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1
回答
系统发育分析软件(BAMM)错误消息告诉我,我的系统发育具有非正分支长度。我对此进行了更改,但错误仍然存在
我的系统
发展史
来自一份出版物,是BEAST的共识树,众所周知,BEAST引入了非正分支长度。我已经检查了"-“和"0”的系统
发展史
,它应该揭示非正的分支长度,并发现了一个零长度的分支,我将其更改为0.0000001。然而,这似乎并没有解决我的问题。是否有一个功能来检查给定的系统
发展史
,例如检查这样的分支长度并改变它们,检查单例,等等。树是完全分叉的,所以我不需要再次检查。
浏览 76
提问于2019-11-15
得票数 0
3
回答
{0}、{1}等是如何成为格式化字符串的标准的?
、
、
在
发展史
上对此很好奇...带有数组索引的方括号({0}、{1}等)是如何成为字符串格式的标准的? 有什么特别的意义吗,或者是80年代有人在半空中挑出的东西?
浏览 1
提问于2010-10-14
得票数 4
1
回答
在phytools中使用plotBranchbyTrait()时,'use.edge.length = FALSE‘似乎不起作用
、
、
、
我正在尝试创建一个系统
发展史
,其中我编码的分支长度是用颜色而不是长度表示的。所以我希望分支长度相等。
浏览 2
提问于2018-06-22
得票数 2
1
回答
多个热解树(multiPhylo对象)上的R-运行函数
、
、
我想在存储为multiPhylo对象的多个系统
发展史
中运行相同的函数。 例如,假设我有1,000棵树的multiPhylo,我想对每棵树的边/分支长度求和。
浏览 23
提问于2018-01-04
得票数 1
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1
回答
在github“合并拉请求”操作之后,所有提交都从特性分支提交,并在开发分支上出现新的合并提交。
、
、
Develop |- Commit 2 |- Merged pull request #1 from user/branch/name 2&3在
发展史
上出现的原因
浏览 0
提问于2020-01-13
得票数 0
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1
回答
系统发育节点的顺序
、
、
我正在使用语言
发展史
在R中绘制一些情节。我想在系统发育图的末端节点之后画一排方块,并给它们着色,以表示一些变量。 我已经创建了方块,但是我在按正确的顺序给它们着色时遇到了问题。
浏览 0
提问于2014-10-23
得票数 1
1
回答
在R中改变系统树中的尖端标签
、
我有一个csv文件,其中包含数百个物种的物种名称,顺序与它们在我的系统
发展史
中的$tip.labels中出现的顺序相同。
浏览 25
提问于2019-08-19
得票数 1
1
回答
上海合作组织Unix操作系统名称“OpenServer”的由来
、
、
、
、
我正在浏览维基百科上的Unix和类Unix系统的
发展史
,其中一个操作系统的名字对我来说很突出: OpenServer。
浏览 0
提问于2013-05-07
得票数 4
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2
回答
将shell脚本的输出组织到文本文件中的表中
、
、
、
、
我正在使用一个unix shell脚本,它可以构建基因组,然后创建一个系统
发展史
。根据您使用的基因组组装器,最终输出(系统发生图)可能会发生变化。我希望比较使用不同基因组组装器的效果。
浏览 3
提问于2015-02-26
得票数 3
5
回答
你如何在TDD中组织你的单元测试?
、
特别是,它们的结构倾向于概括发展过程的
发展史
。有时,我认为自己在用代码中的懒惰来换取测试中的懒惰。 这是一个多大的问题?谁在这里不断地重构和重组他们的单元测试,试图改善他们的整体结构?
浏览 0
提问于2008-09-30
得票数 25
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1
回答
用于获取和/或操作R中关于另一个变量的多个值的系统发生图的循环
我需要为每个列值提取或修剪系统
发展史
(从系统学中),然后计算索引列的每个值的系统发育距离。我的数据集中有许多索引值,因此手动执行此操作是不切实际的。
浏览 19
提问于2019-11-08
得票数 0
2
回答
用于系统发育树的For循环
、
、
我正在使用一个名为RAxML的系统发育软件,并且我使用wnat为每个phylip文件构建单个树。对于包含三个phylip文件的目录,我执行了以下操作 Ortho1.phy Ortho6.Phy Ortho6.Phy 但是这总是给我一个错误,告诉我$ symbol是不允许的。 raxmlH
浏览 3
提问于2017-02-18
得票数 0
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3
回答
将系统发育树转换为数据帧
、
、
我正在寻找一种在R中将系统发生树(Newick格式或类"phylo")转换为数据帧的方法。我们的目标是获得一个很好的概述,哪些提示从树的每个节点下降。有没有人有这个问题的经验?#for a random tree x> x Phylogenetic tree
浏览 2
提问于2019-07-15
得票数 2
1
回答
用caper读取r中newick格式的系统发育
、
我有一个newick格式的猫家族的
发展史
,当我试图在文件中阅读时,我会得到以下错误: phy<-read.tree("phylogeny.txt")在if (sum(obj[i]$edge,1 ==
浏览 5
提问于2016-02-25
得票数 0
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1
回答
随机超度量树
、
、
我在python上实现了一个生成随机二叉树的程序。所以现在我想给树的每个内部节点分配一个距离,使其成为超距离。然后,根和任何叶子之间的距离必须相同。如果节点是叶,则距离为空。下面是一个节点: def __init__(self, G = None , D = None) : self.distG = 0 self.G = G self.parent = None 我的想
浏览 0
提问于2018-12-16
得票数 2
1
回答
从绝对分支长度系统
发展史
计算0到1之间的距离矩阵
、
、
我有一个以百万年为单位的绝对分支长度的系统发育树。如何计算值介于0和1之间的距离矩阵?
浏览 0
提问于2013-07-12
得票数 0
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1
回答
Hadoop FileUtil.copy签名
、
在Hadoop2.2.0( Hadoop )中,我看到了FileUtil.copy的以下签名和文档 public static boolean copy(FileSystem srcFS, Path src, boolean deleteSource, Configuration conf
浏览 1
提问于2017-06-23
得票数 1
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2
回答
需要一些关于WSDL名称空间实践的建议来应对公司名称的变化吗?
、
、
、
作为一个在过去几年中至少三次更改名称(以及域名)的公司的员工,使用com.company.product.function等命名空间来命名我们的java代码的做法意味着频繁的重构(或者只是生活在看起来奇怪的java命名空间中)。对我们的服务的命名空间有什么建议?
浏览 1
提问于2011-09-22
得票数 1
1
回答
在r个闪亮模块中使用反应值
、
、
、
$treeDisplay <- renderPlot({ }) shinyApp(ui, server) 根据bretauv的建议,这里是读取系统
发展史
并绘制系统发展图的代码
浏览 24
提问于2020-02-01
得票数 1
3
回答
jquery:厌倦了
css
().
css
().
css
()
、
、
、
、
我真的厌倦了这样的语法:.
css
('border','1px solid #00AFFF').
css
('margin','-1px 0px 0px -1px')我想知道是否有任何方法可以在一个函数中传递所有
浏览 2
提问于2012-05-25
得票数 10
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