悬停对角线耀光...transform: scale(1); } to { transform: scale(1.1); } } 实现这个效果,主要是结合css3中的transform
seurat主题 这是一张典型的seurat做的热图，可以清楚地看出不同分群有着不同的表达模式。这里的每一个色块是一个细胞某基因的表达量。...cluster可以看做是细胞的聚类，Y轴的基因，我们看到也是聚类了的（很可能是手动的，每一类基因作者都给出了注释）。所以这张热图的关键是什么？细胞和基因及其顺序。...如果巧了，这个geneList是某个细胞类型的marker基因，或者是某个功能的主要集合，热图有助于细胞群功能和类型的鉴定。...热图很好地将对象（X，一般是我们的细胞）与它的属性（Y，一般是我们的基因）联系起来。 ? scanpy主题 在monocle2 中我们还看到一种热图将基因的表达情况与细胞发育轨迹结合到一起。...列是伪时间中的点，行是基因，伪时间的开始在热图的中间。当你从热图的中间读到右边的时候，你正在跟随一个伪时间谱系。当你读到左边时，另一个。
各个单细胞亚群特异性的转录因子热图 虽然转录因子分析作为单细胞转录组数据分析的3大高级分析之一名满天下，但是因为它太耗费计算资源导致绝大部分人敬而远之，我们其实也多次分享过细节教程： 张泽民团队的单细胞研究把...T细胞分的如此清楚 细胞通讯分析的背景知识 构建单细胞亚群网络（类似于细胞通讯分析） 细胞通讯分析结果的解读 SCENIC转录因子分析结果的解读 人人都能学会的单细胞聚类分群注释 对单细胞表达矩阵做gsea...，我们为了加快速度，还是使用了4个线程，大概40秒就可以出结果， 然后尝试热图可视化： library(dplyr) sce.markers$fc = sce.markers$pct.1 - sce.markers...，这样就可以挑选得到各个单细胞亚群特异性的转录因子并且进行后续可视化。...pheatmap ，效果如下所示： 各个单细胞亚群特异性的转录因子热图 如果你确实觉得我的教程对你的科研课题有帮助，让你茅塞顿开，或者说你的课题大量使用我的技能，烦请日后在发表自己的成果的时候，加上一个简短的致谢
我也不知道这么就刷到了大名鼎鼎的华大基因的单细胞团队的 Guibo Li 的癌症数据挖掘文章：《Identification of a 3-Gene Model as Prognostic Biomarker...最近比较热门的有：自噬基因，铁死亡，EMT基因，核受体基因家族，代谢基因。还有一个最搞笑的是m6a基因的策略，完全是无厘头的基因集搞小，纯粹是为了搞小而搞小。...不过，这次我们要分享的是华大基因的单细胞团队的数据挖掘文章， 所以他必然是跟普通临床医生的数据挖掘不太一样，因为他们测序经费不缺，所以是自己测序的： We collected cancer and adjacent...但是我注意到他们的差异分析热图好奇怪： 差异分析热图好奇怪 我看了看，测序没有问题，是：The samples were sent for RNA sequencing....数据库规律一文就够 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够 GSEA分析一文就够（单机版+R语言版） 根据分组信息做差异分析- 这个一文不够的 差异分析得到的结果注释一文就够 绘制差异基因的热图。
Altair 符合我们人类可视化数据的方式和习惯，Altair 只需要三个主要的参数： Mark. 数据在图形中的表达形式。点、线、柱状还是圆圈？ Channels....如果想添加数据提示的功能（tooltip，鼠标悬停在数据上时，会显示该数据的详细信息），只需要增加一行代码： categorical_chart = alt.Chart(data).mark_circle...这是因为 Altair 只是一个 Python API，它能够生成有效的 Vega-Lite jsons，而 API 是以编程的方式生成的，因此在 Vega-Lite 的新版本发布后，Altair 能够全面而且快速的更新...Vega-Lite 交互性非常强大，我们不仅能够使用一行代码来添加 tooltips，还能将图的选择区与另一个可视化图关联。 高度灵活性。Altair的marks可以理解为图表构建中的模块。...如下图所示，我们用圆圈标记、线标记和文本标记的组合来构建一个图。最终的代码可读性强，而且易于修改，这对于 matplotlib 来说是很难的。 ? ?
Seaborn 旨在使绘图更加容易，并且能够自动处理复杂的可视化任务，比如分类数据的分布、多变量关系以及热图等。...热图和集群图：Seaborn 可以绘制热图（heatmap）来展示变量之间的关系，以及使用集群图（clustermap）来展示数据集的层次结构。...多种图表类型：Plotly 支持多种图表类型，包括散点图、线图、条形图、箱线图、热图、3D 图表、地图以及仪表板等。...Bokeh 允许用户创建各种类型的图表，包括线图、散点图、柱状图、热图等，而且这些图表都可以在 Web 浏览器中交互式地操作。...它构建在 Vega-Lite 之上，Vega-Lite 是一种用于描述图表的高级语法，提供了一种直观的方式来定义数据可视化的外观和行为。
Altair 简介 Altair是一个基于Vega和Vega-Lite的声明式统计可视化库。...添加条形图： 使用 vbar() 方法向绘图对象添加条形图，指定了 x 值（产品名称）、条形的高度（销售量）、线条颜色、填充颜色等属性。...添加悬停工具： 使用 add_tools() 方法向绘图对象添加悬停工具，指定了悬停时显示的信息，包括产品名称、销售量和收入。...设置图表属性： 使用一系列属性设置函数设置图表的外观属性，如去除 x 轴的网格线、设置 y 轴起始值、设置 y 轴标签等。 显示图表： 使用 show() 函数显示绘图对象。...通过这些步骤，代码创建了一个包含销售数据的条形图，并通过悬停工具提供了额外的交互信息。
群里经常接到一些粉丝提问：单细胞不同亚群间的相关性怎么计算？经过简单检索，发现有两种类型的 相关性热图在已发表的文献中出现过，他们表示的含义不一样，一起来看看吧。...第一种：使用细胞亚群基因表达均值计算亚群间的相关性热图绘制 这种相关性热图计算的是单细胞亚群间伪bulk基因表达的相关性，这里有两个应用。...图注：(A) 使用皮尔逊相关系数（PCC）在对不同疾病分组的细胞亚群进行层次聚类，热图中的颜色表示皮尔逊相关系数的数值。热图上方的颜色条表示细胞类型和疾病组。...，每一行为一个基因： 3、绘图 使用粗糙的pheatmap简单绘图： pheatmap::pheatmap(cor(cor_data)) 结果如下： 第二种：使用不同样本中各细胞亚群相对百分比计算亚群间的相关性热图绘制...相关性热图绘制 我们以 GSE236581为例子，给大家演示 第二种 细胞比例 相关性热图绘制。
细胞通讯分析是一个多学科交叉的领域，它结合了分子生物学、细胞生物学、生物化学、生物信息学和其他学科的知识和技术。通过这种分析，科学家可以更深入地理解生命过程，并开发出新的生物技术和治疗方法。...，图中线的颜色与发射信号的细胞一致，线的粗细代表的是信号强弱，线越粗信号越强。...计算配体-受体对信号网络的贡献度 netAnalysis_contribution(cellchat, signaling = pathways.show) 热图-展示每一类细胞是什么角色 分析细胞在信号网络中角色...这两个指标都是评估聚类稳定性的，二者都突然下降的值对应的横坐标就是合适的聚类数 这里是用parttern-细胞，parttern-通路矩阵画的热图。...identifyCommunicationPatterns函数识别通讯模式，并画出热图 nPatterns = 4 #根据上图选择的，嫌麻烦也可以用默认值5 #传出 cellchat <- identifyCommunicationPatterns
Altair是一个基于Vega和Vega-Lite的声明式统计可视化库，它使得生成交互式、漂亮的图表变得非常简单。...本文将介绍如何使用Altair库来轻松生成各种类型的统计图表，包括散点图、折线图、柱状图等。我们将提供代码示例来说明如何使用Altair创建这些图表，以便读者可以轻松上手并在自己的项目中使用。...Altair是一个基于Vega和Vega-Lite的声明式统计可视化库，具有简洁而强大的接口，使得生成各种类型的图表变得非常简单。...我们提供了多个示例代码来演示如何使用Altair创建不同类型的图表，包括散点图、折线图、柱状图等。...除了静态图表外，Altair还支持创建交互式图表，使得用户可以与数据进行更深入的交互和探索。我们展示了如何添加鼠标悬停提示、选择器、筛选器、缩放和平移等功能，从而实现丰富的交互体验。
ggplot的运行方式与matplotlib不同：它允许你对组件进行分层以创建完整的绘图。例如，你可以从轴开始画，然后添加点，然后是线、趋势线等。...与Bokeh一样，Plotly的强项正在制作交互式图，但它提供了一些在大多数库中没有的图表，如等高线图，树状图和3D图表。...7. geoplotlib geoplotlib是一个用于创建地图和绘制地理数据的工具库。可以使用它来创建各种地图类型，例如等值线，热图和点密度贴图。...你可以根据热图或树形图的完成度或点的相关度对数据进行过滤和排序。 10....Altair Altair是一个基于 Vega-lite 的声明性统计（declarative statistical）可视化python库。
Vega-Lite以JSON格式的可视化规范作为输入，Vega-Lite编译器将其转换为相应的可视化效果。...Vega-Lite完全独立于Julia生态系统，除了VegaLite外，还存在其他语言（如JavaScript、Python、R或Scala）的接口（完整列表请参见“Vega-Lite生态系统”）。...如果VegaLite文档中有遗漏的内容，通常很容易在Vega-Lite文档中找到相应的部分。 Vega-Lite（以及VegaLite）的一个区别性特征是其互动性。...对于对此感兴趣的读者，我建议查看Vega-Lite主页或论文“Vega-Lite: A Grammar of Interactive Graphics”。...Rate [%]"}, color = :Region, config = {background = "ghostwhite"} ) 直方图 用于绘制直方图时，
基础可视化：Matplotlib、Seaborn、Altair 交互可视化：Bokeh、plotly 地图可视化：Cartopy、Folium Web可视化：Dash BI可视化：Superset 流程图可视化...比如说Seaborn可以一行代码设置图表的配色风格，什么统计风、商务风、学术风，都给你搭配的妥妥的，还有像置信区间这种专业领域的图表也集成到函数中。...Altair基于Vega-Lite语法规则，将可视化描述为从数据到图形标记（例如，圆圈、矩形或折线）和属性（例如，颜色、大小、形状或透明度）的编码映射过程，使用Json格式规范图表外观，使用起来非常简单...Bokeh有很多的交互工具，比如缩放、平移、框选、悬停、重置、编辑、图像导出等等，使用起来非常方便。...plotly图表类型比较丰富，比如折线图、散点图、面积图、条形图、误差条、方框图、直方图、热图、子图、多轴图、极坐标图、气泡图、地图等等，这些都集成好固定的函数用法，可以拿来即用。
书接上文：当我做 hackathon 时我在做什么(1)。 前文中提到，我做的第二个项目是个可视化的项目，名字叫 deneb。deneb 是天鹅座的一等星，也是夏季大三角和北十字两个星群的端点之一。...因为仅仅看了一些介绍，以及书中思想的一些片段，我就受益匪浅，感觉对数据可视化的认知提升了一个级别。比如 GG 里提到，「饼图是极坐标下的柱状图」。你品，你仔细品。 ?...这也是为什么我在做 ExPolars 时， 在 Jupyter notebook 里，一切操作都正常，因为那些输出都是简单的 text；而当我想输出 deneb 生成的包含 vega-lite spec...的 html 片段时，IElixir 就无法正常工作了。...以及，一行代码实现上文中的 candlestick： ? 注意看这幅图，它是两个 chart 组合而成的，还使用了 selection 来提供交互。用户在选择小图的时候，大图会随之而动。 嗯。开森。
图2 DEGs的识别和注释。基于来自 TCGA 和 GTEx 的数据，PDAC 中差异表达基因的热图(A)和火山图(B) 。(C)缺氧相关 DEG 的前 20 个 GO 分析。...图 3风险评分模型的构建与验证。 (A) LASSO 系数曲线。 (B)基于 OS 的最低标准，通过 10 倍交叉验证选择 LASSO 模型中的调整参数 (lambda)。...4.验证7个特征基因的独立预后 图 4A：单变量 Cox 回归分析：发现其中五个对 PDAC 患者有害，其中两个对 PDAC 患者有益； 图4B：在七个基因的聚类热图上，发现风险模型与之前建立的缺氧聚类一致...(A)基于 TCGA 数据的单变量 Cox 回归分析的森林图。(B)无监督聚类的缺氧和免疫相关 DEG 热图。作为基因注释的缺氧簇、风险组和风险评分是相关的。...然后，向下画一条线以确定 PDAC 的 1 年、2 年和 3 年 OS 的可能性。(L-N)列线图内部验证的校准图。y轴代表实际生存率，x轴代表列线图预测的生存率。
提供 模块化交互式视图，可用于高通量成像、细胞表达矩阵、细胞分割等多种数据类型。 采用 WebGL 和 deck.gl 处理大规模数据，如百万级细胞散点图、数万个特征的热图。...这一发现可以在 Vitessce 中通过空间图和热图视图重现（图 2a）。 在 Vitessce 中，细胞分割和散点图点的颜色可以映射到基因表达值。...对于大多数视图和数据类型，这三种属性都会被使用，但根据特定视图的相关属性，可能会使用其中的一部分或全部。 例如，热图在加载数据时考虑所有三种属性，因为可视化包含特征、观察对象和值。...特定的热图可以通过这些属性唯一地识别。 相反，特征列表视图仅通过特征类型唯一识别，因此在加载视图的数据时不考虑观察类型和值类型。...目前可用的视图包括散点图、空间图、热图、细胞集大小条形图、基因表达直方图、细胞集的基因表达小提琴图、细胞集管理器、基因选择、图像层控制器和细胞集的基因组浏览器。
凭借先进的数据结构和算法，Smile提供了最先进的性能。Smile有很好的文档记录，请查看项目网站以获取编程指南和更多信息。...特征选择：基于遗传算法的特征选择，基于集成学习的特征选择、树形图、信噪比和平方比。...可视化 Smile提供了一个基于Swing的数据可视化库SmilePlot，它提供散点图、线图、阶梯图、条形图、方框图、直方图、3D直方图、树状图、热图、hexmap、QQ图、等高线图、曲面和线框。...使用mile.plot.vega软件包，我们可以创建一个规范，将可视化描述为从数据到图形标记（如点或条）属性的映射。 该规范基于Vega-Lite。...Vega-Lite编译器自动生成可视化组件，包括轴、图例和比例。然后，它根据一组精心设计的规则确定这些组件的属性。 示例
Matplotlib Matplotlib 是 Python 的一个绘图库，可以绘制出高质量的折线图、散点图、柱状图、条形图等等。它也是许多其他可视化库的基础。...Python 数据可视化库，专门用于绘制统计图形，如热图、小提琴图、带误差线的折线图等等。...它可以绘制出高质量的折线图、散点图、柱状图、条形图等等。...的 Python 可视化库，可以快速轻松地绘制出高质量的折线图、散点图、柱状图等等。...它支持创建多种类型的网络结构，如有向图、无向图、加权图等等。
为了探索拟发育时间速率改变的原因，鉴定了3046个随时间显著变化的基因，用热图可视化它们的表达。热图重复了拟时间速率鉴定的特点，首先是平滑的连续的基因表达改变，随后有阶梯状的离散改变。...(D) 热图展示所有随拟发育时间显著变化的基因。 3 减数分裂阶段基因表达的改变 减数分裂前期两个转录水平的改变是否与减数分裂过程中细胞所处的分裂阶段有关？分裂阶段的定义基于染色体的细胞学形态。...Pr2的标记基因（Trps8）在偶线期的所有花中都上调，而在偶线期之前没有变化，提示Pr2高表达时完全进入了偶线期。...图3 在细线期转录组的重构 (A) Pr1和Pr2的标记基因的表达展示。发育阶段处于Pr1和Pr2时期的细胞标注为红色。 (B) 基因表达状态与细胞所处分裂阶段的比对。...(C) 不同花药长度群体中预测的细胞周期阶段的比例 (D) 基因与细胞周期和拟发育时间的关联分析 (E) 编码细胞周期蛋白和细胞周期依赖的蛋白激酶的基因的表达热图。
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