如果你不了解自噬，可以把 “Autophagy; review” 作为关键词在 Sci-Hub 上进行搜索，此时会出现大量与自噬相关的文献。大概浏览论文之后，开始制定自己的实验计划。
参考：文献检索神器之Research Rabbit - 知乎 (zhihu.com)[1]
Endnote软件是一款专门为学术写作提供支持的文献管理软件，旨在帮助作者更快速地管理文献信息、自动化引用格式转换和实时文献检索等功能。本文将从特色功能和使用方法两方面进行介绍，支持读者更好地了解软件的优点和操作流程。
论文是有条理地论证作者观点的文章。一般来说，论文应该有一个核心观点，整篇文章为观点而生，为观点而终。
1. 圈定搜索数据库（外文有：MEDLINE、the Cochrane library、医学文摘、TOXLINE、OVID、EMBASE、ISI Web of Science、EBSCO等；国内有：维普全文VIP、CNKI、万方数据库）
最近有几位朋友问我在哪里下载论文，在网上找到的论文大多数链接都是付费的。我把自己用了多年的一个科研文献下载网站分享给大家。尤其对非在校的朋友肯定很有用。
被R语言折磨是每个想做生信的科研人的日常，只要随便一搜，全都是科研人被R语言虐得死去活来的心路历程。
每年岁末年初都是广大科研学者撰写毕业论文和申请自然基金的重要季节。小编之前介绍过使用EndNote来管理文献。但仍有一部分用户不习惯使用EndNote或其英文界面，尤其是科研萌新。另外使用EndNote引用中文文献时也存在一定兼容性问题。本期小编再给大家分享另一款文献管理工具—NoteExpress。
对于文献检索而言。一些辅助的工具，可以帮助我们更好的了解检索到的主要内容。之前我们介绍过一介绍过几个可以用来进行分析的工具。比如：connectedpapers、LitSense、PubTator。以上的这些工具各有各的用途。今天就来在给大家介绍一个基于pubmed来进行分析的工具吧。
在DNA甲基化与疾病的研究中，最常见的一个问题就是，是否有已经发表的文献表明某个基因在某种疾病中发生了甲基化。回答这样的问题，需要大量的文件检索工作。
oncomirdb通过文献检索的方式，从pubmed的多篇文献中收集整理出了肿瘤相关的miRNA信息，对应的文章发表在bioinformatics上，链接如下
之前我们介绍了在科研关于基因突变的一些基础知识：[[基因突变需要了解那些内容？]]。如果要研究某一个基因突变的话，那么首先肯定还是要查找一些突变相关的文献，使用最多的文献检索数据库就是 pubmed 了。如果觉得 pubmedj 检索的结果比较单调的话，那也可以尝试 [[PubTator-pubmed检索注释高亮]] 这个可以高亮显示疾病，基因信息的数据库。而如果检索的时候高亮显示突变有关内容的话，可以尝试 LitVar: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/CBBresearch/Lu/Demo/LitVar
4DGenome是一个染色质相互作用数据库，采用了文献检索和软件预测两种手段来得到染色质相互作用，收录了来自5个不同物种共7百多万条互作记录，网址如下
An updated version of PubMed is now available. Come see the new improvements to the interface!
小通之前分享过一键下载sci文章的方法，受到大家的热烈欢迎。此外，童鞋希望小通再推荐一种检索文献的高效方法。
OnGene是一个肿瘤基因的数据库，通过文献检索的方式获得了803个肿瘤基因，文章的链接如下
又是一年开学季，看着大批莘莘学子步入高校，同时又有大批学生即将面临毕业，这一年要饱受论文的洗礼。在学术论文领域，几乎每一位大学生都避不开论文检索、查重环节。想写出一篇高质量论文，前期大量的信息储备必不可少，而文献检索成为我们获取信息的重要途径。万方数据知识服务平台以客户需求为导向，整合了数亿条全球优质知识资源，依托强大的数据采集能力，应用先进的信息处理技术和检索技术，为决策主体、科研主体、创新主体提供高质量的信息资源产品。今天就来聊聊，我们如何使用百度飞桨PaddleNLP升级论文检索系统。
今天给大家推送“文献检索与管理”软件endnote的方法，这是我见过写的最详细的一个了。
针对这些棘手的问题，百度深耕产业界，选取NLP领域三大高频场景——检索、问答、情感分析，推出面向真实应用场景的系统功能，覆盖金融、电商零售、文娱、旅游、房地产、生活服务等多个行业，等均已基于相关方案成功完成业务上线。
EndNote X8是一款专业的参考文献搜索管理软件，专门为用户提供电脑文献管理功能的工具，EndNote软件具有在线搜索文献、文献检索、文献管理、在线制作文献模板等功能，支持加入文本、图像、表格和方程式等内容及链接等操作，各种文献写作模板工具，用户可以利用这些模式格式来进行使用，拥有自己独立的管理和使用功能，操作简单方便实用。
今天我们就以小白的课题——自噬 (Autophagy) 为例，给大家展示一波。这个时候给大家隆重介绍我们的——PubMed。
建立一个搜索引擎大致需要做这样几件事：自动下载尽可能多的网页；建立快速有效的索引；根据相关性对网页进行公平准确的排序。我们在介绍 Google Page Rank (网页排名) 时已经谈到了一些排序的问题，这里我们谈谈索引问题，以后我们还会谈如何度量网页的相关性，和进行网页自动下载。 世界上不可能有比二进制更简单的计数方法了，也不可能有比布尔运算更简单的运算了。尽管今天每个搜索引擎都宣称自己如何聪明、多么智能化，其实从根本上讲都没有逃出布尔运算的框框。 布尔（GeorgeBoole) 是十九世纪英国
对于医学生而言，我们要是查询文献的话，更多使用的还是pubmed而不是web of science这样的文献检测数据库。关于pubmed，这个是属于NCBI旗下的一个文献检索网站。
EndNote X6是一款专业的参考文献搜索管理软件，专门为用户提供电脑文献管理功能的工具，EndNote软件具有在线搜索文献、文献检索、文献管理、在线制作文献模板等功能，支持加入文本、图像、表格和方程式等内容及链接等操作，各种文献写作模板工具，用户可以利用这些模式格式来进行使用，拥有自己独立的管理和使用功能，操作简单方便实用。
一篇高质量的meta分析需要在选题、检索文献以及筛选文献这三部分花很大的精力。在讲解文献检索和筛选之前，我想和大家讲讲如何选题？一般来说，Meta分析的选题和一般的科研选题几乎没有差别，但是meta分析其实更偏向与临床实践应用，在这一点上它和一般的理论研究和基础实验研究有较大的差别。大多数的meta分析是用来评估治疗方案（包括药物和手术）的临床疗效的，为更好地指导临床实践提供证据支持，比如昨天和大家分享的他汀类药物预防心血管疾病的meta文章，因此meta分析本身也是循证医学（Evidence-based Medicine，EBM）的一个重要组成部分。当然除了评估疗效，meta分析还可以用来进行一定的病因推断，比如有一些观察性试验得出在老年人中，糖尿病患者摔倒的风险升高，而有一些试验则发现相反的结果，于是就有人做了一下meta分析，其研究结果发现在患有糖尿病（尤其是需要胰岛素治疗）的老年患者中，其摔倒的风险显著升高（Journal：Age aging, IF = 4.511）。这个研究也就确定了老年人摔倒的潜在致病因素即为糖尿病。所以，meta分析的选题主要来自临床实践，文献阅读以及平时的生活观察，其实处处皆可有课题。
EndNote X9 是一款在学术界比较主流的文献管理软件，可以进行文献批量下载和管理、写作论文时添加索引、分析某篇文献的引文索引、分析某领域或者学术课题的经典文献地位等，功能强大。
EndNote X9是一款专业的参考文献搜索管理软件，专门为用户提供电脑文献管理功能的工具，EndNote软件具有在线搜索文献、文献检索、文献管理、在线制作文献模板等功能，支持加入文本、图像、表格和方程式等内容及链接等操作，各种文献写作模板工具，用户可以利用这些模式格式来进行使用，拥有自己独立的管理和使用功能，操作简单方便实用。
1.文献翻译软件 ❌不推荐：知云文献翻译 虽然这款软件很多科研人都推荐过，但是在这我要说他不！好！用！ 理由： 1️⃣要关注公众号才能进行登录使用，一个星期自动掉线，每次用起来很麻烦😅 2️⃣如果不赚取积分，仅用免费的翻译接口，时常出现bug，会出现大段文字翻译不出来的情况，好几个版本没有改进过😅 3️⃣臃肿。下载知云文献翻译还要内嵌一个pdf阅读器，只能用这一个pdf阅读器来看文献，换别的就不能用翻译。🤨 ✅推荐：CopyTranslator 理由： 1️⃣完全开源，源代码在github上可以自行查看，非
3CDB是一个染色质空间互作的数据库，根据特定的关键词从pubmed数据库中进行文献检索，查找基于3C技术研究染色质互作的文献，并从中提取染色质互作信息，对应的文章链接如下
导师给研究方向，课题就是简单的一句话，几个字，其余的一切都要靠自己摸索，所以会搜索文献是一项极其影响效率和工作质量的技能。 我研一也上过一门类似的讲科研文献检索，整理的课程，老师讲了web of science网站本身的文献分析技巧，也讲了对领域文献的跟踪订阅，但当时没有体会到这些技能的美妙之处，现在马上研二，磕盐压力越来越大，发现必须要对领域的文献有更加透彻深入的理解。
EndNote X7是一款专业的参考文献搜索管理软件，专门为用户提供电脑文献管理功能的工具，EndNote软件具有在线搜索文献、文献检索、文献管理、在线制作文献模板等功能，支持加入文本、图像、表格和方程式等内容及链接等操作，各种文献写作模板工具，用户可以利用这些模式格式来进行使用，拥有自己独立的管理和使用功能，操作简单方便实用。
Web of science®是全球知名的科技文献检索工具，因为其具有开创性的内容、高质量的数据以及悠久的历史使得在全球学术界有极高的声誉，其中科学引文索引SCI更是成为最权威的科研工具。ESI是基于SCI和SSCI数据而构成的学科和论文评估工具，同时也是研究人员获取热点研究和前沿课题的有力工具。
知网研学平台以搭建个人探究式学习环境为核心，以提高用户自主学习和创新能力为目标，集“汇、读、写”为一体的个人终身方式学习的平台。利用XML碎片化、知识重组、知识网络构建等技术，提供汇聚资源、理解知识、创作表达、选刊投稿等功能。该软件能够直接对文献进行索引和分类，能够快速的提取出想要的内容。下图是该软件的九大功能：
今天给大家介绍一篇由ZhaoyiChen, JiangBian等人2020年12月24日发表在Drug Discovery Today上的一篇综述文章” Applications of artificial intelligence in drug development using real-world data”。FDA一直在积极推动真实世界数据(RWD, real-world data )在药物开发中的应用。RWD可以产生重要的真实世界证据，反映治疗方法使用的真实世界临床环境。同时，人工智能(AI)，特别是机器和深度学习(ML/DL)方法，已经越来越多地被用于药物开发过程的许多阶段。AI的进步也为分析大型、多维的RWD提供了新的策略。
在写文章的迢迢征途中，你有没有 惊叹于别人文章中数据处理的行云流水！ 艳羡于别人作图的高端大气！ 惊讶于别人插参考文献的整齐快捷！ 工欲善其事必先利其器！ 今天，一篇推文，
手动管理参考文献总是令人抓狂，参考文献的样式需要小心编排，还需要按照引用顺序对参考文献进行排序和编号，以致添加、删除或者修改引用文献后都需要进行大量的修改，耗费大量的时间和精力。
欢迎回来，科研的日常总避不开要查阅、下载整理文献。之前我们推荐过不同的方法，例如NCBI加谷歌助手、SCI-hub代替网站、中文期刊下载方法等。但都还是停留在手动层面，今天分享一个最近看到自动化小工具，不仅在下载中添加了条件筛选，将文献检索与摘要输出excel表格，我扒了它的github仓库，一起来看看吧~
其实，我们每次做临床科室大数据解析的时候，都战战兢兢、如履薄冰。因为担心会有漏检，或者出现错误。
在写作过程中，正文中的参考文献顺序是繁琐且重要的。目前已有较多的文献管理软件如Endnote、Notedxpress、Mendeley等帮助我们进行管理，以便自动调整文献顺序和文献格式。但是这些软件并不是万能的！
meta的兴起是伴随着循证医学而生，什么是循证医学，即寻找最佳证据的原则 meta分析其实是对具有相同研究题目的医学研究进行综合定量分析的一种研究方法，属于二次研究。
鲁迅曾说过，不曾在深夜里做实验、写论文到痛哭流涕，不足以言人生。 现如今，国内外的高校和科研单位都将发表论文作为申博留学晋升评职的重要标准。 而SCI（科学引文索引Science Citation Index）是世界著名三大科技文献检索系统之一，且是国际上被公认的值得借鉴的科技文献检索工具。 如果能够发表一篇含金量高的SCI论文，对于升学或工作绝对是超级加分项！ 一篇SCI论文到底有多重要？ ✔ 应聘/评职/晋升 有一篇SCI论文在手，对应聘、评职或晋升都是非常有帮助的。往往单位招聘求贤/评职晋升条件中
EndNote 20是一款专业的参考文献搜索管理软件，专门为用户提供电脑文献管理功能的工具，EndNote软件具有在线搜索文献、文献检索、文献管理、在线制作文献模板等功能，支持加入文本、图像、表格和方程式等内容及链接等操作，各种文献写作模板工具，用户可以利用这些模式格式来进行使用，拥有自己独立的管理和使用功能，操作简单方便实用。
文献检索是科研的基本功。传统检索文献的方法大多以关键词、主题词、作者、期刊名称等为线索，查找符合要求的文章。然而，这种检索方法忽略了科技论文的精髓–插图。在查阅文献时，直接阅读插图与图注是快速了解文章内容的捷径。所以，如果能直接通过关键词搜索插图，将会极大地提高查找文献的效率和精准度。今天，我以生物医学研究的明星信号通路NF-κB为例，介绍一种直观查询文献的新方法–以图搜文法。
NONCODE数据库是一个综合的非编码RNA数据库，该数据库中包含了除tRNA和rRNA之外的其他类型的非编码RNA信息，其中绝大部分是lncRNA,网址如下
PubMed数据库作为最流行的文献检索数据库。本身提供了很多供用户使用的检索功能，关键词筛选机制。今天给大家介绍一个在R中进行PubMed数据库挖掘的工具包RISmed。其实这个包主要是利用了NCBI提供的API进行功能的封装，操作的简化。更多的详细参数参数可以参见：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/。另外一个包则是主要进行对pubmed数据库中检索的结果进行进一步的标准化和拆分，主要涉及有摘要英文文本分词、词频统计的功能，摘要内文本基因名的频率统计的功能。首先我们先看下包的安装：
我们见到最多的是人体细菌/体细胞比10:1。这个数据从哪儿来？是否准确？准确数值应该是多少？以色列魏茨曼科学研究所Ron Milo等对此刨根问底，一层层引用挖掘，发现原始文献只是1972年非常简单估算，并根据现有最新数据给出对于一个标准个体（70公斤男性）体内细菌数目大概3.8x 1013 , 体细胞大约3.0 x 1013，细菌/体细胞比值大约1.3：1。(1, 2)
不少科研汪小伙伴应该都听说过EndNote，这是一款集文献检索、查阅、管理于一身的神器，同时也是一款免费而实用的软件。今天小编为大家简要介绍EndNote的使用教程，本文以最经典的EndNote X7版本来介绍，主要从EndNote X7的安装与界面、数据库建立、文献管理、参考文献格式编辑四个方面介绍。
自然语言处理（Natural Language Processing，NLP）是人工智能的一个重要分支，它研究能实现人与机器之间用自然语言进行有效通信的各种理论和方法，即让机器“懂”人类的语言。NLP 涉及的面非常广，包括语音识别 、内容理解、信息检索、信息抽取、问答系统、机器翻译、对话系统等。其中短视频的应用场景下，内容标签技术是内容理解的一个重要手段。本文主要给大家介绍多模态短视频内容标签技术及在爱奇艺的相关应用。
擅于运用搜索可以帮助你快速寻找想要的学术资料，起到事半功倍的效果。比如我们常用到的论文及对应源码的神器 Papers With Code，就收录了很多 SOTA 论文和代码，直接搜索论文关键字就可以得到相关的论文和代码，还可以分领域进行搜索；又比如 arXiv 与文献调研神器 Connected Papers 强强联合，每篇 arXiv 论文可以在摘要页面直接链接到其在 Connected Papers 中的关联论文图。
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