周一小编为大家分享了一篇circRNA理论知识点的paper（ circRNA在癌症和肿瘤学中的新作用），今天继续分享circRNA研究工具篇：circMine数据库。...circMine是首个旨在系统地整合、分析和可视化特定生理和病理条件下人类circRNA转录组数据的综合数据库。...与其他只提供普通和组织特异性circRNA的基因组学、表达模式、功能和结构注释的数据库相比，circMine可以提供独特的数据和显著的功能，填补一些服务空白。...开发了circRNA IRES预测，以确定实验验证的人类circRNA IRESs； 3）ribo-circRNA定位工具：为鉴定ribo-circRNA并预测其翻译的肽和蛋白的亚细胞定位，开发团队实现了基于...Tools → circRNA 名称转换工具 考虑到circRNA在不同平台使用的命名法不同，开发团队还开发了一个circRNA名称转换工具，能够实现不同平台的circRNA ID的相互转换。
在前两天介绍circBase的时候，我们统计了一下目前circRNA方面相关的数据库。使用最多的前10的数据库的时候。除了circBase之外还有很多是用来预测circRNA功能的数据库。所以今天。...之前的介绍我们提到了这个数据库的基本用法。如果要涉及到circRNA的话。...除了基本的相互作用的预测，这个数据库还可以进行circRNA相关信息的检索以及circRNA引物以及siRNA的设计。可谓是circRNA研究的一体化服务。 在数据库的使用方面。...image.png 在这个数据库当中，我们只需要检测相对应的circRNA，然后就可以获得这个circRNA在肿瘤细胞当中是否表达。...如果要研究一个circRNA。则需要先把circRNA ID转换为基因组位置，然后才能进行预测。 不过这个数据库也有一个好处就是，相比较之前的两个数据库。这个数据库可以直接下载数据库的所有原始数据。
但眼下circRNA研究的一个巨大挑战就是，有关circRNA的可参考信息不多，怎么往下研究也没有目标。为了让大家早日玩转circRNA，小编推荐给大家23个circRNA数据库，祝大家早日成功！...，该数据库从新一代测序技术数据中注释和鉴定circRNA/miRNA/piRNA等及他们的表达模式，该数据库可以查看circRNA/lncRNA/microRNA/mRNA的表达、物种保守性、功能、注释...用户可以直接在circBank数据库的主页中搜索circRNA，通过该数据库可分析环状RNA蛋白编码潜能，查询与circRNA相关的miRNA的信息，发现miRNA-circRNA相互作用，并且可以下载数据...将有关共表达网络、circRNA-miRNA和RBP结合位点的信息结合起来，对circRNA进行全面注释。使用GO和KEGG数据库预测这些circRNA的潜在功能。...该数据库从ENCODE和GEO两个公共数据库中收集人和小鼠不同组织的转录组测序数据然后利用find_circ，CIRI，circRNA_finder来识别其中的环状RNA 19.
之前在介绍[[circRNA相互作用预测]]数据库的时候，我们提到了一个 CSCD 的数据库。...在这个数据库当中，我们可以预测正常组织或者癌当中特异性的 circRNA 以及这个 circRNA 相互作用的 miRNA和RBP。...在 2.0 版本当中，作者从 ENCODE 和 SRA 数据库中收集了来自组织或细胞系的 1113 个样本的 RNA-Seq 数据集，包括 ==472 个癌组织样本、353 个正常组织样本、91 个癌细胞系样本和...功能方面的话，和之前版本没有多大的区别，主要也是用来预测 circRNA 和 miRNA/RBP 的相互作用。但是在数据查询方面的， 1.0的版本只提供了基于 circRNA 的查询。
前些天生信技能树系统性的总结了circRNA的相关背景知识： 首先了解一下circRNA背景知识 circRNA芯片分析的一般流程 circRNA-seq分析的一般流程 ceRNA-芯片分析的一般流程...第一个ID转换的芯片的探针到circRNA的6位数ID，然后第二次转换是到 CircBase数据库的七位数ID。...01 六位数字circRNA_ID： Agilent公司circRNA芯片 我们查阅GEO数据库发现，目前经常使用的人类circRNA芯片主要有以下几种： GPL21825：074301 Arraystar...02 七位数字circRNA_ID： CircBase数据库 采用阿拉伯数字形式进行编码命名，如：hsa_circ_0000001（七位阿拉伯数字） circBase数据库提供六位/七位circRNA_ID...hsa_circ_0000003 hsa_circ_002058 hsa_circ_0000004 hsa_circ_002098 03 Host gene+三位阿拉伯数字： Circbank数据库
前面我们系统性的总结了circRNA的相关背景知识： 但都是基于大量细胞的，而我们是单细胞天地平台，有必要也系统性探索一下单细胞circRNA技术的进展。...single-cell universal poly(A)-independent RNA sequencing (SUPeR-seq) 谷歌能搜索到的单细胞circRNA技术最早应该是Published...是北京大学光学中心黄岩宜教授的团队出品，因为circRNA技术领域本身没有RNA本身应用广泛，所以这个SUPeR-seq技术到现在（2020-01-05 ），也就150多个引用而已。 ?...单细胞水平评价circRNA检测软件性能 我提到过2015年12月10日发表在《Nucleic Acid Research》 的 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/...研究者还测试了 GSE53386 数据集(7 single HEK293T cells,)里面的单细胞circRNA检测情况，同样的是4个软件的比较。
前面给大家介绍了 ☛circRNA的形成、功能、与癌症的关联 ☛circRNA研究综述+研究工具推荐 ☛【收藏】23个circRNA数据库网址 我们知道很多circRNA其实是由exon构成的...事实上，也已经有文献报道过 ☛circRNA可翻译成蛋白质 那么除了直接检测circRNA的蛋白产物，我们能否大规模的预测circRNA的编码蛋白的能力呢？答案是肯定的。...目前已经有很多用于预测circRNA编码能力的生物信息学工具。 下图总结了预测circRNA编码能力的一些生物信息学工具。...IRESite是一个数据库，可用于检查细胞内部核糖体进入位点。...☛IRESite(内部核糖体进入位点)预测工具介绍 CircInteractome数据库允许通过IRES序列研究潜在的circRNA翻译。
从该示意图可以看出，同一个pre-mRNA可以产生多个circRNA异构体，根据包含的exon和intro的个数，分成了以下四类 single exon circRNA multi-exon circRNA...exon-intron circRNA intronic circRNA 产生circRNA的基因通常称之为host gene, 也叫来源基因。...分子头尾相接的部分称之为连接点breakpoint, 上述检测circRNA的软件本质上都是去识别覆盖到连接点两侧的reads， 然然用检测到的reads数目来作为circRNA的表达量。...在最初的研究中,circRNA被划分为ncRNA的一种,更多的探索其在生命活动中的调控作用,比如研究疾病相关的circRNA等，另外circRNA还可以作为miRNA sponge与miRNA结合,从而通过...从生物信息的角度, 就是通过CPAT, IRESfinder等软件去分析circRNA的编码潜能。 在后续文章中，会详细介绍相关软件和数据库的用法。
今天就发现了我们技能树的老朋友们自发组队（TCCIA team）做了个网页工具，数据库资源，值得推广一下： CircRNA是一种形成闭环结构的RNA类型，已被证明在调节基因表达方面发挥重要作用。...我们很高兴地向大家介绍TCCIA（The Cancer CircRNA Immunome Atlas），它是一个广泛且用户友好的数据库，用于研究接受针对CTLA4，PD-1或PDL-1等靶点的免疫治疗的...18个临床队列中的circRNA表达和分析。...该数据库包括3700多个癌症样本，来自5种不同类型的癌症患者，这些患者单独或与化疗、靶向治疗以及其他免疫治疗药物联合使用免疫检查点抑制剂（ICI）进行治疗。...我们旨在提供一个有用且好用的CircRNA在线研究平台，希望CircRNA领域的研究者能从中获益。
完全是一个意外啊，是一个粉丝问我ceRNA调控的问题，文章标题是：《Comprehensive circular RNA profiling reveals the regulatory role of the circRNA...The circRNA microarray process was performed by KangChen Biotech, Inc. (Shanghai, China)....前面我们在生信技能树已经系统性的总结了circRNA的相关背景知识： 首先了解一下circRNA背景知识 circRNA芯片分析的一般流程 circRNA-seq分析的一般流程 ceRNA-芯片分析的一般流程...circRNA_ID转化 而且差异分析呢，可以看到我五年前的教程，推文在： 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够 GSEA分析一文就够
环状RNA（circRNA）是一类相对较新的具有调控作用的RNA，虽然数量比较丰富，但探索开始时间较晚。有成千上万的基因能够产生circRNA，但是其中绝大多数circRNA的功能还有待确定。...关于circRNA的功能，探讨最多的就是对其它基因表达调控因子的“海绵”作用，尤其是可以直接结合并调控基因表达的miRNA，所谓“海绵”作用，就是circRNA可以结合miRNA，从而影响miRNA对基因表达的调控...虽然通常情况下，circRNA的表达丰度低于其对应线性RNA，但它们通常以组织和发育阶段特异性的方式表达，并且circRNA由于具有共价的闭环结构，对RNA酶活性具有显著的抗性，因此有望成为癌症和其它疾病的新型生物标志物...今天小编给大家推荐的这篇前沿综述中，作者综合讨论了circRNA的形成、功能以及其与癌症的关联的研究进展，整理了circRNA作为癌症生物标志物的研究，并探讨了其在临床应用中可能面临的挑战。...circRNA的形成途径示意图： ? circRNA调控基因表达的机制示意图： ? circRNA作为癌症标志物的研究（部分）： ?
CircRNA是一种形成闭环结构的RNA类型，已被证明在调节基因表达方面发挥重要作用。然而，CircRNA在免疫治疗中的作用和标志物潜能仍未被充分研究。...我们很高兴地向大家介绍TCCIA（The Cancer CircRNA Immunome Atlas），它是一个广泛且用户友好的数据库，用于研究接受针对CTLA4，PD-1或PDL-1等靶点的免疫治疗的...该数据库包括3700多个癌症样本，来自5种不同类型的癌症患者，这些患者单独或与化疗、靶向治疗以及其他免疫治疗药物联合使用免疫检查点抑制剂（ICI）进行治疗。...我们旨在提供一个有用且好用的CircRNA在线研究平台，希望CircRNA领域的研究者能从中获益。...(In Preparation) 4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？
前面给大家详细的介绍过ENCORI这个数据库，相信很多小伙伴也已经使用过这个工具了 ☞RNA相互作用神器——ENCORI ☞starbase（ENCORI）数据库介绍（一） ☞R批量预测...miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇 ☞零代码生存曲线—ENCORI篇 ☞miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测 最近有小伙伴反映，使用这个数据库预测的miRNA-circRNA...调控关系的结果中geneName这一列有些显示的是标准的circRNA的ID号，但是大多数显示的都是基因名字。...怎么样才能让这一列全部显示circRNA的ID号呢？...但是这里又有一个问题，一个miRNA可以同时靶向多个circRNA，所以有些行里面会出现多个circRNA ID，用逗号隔开。这种格式是没办法直接作为cytoscape的输入文件的。
（PS：如果你有这两个数据库的介绍心得需要分享，欢迎投稿到我们生信技能树哈）我这里摘抄 doi：10.3969/j.issn.1004-5619.2018.01.014 文献里面的关于circRNA 常用数据库主要介绍...该数据库能够鉴定RNA测序结果中目前已知的circRNA，可以通过互联网免费访问网站数据库，但该数据库更新不够及时，所收录的基因种属种类不够多、组织来源不够全面。...（2）Circ2Traits[21]（http://gyanxet-beta.com/circdb），是一个收集与疾病或性状相关的circRNA数据库。...该数据库识别与miRNA相关的疾病和circRNA的相互作用，然后计算circRNA与疾病相关的可能性。...针对特定疾病，该数据库可以构建预测的miRNA与蛋白编码基因、非编码基因以及circRNA基因的相互作用的网络图。
然后看看circRNA的host gene circRNA虽然只有ID，但是它是有host gene的，这样的话，也就是以host gene作为媒介，从而进行数据库注释啦。...收集整理好的circRNA相关数据库 Circbase （http://cirbase.org/） 这个数据库收集了几千条在真核细胞表达的 circRNAs,是个公共 circRNA 数据集， 有相应...circRNA， 是一个完整的人类环状 RNA 分子数据库， 每条记录包含详细的基因组信息、 RNA 编辑情况、 IRES 序列元件、 预测的 ORF 等信息， 可以作为大规模研究人类 circRNA.../CSCD/) 这个数据库是由武大何春江教授发布一个全新的肿瘤特异性 circRNA 数据库。...circRNADisease http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/ 这个数据库是由武大何春江教授发布一个全新的肿瘤特异性 circRNA 数据库。
根据circRNA分析软件benchmark文献推荐，KNIFE准确度最高，circRNA分析优先推荐使用KNIFE工具。
circRNA_finder是一款环状RNA预测软件，在对果蝇的研究中采用该软件进行了环状RNA的预测，该软件的源代码托管在github上，网址如下 https://github.com/orzechoj.../circRNA_finder 软件的安装比较简便，直接下载解压就可以了，需要注意的是，该软件依赖以下几个软件 perl awk STAR samtools 其中samtools的版本必须是低于1.0...运行circRNA_finder 第二步就是预测环状RNA,代码如下 perl \ postProcessStarAlignment.pl \ --starDir star_out_dir \ --minLen
前面我们已经介绍过circRNA的基础概念: 首先了解一下circRNA背景知识，背景知识，以及 circRNA芯片分析的一般流程，但是跟mRNA一样，不仅仅是芯片可以检测，也是可以使用NGS技术，就是...首先看circRNA的注释分类 前面我们提到过，circRNA的注释很丰富了，CircRNA检测的基本原理是去识别反向剪切的位点(backsplice)，最主要的circRNA类型是外显子来源的，当然，...其实本研究还统计了circRNA在不同染色体的数量，还有其它数据库收录与否等等 表达矩阵的标准的差异分析 其实circRNA-seq和circRNA-array最后都是得到表达矩阵，然后就是走标准分析流程...，火山图，热图，GO/KEGG数据库注释等等。...感兴趣可以细读表达芯片的公共数据库挖掘系列推文 ； 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够 GSEA分析一文就够（单机版+R语言版
差异分析相信大家都不陌生了，基本上看我六年前的表达芯片的公共数据库挖掘系列推文即可； 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够 解读SRA数据库规律一文就够 从GEO数据库下载得到表达矩阵 一文就够 GSEA...主要是针对 差异的 circRNAs 的host基因进行功能注释，和各种调控关系的数据库查询而已，既然是差异分析，同样的火山图和热图而已！ ?...而且在他的影响下，我也系统性的总结了circRNA的相关背景知识： 首先了解一下circRNA背景知识 circRNA芯片分析的一般流程 circRNA-seq分析的一般流程 ceRNA-芯片分析的一般流程...使用手册 miRNA海绵研究，一文就够了 circAtlas：circRNA数据库大家族又添新丁 综述笔记-circRNA在心血管 MapSplice3使用手册 circRNA能够激活PKR参与天然免疫过程...文献笔记 circRNA实验设计优化方案笔记
前面我们在生信技能树已经系统性的总结了circRNA的相关背景知识： 首先了解一下circRNA背景知识 circRNA芯片分析的一般流程 circRNA-seq分析的一般流程 ceRNA-芯片分析的一般流程...通常呢，我们需要把这样的探针ID转换为circRNA的基因名字，虽然说circRNA基因名字也有两种： 首先看看 探针ID 和 circRNA 的6位数代号基因名字的转换： > tail(head(b,...其实你查阅GEO数据库就可以发现，目前经常使用的人类circRNA芯片主要有以下几种： GPL21825：074301 Arraystar Human CircRNA microarray V2 GPL19978...我们需要circRNA的基因名字就是想对它进行功能注释，但是很多生物学功能数据库，并没有对6位数代号基因名字的注释，还需要再转换为7位数的数字基因名字，需要读入如下所示的文件： > e=read.table...这样的7位数的数字基因名字就可以去各大数据库查询其生物学功能啦。
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