Aspera用法如下： Usage: ascp [参数] 目标文件 保存路径 一、 Aspera下载一个SRA文件 Step 1：建立Seqs文件夹保存下载序列 mkdir ~/Seqs...Step 2：下载SRA文件到Seqs文件夹 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra ~/Seqs/ 二、 Aspera...SRR6232299.sra 按Ctrl+O,Ctrl+X保存退出 Step 2：批量下载sra_list.txt列表中的文件 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera
Aspera是一项突破性传输协议，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。...Aspera在Ubuntu环境的安装过程如下： Step 1： 建立安装文件夹 mkdir ~/Biosofts cd ~/Biosofts Step 2： 下载Aspera软件....tar.gz Step 4： 安装Aspera 解压后是一个shell脚本，运行即可 sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh Step...5：测试Aspera是否安装成功 ascp命令默认安装地址在：~/.aspera/connect/bin ~/.aspera/connect/bin/ascp -h Step 6：将...aspera安装路径加入环境变量 echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc Step 7：使环境变量生效<
虽然有aspera下载加速措施，但是每次下载至少失败一半！...fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR150/057/SRR15037157/SRR15037157_2.fastq.gz 继续使用脚本 step1-aspera.sh...~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh...1>step1-aspera.log 2>&1 & 然后前面失败的文件这次就成功下载了。
Aspera下载和安装 Aspera下载： http://downloads.asperasoft.com/connect2/。...zxf aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz sh aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh echo 'PATH=$...PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ascp --help 软件一般安装在 ~/.aspera/connect/ 目录下...Aspera使用： 使用说明：https://www.internationalgenome.org/faq/how-download-files-using-aspera Aspera 高速下载 NCBI...-i 免密从SRA和ENA下载的私钥，为·安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下的asperaweb_id_dsa.openssh 文件。
安装 $ tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz $ ..../aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh $ sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin...ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra EBI的aspera...命令 含义 ~/.aspera/connect/bin/ascp aspera的可执行文件 -k 1 断点续传 -QT 100M 提高下载速度 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...--user anonftp --file-list aspera_download.txt 4.
下面主要说说我的数据下载踩的坑，多亏了张老师的帮助让我从这两天的坑中跳了出来，我是用的aspera软件下载的。...在conda下安装aspera软件 conda install-y-chcc aspera-cli which ascp 找到要下载的数据的BioProject；一般知道它的GEO accession和
下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 Aspera是IBM公司的一款高速传输软件，创造了新一代的传输技术(faspTM)，并能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制，以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据...一、软件安装 使用conda安装 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp...ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 二、aspera的用法 安装完成以后，可以使用ascp...~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh...1>step1-aspera.log 2>&1 &
官网资源： https://ftp.gnu.org/pub/gnu/libiconv/libiconv-1.16.tar.gz CSDN资源：https://...
首先需要使用conda安装两个软件（kingfisher和aspera），大家现在可能会倾向于选择mamba来替代conda。...执行conda的安装两个软件（kingfisher和aspera），是如下所示的代码： mamba create -n kingfisher python=3.8 mamba init mamba list.../annotate_info.csv 但是，它默认调用aspera的高速下载失败： INFO: Running command: ascp -T -l 300m -P33001 -k 2 -i /home...所以还需要单独再安转一下aspera才能正常使用，kingfisher的官网也有说明，如果要 ena-ascp发挥作用，必须要再单独安装 ASpera： 必须要再单独安装 ASpera 所以其实kingfisher...里面挑选fastq_aspera和fastq_md5这两个关键信息哈，然后就可以输出 TSV文件下载： 挑选fastq_aspera和fastq_md5这两个关键信息 可以自己制作文件名字（fq.txt
，文件内容如下： ascp -P33001 -i "C:/aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh" --host=fasp.ebi.ac.uk --user=bsaspera...--mode=recv "fire/E-MTAB-/948/E-MTAB-11948/Files/Sample4.csv" ./ ascp -P33001 -i "C:/aspera/cli/etc...user=bsaspera --mode=recv "fire/E-MTAB-/948/E-MTAB-11948/Files/Sample5.csv" ./ ascp -P33001 -i "C:/aspera...秘钥文件的路径：C:/aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 服务器上的秘钥路径： # 安装了aspera的conda 环境rna conda activate...后面看看为啥aspera为啥下不了吧！
但是陆陆续续有小伙伴告诉我应该是使用aspera从ebi的ena数据库直接下载fastq文件即可，高速而且还少了一个sra文件转为fastq的步骤。...~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh...1>step1-aspera.log 2>&1 & 这个脚本会根据你在EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件，来批量下载fastq测序数据文件。...但是风水轮流转 没想到，也没有过去多少年，就风水轮流转， aspera从ebi的ena数据库这个手段时灵时不灵的。
在国内做数据分析本来就不容易，SRA数据库自带的prefetch基本上是形如虚设，下载速度比乌龟快一点点，所以不得不求助IBM的aspera加速器。...这也是我们每次授课都会介绍的各种国内科研数据处理专用小技巧 首先下载软件 老规矩，conda解决一切依赖 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install...一分钟才一两个M 然后使用aspera加速 which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y
.aspera/..../zouhua/.aspera/config/ # 复制到配置目录cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh /home/zouhua/.aspera.../config/配置enaDataGet如果使用Aspera下载数据，则需要配置aspera_settings.ini文件# step1 配置aspera_settings.inicd /disk/share...指定ascp脚本；2.指定密钥；3.设置下载速度[aspera]ASPERA_BIN = /home/zouhua/.aspera/connect/bin/ascpASPERA_PRIVATE_KEY...使用，参数为-a/--aspera，添加此参数则调用aspera。
如果你的服务器在中国大陆，基本上就放弃prefetch啦，直接aspera即可。但是如果是在海外，就可以尝试比较prefetch和aspera下载速度。...EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件： 比如一个文章的测序数据项目地址是：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB33490 可以使用conda安装aspera...和prefetch 其中prefetch属于 sra-tools，而aspera属于aspera-cli，都是需要先搜索它们拿到官方下载方式，我已经给大家找好了，如下： # wget https://repo.anaconda.com...64.sh # echo $SHELL conda create -y -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli...最后是aspera， id=fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR344/007/ERR3445007/ERR3445007_1.fastq.gz ascp -QT -l
Dr.羊 | Aspera是什么？...image.png #Aspera命令行数据上传操作说明# 2021年7月，CNSA新增了Aspera命令行数据上传方式。...01 安装软件 上传文件之前，您需要先安装Aspera Connect。如果您的电脑尚未安装该软件，请先下载Aspera Connect并安装。...02 获取Aspera账户 如果您第一次使用Aspera，请在CNSA实验/测序批量提交流程页面选择Aspera命令行上传并点击按钮“申请Aspera账户”获取Aspera账户及操作说明。...> [aspera_account]为系统分配的aspera账户名，您可以实验/测序数据的提交流程里获得。
我们通常用wget或curl下载文件，然而由于 NCBI 和 EBI 网站都在国外，有时候下载速度非常慢，如果文件特别大，就可能非常难受甚至是不可能完全的任务了，这时可用 aspera 进行高速下载。...安装 Aspera 首先进入aspera 官方网站，找到「IBM Aspera Connect」，进入下载页面，找到对应的版本与平台，这里以 Linux 平台最新的 3.10.0 版本为例进行介绍。...，运行该脚本，即可完成自动安装 sh ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.sh # 所有安装文件都在~/.aspera/connect目录下...官网：https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?...list Aspera 使用说明 1：https://www.ibm.com/support/pages/downloading-data-ncbi-command-line#usage Aspera
---- 第1选择--Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。...尽量不要用wget或curl下载，速度慢，且有时下载不完全 注意：Aspera>Sratools>ftp ---- 第1选择：Aspera Connect -Aspera connect是IBM的商业化高速文件下载软件...下载直接安装即可，下载链接h Aspera Connect命令行工具-ascp 首先，goto Aspera connect，选择linux版本，复制链接地址（这个需要代理下载） wget http...#解压缩 tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz # install bash aspera-connect-3.7.4.147727...-linux-64.sh # check the .aspera directory cd # go to root directory ls -a # if you could see .aspera
以单细胞下载为例，我选择简单的 ascp 看看： 点开那个 aspera 旁边的问号，得到 -i 参数的 aspera01.openssh 文件以及下载命令： # https://ngdc.cncb.ac.cn.../gsa/browse/CRA002489 ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn.../CRA002489 ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489.../CRA002489 ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489.../CRA002489 ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489
1.数据下载软件 aspera，ubuntu下的下载方式为： wget https://download.asperasoft.com/download/sw/conne ct/3.6.2/aspera-connect...如果用普通的ftp格式进行下载将会异常缓慢，所以我们采用aspera的fasp传输协议进行数据下载。...ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra 然后使用aspera...进行下载： ~/.aspera/connect/bin/ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov...如果需要批量下载数据的话，使用命令： /.aspera/connect/bin/ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --
/connect/bin/ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --overwrite=diff -QTr -l6000m anonftp...下载 ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --overwrite=diff -QTr...-l6000m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:blast/db/FASTA/nr.gz ./ ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/.aspera.../connect/bin/ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --overwrite=diff -QTr -l6000m anonftp...@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:blast/db/nt.{00..75}.tar.gz ./ ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/.aspera/connect/
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