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我想重新排序与reorder.dendrogram的树状图，但不能弯曲我的头如何设置参数。 structure(14L, label = "leaf3", members = 1L, height = 0, leaf = TRUE, class = "dendrogram")), members = 2L, midpoint = 0.5, height = 24.8381484584436, class = "dendrogram
浏览 2提问于2012-11-22得票数 5
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data(dune) csin <- hclust(d, method = "aver") rect.dendrogram(csin, 3, border = 1:3)
我得到的答案是：“rect.dendrogram中的错误(csin，3，rect.dendrogram= 1:3)：X不是树状图对象。”
浏览 5提问于2021-04-22得票数 1
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在NMF R包中，可以使用consensusmap()来可视化输出。这些图显示了哪些样本属于“共识”轨道中的哪些集群。Sample ClusterS2 1S4 1. .在ConsensusClusterPlus包中，这很简单。您只需提取结果$consensusClass。对于NMF-package，我找不到类似的解决方案。我试图查看原始的绘图数据，但它太复杂了，无法从中提取任何含
浏览 1提问于2016-11-20得票数 2
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sns.load_dataset("iris")g = sns.clustermap(iris,row_cluster=False,figsize = (18,14),dendrogram_ratio=(.1, .3))
den = hierarchy.dendrogram(g.dendrogram_col.linkage, labels = iris.columns, color_threshold=35,distance_sort=Tr
浏览 2提问于2021-03-17得票数 1
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my_palette <- colorRampPalette(c("red", "yellow", "green"))(n = 299)
heatmap.2(meanm, trace="none", dendrogram="both", Rowv=as.dendrogram(cluster.row), Colv=as.dendrogram(cluster.col), margins = c(7,7), col=my_palette
浏览 7提问于2017-08-16得票数 1
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从海上簇图中提取树状图
、、、
给出了以下示例，它来自：# Librariesimport pandas as pdurl = 'https://python-graph-gallery.com/wp-content/uploads/mtcars.csv'df = df.set_index('model')df
# De
浏览 0提问于2018-10-21得票数 4
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我有250个对象，我使用h <- hclust(distance.matrix, method = "single")来获得一个hclust对象。如果我绘制来自h的树状图，它只是一个混乱，因为有太多的对象和标签只是被挤压在一起。现在，我知道我们可以使用cutree将一棵树(例如，由于hclust产生的树)通过指定所需的组数而分成几个组。
浏览 0提问于2013-09-13得票数 7
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我正在使用seaborn.clustermap创建一个有序的热图。我希望能够分别保存树状图和热图。有没有办法把这三者分开。sns.clustermap(datadissimilarity, method='average', figsize=(40,40))
浏览 1提问于2020-11-17得票数 0
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剪切树状图
、、、
我有一台dendrogrammat <- matrix(rnorm(20*10),nrow=20,ncol=10)我想把虚线右边的所有分支都剪掉：abline(v=depth.cutoff,col="red",lty=2)并最终得到这个dendrogram也许任何人都知道，如果他们的depth低于depth.cutoff，我是否以及如何从表
浏览 32提问于2017-02-02得票数 2
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我已经尝试了以下代码在R中创建一个层次聚类：hcd <- as.dendrogram(hc)hc <- hclust(dist(df))但是这段代码生成了一个数据帧的树状图。
浏览 1提问于2016-05-24得票数 0
有没有一种方法可以使用heatmaply包中使用的树状图聚类方法，并将其应用于pheatmap包生成的热图？基本上与这里提出的问题相反：Clustering in pheatmap and heatmaply R packages 当我在pheatmap上使用heatmaply时，我通常会看到我的数据集群效果更好。但是，我并不总是希望使用交互式绘图。对于我来说，heatmaply::ggheatmap函数不能正常工作，因为我有col_side_colors，并且注释妨碍了树状图。它看起来就是很乱。所以我改用pheatmap。 也许有人能帮我回答我的问题。谢谢!
浏览 52提问于2020-07-15得票数 1
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然后，我将这三个数据框架中的每一个内容放入列表中，以便使用RNA树构建函数("dendrogram16S()")读取列表并生成树状图/树。", plotIdentifier = "Single Species Genomes")
plotIdentif
浏览 7提问于2022-03-02得票数 0
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径向显示群集
、、、
我有一份分组清单，例如从第1组到第3组，以及它们的成员组成。我想以径向格式显示星系团。我正在考虑使用ape包中的as.phylo函数来显示它，但这需要创建一个hclust object.If --任何人都知道如何做到这一点--这是非常感谢创建hclust对象或其他方面的。cl var numberOfCluster 1 b 1 1 d 1 1 b 2 2 d 2 1 b 3 2 d 3
非常
浏览 2提问于2015-09-17得票数 3
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我知道你可以用corrplot做类似的事情，比如：Dendrogram with Corrplot (R)，但是很难将它应用到ggballoonplot函数中？
浏览 20提问于2020-06-29得票数 0
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我正在使用matplotlib来绘制分层聚类， import numpy as np
# Create linkage matrix and then plot the dendrogramnp.column_stack([children, distance, no_of_observa
浏览 23提问于2019-05-28得票数 1
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图中的ylim
、、
我有这个简单的代码来绘制树状图，但是特性ylim似乎不起作用。因此，无论我把它设置为什么，它的y范围都是0,0.5。plot(hclust(total_dist),main=NULL,ylab=NULL,ylim=c(0,1))
浏览 2提问于2013-07-29得票数 5
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凝聚聚类层次可视化
、、、
如何将凝聚聚类形成的层次结构可视化为树状图。我有一个大小为(400,400)的预计算距离矩阵。 clusterer= AgglomerativeClustering(n_clusters=32,affinity="precomputed",linkage="average").fit(distance_matrix) 我如何清晰地将形成这32个集群的结果可视化为树状图？我试着可视化集群，但由于它们是32，颜色不能清楚地区分它们。 colors_clusters = clusterer.labels_
fig = plt.figure(figsize=(10,7
浏览 62提问于2021-07-29得票数 2
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mfrow = c(1,2))plot(hc) # a plot with hanging branches
plot(as.dendrogram
浏览 2提问于2013-06-13得票数 4
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import numpy as np
from scipy.cluster.hierarchy import dendrogramfrom sklearn.datasets import load_iris
# Create linkage matrix and then plot the <e
浏览 22提问于2022-04-04得票数 0
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基于k的R图上的树状图
、、、、
3380000)), nrow = 20000))my.hc <- hclust(mydist, method = "average")
hcd <- as.dendrogram
浏览 3提问于2016-01-15得票数 3
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