Snakemake:为某个目录中的所有文件组合不同的规则
Snakemake是一个基于Python的工作流管理系统，用于构建和执行可扩展的数据分析工作流。它的主要目标是使工作流的定义和管理变得简单、直观且可维护。
Snakemake的核心概念是规则（rules），每个规则定义了一个输出文件和生成该文件的命令。通过指定输入文件、输出文件和命令，Snakemake能够自动识别和处理文件之间的依赖关系，并按照正确的顺序执行规则以生成所需的输出。
Snakemake的主要优势包括：
- 灵活性：Snakemake允许用户灵活定义工作流，并通过条件判断、参数化等功能实现复杂的工作流逻辑。
- 可扩展性：Snakemake支持并行执行规则，可以方便地利用多核CPU或集群资源来加速工作流的执行。
- 可维护性：Snakemake的规则定义清晰简洁，易于阅读和维护。它还提供了日志记录和错误处理机制，方便用户调试和排查问题。
- 兼容性：Snakemake能够与其他常用工具和软件集成，如conda、Docker等，方便用户管理和部署环境。
Snakemake的应用场景非常广泛，包括但不限于生物信息学、数据科学、基因组学、转录组学等领域的数据分析和处理。在这些领域，研究人员通常需要处理大量的数据和复杂的分析流程，Snakemake能够帮助他们管理和执行这些工作流，提高工作效率和数据处理的准确性。
在腾讯云中，推荐使用腾讯云容器服务（Tencent Kubernetes Engine）来部署和运行Snakemake工作流。Tencent Kubernetes Engine是一种基于Kubernetes的容器管理服务，提供高度可扩展、弹性、安全的容器化应用部署和管理解决方案。通过使用Tencent Kubernetes Engine，用户可以方便地部署和管理Snakemake工作流，并充分利用腾讯云的计算资源进行并行执行。
更多关于Tencent Kubernetes Engine的信息和产品介绍，请访问腾讯云官方网站： https://cloud.tencent.com/product/tke
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我正在运行一个带有主Snakefile的工作流，其中包括rules文件夹中的规则，并从这些包含的规则中调用rscript。
下面是几行代码及其特定的文件：
Snakefile：
samples = pd.read_table("samples.csv", header=0, sep=',', index_col=0)
rule extract:
input:
'summary/umi_expression_matrix.tsv'
include: "rules/extract_expression_single.s
浏览 1提问于2018-01-06得票数 1
我注意到我的备份rsync脚本花费了相当长的时间从.snakemake/metadata文件夹中复制带有随机名称的内容。
这些文件是用来做什么的？
在snakemake运行完成后，我能安全地擦除它们吗?或者，对于snakemake，是否需要它们才能正确地执行下一次运行？
更普遍地说，有没有一些关于snakemake在.snakemake文件夹中创建的文件的文档？
浏览 1提问于2017-08-10得票数 8
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我写了我的第一个使用python脚本处理文件的snakemake规则：
rule sanitize_labels:
input:
"data/raw/labels/rois_essence_31_10_2019_final.shp",
"data/raw/labels/pts_carte_auto_final.shp"
output:
"data/interim/labels/rois_essence_31_10_2019_final.csv",
"data/
浏览 112提问于2020-02-10得票数 0
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3回答
我试着在本地电脑上运行Snakemake命令。即使我使用了最简单的代码结构，它也没有工作，如下所示：
规则fastqc_raw:输入：“原始/快速”输出：“输出/fastqc_raw/a.html”外壳："fastqc {input} -o {output} -t 4“
它显示了以下错误：
规则fastqc_raw: fastqc_raw:1输出: output/ fastqc _raw/A.html RuleException: CalledProcessError在/Users/01/Desktop/Snakemake/Snakefile:命令‘set -euo pipe
浏览 1提问于2018-10-03得票数 3
我正在练习用snakemake编写工作流。
我的Snakefile的内容
configfile: "config.yaml"
rule get_col:
input:
expand("data/{file}.csv",file=config["datname"])
output:
expand("output/{file}_col{param}.csv",file=config["datname"],param=config["cols"])
params:
col=
浏览 10提问于2020-10-28得票数 1
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我想运行一个命令(chipseq-greylist)，它在每次使用一个输入文件运行时输出三个文件。输出文件的名称由命令自动选择。一个例子是：
chipseq-greylist --outdir out_dir A.bam
这一行将产生三个输出文件：A-greystats.csv, A-greydepth.tsv and A-grey.bed。我感兴趣的是将所有*-grey.bed文件收集到一个目录中，以便稍后使用。
由于这是我在许多文件上使用的管道的一部分，所以我使用Snakemake来处理所有这些作业。我知道将目录指定为输出()是可能的，这将完全符合我的要求。但是，当我以一个目录作为输出制定
浏览 0提问于2018-08-24得票数 0
当之前在流水线中创建的文件被删除时，SnakeMake似乎不认为这是一个问题，只要后面的文件还在：
rule All:
input: "testC1.txt", "testC2.txt"
rule A:
input: "{X}{Y}.txt"
output: "{X}A{Y}.txt"
shell: "cp {input} {output}"
rule B:
input: "{X}A{Y}.txt"
output: "{X}B{Y}.txt
浏览 1提问于2017-09-01得票数 9
rule rule1:
output: tsv = "..."
input: faa = "..."
shell:
"""
awk ... > {output.tsv}
some commands {input.faa} | awk ... >> {output.tsv}
"""
rule rule2:
output:
tsv = "..."
input:
浏览 30提问于2021-08-08得票数 0
1回答
我有大量的输入文件组织如下：
data/
├── set1/
│ ├── file1_R1.fq.gz
│ ├── file1_R2.fq.gz
│ ├── file2_R1.fq.gz
│ ├── file2_R2.fq.gz
| :
│ └── fileX_R2.fq.gz
├── another_set/
│ ├── asdf1_R1.fq.gz
│ ├── asdf1_R2.fq.gz
│ ├── asdf2_R1.fq.gz
│ ├── asdf2_R2.fq.gz
| :
│ └── asdfX_R2.fq.gz
:
└── m
浏览 8提问于2019-08-02得票数 3
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我的问题类似于这个：
我在shell中尝试了dariober的要点答案"if- else“，但是输出空文件或文件夹的else语句总是会被snakemake删除，并且snakemake会报告错误(我甚至为每个shell命令添加了"|| true”，以防止非零退出代码，但仍然没有帮助)。如果我在snakemake之外运行if-else shell，将会生成文件和文件夹。
然后，我尝试在"run“部分编写python脚本，而不是shell，类似于：
rule G_move_7:
input:
passORnot_file = '{sample
浏览 0提问于2020-09-11得票数 0
1回答
我刚开始使用snakemake，在snakemake中做映射时有一个简单的问题。我有一对_1.fastq.gz & _2.fastq.gz，我想为大约10对fastq.gz做对尾映射。所以我为这个写了一个snakemake文件。
import os
import snakemake.io
import glob
(SAMPLES,READS,) = glob_wildcards("raw/{sample}_{read}.fastq.gz")
READS=["1","2"]
REF="/data/data/reference/re
浏览 1提问于2019-05-23得票数 1
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我在snakemake中有这样一条规则：
output:
RESULTS + folderdestination + "/{feats}/{edges}/{labels}/predictions_{e}_{n}_{h}_run{r}.csv"
dir=directory(RESULTS + folderdestination + "/{feats}/{edges}/{labels}/")
我需要传递给另一个规则，仅仅是文件夹：
dir=directory(RESULTS + folderdestination +
浏览 48提问于2020-03-11得票数 0
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1回答
我有3份文件：
output/file_2.txt
output/file_4.txt
output/file_6.txt
这些文件中的每一个都有示例名称，例如，output/file2.txt如下所示，其他文件遵循相同的逻辑：
sample1
sample2
sample3
现在，我有了一个函数，它可以读取所有文件和存储在列表中的示例名称：
def extract_ind():
l = []
for n in [2,4,6]:
with open(f'output/file_{n}.txt') as f:
浏览 2提问于2022-07-29得票数 0
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我在用snakemake来运行我的管道。
rule fisrt_rule:
input: "{sample}/path/to/{sample}.txt"
output: "{sample}/path/to/{sample}.stat"
shell:
"""
do something
"""
rule next_rule:
input:
folder="{sample}/path/to/"
浏览 2提问于2021-01-29得票数 1
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我想知道如何最好-或最简单地-使用snakemake与conda。我知道“但是，对于一个简单的snakemake工作流，我认为只需(i)激活单个现有的conda环境、(ii)运行snakemake工作流和(iii)再次禁用环境就更容易了。
这到底是一个好的和简单的策略，还是什么是首选的解决方案？
我是否需要将Snakemake及其依赖项包含在我所有相关的conda环境中，还是应该在全球安装snakemake？
我可以引用现有的conda环境，而不是提供conda yaml描述吗？
浏览 1提问于2017-11-13得票数 3
我们使用Slurm工作负载管理器向我们的高性能集群提交作业。在作业运行时，我们需要将输入文件从网络文件系统复制到节点的本地文件系统，在那里运行我们的分析，然后将输出文件复制回网络文件系统上的项目目录。
虽然工作流管理系统Snakemake与Slurm集成(通过定义概要文件)并允许以Slurm作业的形式运行工作流中的每个规则/步骤，但我还没有找到一种简单的方法来为每条规则指定tmp文件夹(包括上面所述的所有含义)。
我非常高兴简单的解决办法如何认识到这种行为。
浏览 0提问于2020-03-19得票数 3
因此，当我在我的snakemake管道中运行flye之后，运行其他程序时，我会遇到一个问题。这是因为flye的输出是一个目录。我的规则如下：
samples, = glob_wildcards("data/samples/{sample}.fastq")
rule all:
input:
[f"assembled/" for sample in samples],
[f"nanopolish/draft.fa" for sample in samples],
[f"nanopolish/reads.sor
浏览 2提问于2019-11-11得票数 2
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我试图在kubernetes集群(GKE)上运行snakemake管道。该作业是从GCE启动的。有时起作用，但大多数情况下不起作用。
我采取的步骤是
gcloud container clusters get-credentials snakemake-k8s-demo
kubectl delete pod $(kubectl get pods | grep snakejob|colprint 1)
snakemake --kubernetes --container-image eu.gcr.io/scailyte-is/snakemake-gsdk --use-conda --defaul
浏览 0提问于2020-04-09得票数 2
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2回答
我有一个相当复杂的snakemake生物信息学工作流程，由200多条规则组成。它基本上从一组FASTQ文件开始，从这些文件中推断变量，如下所示：
(WC1, WC2, WC3, WC4) = glob_wildcards(FASTQPATH + "{wc1}_{wc2}_{wc3}_{wc4}.fastq.gz")
然后对这些规则进行扩展以生成目标文件，例如(为简洁起见，我跳过了中间规则)：
rule all:
expand("mappings/{wc1}_{wc2}_{wc3}_{wc4}.bam", wc1=WC1, wc2=WC2, wc3=WC3,
浏览 1提问于2019-10-29得票数 2
2回答
在一个有几个步骤的数据处理项目中，使用Snakemake，子目录中有一个Python木星笔记本，它处理一些数据：
笔记本processing_step_1/process.ipynb包含：
with open('input.csv') as infile:
for line in infile:
print(line)
数据文件processing_step_1/input.csv包含：
one,two,three
1,2,3
这是使用Snakefile的notebook：
rule process_data:
input:
&#
浏览 7提问于2022-06-23得票数 1
我已经编写了Snakemake规则，它运行肌肉(MSA-tool)来计算一个目录中所有文件的多序列比对(MSA)。该任务是微不足道的并行，因为不同的文件彼此不依赖。问题是，Snakemake在n个“批”中运行这个规则，其中n是作为参数提供给Snakemake的核心： snakemake -j 4 msa。 Snakemake从并行运行4个作业开始，它等待每个作业完成后才开始新的4个作业的“批处理”。这浪费了CPU时间，因为输入文件的大小变化很大，并且它们的MSA计算时间可能从几秒到几分钟不等。导致以下执行流程： job1|----- |job5|----- |..
浏览 53提问于2021-07-27得票数 0
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我正在尝试使用snakemake将一个文件复制到多个目录，并且我需要能够使用通配符作为目标名称的一部分。之前我尝试过在Snakefile中指定'dirs‘(这是一个示例，实际的应用程序有15个目录)。 dirs=['k_1','k2_10']
rule all:
input:
expand("{f}/practice_phased_reversed.vcf",f=dirs)
rule r1:
input:
"practice_phas
浏览 16提问于2020-04-18得票数 0
我正在运行一个管道，并试图通过在一个配置文件(config.yaml)中声明路径来优化它。config.yaml文件包含查找要在管道中运行的脚本的路径，但是当我展开路径的通配符时，管道不会运行脚本。脚本本身运行良好。为了解释我的问题：
rule with_script:
input: someinput
output: someoutput
script: expand("{script_path}/scriptfile", script_path = config[scriptpath])
输入、输出或规则都不包含脚本的路径通配符，所以这里是我第一次声明它。包含路径的conf
浏览 11提问于2022-06-27得票数 0
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我开始尝试在Snakemake中使用容器，我有一个问题，什么需要预先构建到容器中，什么不需要。例如：
我想要在容器中运行一个python脚本(例如，存储在workflow_root/scripts/myScript.py中)，并从另一个程序通过管道进入。我是否需要将python脚本构建到容器中，将其声明为输入文件，或者可以从容器中访问该脚本(以及如何指向它)？我当前的规则类似于：
rule myRule:
params:
sample = get_sample,
basePath = sys.path[0]
input:
in1=
浏览 9提问于2021-10-06得票数 4
在执行shell命令之前，是否有可能避免删除snakemake规则中定义的输出文件？我在这里找到了对这种行为的描述：
我要做的是为输入列表和输出文件列表(N:M关系)定义一个规则。如果其中一个输入文件已更改，则应触发此规则。然后，在shell命令中调用的python脚本只创建那些不存在的输出，或者与已经存在的文件相比内容已经更改的输出(即在python脚本中实现了更改检测)。我希望下面这样的规则能够解决这个问题，但是由于output.jsons在运行python脚本之前被删除了，所以所有的output.jsons都将使用一个新的时间戳来创建，而不仅仅是那些已经更改的。
rule jsons:
浏览 0提问于2018-03-08得票数 2
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我想在大约300个文件上运行我的snakemake流水线。不幸的是，它需要太多的内存，而不是我的系统实际拥有的。所以我想知道是否有一种设置，或良好的做法，允许我一次(按顺序)在一个文件上自动启动我的snakemake管道，而不是一次在一个文件上手动启动我的snakemake。
提前感谢！
浏览 4提问于2021-09-16得票数 1
作为我正在构建的Snakemake管道的一部分，我必须使用不允许我指定输出文件的文件路径或名称的程序。
例如，当在工作目录workdir/中运行程序时，它会产生以下输出：workdir/output.txt
我的snakemake规则是这样的：
rule NAME:
input: "path/to/inputfile"
output: "path/to/outputfile"
shell: "somecommand {input} {output}"
因此，每次规则名运行时，我都会在snakemake工作目录中获得一个额外
浏览 10提问于2021-08-25得票数 1
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TLDR I得到以下错误：
“conda”命令在奇点容器映像中不可用。Snakemake将您的conda安装安装到奇点。有时，由于shell限制，这可能会失败。它已经被测试用于docker://ubuntu，但是它在docker://bash中失败。
我创建了一个Snakemake工作流，并通过shell:将shell:命令转换为基于规则的包管理。
但是，我遇到了在高性能计算机上运行此程序的问题，其中一位HPC支持人员强烈建议不要在任何高性能HPC系统中使用conda，因为：
“如果包装器的构建器不是非常小心，那么依赖主机库的conda环境中就会出现动态库(因为构建器大部分时间都是无
浏览 5提问于2020-09-21得票数 1
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我使用的所有脚本都将输出文件放到脚本被调用的当前目录中，因此在我的shell脚本管道中，我会让cd命令转到特定的目录来运行命令，输出文件将保存在相关目录中。我的脚本没有输出目录的参数，它们中的大多数都是从输入中推导出的输出文件名。这对我来说效果很好。
现在我遇到了这个输出目录问题，因为snakemake似乎将文件输出到Snakefile所在的目录。我可以修改所有的脚本，为输出目录接受一个额外的参数，但这对于修改许多脚本来说已经不是一件痛苦的事情了。我想知道是否有任何方法可以指定每个特定规则的输出位置？
浏览 2提问于2016-12-03得票数 4
1回答
我有一个运行python脚本的Snakefile，它输出一个目录中的许多文件。我编写了以下Snakefile脚本来执行此操作
MODELS = ["A", "B", "C"]
SEEDS = [1, 2, 3]
rule all:
input:
expand("outputs/{model}/seed{seed}", model=MODELS, seed=SEEDS)
rule sub:
input:
{model}.py
output:
dire
浏览 8提问于2021-02-22得票数 0
我在snakemake是个新手，我试着去了解它是如何工作的。我试着拉一个简单的蛇形
from snakemake.utils import min_version
min_version("5.3.0")
max_reads: 250000
sra_id: ["SRR1187735"]
rule all:
input:
"DATA/{sra_id}.fastq.gz"
rule prefetch:
output:
"DATA/{sra_id}.fastq.gz"
p
浏览 5提问于2021-04-01得票数 1
即使Snakemake构建的输出文件已经存在，Snakemake也只想重新运行我的整个管道，因为我已经修改了第一个输入或中间输出文件之一。
我用-n做了一次Snakemake预演，给出了以下更新输入文件的报告，解决了这个问题：
Reason: Updated input files: input-data.csv
和这条更新中间文件的消息
reason: Input files updated by another job: intermediary-output.csv
如何强制Snakemake忽略文件更新？
浏览 1提问于2019-06-28得票数 13
假设我在同一个工作流中有两个Snakemake规则，具有不同的环境/内存需求。在Snakemake之外，我将向集群提交两个不同的作业，并根据作业的需要指定不同的选项。是否有方法为不同的规则指定不同的作业脚本，以便在Snakemake管道中复制此操作？
浏览 2提问于2020-08-18得票数 1
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1回答
我发现输出为'BAM未排序‘。
Q1:有没有办法将其更改为：
-outSAMtype SortedByCoordinate
当我在“额外”选项中添加该选项时，会收到关于重复定义的错误消息：
EXITING: FATAL INPUT ERROR: duplicate parameter "outSAMtype" in input "Command-Line"
SOLUTION: keep only one definition of input parameters in each input source
Nov 15 09:46:07 ...
浏览 1提问于2018-11-15得票数 0
我最近决定从snakemake开始。我找不到任何符合我需要的东西，无论是在堆栈上，还是在snakemake文档上。我觉得有些事情我不明白，我可能需要一些解释。 我正在尝试创建一个简单的snakemake工作流程，它将一个fastq文件和一个序列摘要文件(其中包含有关读取的信息)作为输入，并将fast中的读取内容过滤成几个文件(low.fastq和high.fastq)。 我的输入数据和我正在尝试执行的Snakefile存储如下： .
├── data
│ ├── sequencing-summary-example.txt
│ └── tiny-example.fastq
├──
浏览 13提问于2019-08-27得票数 6
我有一个调用python程序的snakemake规则，python程序的输出依赖于传递的参数。我想让snakemake知道在传递某个参数(布尔值)或不传递参数时，期望输出之间的差异。
我的当前解决方案是根据参数的配置创建一个输出list_phen_gen_output列表。但是，当源程序接受改变源程序产生的输出列表的3参数时，这种情况会呈指数增长。
请参阅其中一个参数的当前解决方案。当extract_genotypes == "T"或extract_genotypes是假的时候。
if extract_genotypes == "T":
list_phe
浏览 15提问于2022-08-08得票数 1
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2回答
我遇到了两个问题，试图运行snakemake的VEP包装器。
首先，我希望在calls中像这样使用calls：
calling_dir = os.path.join(dirs_dict["CALLING_DIR"],config["CALLING_TOOL"])
callings_locations = [calling_dir] * len_samples
callings_dict = dict(zip(sample_names, callings_locations))
def getVCFs(sample):
return(list(os.path
浏览 6提问于2020-08-11得票数 0
我正在尝试创建一个管道，它将采用config.yml中用户配置的目录(他们从BaseSpace下载了一个包含.fastq.gz文件的项目目录)，以便对序列文件运行fastqc。我已经有了按车道合并fastqc和在合并后的文件上运行fastqc的下游步骤。 然而，通配符给我带来了在原始基本空间文件上运行fastqc的问题。以下是我尝试运行snakemake时的错误。 Missing input files for rule all:
qc/fastqc_premerge/DEX-13_S9_L001_ngc1838-10_L001_ds.9fd1f6dff0df47ab821125aab07b
浏览 28提问于2021-01-29得票数 0
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为了在PC上节省空间，我在snakemake中使用了temp()函数。这将消除{sample}.dup.bam目录中的所有文件，而不是目录本身。如何改进这一点？
rule all:
input:
expand("dup/{sample}.dup.bam", sample=SAMPLES),
"dup/bam_list"
rule samtools_markdup:
input:
sortbam ="rg/{sample}.rg.bam"
output:
d
浏览 3提问于2020-10-21得票数 0
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我有一个包含10个子目录(从dir01到dir10)的目录，每个子目录中都有一些文件(每天都会有新文件添加到子目录中)。
我正在尝试编写一个snakemake文件，它将遍历所有子目录和所有文件并处理它们(运行我的convert.exe可执行文件将我的.Stp文件转换为.Xml)。处理后的文件将被移到一个新目录，但会移到与之前同名且文件名相同的子目录中。
因此-作为一个示例，最终的作业流应该运行类似于下面的内容：
/data01/dir01/Sample1.Stp --> processed by convert.exe --> /data01/temp/dir01/Sample1.
浏览 1提问于2016-06-22得票数 3
原题：
据我所知，snakemake (参见)的最佳实践是，每个规则都应该有自己的envs文件，以保持模块化和可维护性。在我的例子中，那是25种环境。我认为，通常情况下，这些工具只应该为每条规则指定最小所需的工具。
但是，对于某些规则来说，这是失败的，在规则env中安装的工具会拉出与运行snakemak的“父”env中的版本不完全相同的pandas或numpy版本。
例如，pandas不匹配导致
AttributeError: Can't get attribute '_unpickle_block' on <module 'pandas._libs.in
浏览 12提问于2022-05-04得票数 -1
我试图理解一个复杂的Snakemake工作流，包含多个配置和配置文件层。
在Snakefile中，引用未导入的变量config，前几行如下所示：
import datetime
if "builds" not in config:
config["builds"] = {}
在运行时，这个config变量将来自哪里？我可以调试Snakefile吗?如何调试一个普通的Python脚本，使Snakemake在断点停止，允许我检查变量？
注意:标志--verbose通过包含堆栈跟踪来帮助您。
浏览 5提问于2021-06-29得票数 0
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我正在编写一个snakemake管道，以最终识别冠状病毒变体。
下面是一个包含三个步骤的最小示例：
LOGDIR = '/path/to/logDir'
barcodes = ['barcode49', 'barcode50', 'barcode51']
rule all:
input:
expand([
# guppyplex
"out/guppyplex/{barcode}/{barcode}.fastq",
#
浏览 54提问于2021-06-09得票数 1
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我对Snakemake比较陌生，我在弄清楚如何计算每条规则中的工作数量时遇到了一些麻烦。下面是我使用的蛇形文件
rule test:
input:
files = expand("{file}", file=glob.glob("/home/MyData/input/*.csv"))
output:
out = expand("{file}", file=glob.glob("/home/MyData/output/*.csv"))
run:
with ope
浏览 3提问于2020-06-22得票数 0
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我对Snakemake还是很陌生的，我一直在尝试写一条规则时遇到了麻烦。
我一直试图将使用snakemake.remote.NCBI与访问熊猫数据和使用通配符结合起来，但我似乎无法做到这一点。
我有一个名为genomes.tsv的tsv文件，它有几个列，其中每一行都是一个物种。其中一个是" id“，并拥有该物种基因组的genbank id。另一种“物种”对每个物种都有一个独特的短字符串。在我的Snakefile中，genomes.tsv作为基因组被导入，只有id和物种列，然后将物种作为基因组指数并从基因组中删除。
我希望在我的工作流程中使用“物种”中的值作为通配符{物种}的值，我希望我
浏览 0提问于2019-08-29得票数 1
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这里没有经验，自认为是“编码器”，所以请理解:]
我正在尝试学习和使用Snakemake来为我的分析构建管道。不幸的是，我无法同时运行单个作业/规则的多个实例。我的工作站不是计算集群，因此我不能使用此选项。我花了几个小时寻找答案，但要么没有答案，要么我没有足够的知识来理解它。那么:有没有办法同时运行单个作业/规则的多个实例？
如果你想要一个具体的例子：
假设我想使用fastqc工具分析一组4个.fastq文件。所以我输入了一条命令：
time snakemake -j 32
从而运行我的代码，即：
SAMPLES, = glob_wildcards("{x}.fastq.gz"
浏览 0提问于2018-06-25得票数 1
我正在尝试创建一个在snakemake中实现snakemake的规则，它将在另一个目录中使用一堆文件来closest一个文件。
我拥有的是，在/home/bedfiles目录下的20个床文件：
1A.bed , 2B_83.bed , 3f_33.bed ...
我想要的是，在/home/bedfiles目录下，20个修改过的床文件：
1A_modified, 2B_83_modified , 3f_33_modified ...
所以bash命令是：
filelist='/home/bedfiles/*.bed'
for mfile in $filelist;
do
bed
浏览 2提问于2018-01-25得票数 1
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我正在尝试为管道编写脚本，但在声明目录中的规则输入时遇到了问题。
我在这些部分中的代码：
rule taco:
input:
all_gtf = GTF_DIR + "path_samplesGTF.txt"
output:
taco_out = TACO_DIR
shell:
"taco_run -v -p 20 -o {output.taco_out} \
--filter-min-expr 1 --gtf-expr-attr RPKM {inp
浏览 18提问于2019-08-14得票数 0
关于snakemake
我得到了
Building DAG of jobs...
Nothing to be done.
如果我试着
snakemake -n dag
我得到了
Building DAG of jobs...
MissingRuleException:
No rule to produce dag (if you use input functions make sure that they don't raise unexpected exceptions).
我不知道问题出在哪里。
我的主要snake文件：
configfile: "config_rules
浏览 0提问于2019-05-23得票数 1
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