件夹内或在桌面中点击鼠标右键，点击Git bash Here，就可以进入到Git bash界面输入常用的Linux命令了。...首先我们需要在Rstudio的Global Options中设置Terminal对应Git Bash。...然后我们在Rstudio的Tools选择New Terminal，就可以看到出现了一个有彩色字母的Terminal界面，并且命令行最前面以$开头，这个界面就和我们之前打开的Git Bash界面一样，都可以输入...wget.exe这个文件的文件夹的完整路径放到环境变量里。...下面我们看看怎么把wget.exe所在的文件夹路径放到环境变量里。 对环境变量中的Path变量进行编辑，然后点击确定，之后打开Git bash就可以使用wget了。
一.腾讯云服务器-构建生信分析环境 01.硬盘设置 挂载数据盘，我先买了200G的云数据盘，暂时够用，手动挂载后，需要进入服务器，再次进行挂载 df -h # 服务器原始的状态 ?...01.安装Rstudio以及shiny ? ? 这里碰到一个问题，安装完rstudio-server及shiny后，无法登录8787端口及3838端口，完全不能快乐啊！...问题出在腾讯云的安全组设置！ ? ? ? ? rstudio ? shiny 开放了端口后，香吗？乱香！...配置环境变量，创建小环境 conda config --add channels r # 一行一行运行，运行后无提示，即运行成功 conda config --add channels conda-forge...前前后后、反反复复，配置一个云服务器，花了3天的时间，设置自动挂载、寻找源，一个个的解决问题，这还是在有优质的教学视频的前提下，假如没有，学习成本还要高得多。
安装完成后要立即更新。...TEX Live + TeXworks TEX Live 自带编辑器TeXworks，其界面非常朴素, 默认没有语法高亮，字体也很小，需要对 TeXworks 进行简单的设置。 ?...打开DOS窗口(win 键+ R, 输入“cmd”, 回车), 在DOS窗口下进入D 盘(输入“d:” 回车), 键入“pdflatex mytest” 并回车, 使文件得以编译. 预览文档....找不到相应文件. 这些出错信息一般浅显易懂, 并且显示错误所在行号.编译信息会保存为log 文件....比如编译的源文件为mytest.tex, 编译完后, 在同一文件夹下会出现mytest.log 文件.
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