在先前的内容里:[[66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本(柱状图加计数)]],我们提到过添加文本的方法。但是,对于散点图来说,我们需要找到的是一个坐标,而这个坐标,最好可以反映位置散点的中心或附近区域,对这个坐标进行标识。
前面几节学了基本作图和美学映射,虽然有现成的代码,但是对于初学者,可能还是会经常碰到一些报错,这些其实是正常的,即使很熟练了也一样会遇到报错,区别是能否快速找到并解决问题,下面列几个常见的报错类型。
总结了一下 R 语言中常用的一些操作与函数使用,抛砖引玉,分享一下给大家,如有错误的地方欢迎留言指正。
如果说R语言学习者会有的书,大概率会有这一本。本书可以说是R语言学习者和使用者的一个分水岭,在此之前是各种copy调试,在此之后开始用R做一些自己的事情。其实这样的书可以罗列出好几本:
使用R语言查询单细胞转录组这个关键词在2010-2019年的文章数量! 如果没有,或者还没来得及动手,那么今天这个R包也可以尝试一下:
继续上回的内容[[108-R可视化32-通过seurat包中的LabelClusters学习ggplot之一]]。
A variable is a quantity, quality, or property that you can measure.
虽然ggplot2 和它的朋友们[[xx-R可视化30-ggplot又一拓展包之ggforce]], [[xx-R可视化xx-用ggalt体验ggplot新版DLC(拓展)]] 给我们提供了大量绘图的选项。比如通过操纵 geom_** 和stat_** 函数。
上一节介绍了跟练所需的软件,R包和数据,这节开始跟练书中的第一块内容:数据可视化。
在R升级到4.0+后,clusterProfiler的cnetplot会报如下的rescale错误,这个现象以及解决方法在以前的推文:R tips:debug并修复一个ggplot2绘图错误的例子中曾经说过。现在再提到一次,主要是对这个现象进一步的进行深入探讨,并给出一个更加优雅的解决办法。
没有特别系统的学习 tidy evaluation 这方面的高级操作,最近有空准备补一补,学习下这方面的知识。
最近将使用的R版本升级到4.0+之后,遇到了一个以前从未遇到的报错,报错信息如下所示:
本周《复仇者联盟4:终局之战》在国内上映了,同时也创造了国内进口片新的票房纪录:4天累计票房突破22亿元,成为中国内地最快破20亿元的影片。
颜色来源于链接 https://usteamcolors.com/nba-colors/
本文主要分为两部分:Python爬取赶集网北京二手房数据,R对爬取的二手房房价做线性回归分析,适合刚刚接触Python&R的同学们学习参考。
Python现在非常火,语法简单而且功能强大,很多同学都想学Python!所以小的给各位看官们准备了高价值Python学习视频教程及相关电子版书籍,欢迎前来领取!
颜色-color;大小-size;形状-shape;透明度-alpha;填充颜色-fill
ClonEvol: clonal ordering and visualization in cancer sequencing文献里面CloneEvol包里面boxplot.r函数
在实际使用中,ggplot中使用的图层是以geom或者stat开头的函数创建的,但是如果查看一下这些图层函数的具体内容可以发现他们都是在封装一个layer函数。
自己没有想法如何实现,搜索引擎搜索关键词 ggplot2 polar and then add straight lines找到参考链接
接触过Python的朋友肯定对模块很熟悉,R的代码组织方式以包为主。但基于文件的模块形式也是可以实现的,modules[1] 包提供了这种支持。
---title: "class6.1"author: "xiaowang"date: "2023-04-18"output: html_document---R语言作图与绘图相关的R包的安装options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))#R包的安装if(!require(ggplot2))install.packages('ggplot2',update = F,ask = F)if(!require(ggpubr)
详细内容可见小洁老师的前期推文https://mp.weixin.qq.com/s/p7LLLvzR5LPgHhuRGhYQBQ
ggplot2是《The Grammar of Graphics》/《图形的语法》中提出了一套图形语法,将图形元素抽象成可以自由组合的要素,类似Photoshop中的图层累加,ggplot2将指定的元素/映射关系逐层叠加,最终形成所图形。更加深入学习ggplot2,请参考《ggplot2: 数据分析与图形艺术》。
在先前的内容中[[101-R可视化29-底层绘图系统grid学习之使用grid作图]],我们说过,如果可以结合grid 与ggplot 绘图就好了:一方面,通过ggplot 绘图的高级语法,可以省去许多绘图中复杂的代码设置;另一方面,通过grid 底层的调用,我们也可以实现更加灵活的图层设置。
主体的布局使用Bootstrapgrid layout system(Bootstrap网格系统),可以将主体划分为12个列宽相等的区域以及任意可变高度的行。主体布局有3种布局:基于行的布局(Row_based Layout)、基于列的布局(column_based Layout)以及混合布局(Mixed row and column layout),使用fluidRow()函数和column()函数创建3种类型的布局。
.all_aesthetics <- c("adj", "alpha", "angle", "bg", "cex", "col", "color", "colour", "fg", "fill", "group", "hjust", "label", "linetype", "lower", "lty", "lwd", "max", "middle", "min", "pch", "radius", "sample", "shape","size", "srt",
这里使用ToothGrowth 数据集。它描述了维他命C对Guinea猪牙齿的生长影响。包含了三种不同的剂量(Vitamin C (0.5, 1, and 2 mg))和相应的两种不同使用方法( [orange juice (OJ) or ascorbic acid (VC)])。
ggplot2绘制面积图 ggplot2绘制面积图的代码格式: ggplot(sunspotyear, aes(x,y))+ geom_area() 绘制面积图,文件格式如下: #draw sim
读取数据常见错误: 在读取数据过程中可能遇到以下问题,参照上一篇博客: 可能遇到报错: 1、Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop(“size cannot be NA nor exceed 65536”) : missing value where TRUE/FALSE needed 没有处理数据转化距离。 2、Error in hclust(dist(test)) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg
par(mfrow=c(2,2)),可以理解将绘图区域分割为2x2的矩阵区域,另可参照《R语言实战》3.5图形的组合
实际上,但凡学过一点点R语言的,都知道如何下载这样的R语言源代码压缩包文件来进行安装。实际上,这个包的 的官方说明书也写的很清楚:http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies/
之前我们已经说过一些拼图的知识了:[[88-R可视化20-R的几种基于ggplot的拼图解决方案]] [[89-R可视化21-利用aplot拼图实现类似热图注释柱效果]] [[119-R可视化37-利用循环实现ggplot批量作图并拼图]]
本教程介绍如何使用R软件和ggplot2包创建带有误差棒的图形。 可以使用以下函数创建不同类型的错误栏:
https://www.nature.com/articles/s41559-023-02253-z
对于dot、scatter、stripchart,这三个图,有啥区别,我也看不懂,也没有相关的资料,后续用到再说吧
作者,追风少年i~国庆前的最后一弹,分享一个简单的内容,空间轨迹向量场。其中关于空间轨迹,我也写了很多,文章放在下面,供大家参考时空轨迹分析导论空间转录组之空间基因和细胞轨迹单细胞个性化分析之轨迹分析篇图片首先我们来解读以下这个图片,这个地方类似于基因、细胞类型或者通路的区域转换(细胞迁移)。为了探索代谢改变区域中迁移基因表达特征的富集,确定了特定基因表达特征的低富集和高富集之间的定向梯度的空间方向。 简化后,每个点的方向向量是基于其局部邻域中所研究的基因表达特征的分级富集。这些向量场计算使我们能够近似
ECDF:Empirical cumulative distribution function,用于描述数据的分布,横坐标为指标,纵坐标为累计概率
1 Run GGally help document library(GGally) library(ggplot2) # small function to display plots only if it's interactive p_ <- GGally::print_if_interactive ## Quick example, with and without colour data(flea) ggpairs(flea, columns = 2:4) pm <- ggpairs(flea,
《复仇者联盟4》终于上映,这部汇集了10年回忆打造的电影,据看过的小伙伴们表示:3小时剧情,毫无尿点,全程都是经典回忆。
Suzy Moat and Tobias Preis Data Science Lab, Behavioural Science, Warwick Business School, The University of Warwick http://www.wbs.ac.uk/about/person/suzy-moat/ http://www.wbs.ac.uk/about/person/tobias-p
做柱形图填充用到的函数是geom_col_pattern(),填充的内容有4个,分别是 'stripe' (default), 'crosshatch', 'point', 'circle'
本文将给大家介绍一个ggplot2灰常牛X的可视化扩展包,我将该包主页的包用法介绍整理成中文,分享给大家。 包名叫geofacet,有经验的charter大概能猜出来个大概,没错该包是关于可视化数据中的地理信息,以及维度分面。 作者命名非常讲究,将该包的两个主要核心功能进行组合命名。 地理信息可视化分面,这么吊的包你肯定是第一次看到吧(其实之前介绍过一些地图上的mini 柱形图、饼图等都算这一类),但是这里的分面功能做的更加彻底,作者还是遵循惯例,将这种基于地理信息分面的可视化功能对接了ggplot2,并
本文介绍了新版Seurat在数据可视化方面的新功能。主要是进一步加强与ggplot2语法的兼容性,支持交互操作。
英国广播公司(British Broadcasting Corporation;BBC)是全球最大的新闻媒体,其中各类新闻稿件采用的统计图表能很好地传达信息。为了方便清洗可重复数据和绘制图表,BBC数据团队用R对数据进行处理和可视化,经年累月下于去年整理绘图经验并开发了R包-bbplot,帮助我们画出和BBC新闻中一样好看的图形。
当有了聚类结果(cluster)或注释结果(celltype)后就可以 找不同cluster/celltype间,不同样本间 或者 不同分组间的差异,为后面的 机制探索 或者 样本间/组间异质性研究 提供一些帮助。
作图baseggplot2 ★ggpubr拼图par里的mfrowgrid.arrange cowplotcustomLayoutpatchwork ★导出经典三段论ggsave ★(属于ggplot2,可以存储)eoffice (可以导出为ppt)ggplot2语法入门级绘图模板ggplot(data=<DATA>)+ <GEOM_FUNCTION>(mapping=aes(<MAPPINGS>)) #ggplot() 括号里面是数据 例如 ggplot(data=iris)+ geom_po
因为三个图的图例是一样的,我们完全可以只显示一个图例就够了。这里拼图使用的函数是ggpubr这个包里的ggarrange()函数,这个函数里有一个参数是common.legend,默认好像是FALSE,我们直接设置成TRUE就好了,代码如下
早上听完讲座才想起来,今天 520 了。那这样吧,小编给做了个小小的惊喜给读者们,年轻的盆友可以用这“小玩意”给自己心仪的对象表白了。
http://www.espn.com/nba/salaries/_/year/2020
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