"E:/Program Files/Microsoft/R Open/R-4.0.2/library" 虽然贡献并不大，但这里我还是决定修改一下默认的安装位置： 现在已经安装好的R 我就暂时不管了。...因为我们可以为R 读取包的路径设置多个，接下来我还做了一些其他设定： 增加一个机械硬盘中的目录，专门给那些大的R 包准备，比如基因组数据等等； 增加一个固态下的目录，并同步到坚果云等同步盘中，文件名设置为操作系统...-R版本的格式，专门存放那些经常使用且内容并不太大的R 包，比如哈德雷老哥全家套等等。..."C:/Users/lenovo/Documents/R/win-library/4.0", "D:/Big-R-Lirary", "R-4-WIN")) 这里设置就代表我们默认安装的路径已经变成了...也就对应了我上文中的后两个路径。
回到顶部 最短路径算法实现 经过分析我们把动态联动问题转换成了最远路径问题，这个时候解决方案就很明确了，图的最短路径算法（最远路径可以先把路径值变成相反值，再求最短路径）。...当然要求最短路径就得要求图是无闭环的，如何判断图存在闭环可以参考我的另一篇文章拓扑排序及其实际应用。 ...K，我们检查dist(AK) + dist(KB) 的路径比A直接到B的路径短，我们便设置 dist(AB) = dist(AK) + dist...实际代码中还会涉及到递归，在这次开发中我感受最深的一点遇到复杂问题，一定要分析和规划清楚找到问题的本质，偏离了问题本质就可能用很复杂的代码实现了。 ...动态联动问题的经过总结我给出的步骤 1.计算每个节点到主节点的最远距离，（这个其实是图的最短路径的变种）。
【电脑硬件】电脑硬盘空间不足，可以后面加装一个便携式硬盘解决这个问题吗 R和Rstudio记得要装在C盘，数据放在便携盘可以的。 【R包安装】R包的保存路径可以改吗？ 可以。...因此设置国内的清华镜像或者腾讯镜像，下载快一点。后面上课也会进一步介绍。 【Rstudio】麻烦问下这里面的语言怎么改成中文呢？ 一般是设置成英文比较好，中文报错难搜索。...【R包安装】能查到2个相同的R包是重复安装了吗？可以删除一个吗 忽略就行。 【R报错】老师这个error是啥原因呀？...【R包安装】我把R安装在了E盘，但是我的二进制包都在C盘，然后我卸载重新安装R在C盘的默认位置，用 .libPaths()命令来查看R包的安装位置，如下，显示有两个位置，【1】还是我以前的R的二进制包存放的路径...，【2】是新下载的R在的位置，那么这样我再重新安装R包的时候，R的二进制的包会存到【1】还是【2】里，怎样可以删除原先这个【1】的路径呢？
所以你得看看你的包还需要其他的什么包，一个一个试试，自己安装一下。 这个问题在windows也会出现，但是呢，我怎么感觉linux上这样的报错更多？ 难道linux衍生包安装这一步被忽略了吗？...Rstudio server设置管理权限的时候就是分开目录，自己用自己目录下的安装包，所以不是共享的。...解决方案： (1)当然也可以设置成所有人共享，安装包的时候就设置 install.packages("ggplot2","/usr/local/lib64/R/library") (2)或者管理员自己将一个人的...在rstudio下，安装包时，默认的库路径是"/home/enn_james/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.2"，而R软件本身的默认路径是/usr/local...所以，笔者的解决办法就是找到Linux系统中rstudio server根目录，然后导入文件到这个根目录就可以使用了。
，我卸载了原来的R和Rstudio，以及之前的安装包，重新下载安装到默认的C盘，然后设置了管理员身份运行，把路径设置成了program files的library，最后显示 260 个项目。...【软件安装】最好是把R包更新到4.4是吗 都可以的，更新R4.4，如果遇到bug，我们也会尽可能协助解决 【软件安装】我之前装的R和Rstudio都是4.3版本，然后今天把他们卸载了，重新装了R4.4和...，我想设置成英文，重装比修改配置好是吗？...【R入门】 怎么能按照单词拆分 你的向量x，这样赋值本来就是一个单词一个元素，也就是说，你已经人工手动拆分好了。。。。...conda安装在哪，以及它配套的asperaweb_id_dsa.openssh 文件的路径 【环境配置】老师想问一下，在linux安装那个R4环境，老师课里是R4. txt, 然后上传的我下载到电脑上是
---- 1、安装到全局环境中 这里的全局环境是指R的默认包路径（在R中通过.Library查看），与之相反的是后文中使用renv所创建的隔离环境。...R版本要求： R >= 4.1.0 Python版本要求： Python 3.7-3.9 注意，实际上Python版本并不重要，因为无需手动配置python环境，使用SCP中的PrepareEnv函数会自动下载安装所需版本的...： force = TRUE表示强制安装，也就是会删除已存在的python环境和软件包 conda = NULL会重新下载安装miniconda，此时也会删除已存在的python环境并重装 PrepareEnv...函数的过程大致是： 寻找环境中可用的conda, 用户也可以手动设置conda路径： options(reticulate.conda_binary = "/path/to/conda") 如果找不到会根据...win: C:/Users/xxx/AppData/Local/r-miniconda 寻找SCP的python环境，默认环境名称是SCP_env，用户也可以手动设置环境名称： options(SCP_env_name
手动安装（离线安装） Windows:下载package.zip文件 打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…” ---- 在Rstudio...针对这两种问题，我的解决思路是：手工下载包，然后本地手动安装 操作步骤如下： 1、到R镜像下载页面 根据你的系统点击不同下载入口 选择你的运行环境：linux/mac/windows https://mirrors.ustc.edu.cn.../3.6/ R包列表页 ctri+F 查找你需要下载的包 5、R-studio手动安装本地包 相信接下来你也知道怎么做啦 【拓展阅读】 1.通过Github仓库名和包名安装 不是所有的R包都提交上传到...Github上的R包路径") 2.更新R包列表（Rstudio） 这里仅说明Rstudio中的一键更新功能。...Rstudio桌面：右下角【Packages】-【update】 （也有可能在右上角，取决于你的设置）
临时设置（会话级） 在 RStudio 会话中直接执行相应变量的设置，这种设置只在当前会话中有效。会话结束后，变量设置会丢失，下次启动 R 会话时需要重新执行该命令。...R，默认设置了调用我们的公共R包库路径。...如果自己安装R包就是安装在这个路径下 /refdir/Rlib 共享服务器的公共R包库，已经安装了一千多个常用R包。基本能满足登录即可使用。普通用户只有读的权限。...了解上述设置，那么你应该理解了，我们共享服务器，可以根据你的使用体验，来选择是否调用公共R包库： 你可以选择调用R包库，同时如果有缺少的R包你也可以自己安装。...（需要修改一下默认设置） 如果你选择不用公共R包库 如果你使用的R包和公共R包库有冲突，选择不用公共R包库，那么你只需要在 .Rprofile 文件中删除公共R包库路径即可。
生信技能树学习之R与RStudio 基础知识 图片 1. R与Rstudio R是什么？？ 图片Rstudio是什么？ Rstudio是什么？...在自己设置的工作路径内会自动生成一个learnR的文件夹，里面有learnR.Rproj，下次可以直接双击打开。 图片 R project的作用 存放这个项目的相关脚本和其他文件，便于查找。...，可以重命名+选择路径，默认路径是当前的project文件，保存的脚本是.R结尾的文件） 图片 1....看报错，只看最后一个冒号后边的东西。 3）警告 Warning：啥也不是，可以忽略，不影响后面。后面如有报错或意外结果再检查。...R、重启RStudio、重启电脑； 6）出现“+”：命令不完整需要补充，或者按ESC退出； 7）出现提示信息，检查是否有error，没有就忽略。
现在由R核心团队开发，但全世界的用户都可以贡献软件包。 1.2 R 语言的特点 自由软件，免费、开放源代码，支持目前流行的主要系统 这个特点还不够吗！！！！...提醒大家一下，如果大家需要经常使用Bioconductor上的包进行生信分析的话，即使你是M1的用户，也推荐你选择intel版本的R ---- 2.5 最后一路狂飙到最后，安装完成就行啦~ 3 下载并安装...RStudio ---- 安装完R语言后就可以安装RStudio了，Rstudio是R的一个IDE，图形功能强大，可以更方便地使用R， R就好比一个相机的机身，Rstudio就好比相机的镜头，镜头可以买贵的便宜的...这个区域编写的R代码可以删除、修改。点击“run”，运行单条命令，点击“source”，运行编辑好的所有命令。...Browse选择默认工作路径，但还是推荐大家通过setwd()或新建project的方式设定工作目录 ---- 5.3 设置主题 通过font size和theme设置成你喜欢的字体大小和主题就行，萝卜青菜
现在由R核心团队开发，但全世界的用户都可以贡献软件包。 1.2 R 语言的特点 自由软件，免费、开放源代码，支持目前流行的主要系统 这个特点还不够吗！！！！...提醒大家一下，如果大家需要经常使用Bioconductor上的包进行生信分析的话，即使你是M1的用户，也推荐你选择intel版本的R --- 2.5 最后一路狂飙到最后，安装完成就行啦~ 图片 3 下载并安装...RStudio --- 安装完R语言后就可以安装RStudio了，Rstudio是R的一个IDE，图形功能强大，可以更方便地使用R， R就好比一个相机的机身，Rstudio就好比相机的镜头，镜头可以买贵的便宜的...这个区域编写的R代码可以删除、修改。点击“run”，运行单条命令，点击“source”，运行编辑好的所有命令。...Browse选择默认工作路径，但还是推荐大家通过setwd()或新建project的方式设定工作目录 图片 --- 5.3 设置主题 通过font size和theme设置成你喜欢的字体大小和主题就行，
Rstudio 官方其实有个可以在本地服务器安装的 server 版，也就是使用服务器的硬件配置，用自己的工作电脑登录浏览器就可以使用，避免以上问题。...： 2 使用在线版Rstudio 现在回到你的浏览器中输入：your_id:8787 即可看到登录页面，这里输入用户名和密码即可登录 登录后，与本地版 Rstudio 界面与用法相同 3 防火墙问题...配置文件，如果不存在手动创建即可 ！！！...小时 Rstudio 没有操作就会断开服务器连接，如果有任务运行这不会断开 session-timeout-minutes=120 # 设置R包路径，默认在~/R/packages r-libs-user...=~/R/packages # 镜像设置 r-cran-repos=https://mirrors.nics.utk.edu/cran/
学习目标 理解 Docker 的基本思想 明白为什么 Docker 非常有用 为什么我想要使用 Docker？ 想象一下，你正在 R 中进行分析，然后将代码发送给朋友。...你的朋友在完全相同的数据集上运行此代码，但结果略有不同。这可能有多种原因，例如操作系统不同，R 软件包的版本不同等。Docker 可以解决这样的问题。...-p告诉 Docker 你将使用一个端口在你的浏览器中看到 RStudio(在一个位置，我们随后指定为端口 8787:8787)。—rm 确保当我们退出容器时，容器被删除。...如果我们不这样做，每次我们运行一个容器，它的一个版本将被保存到我们的本地计算机。这最终会导致大量磁盘空间的浪费，直到我们手动删除这些容器。稍后，我们将向你展示如何保存容器(如果你想这样做的话)。...这一次当我们启动容器时使用 -v 标记指定我们项目的根目录，如下所示（你的目录可能有所不同），:左边是你本地计算机的路径，右边是容器里的路径，一般以 /home/rstudio/ 开始（这个镜像已经默认创建了用户名
今天开始学习R语言基础，我曾经用过R跑过基因的单倍型分析，代码都是固定的，（依托文献如下），但是我只是单纯的能跑通这些代码，但是对于很多代码的含义并不熟悉，对于某些代码是否有更简洁的表述方式，这个还需要积累...https://posit.co/download/rstudio-desktop/ 注意安装路径不要有中文。（最好电脑用户名也要是英文的）。...R语言软件界面简陋，通常不直接使用（注意但并不是不可以操作，也是可以输入代码进行工作的），而是用图形界面的Rstudio。RStudio是免费提供的开源集成开发环境（IDE）。...RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。...(u,c) #删除u,crm(list = ls())#清空所有变量ls() #输入完第12行后，看列表中的元素显示为0#清空控制台快捷键为ctri+l今天主要是认识了一些代码，之后我今天的其他空余时间要用更新的
Rstudio 官方其实有个可以在本地服务器安装的 server 版，也就是使用服务器的硬件配置，用自己的工作电脑登录浏览器就可以使用，避免以上问题。...配置文件，如果不存在手动创建即可 ！！！...=/usr/local/bin/R # 设置用户权限 auth-required-user-group=rstudio_users rsession.conf 配置清单 # 会话超时，默认 2 小时 Rstudio...没有操作就会断开服务器连接，如果有任务运行这不会断开 session-timeout-minutes=120 # 设置R包路径，默认在~/R/packages r-libs-user=~/R/packages...# 镜像设置 r-cran-repos=https://mirrors.nics.utk.edu/cran/ ---- 参考 https://support.rstudio.com/hc/en-us/
很容易上手，我是自己准备学c语言、Java，但是我对计算机语言都没有基础。我对代码非常感兴趣，第一节课学的都基础，非常容易吸收！总体感觉十分不错，并且有兴趣！今天的笔记如下：一、学好生信的秘诀！...练习和思考ppt上的内容！【要在接受这个体系知识的基础上去思考去创新去拓展】二、课堂内容之：R语言与Rstudio1.【解释】R语言的世界是关于函数与数据的世界=简单来说就是利用函数去处理数据。...【学习的好处】然而使用R语言与Rstudio最大的好处就是能批量处理数据和画图！突出批量处理的效率！【我们需要了解的知识】什么是函数？数据要怎么组织？...【最初了解Rstudio步骤】最初学习的步骤：安装R包--读写文件--函数与数据有什么规则【安装R包出现的问题】按照上课需要，安装了一些R包，而R包是需要install（安装）后，在console（控制台中...【为什么学习R语言&Rstudio】R语言相对于初学者来说更加容易R语言是编程语言、软件、环境作用是：数据处理、统计、可视化优点是：开源、可扩展、简单有效Rstudio【是在R语言背后运行的程序】Rstudio
那么我们代码往哪里打呢，安装R软件中其实有很多需要我们注意的地方，比如路径不能有中文名什么的（这里我强烈建议大家的电脑用户名最好也是英文，自己的英文名什么的）等。.../下载R语言安装包，选择Download R for Windows>base，最后就图中的箭头（2021年11月更新） 2.安装前，建议像我这样建立工作路径 我的R目录是直接在D:/下，有3个子目录...第二部分 现在，我们将开始安装RStudio的工作。RStudio是一个考虑了R编程的IDE。当然你也可以将其他IDE用于R，但我建议使用RStudio。...1. https://www.rstudio.com/进入官网 点击右上方downlowd按钮 ，选择free版就行，点击进入 蓝色按钮开始下载 2.安装 修改路径 下一步到安装完毕 3.设置镜像...第三部分 我们后续在使用R安装一些R包时系统经常会提示，“没有安装Rtools”，严重的甚至直接不能安装使用我们想要的R包。我们可以理解为R包所需要的一些依赖，那么Rtools就包括了一系列的依赖。
4.1.2 RStudio版本 2021.09.2+382 报错原因 个人猜测 在我当前Windows中，R语言的Home目录默认设置为C:/User/(Username)/Documents R语言的安装目录要求较为苛刻...，安装路径上的各个文件夹命名 建议仅使用字母和数字（或者仅使用ASCII 字符） 避免使用特殊字符 中文汉字 空格 等其他符号，同时这也是一个好的给文件夹命名的习惯（对很多国外的软件比较友好,以避免各种奇怪的错误..., mustWork)是会有多种可能的，我的仅为警告信息，不影响使用，可正常输出，只是我看的难受，我也不打算用Rstudio写R，解决了问题就准备换JetBrains DataSpell 尝试的解决方法...（未成功） 切换win10显示的语言 因为最初我笔记本显示语言为中文，我把他切换到了英文，报错信息会少很多, 但未能解决问题，所以切记不要有中文路径（换语言不是必须的，切换成非中文路径的文件夹即可） 更换工作目录...（该设定特指Rstudio） 但是依然无效 最终解决方法 找到R语言安装目录，进入library->base->R，使用记事本打开Rprofile，在其中加入以下语句 Sys.setenv(R_USER
学习生信时，最常用的可视化软件就是R，可大家在使用的时候又好像用的是Rstudio，究竟什么是R和Rstudio？ R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。...RStudio是免费提供的开源集成开发环境（IDE）。RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。...第四步 第五步 R语言软件界面简陋，通常不直接使用，而是用图形界面的Rstudio。...基本界面 03 外观设置和基本操作 Tools→Global options Appearance选项可以设置字体大小以及主题等 具体可以参照我的设置 04 R基本操作 1.显示文件列表 dir...的结果赋值给x y 的结果赋值给y rm(x,y) #删除x和y变量 rm(list = ls()) #清空所有变量 5.列出历史命令 history() #列出所有使用过的命令
())，顺序是从后往前的优先级，也就是有第三个就忽略第二个的。.../test/a/csv")，会根据系统自动切换相符的路径，不错。...1） .Rprofile文件历程 其实它只是一个普通R脚本改了个名字而已，Ctrl+Shift+F10可以重启R会话。options()是我们熟悉的常用的默默默认选项设置函数。...2） 设置CRAN镜像 其实可以在Rstudio中简单完成，这里是配置文件进行。...2、 .Renviron R_LIBS是这个文件的典型应用，Sys.getenv("R_LIBS") 二、 Rstudio Rstudio我们都很熟悉了，看下有什么更值得学习和记录的东西，杰出的调试支持
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