beagle linux - 腾讯云开发者社区

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beagle MONO 应用的desktop search

beagle是linux的desktop search软件，跟winows下的google desktop search类似的东西，它可以搜索各种各样格式的文件，但是目前只是测试版，很多功能还不完善...做了索引入了库，搜索什么东东就能会快的找出来，有个best的东东专门跟用户打交道，他接受用户的query，然后丢给后台的beagle，beagle再从索引库中调出结果，返回给best。...beagle用的是apache项目下的dotLucence，世界上最优秀的开源数据检索引擎lucence的同胞兄弟，是用c#编写的，所以整个 beagle也是拿c#编写的，跑的时候需要mono环境。...因此beagle安装起来是挺烦人，需要安装各种各样的sharp兼容库。一个不全， beagle就发起脾气。...喜欢google desktop search的同志们，如果你用linux，可以试试beagle了。

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使用Beagle进行基因型填充

Beagle是基因型填充常用的软件之一，最新版本为V5.1, 在准确率和运行速度上都有了很大提升，对应的文章链接如下 https://www.cell.com/ajhg/pdfExtended/S0002...-9297(18)30242-8 软件的官网如下 https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html 相比同类软件，该软件有两个显著的优势...可以看到Beagle 5.0版本的运行时间最短。该软件采用java语言进行开发，安装简单，直接下载jar文件即可。...基本用法如下 java \ -jar beagle.24Aug19.3e8.jar \ ref=chr1.1kg.phase3.v5a.b37.bref3 \ map=plink.GRCh38.map.../beagle_5.1_12Aug19.pdf Beagle拥有最快的运行速度和最小的硬件资源消耗，当需要快速进行基因型填充时，该软件是最佳选择。

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您找到你想要的搜索结果了吗？

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评估 beagle 基因型填充的准确率

然后随机把某些样本的部分位点替换成缺失，用beagle做基因型填充，比较填充后和填充前的一致性。...truth.sites文件的内容 image.png 每列的内容位点行样本列基因型基因型填充 time java -Xmx96g -jar \ ~/anaconda3/envs/syri/share/beagle...-5.2_21Apr21.304-0/beagle.jar \ gt=output.snp.vcf \ out=output.snp.impute \ nthreads=48 这个填充我之前印象里运行是非常慢的

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还不会基因型数据填充？来看这一篇！

定相和填充一体：Beagle 「软件地址：」https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html 它是一个java程序，所以在windows...，Linux，Mac都可以执行，需要提前配置好java环境。...「下载：」 https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.22Jul22.46e.jar mv beagle.22Jul22.46e.jar...beagle.jar 3....Beagle5.4常用参数说明文档：https://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle_5.4_18Mar22.pdf 「查看帮助文档：」 $

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平头哥 TH1520 RISC-V BeagleV-Ahead使用Thead-Yocto自定义构建系统最详细版本

pwd=rqm4 文件比较大，文件名称为 yocto-downloads_light-beagle_thead-image-linux.tar.gz 拷贝到虚拟机 ~ 家目录后，使用如下命令进行解压缩...cd ~ tar -xvf yocto-downloads_light-beagle_thead-image-linux.tar.gz 下载 BeagleV-Ahead Thead-Yocto meta...执行 MACHINE=light-beagle bitbake thead-image-linux 即可开始编译。 ...flash root thead-image-linux-light-beagle-最新日期.rootfs.ext4 如下图所示，详细描述了整个编译步骤，需要留意最后烧写的 rootfs.ext4...如下图所示，编辑完成后，继续执行 MACHINE=light-beagle bitbake thead-image-linux -c populate_sdk 编译生成SDK，等待编译完成。

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GWAS和群体遗传学笔记

2.基因型填充使用beagle软件进行，输入输出也都是vcf文件。java软件包，先要有java环境。...软件主页：http://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle.html wget http://faculty.washington.edu/browning.../beagle/beagle.18May20.d20.jar mv beagle.18May20.d20.jar beagle.jar ?...linux估计也是如此。ppt上的步骤已经很详细了，直接截个图了。 ? 4. PCA ? 使用GCTA软件进行的，bioconda直接安装就行了。

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一篇搞定基因型数据填充！

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USB协议分析仪

Figure 2-1 Beagle USB 12 Analyzer 2.2 Beagle USB 480 Analyzer USB 2.0的协议分析仪有2个PHY，支持LS/FS的Fairchild...Figure 2-2 Beagle USB 480 Analyzer 2.3 Beagle USB 5000 v2 analyzer 有2块PCB，下层是模拟PCB，上层是数字PCB，数字PCB上包括...2.4 URLs Review: Total Phase Beagle USB 12 Analyzer https://eleccelerator.com/review-total-phase-beagle-usb...-12-analyzer/ Beagle USB 480 https://www.bunniestudios.com/blog/?...4.1 Bus Hound 4.2 USBPcap USBPcap – USB Packet capture for Windows https://desowin.org/usbpcap/ 5 Linux

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angsrom linux opkg update 失败解决方案

在这篇文章的指导下解决了，Opkg update失败的问题，问题出在开发板的网络DNS配置，开发板可以访问局域网的，但是不能访问互联网，另外angstrom linux 软件源 feeds 地址改变了...historylast edited by Chris 2 years ago opkg is the default software package manager for Angstrom linux...running on the Beagle Embedded starter kit hardware....root@beagleboard:~# ping www.liquidware.com If no internet is live, attach the ethernet cable (Beagle...xM), or connect your ethernet adapter (Beagle C5), and execute the following commands: root@beagleboard

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文献笔记五十四：全基因组关联分析鉴定拟南芥中控制种子大小的调节因子

measurement）种子平铺白纸，扫描，使用imageJ软件进行分析全基因组关联分析表型数据（种子面积）用平均值 SNP数据下载自1001 Genomes Project website BeAGLE...InDel 只保留二等位位点挑选指定的样本基因型填充 java -Xss5m -Xmn25G -Xms50G -Xmx50G -jar ~/mingyan/Bioinformatics_tool/Beagle.../beagle.25Nov19.28d.jar nthreads=4 gt=172sample.recode.vcf out=172sample_out ne=172 遇到了报错 Caused by:...) tableC.to_excel("C.xlsx",index=False) gemma软件下载参考文章使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS) 代码 gemma-0.98.1-linux-static...-bfile clean_snp -gk -o kinship gemma-0.98.1-linux-static -bfile clean_snp -lmm -k .

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SNP2HLA学习笔记

SNP2HLA_package_v1.0.3.tar.gz plink v1.07 http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/dist/plink-1.07-x86_64.zip BEAGlE...v3.04 http://faculty.washington.edu/browning/beagle/recent.versions/beagle_3.0.4_05May09.zip beagle2linkage.jar...http://faculty.washington.edu/browning/beagle_utilities/beagle2linkage.jar 第二个以后的软件放在SNP2HLA_package_v1.0.3.../SNP2HLA这个文件夹里，而且是运行的文件（plink、beagle.jar、linkage2beagle.jar和beagle2linkage.jar）。...当然，beagle依赖java运行环境，也是必须安装的。 2.软件使用我是使用的一个txt格式的数据，首先转换成vcf格式，然后转换成plink兼容格式，有点绕，但是是我找到的两个解决方案之一。

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文献解读|不同基因型填充软件性能的比较

其次可以发现，impute2的填充准确率最高，而shapeit2+impute2和beagle4.1的准确率接近，mach+minimac3的准确率最低。...对于Beagle4.1而言，reference panel的人群和测试人群更接近了，填充准确率反而降低，可能是由于参照单倍型变少的原因。...其中impute2的运行时间最久，beagle4.1的运行时间最短，其次是shapeit2+impute2的组合。...对于不同软件而言，impute2的内存消耗最大，其次是shapeit2+impute2，内存消耗最小的是beagle4.1。 study样本大小对填充准确率和运行时间的影响如下 ?...可以看到，样本多少对于beagle4.1和impute2的准确率几乎没有影响，对shapiet2+impute2则存在显著影响，样本越多，准确率越高。

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【说站】python如何追写内容

dog_breeds.txt', 'a') as a_writer: a_writer.write('\nBeagle') 2、再次检查dog_breeds.txt时，将看到文件的开头没有改变，Beagle...Terrier Cavalier King Charles Spaniel Golden Retriever West Highland White Terrier Boxer Border Terrier Beagle

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openSUSE Linux 10.2 多语言版

全新 GNOME 菜单 "SLAB"GNOME 桌面也包含了来自 SUSE Linux Enterprise Desktop 的最新创意：一个全新的重构菜单。...Kickoff 内置了 Kerry Beagle，一个Beagle搜索工具的 KDE 前端，使得对程序、文档、图标、聊天记录等内容的访问更加快捷。...全新软件管理 YaST 模式选取SUSE Linux 10.1 在软件包管理方面有些问题，主要是整合 ZMD 引起的，10.2 版本中引进了新的软件包管理系统。

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Elasticsearch Query Rule 现已普遍可用

,"good_with_animals":true,"good_with_kids":true}, {"id":"lucy_beagle","breed":"beagle","sex":"Female...","age":7,"name":"Lucy","bio":"Lucy is a friendly beagle who enjoys long walks and is very affectionate...,"good_with_animals":true,"good_with_kids":true}, {"id":"molly_beagle","breed":"beagle","sex":"Female...","age":12,"name":"Molly","bio":"Molly is a sweet beagle who loves to sniff around and is very friendly...然而，由于首选年龄为5，我们将返回成年的狗，Lucy the beagle，作为第5个固定结果。

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Pandas 重置索引深度总结

PM 01/03/2019 04:19:00 PM 2501 Magin Meadow Dr in Austin (TX) Stray Normal Dog Neutered Male 2 years Beagle...PM 01/03/2019 04:19:00 PM 2501 Magin Meadow Dr in Austin (TX) Stray Normal Dog Neutered Male 2 years Beagle...PM 01/03/2019 04:19:00 PM 2501 Magin Meadow Dr in Austin (TX) Stray Normal Dog Neutered Male 2 years Beagle...PM 01/03/2019 04:19:00 PM 2501 Magin Meadow Dr in Austin (TX) Stray Normal Dog Neutered Male 2 years Beagle...PM 01/03/2019 04:19:00 PM 2501 Magin Meadow Dr in Austin (TX) Stray Normal Dog Neutered Male 2 years Beagle

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Android 11(Q)源码编译

build文件夹A make clobber 选择编译目标 lunch arvin@arvin-System-Product-Name:~/aosp$ lunch You're building on Linux...32. arm_krait-eng 33. arm_v7_v8-eng 34. armv8-eng 35. armv8_kryo385-eng 36. beagle_x15...-userdebug 37. beagle_x15_auto-userdebug 38. car_x86_64-userdebug 39. db845c-userdebug

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BeagleBone Black 固件升级

以前以为自己把自己的BeagleBone Black（简称 BBB）板子玩坏了，然后项目上又给了一个 BBB 板子，后来发现上面的 Linux 系统是不全的，连 sudo, apt-get 指令都识别不出来...192.168.7.2/bone101/Support/BoneScript/updates/ 上述界面中有如下说明： While there are many possible ways to boot your Beagle...虽然有多种方式可以引导启动你的 Beagle 电路板，但每个 BeagleBoard 和 BeagleBone 都可以使用 SD（或 microSD 卡）进行启动。...To turn these images into eMMC flasher images, edit the /boot/uEnv.txt file on the Linux partition on...如果要将这些镜像转换为 eMMC 闪存镜像，请编辑 microSD 卡上 Linux 分区上的 /boot/uEnv.txt 文件，并将 ‘cmdline=init=/opt/scripts/tools

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在Windows上玩转MonoLinux

这里有两个为运行于Linux的Mono系统的Live CD。. Monoppix Mono Live 这两个都包含mono 运行环境和工具....Mono Live 分发包中包含一些运行在Mono的程序例如beagle、tomboy. 也包含一些asp.net 程序。所以他们都很大，像Monoppix有200多兆....QEMU适用于Linux ,Windows, FreeBSD and MaxOS X这几个平台，由于QEMU是一套可以在Windows操作系统中仿真出另一套操作系统的仿真软件。...而它可以仿真的操作系统类型也非常多元，包括Linux系列、Mac OS系列、FreeBSD系列、Windows系列等等操作系统通通都没问题。

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如何修复GitKraken Inotify Limit Erroridea erro - 升级Ubuntu Linux inotify限制

来自维基百科： Inotify（inode notify）是一个Linux内核子系统，用于扩展文件系统以注意对文件系统的更改，并将这些更改报告给应用程序。...一个主要用途是在Beagle这样的桌面搜索实用程序中，其功能允许重新编制已更改文件的索引，而无需每隔几分钟扫描文件系统进行更改，这将是非常低效的。...由于GitKraken自动注意到工作区中文件的变化，显然它必须在Linux上使用这个子系统。由于我使用的是Deebin，这适用于我。

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使用Beagle进行基因型填充

评估 beagle 基因型填充的准确率

还不会基因型数据填充？来看这一篇！

平头哥 TH1520 RISC-V BeagleV-Ahead使用Thead-Yocto自定义构建系统最详细版本

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