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cytoscape网络重复边的问题

Cytoscape是一款用于可视化和分析网络数据的开源软件。它提供了丰富的功能和工具，可以帮助用户更好地理解和研究复杂的网络结构。

网络重复边问题是指在网络中存在多条连接同一对节点的边的情况。这种情况可能会导致网络分析和可视化结果的不准确性，因为重复边可能会引入冗余信息或干扰分析结果。

为了解决网络重复边问题，可以采取以下几种方法：

数据清洗：在进行网络分析之前，可以对网络数据进行清洗，删除重复边。这可以通过编程语言（如Python）和网络分析库（如NetworkX）来实现。具体步骤包括遍历网络中的每条边，检查是否存在重复边，并将其删除。
数据合并：如果重复边包含有用的信息，可以将其合并为一条边。例如，可以计算重复边的权重或属性的平均值，并将其作为合并后的边的属性。这样可以保留重复边的信息，同时减少网络中的冗余。
可视化处理：在使用Cytoscape进行网络可视化时，可以通过调整布局算法或样式设置来处理重复边。例如，可以使用不同的边线类型或颜色来区分重复边，或者使用布局算法来避免重复边的重叠。

总结起来，解决cytoscape网络重复边问题的方法包括数据清洗、数据合并和可视化处理。通过这些方法，可以提高网络分析和可视化的准确性和可读性。

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network3D 交互式网络生成

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Cytoscape的插件或多或少都有一些弊端，Centiscape是目前（文章时间2009）唯一一个可以一次计算多个中心值的插件（相对于network analysis等）.它可以根据拓扑和生物学属性寻找最显著差异的基因。它只适合于无向网络，可以计算的参数有（average distance，diameter直径，degree度数，stress压力，betweenness中介性，radiality放射性，closeness紧密度（接近中心性），centroid value质心值，eccentricity离心值。插件的帮助文件有以上的定义，描述，生物学意义和计算的复杂性。每个参数的max，min，mean值都有提供。还可以可视化。右边的滑动块可以调整作者的值（默认是mean）。如果必要的话，可以把其中几个参数给deactive掉，也就是不勾选acitive复选框。用户可以选择其中几个参数more/equal而另外的选择less/equal，也可以假如AND-OR 参数。这些可以马上知道结果例如“哪些节点有高中介性值和高stress同时低离心值？”要注意的是，threshold也可以手动设置。一旦根据用户的选定设置，相应的子图就可以提取显示。两类图的输出可以被支持，根据centrality 画图，根据node画图，以上两种都支持其他工具所不支持的分析。 The plot by node 可以提供任何一个node 的所有计算的centiscape值，并以bar 图展示。Mean，max，min以不同颜色显示。图中的所有值都是标准化的，当用鼠标指向某一个时候显示的是真实值。 The plot by centrality 根据中心性画图。可以有五种方式画图 1 centrality vs centrality 2.centrality vs experimental data 3.experimental data vs experimental data 4.centrality vs itself 5.experimental vs itself 仔细看怎么用（plot by centrality可以发掘根据特殊的拓扑或实验特性聚成一类的群。并可以提取子网络进一步分析。拓扑特性和实验数据的结合可以用来对子网络的功能进行更多的有意义的预测或实验证实。文章作者然后用一个例子来具体说明整个网络的拓扑性质的总体会首先看到诸如min，max，mean等。例如，degree的平均值是13.5，平均距离是3显示这是一个高度连接的网络，也就是其中蛋白发生了强烈的相互作用。为了找到最高分蛋白的找出，我们可以应用“plot by centrality”。画degree over degree，显示，分布是不均匀的，大多数nodes有低degree，很少的有高degree的。这和已知的生物网络的无尺度架构一致。下面这个是我的ucco的值，结果差不多，低degree的多余高degree的。

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微软的Office和金山的WPS，大家不陌生，应该都有。WPS免费，Office需要破解，这里提供破解版下载地址：

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