2009年 7 月,NCBI 发布了 BLAST 升级版——BLAST+,BLAST+使用了 BLAST 的核心算法,延续了 BLAST 的优势功能,发展并增强了如 BLAST 的 fastacmd 程序...BLAST+是一个全新设计的程序,在性能以及易用性上均有了很大提高,清晰的模块化将会极大地提高维护者的效率。NCBI 官方也强烈推荐用户放弃 BLAST,使用 BLAST+工具。...数据库 四、blast 数据库 4.1 NCBI blast 数据库 blast 比对需要建立索引,索引 index,是目录的意思。...ftp 地址:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/ 4.2 blast 数据库下载 #下载 blast nt 数据库 for i in {00..50};do echo...网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 计算资源有限。
一、物种鉴定 当拿到一条未知序列时,可以直接与 ncbi nt 库或者 nr 库进行 blast 比对,鉴定未知序列。...#nt库比对 blastn -db nt -query assembly.fasta -out blast.out -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 12 二、基因功能注释.../;done; #与质粒库进行 blast 比对 blastn -query assembly.fasta -db .....将两个基因集氨基酸序列进行 blast 比对,将比对上的序列 ID 筛选出来。...相比于 blast程序,具有以下特点。
下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具,直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对...BLAST has many subtle functions that most users never need....一、软件安装 使用conda安装 conda install blast 二、blast类型 ? 三、blast的用法 1. 本地BLAST的基本步骤 1....用makeblastdb为BLAST提供数据库 2. 选择blast工具,blastn,blastp 3. 运行工具,有必要的还可以对输出结果进行修饰 2....建立检索所需数据库 BLAST数据库分为两类,核酸数据库和氨基酸数据库,可以用makeblastbd创建。可以用help参数简单看下说明。 ?
之前看论文从全基因组重测序数据中提取叶绿体的reads会使用blast,自己一直在想如何具体实施,原来blast有一款工具专门在做这个事情的 —— Magic-Blast Magic-Blast is...The reference genome or teanscriptome can be given as a Blast database or a Fasta file. it is preferable...to use Blast database for large genomes, such as human, or transcript collections....论文题目、发表期刊及发表时间 Magic-BLAST, an accurate DNA and RNA-seq aligned for long and short reads 好像还没有发表,自己是在.../ 介绍 https://ncbi.github.io/magicblast/ 帮助文档 下载地址 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast
offline use) https://github.com/infspiredBAT/Circoletto 各有优缺点:网页版对上传文件大小有限制,最大文件20M;本地版安装依赖Bioperl,Blast...最简单的用法:直接上传Blast结果,然后点运行就可以(输出结果png或者svg格式可选) 网页版提供一个Blast的输出结果作为例子,下载下来上传运行,结果 ?...自己运行blast,然后上传结果 #构建数据库 makeblastdb -in database.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out database_name
今天有同学问我LULU的第一步blast的问题,我看他用的blast的命令比较奇怪,一问才知他用rBLAST这个包跑的blast。简单看了一下用法mark一下。...mhahsler/rBLAST library(devtools) devtools::install_github("mhahsler/rBLAST") library(rBLAST) ##需要自己下载blast...#寻找本地可用的blast Sys.which("blastn") #如果找不到需要自己设置环境变量 Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"), "path_to_BLAST...file.path(dir, "seqs.fasta"), dbtype = "nucl", args="") #dbtype:"nucl" or "prot" #args:其他参数 ## 加载数据库 bl <- blast
我们做本地中运行BLAST后,往往会得到以文字形式的BLAST结果。如果我们需要查看比对的确切结果,这会给我们带来一定的烦恼。...今天给大家介绍一个网页based的可视化BLAST结果的小工具:Kablammo简介Kablammo可以让你您从Web浏览器创建BLAST结果,并进行交互式可视化。并且你不需要安装任何软件。...实例操作 BLAST的一些基本参数 首先,先介绍一下BLAST结果里面一些名称。Query就是一段你所感兴趣的DNA或者RNA序列,用以搜索的目标序列。(例子,某些生物的基因序列)。...该比对,是经过BLAST的算法后得出的,query至少会有部分序列比对到subjects的序列上。如上图,在query和subjects中,就有两段能够比对上的片段。...可视化BLAST的结果接着就是重头戏,如何进行可视化BLAST的结果。首先,你可以移动鼠标,然后点击到其中一段的比对。
双序列比对工具 常用的双序列比对工具有BLAST、FASTA、diamond等。...BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列,能迅速与公开数据库进行相似性序列比较,BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。...BLAST是免费软件,除了在线比对检索服务,也可以从NCBI文件服务器上下载获得本地版本。...此外,也可以使用任意数据库序列文件通过BLAST提供的格式转换工具由其他格式序列文件转换而得到,如下所示: 软件下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables...BLAST XML2, 15 = Single-file BLAST JSON, 16 = Single-file BLAST XML2, 18 = Organism Report
Blast(basic local alignment search tool) 局部序列比对基本检索工具,是NCBI开发的一款基于序列相似性的数据库搜索程序。...主要的BLAST程序有以下几种: BLAST的在线版https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi可以方便的进行单一的同源性序列搜索,但是不方便进行大批量的数据操作,...接下来小编就要教大家如何建立本地的BLAST数据库。 基于BLAST优秀的算法,BLAST程序可以轻松的在普通的个人电脑中运行。...BLAST程序的官方下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 在网页中我们可以看到很多文件,其中*.md5是效验文件...小编下载的是windows的一个压缩包版本,解压后得到这样一个文件夹: 进去后可以看到目录结构并不复杂,readme文件对BLAST作了一个简要的介绍: bin文件夹通常是主程序的文件夹,我们进去后看到很多
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具,直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对。...## 下载Blast wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64-...linux.tar.gz ## 解压 tar -xvzf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz 在进行序列比对前,我们首先需要构建数据库。
在这里我们来重点看一下 Bio.Blast.NCBIWWW 。 Bio.Blast.NCBIWWW 模块中主要是通过 qblast() 函数来调用 BLAST 的在线版本。...NCBIWWW 实现 在了解 NCBIWWW 的实现前,我们先来看一下 NCBI BLAST 对于 API 使用的一些说明: NCBI BLAST 服务器是共享资源。...NCBI BLAST 优先考虑互动的用户,通过网络浏览器的 NCBI 网页的交互式用户不会遇到以上的问题。 对于 API 的使用准则: 与服务器联系的频率不要超过每 10 秒一次。...所以,总的来说,NCBI BLAST API 的使用准则,加上 NCBI BLAST 对用户请求的任务队列处理,甚至 NCBI BLAST 服务器共享资源的限制,以及总用户请求数,这些都可能成为 NCBIWWW.qblast...() 异常耗时的原因,这其中还不算个人服务器的网络影响。
4.2)blast采用的是什么算法 4.3)和动态规划算法相比,blast 的算法有什么优点? 4.4) blast和FASTA软件算法之间的区别是什么?...4.5) blast核酸比对中默认的word是多少? 4.6)word的大小是如何决定blast的运行速度? 4.7)blast比FSAT软件搜索速度快的原因是什么?...4.8) blast是对什么建立索引的? 4.9)blast建立索引的目的是什么? 4.10)blast比对输出的结果有哪些格式 4.11)在M8格式中共有多少列,每一列代表的是什么意思?...1) 查看 blast.test 文件的前6行 head -6 blast.test 2) 统计blast.test文件中共有多少行,多少列 wc -l blast.test head -1 blast.test...文件 head -500 blast.test > miniblast.text 思考一下,有没有可能不需要新建miniblast.text 文件 5) 删除原文件 blast.test rm blast.test
那么,为什么要做BLAST呢?因为我们要看看自己设计的引物特异性到底怎么样,这直接关系到后期PCR能否顺利进行。 所以,到底该怎么操作和解读BLAST呢?...本文,小编将以“核酸序列BLAST的操作过程和结果解读”为例,做一说明。...---- 1 — BLAST网址 打开浏览器输入以下网址: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 见到以下界面后,顺手点击Nucleotide BLAST...2 — 开始BLAST 点击Nucleotide BLAST,跳转至以下界面: ?...把这些参数都设置好之后,点击Blast。等待一段时间,待页面完全稳定后得到如下结果。 ? 3 — 结果解读 文章开始提到,BLAST结果是以评分的方式呈现。因此解读这些评分是很重要的。
Blast2go本地化教程网上也有不少,但是都是13年之前的,由于最近有这个需求,我也重新收集了下资料,然后整理了下: 主要参考: http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation...GO: 基因本体论注释数据库 这里我们就讲解如何本地化Blast2go完成蛋白序列到GO数据库的注释。...(名字随意),解压上述文件,并将所有文件都放到blast2go目录下,然后cd到blast2go目录下,进行后续操作,文件总共有这几个: b2gdb.sql b2gdb.sql~ gene2accession...TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';" mysql -u root -p password -e "FLUSH PRIVILEGES;"...blast2go blast4it 测试 理论上,上述的步骤都没报错的话,下面的测试肯定没问题的 下载官网的测试例子https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5
Cell BLAST 过去十年的技术进步形成了大规模单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 数据的快速积累。...小编在这里给大家介绍一款单细胞注释工具Cell BLAST。这款细胞查询工具基于神经网络模型,可有效处理批次效应,并提供细胞间相似性的度量。...其文章通过两个实验数据证明Cell BLAST 可进一步用于预测连续细胞的分化潜力和识别新细胞类型。...算法简介 Cell BLAST 使用基于神经网络模型,使用参考单细胞转录组数据,以无监督的方式学习从高维转录组空间到低维空间的非线性映射,并通过以下方式校正参考批次效应。...Searching large-scale scRNA-seq databases via unbiased cell embedding with Cell BLAST.
:PATH, 将对应版本的BLAST提前 在我还是一个普通用户的时候,我用的就是上面的方法进行解决,直到有一天我成为服务器管理员,我决定用过一个更加装13的工具对环境变量进行管理,这个工具你或许也能在一些脚本看到...别在评论区说docker,有些服务器的系统太老,说不定都装不了docker,而且普通用户未必有这个权限。...工具安装和配置 由于Modules本来就是给管理员用于配置服务器环境,因此下面的安装操作都是以Root权限进行。 在安装Modules之前,先确保自己的系统上安装 tcl-devel>=8.4。.../configure && make && make install 相对于安装,配置则是比较麻烦一些,为了保证用户在登录服务器的时候,能够调用module,你得现将module的初始化脚本复制到 /etc...2.7.1" prepend-path PATH /opt/biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin 当一个普通用户登录到服务器之后,他直接用 modulelist
blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便,blast+是将blast模块化,分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库.../blast/executables/blast+/LATEST 得到最新版本的blast+压缩包:ncbi-blast-2.9.0+-x64-win64.tar.gz 对安装包进行解压: [wangh...@master Softbacks]$ tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz [wangh@master Softbacks]$ cd ncbi-blast...-2.9.0+ [wangh@master ncbi-blast-2.9.0+]$ vim ~/.bashrc # 对blast+进行环境配置,进入变量配置环境中后,按i或者o切换到插入(编辑模式下)输入下列路径...# ncbi-blast export PATH=/path/ncbi-blast-2.9.0+/bin/:$PATH #######按Esc键退出编辑环境,再输入 :wq 命令进行写入保存(w)
BLAST是非常经典的比对算法,后来出现的BLAT速度能比BLAST快100倍,但是对于非常相似的序列比对,结果会丢失一部分(>20%)相似性较低的结果。...RAPSearch是用于短蛋白序列相似性比对的工具,速度比BLAST快~20-90倍。但是内存占用比较大。RAPSearch结果丢失的比例<5%。
6138821 cccccc 6 11 10861038 10886821 10 8099058 8011502 cccccc 了解了基本的数据输入格式,那么我们就可以将blast...首先是使用blast比对 构建数据库 makeblastdb -in mt.fasta -dbtype nucl -out mt 比对 blastn -query cp.fasta -db mt -outfmt
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