首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

UMAP图-R中的凸包

UMAP图是一种降维算法,全称为Uniform Manifold Approximation and Projection。它是一种非线性降维技术,用于将高维数据映射到低维空间,以便于可视化和分析。

凸包(Convex Hull)是一个凸多边形,它包围了给定点集中的所有点。凸包在计算几何学和数据可视化中经常被使用,它可以帮助我们理解数据的分布和形状。

UMAP图中的凸包是指在UMAP降维后的低维空间中,将数据点投影到原始高维空间后,形成的凸包。凸包可以帮助我们理解数据在降维后的分布情况,以及不同数据点之间的关系。

UMAP图中的凸包可以用来识别数据的聚类结构和异常点。通过观察凸包的形状和位置,我们可以推断出数据点之间的相似性和差异性。凸包还可以用于数据可视化,帮助我们更好地理解数据的特征和模式。

在腾讯云的产品中,与UMAP图中的凸包相关的产品是腾讯云的数据分析与机器学习平台(https://cloud.tencent.com/product/tcaplusdb)和腾讯云的大数据分析平台(https://cloud.tencent.com/product/emr)。这些产品提供了强大的数据分析和机器学习功能,可以帮助用户进行数据降维、聚类分析和可视化。用户可以使用这些产品来生成UMAP图中的凸包,并进行进一步的数据分析和挖掘。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

【算法】Graham 凸包扫描算法 ( 凸包概念 | 常用的凸包算法 | 角排序 | 叉积 | Python 代码示例 )

, 使用 Python 3.9 开发 ; 一、Graham 凸包扫描算法 1、凸包概念 凸包概念 : 在二维平面中 , 包围点集的最小凸多边形 , 其顶点集包含了给定点集中的所有点 , 并且不存在任何一条线段可以穿过这个多边形的内部而不与多边形的边界相交...; 下图中 , 左侧的 P1 图是凸包 ; 右侧的 P2 图不是凸包 , 因为该图中 , A2 到 B2 的点连接线与 凸多边形 的边界发生了相交 ; 2、常用的凸包算法 常用的凸包算法有 : Graham...扫描法 Jarvis 步进法 快速凸包算法 3、Graham 凸包扫描算法 在二维平面上给出一个有限个点的点集 , 其坐标都为 (x , y) ; Graham 格雷厄姆 凸包扫描算法 , 可以找到上述点集的...) 确定 ; 在角排序中 , 极角是指从基准点出发到其他点的连线与某一固定方向的夹角 ; 角排序用于解决凸包算法中的子问题 , 例如 Graham 扫描算法中 , 需要对点集中的点按照其与基准点的极角进行排序..., 以便确定凸包的边界顺序 ; 在本算法中 , 以极坐标的原点为中心 , 进行角排序 ; 2、叉积 叉积 , 又称为 " 向量积 " 或 " 矢量积 " , 是两个向量之间的一种运算 , 叉积 的结果是一个新的向量

37110
  • 原 初学算法 - 求凸包的Garhams

    所谓凸包,就是一个计算几何(图形学)中的概念。用不严谨的话来讲,给定二维平面上的点集,凸包就是将最外层的点连接起来构成的凸多边型,它能包含点集中所有的点。...                --- 集合X中所有单一顶点的集合     对于二维凸包,不如我们把平面上的一些点想象为“钉子”,而你正将一个橡皮筋撑的足够大,以至于所有“钉子”都在你的橡皮筋包围的区域里...“啪”的一声,橡皮筋会尽可能的收缩到极致,而这时撑起橡皮筋的这些“钉子”构成的集合, 也就是凸包。     通过观察,我们可以知道“最左”和“最右”的两个点一定在构成凸包的集合里。...另外,如果我们按照顺时针方向观察凸包,如P->Q->R,在每一个点上凸包都是“右拐”的(当然,也可能构成一条直线)。    ...使用两个链表Lupper和Llower分别表示凸包的上半部分(Upper Hull)和下半部分(Lower Hull),Garham的算法可以通过如下伪代码描述: Algorithm CONVEXHULL

    1.1K100

    R包ggseqlogo |绘制序列分析图

    简介 在生物信息分析中,经常会做序列分析图(sequence logo),这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。...sequence logo图是用来可视化一段序列某个位点的保守性,据根提供的序列组展示位点信息。常用于描述序列特征,如DNA中的蛋白质结合位点或蛋白质中的功能单元。...实现以上可视化过程的工具有很多,本文介绍一个使用起来非常简单,不拖泥带水的R包ggseqlogo,只要你根据此包要求的数据格式上传一堆DNA序列或者氨基酸序列,再根据现成的命令流程就能画出logo图。...R统计和作图 Graphpad,经典绘图工具初学初探 维恩(Venn)图绘制工具大全 (在线+R包) 在R中赞扬下努力工作的你,奖励一份CheatShet 别人的电子书,你的电子书,都在bookdown...R语言 - 箱线图(小提琴图、抖动图、区域散点图) R语言 - 箱线图一步法 R语言 - 火山图 R语言 - 富集分析泡泡图 R语言 - 散点图绘制 R语言 - 韦恩图 R语言 - 柱状图 R语言 -

    2.6K10

    R语言Circlize包绘制和弦图

    ,城市之间的航班往来量,还有细胞和基因数据可视化(这个领域不了解) 和弦图在线工具:http://circos.ca/intro/tabular_visualization/ 和弦图R包:Circlize...包是R语言中实现Circos功能的一个常用包,作者是Zuguang Gu 1.2....缺省为col.sub = "black" 第三类参数 crt 缺省为crt = 0 第三类参数 err 期望的错误报告程度(像该参数目前在R中未生效),缺省为err = 0 第三类参数 family 设置文本字体字体族...第三类参数 lab 设置坐标轴刻度数,lab = c(x,y,len)形式,目前len的设置在R中未生效。缺省为lab = c(5,5,7) 第三类参数 las :设置坐标标记显示方向。...= "s"(缺省):标准样式;= "n":不绘坐标轴 2.1.3. par - 第二类参数 分类 参数 描述 第二类参数 ask = TRUE:在新图绘制前进行提示 第二类参数 fig 设定图在绘图设备中的位置

    12.7K51

    R语言CMplot包绘制曼哈顿图

    曼哈顿图优点 大数据中,即展示数据全貌,又能快速找到目标基因或OTU,同时可知目标的具体位置和分类、显著程度等信息。绝对高端大气,而且还有内涵。...- 图中水平线一般为设定的不同显著性水平阈值,方便读出每个点的显著性水平;或只添加一条显示性阈值,高于则显著。 曼哈顿图绘制工具 散点图,自然还是R语言,ggplot2可以画的非常漂亮。...这里我们介绍CMplot包绘制曼哈顿图。...1.安装并加载所需R包 > # CMplot在CRAN上可用,因此可以使用以下R代码安装它 > install.packages("CMplot") # 安装包,如果已经安装,此行可忽略。...pdf", "tiff" dpi 设置输出图片的分辨度 memo 设置输出图片文件的名字 2.默认绘图(分别绘制出SNP密度图,曼哈顿图,环形曼哈顿图和QQ图) 2.1.

    16K1010

    R包ggseqlogo 绘制seq logo图

    简介 在生物信息分析中,经常会做序列分析图(sequence logo),这里的序列指的是核苷酸(DNA/RNA链中)或氨基酸(在蛋白质序列中)。...sequence logo图是用来可视化一段序列某个位点的保守性,据根提供的序列组展示位点信息。常用于描述序列特征,如DNA中的蛋白质结合位点或蛋白质中的功能单元。...实现以上可视化过程的工具有很多,本文介绍一个使用起来非常简单,不拖泥带水的R包ggseqlogo,只要你根据此包要求的数据格式上传一堆DNA序列或者氨基酸序列,再根据现成的命令流程就能画出logo图。...安装到作图的代码如下: 安装 安装方式有两种 #直接从CRAN中安装 install.packages("ggseqlogo") #从GitHub中安装 devtools::install.github...ggseqlogo(seqs_dna$MA0001.1) 输入格式 ggseqlogo支持以下几种类型数据输入: 序列 矩阵 下面是使用数据中的位置频率矩阵生成的seqlogo ggseqlogo(pfms_dna

    2.8K30

    ChAMP R包安装中的事故

    ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样,代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统,64位的R-3.4.3,安装过程中除了网速较慢,花费一点时间安装之外,并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库,在加载R包的过程中,如果这个R包有对应的动态链接库,那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统,R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整,同时也意味它的依赖包会特别的多,从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案,适合于任何操作系统,希望可以帮助到大家。

    2.2K20

    C语言求凸包的算法及实现

    C语言求凸包的算法及实现凸包问题是计算几何中的一个重要问题,它描述了一个点集中最小的凸多边形。在本文中,我们将探讨使用C语言来解决凸包问题的算法及其实现。...C语言 求凸包的算法及实现凸包算法的关键在于如何确定一个点是否在凸包上。对于一个给定的点集,我们可以选择一点作为起始点,并按照一定的顺序将其他点与其连接起来。...如果一个点的连接线都在凸包的边界之内,那么这个点就在凸包上。基于这个思想,我们可以设计以下的算法来解决凸包问题。1. 找到点集中最左边的点P0,作为起始点。2....如果所有点都在凸包的边界之内,那么算法结束;否则,将最远的点从凸包中删除,返回步骤4。...总结起来,C语言求凸包的算法及实现基于点的连接和位置的判断。通过选择起始点、按极角排序、连接点以及判断点在凸包边界内的操作,我们可以得到点集的凸包。

    36450

    scRNA分析|单细胞文献Fig1中的分组umap图和细胞比例柱形图

    一般会有细胞类型的全局umap图,分样本 和 分组的umap图 ,以及分样本 和 分组的细胞类型比例柱形图。...一 调整umap图 读取scRNA分析|Marker gene 可视化 以及 细胞亚群注释--你是如何人工注释的?...注:group.by 选择metadata中的某列 即可以进行展示了 。当然可以添加你想展示的各种score,表达量,时序结果等等。...二 细胞比例柱形图 绘制细胞比例柱形图的话,只需要根据metadata中的样本(分组)和细胞类型(cluster) ,table后获得长数据,然后ggplot2绘制即可。...的参数详见 https://github.com/thomasp85/patchwork ◆ ◆ ◆ ◆ ◆ 精心整理(含图PLUS版)|R语言生信分析,可视化(R统计,ggplot2绘图,生信图形可视化汇总

    7.1K44

    收藏贴-森林图绘图R包汇总

    导语 GUIDE ╲ 森林图是以统计指标和统计分析方法为基础,用数值运算结果绘制出的图型。用以综合展示每个被纳入研究的效应量以及汇总的合并效应量。...背景介绍 森林图是可视化meta分析结果最常用的图形,森林图展示了单个研究和Meta分析的效应估计值及可信区间。...每个研究都由位于干预效果点估计值位置的方块来代表,同时一条横线分别向该方块的两边延伸出去。方块的面积代表在Meta分析中该研究被赋予的权重,而横线代表可信区间(通常为95%可信区间)。...今天小编给大家汇总了在R语言中绘制森林图常用到的多个工具包,接下来让我们一起看看吧!...data=lung) summary(res.cox, conf.int = FALSE) ##画图ggforest() ggforest(res.cox, data = lung) 小编总结 R语言有许多工具可以快速的绘制森林图

    2.7K20

    降维聚类分群的umap图真的重要吗

    E-MTAB-10607 可以看到,但是小伙伴在降维聚类分群的时候实在是没办法达到原文的漂亮的结果: 原文的漂亮的结果 文献里面提到了是标准的商业化的10x技术的单细胞转录组,After standard...使用Seurat的v5来读取多个不是10x标准文件的单细胞项目 这个文献的配套的数据在 E-MTAB-10607 ,是每个样品一个独立的txt文件,所以如下所示的读取方式即可: rm(list=ls(...)) options(stringsAsFactors = F) source('scRNA_scripts/lib.R') getwd() ###### step1: 导入数据 ######...,可以看到如果超级低的分辨率情况下,已经算是比较清晰的分群了,唯一麻烦的就是0群里面很明显就是有一点点的b细胞混入,因为他们都是淋巴系的免疫细胞,聚在一起很正常的!...我们的图虽然丑爆了,但是只需要它的降维聚类分群后的单细胞亚群的生物学名字是ok的,就不怕,因为我们做单细胞转录组数据分析的核心是给每个细胞一个合理的身份,而不是“屎上雕花”让这个umap或者tSNE图多好看

    41010

    用R语言的circlize包复现一下Microbiome期刊中的圈图

    influence of host genetics on the rumen microbiota drive body weight variance in male Hu sheep lambs 复现论文中的fig2...没有找到论文中提供的数据,我们自己来构造数据,如何利用otu表格把数据整理成作图需要用的格式,这个今天的推文不做介绍,今天的推文只介绍已经有了作图需要用到的数据后如何作图。...首先是最外圈的数据 最外圈文字的数据 第二圈数据 第三圈的数据 与第二圈的数据格式一致 第四圈的数据 第五圈的数据 利用第三圈的数据生成 最里层连线的数据 完整的代码 library(circlize...20240610/data07.xlsx") data07 brk<-seq(0,30,2) brk circos.par(start.degree =86,clock.wise = T) ## 热图的圈参考链接...AI来拼图了 今天推文的示例数据和代码可以给推文打赏20元获取

    15110

    「R」ggplot2在R包开发中的使用

    尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式,以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象(例如,在一个plot()-风格的函数中)。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法,但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...一个很好的例子是ggdendro[3],它创建系统树图但同时计算出数据以方便用户干自己想要做的事情。...如果没有,则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中,而该字节码可能与安装的ggplot2不一致!

    6.7K30

    R-forestplot包| HR结果绘制森林图

    上一篇简单的介绍了COX生存分析结果绘制森林图Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化,本文将介绍根据数据集合的基本信息以及点估计值(置信区间区间)的结果直接绘制森林图的方法。...数据准备 #载入R包 library(forestplot) #数据来源:https://www.r-bloggers.com/forest-plot-with-horizontal-bands/ data...绘制森林图 2.1 简单森林图 对数据进行部分修改,方便行名和列名字输出 ## 构建tabletext,更改列名称,展示更多信息 np <- ifelse(!...如上图所示基本信息OK了,但是可以在以下几个方面进行优化: 添加线条,区分Subgroup 更改箱线图的宽度,颜色和大小 更改字体大小,更易区分 添加标题和横坐标轴标示 2.2 优化森林图 ##..."31" = gpar(lwd=60, lineend="butt", columns=c(2:6), col="#99999922")), #fpTxtGp函数中的

    3K10
    领券