Plink是我们常用的全基因关联分析工具，具有多种文件格式。许多分析工具都需要Plink的文件格式作为输入文件，今天小编就带大家掌握多种Plink文件格式的转换，解决分析过程中遇到的输入文件问题。
GCTA官网：https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#Download
发现plink2 和plink 差别还是挺大的，没什么plink2 教程，还是用老版。
大家好，我是邓飞，对于动植物育种而言，我之前写过PRS和MAS以及GS的关系，有老师评论说PRS更类似GS，因为它可以利用已有的GWAS信息，直接预测候选群的表型，如果按照动植物的GS方法，几十万几百万的样本做GS显然不现实，而PRS提供了这种思路，就可以利用已有的GWAS结果，通过一些质控，来预测候选群的表现（目标群体的风险得分）。
IDC+BIM，或将带来数据中心新革命。你是选择做这场革命的推动者、追随者，还是旁观者？ 一、什么是BIM 美国国家BIM标准对BIM的定义很清晰： 1.一个设施（建设项目）物理和功能特性的数字表达。 2.一个共享的知识资源。 3.一个分享有关这个设施的信息，为该设施从概念开始的全生命周期的所有决策提供可靠依据的过程。 4.在项目不同阶段不同利益相关方通过在BIM中插入、提取、更新和修改信息以支持和反应其各自职责的协同作业。 圈内人已经非常清楚BIM不是一个软件。在BIM与CAD在差异上，有一个比喻很形
来源：湖南省人民政府 编辑：柯南聊BIM 一、BIM+PM PM是项目管理的英文缩写，是在限定的工期、质量、费用目标内对项目进行综合管理以实现预定目标的管理工作。BIM与PM集成应用，是通过建立BIM应用软件与项目管理系统之间的数据转换接口，充分利用BIM的直观性、可分析性、可共享性及可管理性等特性，为项目管理的各项业务提供准确及时的基础数据与技术分析手段，配合项目管理的流程、统计分析等管理手段，实现数据产生、数据使用、流程审批、动态统计、决策分析的完整管理闭环，以提升项目综合管理能力和管理效率。 BIM与
BIM技术在当代AEC（Architecture, Engineering & Construction）行业有着广泛应用，该技术使得建筑工程在开始建造之前，从设计、施工到后期的维护等环节都在计算机中虚拟模拟一遍。可实现先行设计、提前预测和预先纠错的强大功能，提高了工程建造的精细化程度和建造效率。那BIM技术究竟是什么呢？
IDC+BIM，或将带来数据中心新革命。你是选择做这场革命的推动者、追随者，还是旁观者？ 一、什么是BIM? 美国国家BIM标准对BIM的定义很清晰： 1.一个设施（建设项目）物理和功能特性的数字表达
一、BIM相关介绍 1.1、BIM相关概念 BIM是英文BuildingInformationModeling的缩写，常被译为“建筑信息模型”。是以三维数字技术为基础，集成了建筑工程项目各种相关信息的工程数据模型，是对工程项目设施实体与功能特性的数字化表达。它具有可视化，协调性，模拟性，优化性和可出图性五大特点。 1.2、BIM数据的属性 （1）客观性。BIM是一个完善的信息模型，能够连接建筑项目生命期不同阶段的数据、过程和资源，是对电力工程对象的完整描述，能够真实的反映电力工程中的实际生产力水平。通
随着新一代信息技术的不断发展和应用，以及国家对于“新基建”布局的加速，我国地铁站信息化建设步入快速发展阶段。同时，地铁车站的空间环境也变得复杂多样。反映在地铁空间环境的设计上，各相关系统的设计难度越来越高，传统设计方式已经不足以满足当前的设计需求。
之前学习了Base Data质控过程，下面继续，最近一直没有开启博客写作，十月将过，加紧补点。
plink --vcf snp.vcf --recode --out snp ped和map文件是Plink的基本格式。
在学习OAD例程时，才真正明白CC1350 project0的用处。对一个待增加OAD的工程，需要学习它的操作方法。另外我还结合自己淌过的几个坑，总结了这个操作记录。希望能对一些做CC1310 OAD的朋友们有所帮助。
R语言是昨天安装的R3.6版本（Linux系统安装老版本的R语言，比如R3.6？）。
BOLT-LMM软件包目前由两种主要算法组成，即用于混合模型关联分析的BOLT-LMM算法和用于方差分量分析（即SNP遗传性的分区和遗传相关性的估计）的BOLT-REML算法。
PRSice是当前比较流行的多基因风险评分工具，它主要是用R语言编写的，运行速度快，可以高通量处理大数据。它既有Linux版本，也有Windows版本，由于我们平时研究中使用Linux操作系统比较多，故本次主要以Linux版本为例进行讲解。如果有小伙伴想在Windows操作系统下安装并使用该软件，那么可以在PRSice官网（https://www.prsice.info/）上获取相关教程。
PCL（Point Cloud Library，点云库）是在吸收了前人点云相关研究基础上建立起来的大型跨平台开源 C++ 编程库，它实现了大量点云相关的通用算法和高效数据结构，涉及点云获取、滤波、分割、配准、检索、特征提取、识别、追踪、曲面重建、可视化等；支持多种操作系统平台，可在 Windows、Linux、Android、Mac OS X、部分嵌入式实时系统上运行。如果说 OpenCV 是 2D 信息获取与处理的结晶，那么 PCL 就在 3D 信息获取与处理上具有相同的地位。PCL 是 BSD 授权方式，可以免费进行商业和学术应用。
BIMFACE 是广联达公司旗下的一款具有完全自主知识产权的BIM轻量化引擎，建筑行业的软件开发者可在BIMFACE所提供的基础功能上进行二次开发，为终端用户提供更加丰富、更有价值的BIM应用。
在CC1310空中升级笔记01中，TI员工提到了CC26系列已经有实现的OAD的例程。本文大部分资料参考了《CC2640 Over-the-Air Download User’s Guide.pdf》，就先从这个文档下手，安装了TI协议栈之后就可以看到了。
多基因风险评分（Polygenic Risk Score）分析过程概览。PRS 分析需要两个输入数据集：i）base data（GWAS）：全基因组范围内遗传变异的基因型-表型关联的摘要统计信息（例如 beta，P值） ；ii）target data：目标样本中个体的基因型和表型。基于 base data 得到的 SNP 效应值计算 target data 中样本的 PRS。
你还在头痛如何将BIM相关的 .rvt 文件 转换成ThingJS使用的TJS场景文件格式吗
大家好，我是飞哥，本章节是理论+实操，干货满满，这里我将书中的数据用代码进行了实现，你可以下载相关的数据，用我整理好的代码进行操作，666！
在PCA(Principal Component Analysis)分析中，常用的工具有EIGENSOFT工具的smartpca，GCTA工具的PCA模块和R包中做PCA分析的princomp函数或glPCA功能。EIGENSOFT工具只支持linux系统，从安装到使用都很复杂。GCTA工具支持不同平台（wins/linux/mac）,常用于群体遗传相关分析。在群体遗传中，R包从读取vcf文件、PCA分析到可视化，对内存要求较高。
思路非常简单，只需要下载 dbSNP 的参考文件，根据位置信息从参考文件中获取对应的 rs 编号即可。
近十几年来，全基因组关联研究（Genome-Wide Association Study,GWAS）迅速发展，为探索疾病的发病机制做出了突出贡献，也为精准医学的发展奠定基础。在我们进行GWAS分析时，经常会使用到PLINK软件，对于新手来说可能掌握起来比较困难，所以首先我将和大家分享PLINK文件的基本格式。
从IDLE打开python 输入指令 print（"I love python"）虽然说HelloWord是对编程语言的尊重 需要注意符号都要用英文的输入法来打出来
第一列为FID 第二列为ID 第三列以后为协变量（注意，只能是数字，不能是字符！）
虽然plink2.0已经存在好久了，但是一直用的都是plink1.9，因为语法熟悉。更主要是plink2.0语法变动太大，害怕步子迈得太大了……
JE: jump if equal INT: 是软件中断指令 HLT: interrupt 是让CPU停止动作的指令, 是让CPU进入待机状态 JC: 是“jump ifcarry”的缩写，意思是如果进位标志（carry flag）是1的话，就跳转。 JNC: Jump ifnot carry” JAE: “Jump if above or equal” JBE: jump if below orequal
在我的博客《C#二次开发BIMFACE系列》教程中详细介绍了如何注册BIMFACE、测试、封装服务器端接口并提供了丰富的Demo、视频教程等内容。目前已有70多家建筑公司、高校及个人软件开发者使用了我封装的开源 BIMFACE SDK，期间交流非常多，反馈非常不错。该SDK也在江苏省多个地区的《建设工程施工图数字化审查系统》、《建设工程施工图BIM智能审查系统》中经过多次实战检验，功能全面、性能稳定。从另一方面也说明BIMFACE产品的功能之强大、性能之稳定、服务之完善，是值得信赖的BIM轻量化引擎。
“未来，建筑行业信息化的征途是星辰大海。”在 8 月 10 日广联达推出的 20 周年主题纪录片中出现了似曾相识的一句，星辰大海好像成了各个行业的最终归宿。
Autodesk Revit软件专为建筑信息模型而构建(BIM)。BIM是以从设计、施工到运营的协调、可靠的项目信息为基础而构建的集成流程。通过采用BIM，建筑公司可以在整个流程中使用一致的信息来设计和绘制创新项目，并且还可以通过精确实现建筑外观的可视化来支持更好的沟通，模拟真实性能以便让项目各方了解成本、工期与环境影响。
IFD的全称是International Framework for Dictionaries，中文可以叫“国际字典框架”，和前两者IFC/IDM一样，作为BIM用户，能记住IFD的名字和记住IFD是字典就行了。
Navisworks Manage 2023 是一款全面的建筑信息模型（BIM）协同管理软件，它通过自动化协作、可视化检查等工具，实现建筑工程全流程的协同管理，让建筑工程的设计、施工、运营等各个环节实现无缝衔接。Navisworks Manage 2023 不仅协调了建筑工程中各种不同的数据来源，还提供了大量的可视化工具和交流机制，以帮助用户更轻松地管理复杂的建筑工程项目。
BIMFACE 平台是一个对外开放的平台，建筑行业的相关公司、软件公司或者有 BIM 业务需求的公司都可以注册成为开发者并使用其提供的强大功能。
Revit主要用于进行建筑信息建模，Revit平台是一个设计和记录系统，它支持建筑项目所需的设计、图纸和明细表。建筑信息模型（BIM）可提供您需要使用的有关项目设计、范围、数量和阶段等信息。
BIM（Building Information Modelling）建筑信息模型，xBIM（eXtensible Building Information Modelling）可扩展的建筑信息模型。它是一个.NET 开源软件开发BIM工具包，支持BuildingSmart数据模型（又名工业基础类IFC）
今天介绍一下基因型数据清洗的一般步骤，我们知道很多分析之前，都要做基因型数据清洗，包括：
小前端要足够灵活，大后台则要有足够强的资源整合能力和服务提供能力，这就是未来商业变革的核心。——《商业价值》 阿富汗战争启示 苏军攻占阿富汗动用10 万以上的军队，战争持续10 年难以取胜，而美英联军在阿富汗战争中仅动用123 人特种部队，用时两个月便大获全胜，推翻了塔利班政权。原因不在于其战略战术的高明，而是由于信息技术的巨大进步改变了战争的模式，使战争效率有了革命性的进步。信息技术让战争前端大幅变小，少量的人员装备往前突击，信息和数据迅速反馈到后台，同时由卫星、雷达、红外线感应及各探测数据组成立体信
Oculus正式推出隐私中心功能 近日，Oculus正式推出隐私中心，以适应将于本周五生效的General Data Protection Regulation（通用数据保护条例）。用户借助该功能可
园区指一般由政府（民营企业与政府合作）规划建设的，供水、供电、供气、通讯、道路、仓储及其它配套设施齐全、布局合理且能够满足从事某种特定行业生产和科学实验需要的标准性建筑物或建筑物群体，“包括工业园区、产业园区、物流园区、都市工业园区、科技园区、创意园区等。”
智慧城市是把新一代信息技术充分运用在城市中各行各业基于知识社会下一代创新（创新2.0）的城市信息化高级形态，实现信息化、工业化与城镇化深度融合，有助于缓解“大城市病”，提高城镇化质量，实现精细化和动态管理，并提升城市管理成效和改善市民生活质量。
导语 BIM+IDC从2017年1.0版本,历经一次1.1版本更新，迭代至2020年2.0版本。从基于设备父子关系定位数据中心配电设备故障的根因，到探索全设备拓扑关系及IDC仿真模拟，并最终在2020年实现了基于数据中心全生命周期内各项数据的采集清洗，训练出一套基于大数据分析、专家判断、物理关系搭建的根因分析模型。 历时3年，我们逐步完成了7D-BIM概念的现场落地。基于数据中心系统图、设备属性与告警信息构建BIM数据库；在此基础上构建拓扑结构，实现三级分层（物理层[配电、空调系统]、管控层[告警]、能
Navisworks 2022是由Autodesk公司开发的一款专业的建筑信息模型（BIM）协调工具，它可以在不同的BIM模型之间协调资源、可视化管理和监控整个项目，实现项目的实时协作、查询、分析和共享。它已经成为建筑和工程行业中一款重要的协调和管理工具。
我在stackoverflow中问了一个问题, 获得了答案, 对snakemake的理解也加深了一步.
我已经下载整理好了，下载本书的电子版pdf+数据+代码，链接：书籍及配套代码领取--统计遗传分析导论
因为这里是人的数据，所以染色体只需要去1~22的常染色体，提取它的家系ID和个体ID，后面用于提取。
BM25算法是一种常见用来做相关度打分的公式，思路比较简单，主要就是计算一个query里面所有词和文档的相关度，然后在把分数做累加操作,而每个词的相关度分数主要还是受到tf/idf的影响。
最近，深度学习之父Geoffrey Hinton带领的谷歌大脑团队，提出了一种防御对抗攻击的新方法。
这篇博客，用之前GWAS教程中的示例数据（快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程），把数据分为Base数据和Target数据，通过plink运行二分类的logistic模型进行GWAS分析，然后通过PRSice-2软件，进行PRS分析。最终，选出最优SNP组合，并计算Target的PRS得分，主要结果如下：
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