为什么resnet的输入是一定的？ 因为resnet最后有一个全连接层。正是因为这个全连接层导致了输入的图像的大小必须是固定的。 输入为固定的大小有什么局限性？...原始的resnet在imagenet数据集上都会将图像缩放成224×224的大小，但这么做会有一些局限性： （1）当目标对象占据图像中的位置很小时，对图像进行缩放将导致图像中的对象进一步缩小，图像可能不会正确被分类...（2）当图像不是正方形或对象不位于图像的中心处，缩放将导致图像变形 （3）如果使用滑动窗口法去寻找目标对象，这种操作是昂贵的 如何修改resnet使其适应不同大小的输入？...图像大小为：(387, 1024, 3)。而且目标对象骆驼是位于图像的右下角的。 我们就以这张图片看一下是怎么使用的。...在数据增强时，并没有将图像重新调整大小。用opencv读取的图片的格式为BGR，我们需要将其转换为pytorch的格式：RGB。
移动端主题 •miniUI https://github.com/rstudio/miniUI - 为在小屏幕上使用的 Shiny App 提供的 UI 小部件和布局。 ?...UI 组件 为特殊输入/输出类型准备的前端 UI 组件。...•directoryInput https://github.com/wleepang/shiny-directory-input - 用于交互式选择文件目录的小部件。 ?...特殊输入 •shinyTime https://github.com/burgerga/shinyTime - 时间输入小插件。 ?...•dndselectr https://github.com/serenity-r/dndselectr - 实现拖拽式输入框。
上面是shiny团队的稿件 l3-更复杂的页面部件 shiny 小部件提供了一个用户给app传送信息的方式 为什么加上控制小工具 上节已经学会在用户界面放置一些简单的元素，但显示更复杂的内容需要用到小部件...widgets widgets 是可交互网页元素，让用户用它们控制app Shiny 小部件widgets 从用户手里收集值，当用户改变小工具的时候，值也会变 控制小部件 如图有各种小部件，shiny有一系列的小部件...，每个都可以用直白命名的R函数创建，例如函数actionButton 用来创建 动作按钮 （Action Button），函数 sliderInput 创建 一个 滑块 （slider bar） 下表是常见的小部件...app中 访问这个网站，图库中展示了每个小部件，并演示了每个小部件的值根据你的输入而变化 选择一个小工具，并点击See Code。...from your R console:"), code('install.packages("shiny")'), br(), br(), br(),
shiny introduction Shiny 是一个可以从R中方便地构建交互式的WEB应用的R包 作为一个实例展示， Shiny 中内置了一些例子，我们可以通过运行 runExample() 来探索...，并且放到www的文件夹中(其实和app.R放到一个文件夹就行) 还有一些其他的tag可以看1和2 Add control widgets(部件) widgets就是用来和用户交互的web组件 shiny...： R脚本 这种方式需要用户电脑上安装了R并且有一定的R基础 网页 R脚本 Shiny提供了3个函数来使用网络上公开的shiny app: runUrl runGitHub runGist runUrl...( "", "")来运行app runGist 网页 一种选择是自己在服务器上部署app，弄一个URL 还有一种选择是Rstudio...提供了3种方法将app托管为网页： shinyapp.io shiny server Rstudio Connect 参考：https://shiny.rstudio.com/tutorial/written-tutorial
由于R语言生态系统内容繁复并在不断发展，人们往往容易忽视一些切实有用的知识。这些技巧往往非常简单，但对于完成工作有很大的帮助。 本文将介绍十个能够让R语言编程工作更加轻松的小知识。...", "rabbit" ="rabbitdata.csv")) 当需要根据一个或多个输入菜单选择在Shiny应用程序中加载不同的数据集甚至环境文件时，这个技巧非常有用。...以第一个小技巧中提到的例子为例： output$go_buttonshiny::renderUI({ # only display button if an animal input hasbeen...如此，用R语言系统工作时，便无需在代码中输入就可以随时使用这些凭证。（注意有凭证权限的人。）...R Shiny中的HTML标签（以在Shiny应用程序中播放音频为例） R Shiny中有110种HTML标签，可以为各种各样的HTML命令，如格式化，提供快捷方式。
介绍 R是一种流行的开源编程语言，专门研究统计计算和图形。它广泛用于开发统计软件和执行数据分析。R社区以不断为特定研究领域添加用户生成的包而闻名，这使其适用于许多领域。...检查防火墙 Shiny是一个Web应用程序框架，因此为了在浏览器中查看其示例，我们需要确保在我们的防火墙上允许Web流量。内置Web服务器在每次启动时随机选择一个端口，除非我们使用特定值启动它。...运行闪亮： 我们将连接到R，这次是普通用户。务必输入R标题大小写。 R 接下来，我们将加载Shiny包： library("shiny") Shiny包含11个内置示例，演示了它的工作原理。...然后，我们运行了没有提升权限的示例Shiny应用程序，以验证所有用户是否都可以访问该程序包。...首先，我们将中断与服务器CTRL+ C，然后退出将R壳CTRL+ D并重新输入它作为根： sudo -i R 我们可以使用以下命令安装稳定版本，该命令将覆盖我们在前面步骤中完成的GitHub安装。
这里所说的解决方案不仅是指R语言里面有诸多的图形语法系统（比如base系统、grid系统、lattic系统等），更重要的是它拥有（目前比较成熟的）系统级输出方案，你可以理解为如何在项目中从一而终的组织你的分析内容...其一是shiny+shinydashboard+诸多可视化系统及组件（图表、表格、文本信息），shinydashboard是相当于前端UI模板化的R语言api接口，你可以以R语法的格式去配置交互控件以及组织页面逻辑...rmarkdown的语法更加简洁、直观、低门槛，与shiny比起来学习门槛要小很多，两者的区别除了表面的差异之外，rmarkdown是基于yaml+knitr来渲染的，应该没有后台服务支持，输出是一次性的...flexdashboard同时也支持将shiny部件嵌入文档来实现可视化的动态更新。...当vertical_layout参数为scroll时，打开的页面浏览器中图表会保持原始大小不变，倘若竖排的所有图表高度之和大于页面浏览器窗口，则会自动启动垂直滚动功能（区别于vertical_layout
背景介绍 基因本体论 (GO) 通常用于指导高通量组学实验，将差异调节基因列表汇总为具有共同功能表示的基因集合。由于 Gene Ontology 的分层性质，生成的丰富集列表通常是多余的并且难以解释。...今天小编给大家介绍的是一个基于语义相似性识别冗余来减少和可视化GO结果列表的R包rrvgo。...输入是一个富集的 GO terms向量，以及分数向量。如果未提供分数，则 rrvgo 将 GO terms（集合）大小作为分数。 第一步是得到terms之间的相似度矩阵。...shiny app，可以从R中调用 Shiny_rrvgo() 函数来访问该应用程序。...rrvgo::shiny_rrvgo() 小编总结 rrvgo的使用整体来说是非常简单的，只要我们输入GO terms矩阵，就可以一步步得到结果，将原本繁多的富集结果进行精简，得到其中更重要的功能
image.png 1.设置布局 Shiny使用fluidPage创建一个显示界面，该显示界面可自动调整为用户浏览器窗口的尺寸。还可以通过在fluidPage函数中设置元素对用户界面进行布局。...2.设置标题大小 对于Shiny排版的设计需要HTML,与HTML5非常相似。...p> 一段文字 a 超级链接 br 换行符（例如，空行） div 具有统一样式的文本 span 行内文本的统一样式 pre 以固定宽度的字体按原样显示文本...请注意，高度和宽度将以像素为单位。 img(src = "my_image.png", height = 72, width = 72) 该img功能在特定位置查找图像文件。...这个文件必须位于与app.R脚本相同的目录下的一个的文件夹www中。这个www除了存储图像，还可以存储其他web需要的部件。
侧边栏（siderbar）主要起到导航作用，可以简单理解为输入栏，不同的输入栏（输入），主体（body）就呈现出不同内容（输出）。...输入项 侧边栏的输入项主要改变界面所呈现的内容。下面简单介绍一些常见的输入项。以每一个完整的小栗子讲解怎么使用每一个输入项。 ?...上表中最后4个输入项函数可以归为一类：控制型输入项，控制操作是否生效。...说明 以下所用到的app.R脚本按照标准的shinydashboard代码书写，谨记：侧边栏一般放置输入项以及菜单栏，主体中呈现输出部分，故输入项函数和菜单栏函数写在ui脚本dashboardSiderbar...dateInput与dateRangeInput输入项 用于日期的选择，dateInput输入项是选择某个日期，dateRangeInput是选择日期范围。
前情：「R」Shiny：响应式编程（一）server 函数 一个网页应用仅有输入控件或输出控件无疑是枯燥的。Shiny 真正的魔法在于它同时包含两者。...声明式编程 - 我们表达高层次的目标或描述限制，然后依赖其他人决定如何以及何时将它们转换为行动。这是我们在 Shiny 中使用的编程方式。...惰性 Shiny 中声明式编程的一个优点是它允许应用非常的懒惰。Shiny 应用会尽量做最小的工作以完成对结果控件所需的更新。然而惰性也带来了重要的问题。...在大多数 R 代码中，你可以通过从头到尾阅读代码搞懂程序执行的顺序。然而这在 Shiny 中是没有用的，因为 Shiny 按需运行。...在简单的 Shiny 应用中我们很少会用到响应表达式，这里展示一个简单的示例以帮助读者理解它是如何影响响应图的。
这是通过将 runtime: shiny 添加到标准仪表盘文档来实现的，然后添加一个或多个输入控件或响应式表达式来动态驱动仪表板内组件的外观。...在仪表盘第一列添加 {.sidebar} 属性，使其成为 Shiny 控件输入的控制台（注：这一步不是必须的，但这是基于 Shiny 仪表盘的经典布局）。 根据需求，添加 Shiny 的输入和输出。...这有利于界面在布局更改时，自动调整尺寸大小。...其中，仪表盘的第一列包含了 {.sidebar} 属性和两个 Shiny 的输入控件；第二列包含了绘制图表的 Shiny 代码。...输入栏 通过添加 {.sidebar} 属性设置一个默认布局为左对齐，250像素宽度的左侧边栏。 在搭建多个页面的仪表盘时，如果你想创建一个应用于所有页面的工具条。
仪表盘的布局通常是基于网格搭建的，各个组件排列在各种大小的“盒子”中。 使用 flexdashboard 包，你可以 使用 R Markdown 将一组相关数据可视化作为指示盘进行发布。...嵌入各种各样的组件，包括 HTML 小部件、R 图形、表格数据和文本注释等内容。 可以指定按行或列进行布局(各组件会自动调整大小以填满浏览器，并且在移动设备上也十分适配)。...使用 Shiny 驱动动态可视化（可选）。...使用 File -> New File -> R Markdown 对话框在 RStudio 中创建文档，并选择 "Flex Dashboard" 模板(小编个人推荐)。界面如下所示： ?...小编有话说 本节内容主要是对谢大大的R Markdown: The Definitive Guide[5]第五章内容进行翻译和学习得到的内容。
我使用的服务器是阿里云ECS，ubuntu 16.04，2核8G内存，40G系统盘，如果条件允许的话，建议内存不要选择过小，否则在编译安装一些R包如raster时会内存不足（当然你也可以通过swap的方式来增加虚拟内存...，但速度是非常慢的），用于连接服务器的工具为putty，通过putty登入服务器： ?...2.2 安装最新版R 首先我们需要安装最新版的R（写作此文时最新的稳定版本为3.6.1），查看R官网对于ubuntu安装最新版R的介绍： ? ...接着执行下列命令来安装最新版的R，遇到y/n全部选择y： sudo apt-get update sudo apt-get install r-base 这时查看R版本： ? ? ...其实可以在服务器中输入wget 下载链接 来下载对应的文件，但是无奈这样下速度太慢，于是我在本地电脑用了之后以很快的速度下载了Rstudio的geb文件，然后用pscp上传到我们的服务器上的指定目录下：
基于shiny 的easylabel 包或许是你的选择。 这里我以火山图为例。...没想到，它是需要直接以数据框操作的。...change 阈值，也是x轴； fdrcutoff 是P 的阈值，也是y轴； ylim 是整个坐标轴y 的边界范围； xlim 同上，超过这两个边界的点会被标记为outlier; colScheme 为指定的颜色版...，除了在图上标记，还有一个非常有意思的筛选框，你可以通过输入基因名的方式标记： 还有一个非常简单的shiny 数据模块： 3-导出结果 官方支持多种导出格式： 这里我尝试直接pdf： 你们觉得好看吗...不过话说回来，这个包的一些绘图细节，比如火山图，还蛮值得学习的： 比如这个的小操作，还是蛮对我胃口的： 参考资料 [1]easylabel (r-project.org): https://cran.r-project.org
shiny包的功能复杂而强大，一篇推文显然不可能将所有功能解释清楚，所以这次教程通过几个小例子给大家展示shiny包的优点和基本用法，方便大家进一步学习探索。...例1 第一个小例子首先让大家体验一下shiny包的功能，是关于数据集iris的k-means聚类结果展示。...大家需要拿到后台代码才能在本地运行本例，没有安装shiny包的同学需要先安装并载入shiny包 代码文件保存在文件夹kmeans下的app.R中，在R中运行（*此时R中的路径应在app.R的上一级，即和文件夹...在之前的R代码中，要展示不同对变量为坐标轴时样本的聚类情况，我们需要绘制多幅图片，而在这个例子中，只需要调整参数就可以灵活展示了。...那如果你想把你的shiny app分享或者展示给其它人，最简单的方式就将整个文件夹（包括数据、附加代码等）分享；当然你也可以选择上传至Github，这样你让对方在本地运行： > runGitHub( "
在我们知道如何创建一系列输入和输出控件之后，我们需要学会如何在一个页面中对它们进行排列，以达到比较好的展示效果。这正是布局函数的工作，布局函数提供了一个应用高层次的可视化结构。...依旧先载入 Shiny。 library(shiny) 概览 Shiny 应用布局由层次函数调用创建，其中 R 中的层次结构与输出中的层次结构匹配。...Shiny 提供了自带的一系列主题可以自由选择，减少我们对于主题的工作。下面代码展示了 4 个基本的主题。...这样可行的原因是Shiny 代码本质上就是 R 代码，读者可以使用 R 中已知的任何工具增强效率、减少重复。请谨记三的原则：当你拷贝和粘贴代码超过 3 次，就应该考虑编写一个函数或者 for 循环。...所有的输入、输出、布局函数都返回 HTML，如果我们从 R 的控制台运行下面的代码就会看到返回的 HTML 内容。
与输入控件一样，输出控件的第 1 个参数也是一个唯一的 ID：如果你的 UI 有一个输入控件的 ID 是 "plot"，那么你可以在后端中使用 output$plot 访问它。...后端函数写为如下的形式显得更加紧凑。...R 中一个函数能够打印很多的东西，但只能返回单个值。...中有两个办法以表格的形式展示数据框。...如果指定 click = "plot_click"，Shiny 会创建一个响应的输入 input$plot_click，利用它我们可以让图形产生交互性。
什么是Shiny? Shiny 是一个为 R 模型提供 Web 交互界面的应用框架，非常容易编写应用，不要求有 Web 开发技能。...Shiny 由 RStudio 公司开发，通过 CRAN 下载安装，利用R语言轻松开发交互式Web应用。简单讲：快速搭建交互应用界面（可以发布形成固定网页）。...#安装Shiny程序包 install.packages("shiny") 2.学习目录 P-1:初步认识shiny app的结构 一个文件夹，加上包含Shiny命令的app.R文件，再加上用到的数据文件和...R脚本等， 就称为ShinyApp。...app.R总是由三部分组成： ui：定义用户界面定义（布局交互界面）。其中ui定义网页中对象的展示方式，包括文字的字体，字号，颜色，排列方式，以及各种组件的默认参数，可以选择的参数等。
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