download.csdn.net/download/hhhuang1991/11979866 VS2015配置项目+测试代码 环境配置 编译环境：Win7 64位系统 VS2015 创建一个VS2015项目，应用程序类型使用静态库...，注意取消勾选“使用预编译头”； 将资源[libiconv-1.16\lib]文件夹下的所有文件，全部复制到第一步创建的工程目录下，并找到config.h.in文件，将后缀.in去掉； 将资源[libiconv...memcpy(save, outptr - outsave, outsave); // 此处采用memcpy而不采用strcpy的目的是，当ACSII类型字符转换到UCS2类型时，会产生0x00的字符，使用
Aspera是一项突破性传输协议，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。...Aspera在Ubuntu环境的安装过程如下： Step 1： 建立安装文件夹 mkdir ~/Biosofts cd ~/Biosofts Step 2： 下载Aspera软件....tar.gz Step 4： 安装Aspera 解压后是一个shell脚本，运行即可 sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh Step...5：测试Aspera是否安装成功 ascp命令默认安装地址在：~/.aspera/connect/bin ~/.aspera/connect/bin/ascp -h Step 6：将...aspera安装路径加入环境变量 echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc Step 7：使环境变量生效<
Aspera用法如下： Usage: ascp [参数] 目标文件 保存路径 一、 Aspera下载一个SRA文件 Step 1：建立Seqs文件夹保存下载序列 mkdir ~/Seqs...Step 2：下载SRA文件到Seqs文件夹 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra ~/Seqs/ 二、 Aspera...SRR6232299.sra 按Ctrl+O,Ctrl+X保存退出 Step 2：批量下载sra_list.txt列表中的文件 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera
虽然有aspera下载加速措施，但是每次下载至少失败一半！...SRR15037156_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR150/057/SRR15037157/SRR15037157_2.fastq.gz 继续使用脚本.../etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh 1>step1-aspera.log...项目的数据后，走cellranger的定量流程，我们在单细胞天地多次分享过cellranger流程的笔记，大家可以自行前往学习，如下： 单细胞实战(一)数据下载 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项...单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探 单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览 单细胞实战(五) 理解cellranger count的结果 顺便走seurat流程进行单细胞降维聚类分群
下面主要说说我的数据下载踩的坑，多亏了张老师的帮助让我从这两天的坑中跳了出来，我是用的aspera软件下载的。...在conda下安装aspera软件 conda install-y-chcc aspera-cli which ascp 找到要下载的数据的BioProject；一般知道它的GEO accession和...提交后台 这里需要使用nohup这个技巧，： nohup bash sra.download.sh >sra.download.log & 数据完整性检验(非常重要！！！)
Aspera下载和安装 Aspera下载： http://downloads.asperasoft.com/connect2/。...zxf aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz sh aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh echo 'PATH=$...PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ascp --help 软件一般安装在 ~/.aspera/connect/ 目录下...Aspera使用： 使用说明：https://www.internationalgenome.org/faq/how-download-files-using-aspera Aspera 高速下载 NCBI...-i 免密从SRA和ENA下载的私钥，为·安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下的asperaweb_id_dsa.openssh 文件。
/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh $ sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin...使用 3.1 下载地址 NCBI的FTP下载链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625...命令 含义 ~/.aspera/connect/bin/ascp aspera的可执行文件 -k 1 断点续传 -QT 100M 提高下载速度 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...密钥文件：终端执行使用~/asperaweb_id_dsa.putty，ssh终端执行使用asperaweb_id_dsa.openssh 3.3 批量下载 $ ~/.aspera/connect/...Session Stop (Error: Server aborted session: Client requests stronger encryption than server allows) 原因 使用
使用 fasp传输专利技术，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。...一、软件安装 使用conda安装 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp...ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 二、aspera的用法 安装完成以后，可以使用ascp...-i string #输入私钥，服务器一般使用asperaweb_id_dsa.openssh # 文件作为私钥。...1>step1-aspera.log 2>&1 &
所以我们在全国巡讲的答疑群给大家指点的解决方案是使用aspera从EBI下载直接fastq数据，一劳永逸。...坑2： 关于ascp，安装ascp时为了方便使用在~/.bashrc设置了别名 alias ascp=/home/cat1988/.aspera/connect/bin/ascp 直接在shell下写...坑2总结就是ascp命令要使用全路径 坑3： 关于ascp软件下载的坑。ascp这个命令出自软件Aspera Connect。...参考1：使用Aspera从NCBI或EBI高速下载数据 参考2：Ubuntu下Aspera connect的安装与使用 Aspera提供了大文件高速传输方案，适合于大数据的传输。...客服端的使用是免费的。 下载地址https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?
在国内做数据分析本来就不容易，SRA数据库自带的prefetch基本上是形如虚设，下载速度比乌龟快一点点，所以不得不求助IBM的aspera加速器。...这也是我们每次授课都会介绍的各种国内科研数据处理专用小技巧 首先下载软件 老规矩，conda解决一切依赖 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install...一分钟才一两个M 然后使用aspera加速 which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y
大大节省时间成本，对于云服务器使用来说，省时就是省钱。 缺点 一个词“麻烦”。 首先，必须使用linux环境。ascp也有其他版本，但ncbi只允许linux版下载。...---- Aspera安装教程 ---- 安装之前要注意：Aspera不能装在Root下，一定要先建立一个子用户才可以。.../.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc #测试 ascp --help ---- Aspera使用的Q&A 1、如何下载SRA...一定要在之前安装的那个子用户下去使用！！！...站长，一直使用的国内的网。云服务器和本地服务都使用过。 云服务器选择按宽带计费1M或者2M，速度可以达到30-50M/s，增加带宽也无法上调，不过这个速度也是可以接受的。
但是陆陆续续有小伙伴告诉我应该是使用aspera从ebi的ena数据库直接下载fastq文件即可，高速而且还少了一个sra文件转为fastq的步骤。...所以后来我也开始在日常更新的公众号里面推荐这个方法，就是参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 需要自行配置好，然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件： 比如项目地址是：https...1>step1-aspera.log 2>&1 & 这个脚本会根据你在EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件，来批量下载fastq测序数据文件。...但是风水轮流转 没想到，也没有过去多少年，就风水轮流转， aspera从ebi的ena数据库这个手段时灵时不灵的。.../vdb-config --interactive 接下来就可以使用 sratoolkit.3.0.0-ubuntu64/bin 文件夹里面的各种各样的命令啦。
如果你的服务器在中国大陆，基本上就放弃prefetch啦，直接aspera即可。但是如果是在海外，就可以尝试比较prefetch和aspera下载速度。...一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 获得文献里面的数据集里面的样本的数据库里面的ID列表，但是ncbi的sratoolkit有可能不好用，比如prefetch命令下载sra文件速度太慢，可以参考：使用...ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 需要自行配置好aspera从ebi下载的软件环境，然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件： 比如一个文章的测序数据项目地址是：https://www.ebi.ac.uk.../ena/browser/view/PRJEB33490 可以使用conda安装aspera和prefetch 其中prefetch属于 sra-tools，而aspera属于aspera-cli，都是需要先搜索它们拿到官方下载方式...最后是aspera， id=fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR344/007/ERR3445007/ERR3445007_1.fastq.gz ascp -QT -l
/config/配置enaDataGet如果使用Aspera下载数据，则需要配置aspera_settings.ini文件# step1 配置aspera_settings.inicd /disk/share...-a 指定是否使用asperausage: enaDataGet [-h] [-f {embl,fasta,submitted,fastq,sra}] [-d DEST] [-w]...enaDataGet和enaGroupGet可配置aspera使用，参数为-a/--aspera，添加此参数则调用aspera。...step1 先搜索accession在EBI的api接口；step2 本地创建下载日志文件目录 logs；step3 使用ascp软件下载accession；/disk/share/toolkits/enaBrowserTools.../sra下载成功下载失败: 出现session stop即为失败完全下载失败部分下载失败不使用aspera下载问题出现session stop信息，解决方案：ASPERA_SPEED 设置在100 -
网络传输软件非常常见，在比如百度网盘、QQ文件传输、日常使用的FTP、网站下载等，这些应用主要基于TCP协议进行传输。...大文件传输专业软件领域，行业的标杆是Aspera，Aspera成立于2004年，2013年被IBM收购，主要服务客户分布在媒体、影视制作、生命基因工程、工程等需要大量数据文件交换的行业。...基于fasp传输协议，aspera针对不同的应用场景开发了一系列文件传输应用，比如Aspera Enterprise transfer server/Aspera connect/Aspera sync.../Aspera faspex等，这里不一一介绍。...国内很多行业比如影视制作、传媒、电视台都采购了Aspera软件用于大文件数据分发。
安装 Aspera 首先进入aspera 官方网站，找到「IBM Aspera Connect」，进入下载页面，找到对应的版本与平台，这里以 Linux 平台最新的 3.10.0 版本为例进行介绍。...，运行该脚本，即可完成自动安装 sh ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.sh # 所有安装文件都在~/.aspera/connect目录下...比如 /refseq/release/viral/viral.1.1.genomic.fna.gz /refseq/release/viral/viral.2.1.genomic.fna.gz 然后使用命令...list Aspera 使用说明 1：https://www.ibm.com/support/pages/downloading-data-ncbi-command-line#usage Aspera...使用说明 2：https://www.internationalgenome.org/faq/how-download-files-using-aspera 「如果你是初学者，可以看看我之前写的生信分析环境搭建教程
Dr.羊 | Aspera是什么？...02 获取Aspera账户 如果您第一次使用Aspera，请在CNSA实验/测序批量提交流程页面选择Aspera命令行上传并点击按钮“申请Aspera账户”获取Aspera账户及操作说明。...03 使用Aspera命令行上传数据 您可以使用以下命令通过Aspera命令行上传文件： > [path/to/ascp/] 是ascp的执行程序。...为了便于归档数据，建议使用-d参数为每个新提交创建一个新的子目录，系统将从您填写的-d参数中获得子目录名（可以使用CNSA提交编号）。...> [aspera_account]为系统分配的aspera账户名，您可以实验/测序数据的提交流程里获得。
速度可达200-500Mbps，几乎所有站点都超过10Mbps -如果Aspera connect不能下载，则推荐sratoolkit的prefetch功能 -最后，尽量使用sratoolkit中的fastq-dump...如果fastq-dump连接外部稳定，则推荐使用Biostar Handbook中的wonderdump脚本。...警告：尽量不要使用wget或curl命令来下载 原文链接 Aspera有两种方式可以下载 第一，安装客户端（支持windows）， 下载链接 具体可参考这篇文章 第二，命令行下载 关于第一种方式 ，...~/ # check help file ascp --help 恭喜，安装完成，开始下载，感受飞一般的速度 下载SRA数据：SRA数据库 注意：要找到下载地址，windows需要使用ie浏览器（...biocLite('SRAdb') library(SRAdb) srafile = getSRAdbFile() con = dbConnect('SQLite',srafile) 2使用
nr.gz 2.3 Refseq 数据库： RefSeq 数据库：the reference sequence database，参考序列数据库，是经过 NCBI 和其他组织校正的数据库，使用人类基因命名委员会定义的术语...数据库主页： http://gtdb.ecogenomic.org/ 可以使用工具 GTDB-Tk 来基于该数据库对未知基因组进行分类。...提供了一个免费使用的平台，用于组装，分析和归档源自特定环境中存在的微生物种群的测序的微生物组数据。...下载 ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --overwrite=diff -QTr...-l6000m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:blast/db/FASTA/nr.gz ./ ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/.aspera
1.数据下载软件 aspera，ubuntu下的下载方式为： wget https://download.asperasoft.com/download/sw/conne ct/3.6.2/aspera-connect...ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra 然后使用...aspera进行下载： ~/.aspera/connect/bin/ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp...如果需要批量下载数据的话，使用命令： /.aspera/connect/bin/ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --...user=anonftp --host=ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --mode=recv --file-list ~/1.sra ./ user是使用者，NCBI
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