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dplyr突变、替换和列长度

dplyr是一个在R语言中用于数据处理和数据操作的包。它提供了一组简洁且一致的函数，可以帮助我们对数据进行筛选、排序、汇总、变换等操作。

突变（Mutate）：在dplyr中，突变操作指的是添加新的列或修改已有列的值。我们可以使用mutate()函数来实现突变操作。该函数接受一个数据框（data frame）作为输入，并返回一个包含突变后结果的新数据框。
替换（Replace）：在dplyr中，替换操作指的是修改数据框中某一列的值。我们可以使用mutate()函数结合ifelse()函数来实现替换操作。ifelse()函数接受一个条件表达式，如果条件为真，则返回第一个参数的值，否则返回第二个参数的值。
列长度（Column Length）：在dplyr中，列长度指的是数据框中某一列的元素个数。我们可以使用n()函数来获取某一列的长度。n()函数接受一个数据框作为输入，并返回该数据框中某一列的元素个数。

dplyr的优势在于其简洁而一致的语法，使得数据处理和操作变得更加直观和高效。它适用于各种数据分析和数据处理任务，包括数据清洗、特征工程、数据聚合等。同时，dplyr还提供了一些高级功能，如分组操作、连接操作等，可以满足更复杂的数据处理需求。

腾讯云相关产品中，与数据处理和分析相关的产品有腾讯云数据仓库（Tencent Cloud Data Warehouse）和腾讯云数据湖（Tencent Cloud Data Lake）。数据仓库提供了高性能的数据存储和查询服务，适用于大规模数据分析和数据挖掘；数据湖则提供了海量数据存储和分析能力，支持多种数据类型和数据格式的处理。

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相关搜索:替换列条件dplyr 发出时的突变和大小写- dplyr 在dplyr中使用突变变量和动态命名变量使用dplyr中的组长度创建新列 dplyr mutate将单个列值替换为ifelse R& dplyr -分组和添加新列使用Group by和Slope with dplyr获取新列 python列替换和填充and 使用dplyr:: mutate ()和ifelse()基于R中排名顺序的条件突变语句 dplyr分组和使用多列中的条件使用变异和替换- dplyr进行四舍五入如何选择字符长度和列值？循环pandas列和替换值替换DataTables数据和列标题在r中使用dplyr groupwise替换列中的多个特定行 dplyr将新列中的NAs替换为good值的函数使用dplyr和mutate计算符合条件的列数使用Int和Null对dplyr中的列求和 dplyr根据筛选、分组和汇总计算新列使用dplyr进行数据帧分组和列转换

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Day07 生信马拉松-数据整理中的R

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day6-苗苗

#安装运行dplyr包图片图片图片#新建test，新增列用mutate，mutate单词是突变、变异的意思图片#select和mutate都是筛选的意思，前者是筛选列，后者是筛选行图片#arrange是排序...summarise汇总，group_by是先分好组，再分别计算图片#count是分别计算某一类有多少个图片#连接用join，依据左边的表用left，右边用right，inner则是交集，完全一样的有谁#这三个是三列都要写上...，哪怕没有数也要写NA，不能不写图片图片#全连就不用说明了#semi是半连，依据第二组数，写能与之匹配的第一组数，这里就不写第三列了，anti是写匹配不上的。...图片#这个bind也是连接，_后面是根据什么连，row是行，col是列，要一样数的行列才能连图片

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bcftools csq分析基因突变对蛋白水平的影响

和其他预测基因突变对蛋白质影响的软件不同，bcftools 将基因组划分为不同的独立区域（和单倍型区域概念类似)，在分析蛋白质变化时，会综合考虑该区域内的所有突变位点，示意图如下 ?...在A图中，该区域包含两个SNP位点，如果单独考虑每个位点，只能预测到氨基酸替换，由精氨酸替换为色氨酸或者谷氨酰胺，综合考虑两个SNP位点时，对应的DNA序列变成了一个终止密码子，蛋白质长度都发生了变化...在B图中，该区域包含了2个indel 位点，单独考虑每个indel位点时，都是发生了移码突变，氨基酸长度发生了变化，综合考虑两个SNP位点时，氨基酸变化和单独分析一个位点时，又大不一样。...在C图中，两个SNP位点发生在剪切位点两侧，单独考虑每个SNP位点，氨基酸由天冬氨酸替换为天冬酰胺或者谷氨酸，综合考虑两个突变位点时，氨基酸由天冬酰胺替换成赖氨酸。...输出文件的格式也是VCF格式，会在INFO列中新增一个BCSQ字段，用来描述突变位点在基因组上的位置和蛋白质序列的变化,示例如下 BCSQ=synonymous|XYZ|ENST00000000001|

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R语言基础5（绘图基础）

，可用于向量取子集； str_detect(x,"h|s")##是否含有关键词h或者s，生成与X长度相等的逻辑值向量，可用于向量取子集； str_starts(x,"h")##是否以h开头，生成与X长度相等的逻辑值向量...，可用于向量取子集； str_ends(x,"h")##是否以h结束，生成与X长度相等的逻辑值向量，可用于向量取子集； str_replace(x,"o","a")#将x中的o替换为a，只替换出现的第一个...o； str_replace(x,"o|s","a")#将x中的o或者s替换为a，只替换出现的第一个o； str_replace_all(x,"o","a")#将x中的o替换为a，替换所有的o； str_remove...sort()##只排序某一列，其他列不改变；无法改变对应关系。...library(dplyr) arrange(test, Sepal.Length) #将Sepal.LengthSepal.Length这一列从小到大排序 arrange(test, desc(Sepal.Length

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R07-R语言的综合应用

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2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

require(dplyr))install.packages("dplyr",update = F,ask = F) if(!...) library(tibble) 专题1 玩转字符串★★★ stringr包含几十个函数，本节课主要讲以下6个：图片 1. str_length() 检测字符串长度 str_length()数的是引号里面有多少个字母...-（1）str_replace() ：只替换匹配到的第一个目标 -（2）全部替换：str_replace_all() x2 str_replace(x2,"o","A") str_replace_all...:102),] rownames(test) =NULL # 去掉行名，NULL是“什么都没有” test # arrange，数据框按照某一列排序 library(dplyr) arrange(test...找出logFC最小的10个基因和logFC最大的10个基因(symbol列就是基因名) #我的答案： rm(list = ls()) load("test1.Rdata") library(dplyr)

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新TCGA+文献复现里的几种算法

以病人iid列连接在一起表达矩阵与临床信息需要匹配，否则没办法把一个基因当作一个临床因素去处理 KM曲线可以直观展示生存率和死亡率,有p值，展示组间生存率变化的比较 log_rank_test log_rank_test...给每一个病人计算风险分数 lasson回归、COX多因素分析、随机森林、支持向量随机缩小基因的数量，得到公式，得到风险分数最要学会的数据整理方法：TCGA_2里的 5.sur.dat GBM_ER里 IDH突变和...是否突变？...展示你想展示的那组基因的突变情况 options(stringsAsFactors = F) require(maftools) require(dplyr) project='TCGA_KIRC'...2.细胞表型信息phenoData：第一列细胞编号，其他列是细胞的相关信息。 3.基因注释featureData：第一列是基因编号，其他列是基因的对应信息。

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十二、R语言的综合应用

birch canoe slid on the smooth planks." x [1] "The birch canoe slid on the smooth planks." 1.1.检测字符串长度...1.4.字符检测 str_detect(x2,"h") ### 看x2这个长度为8的向量中的每个元素是否含有h这个关键词，生成的与x2长度相等且一一对应的逻辑值向量 str_starts(x2,"...select(filter(iris,Sepal.Width>3), Sepal.Length,Sepal.Width), Sepal.Length) 三、条件和循环...“tumor”，是FALSE就替换成“normal”， ####如果samples这个向量中的每个元素含有tumor就是TRUE，就会被替换成“tumor” k2 = str_detect(samples...= T) z[,4] # 2.如何把上一题结果中的Control和Vemurafenib改成全部小写？

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R语言小专题

一、字符串专题（stringr包）1）str_length() 统计字符串长度str_length("hello world")10 #这个字符串的长度，包括空格和一些符号在内2）str_split()...FALSE FALSE FALSE TRUE TRUE[8] FALSE根据搜索的内容会返回true or false的值5）str_replace() / str_replace_all() 字符替换...birch" "canoe" "slid" [5] "on" "the" "smooth" "planks." str_replace(x2,"o","A") #同一个字符串只替换了一次...str_replace_all(x2,"o","A") #全部替换 [1] "The" "birch" "canAe" "slid" [5] "An" "the"...列输出——从小到大排序三、条件语句和循环语句专题1）if 条件语句基本格式：if (i>1) {print("+")else{print( "-")}2)‼️重点函数：ifelse（）ifelse(x,

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生信马拉松 Day7

;x 1.1 检测字符串长度 str_length(x) #注意包括空格，空格也算一个 #[1] 42 length(x) #算的是向量有多少个元素 #[1] 1 1.2 字符串拆分 str_split...FALSE FALSE FALSE FALSE str_ends(x2,"e") #[1] TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE TRUE FALSE FALSE 1.5 字符串替换...canoe" "slid" "on" "the" "smooth" "planks." str_replace(x2,"o","A") #此时只有每个字符串的第一个"o"被替换了...条件和循环，if，for 碎碎念：这个东西每次好久不用就想不起格式要重新查，脑子是个好东西，就是漏的厉害 rm(list=ls()) #if的格式 if (){ #if后面的括号里只能是一个逻辑值...不可以是多个逻辑值组成的向量 } #if+else的格式 if (){ }else{ } #ifelse的格式 ifelse( , ,) #第一个逗号前是逻辑值 #for的格式 for(){ } 条件和循环的应用

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生信技能树- R语言-day7

玩转字符串1.检测字符串长度str_length(x)length(x)# 字符的个数2.字符串拆分str_split(x," ") # 把42个字符按照“空格”拆分成八个字符串class(str_split...不然还是原来的y3.按位置提取字符串str_sub(x,5,9) #空格也要算上 x字符串里5-9位置4.字符检测str_detect(x2,"h") # h类似于地雷，扫雷探测，含有h的就会变成TURE，生成长度相等的逻辑值向量...#如果向量里的一个数据有两个o，只替换第一个str_replace_all(x2,"o","A") #如果向量里的一个数据有两个o，都替换str_replace_all(x2,"o|e","A") #...竖线代表着或者6.字符删除str_remove(x," ")str_remove_all(x," ")玩转数据框arrange，数据框按照某一列排序sort是给向量排序的library(dplyr)...以左边的为准left_join(test1,test2,by="name")right_join：右连接，以右边的为准right_join(test1,test2,by="name")表达矩阵画箱线图当x和y

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跟小洁老师学习R语言的第七天

专题一：玩转字符串1.检测字符串长度x 3), Sepal.Length,Sepal.Width), Sepal.Length)专题三：条件和循环一

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Learn R 专题1-3

图片专题1 玩转字符串图片检测字符串长度代码1 str_length(x) if(!...smooth planks." x [1] "The birch canoe slid on the smooth planks." str_length(x) [1] 42 ### 1.检测字符串长度...> library(dplyr) > arrange(test, Sepal.Length) #arrange() 以“Sepal.Length”这一列从小到大（默认）排序列名大多数不需要加“”...T替换成tumor输出，F替换成normal输出 [1] "tumor" "tumor" "tumor" "normal" "normal" "normal" #换一种写法，检测normal >...（向量长度得是相同的）长脚本管理方式 if(T){} #运行{}中的代码;可折叠 if(F){} #跳过{}中的代码专题四表达矩阵画箱线图表达矩阵 set.seed(10086) #设置随机种子

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tidyverse：R语言中相当于python中pandas+matplotlib的存在

从文件中读取数据 purrr：(提供好用的编程函数 tibble：data.frame升级款 stringr：处理字符，查找、替换等 forcats：处理因子问题 ?...02 — tibble：高级数据框（data.frame升级版） ——数据（列）类型一目了然 tibble是R语言中一个用来替换data.frame类型的扩展的数据框，tibble继承了data.frame...tibble，不关心输入类型，可存储任意类型，包括list类型 tibble，没有行名设置 row.names tibble，支持任意的列名 tibble，会自动添加列名 tibble，类型只能回收长度为...4.6 分组: group_by # install.packages("dplyr") library(dplyr) 4.1 筛选: filter() #按给定的逻辑判断筛选出符合要求的子数据集...这些函数允许在长数据格式（long data）和宽数据格式（wide data）之间进行转换（功能类似于reshape包，但是比reshape更好用，并且可以用于管道%>%连接）。

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 06 R应用专题

一、玩转字符串 stringr包图片 1.str_length() 检测字符串长度 x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x ### 1....检测字符串长度 str_length(x) #计算字符串中有多少字符 length(x) #计算向量中元素的个数图片图片 2. str_split 字符串拆分 x <- "The birch...x2 str_replace(x2,"o","A") ##在" "中只替换一个函数 str_replace_all(x2,"o","A") ##替换所有图片 6. str_remove 字符串替换...新增一列是两列数值的乘积 mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) 图片图片 select和filter 筛选出来的结果是数据框 3.连续操作，优秀的管道符号...select(filter(iris,Sepal.Width>3), Sepal.Length,Sepal.Width), Sepal.Length) 三、条件和循环

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TCGA|根据somatic mutation绘制突变景观图（oncoplot）和基因词云

使用 XENA下载的TCGA-LAML.mutect2_snv.tsv文件绘制基因词云和突变景观图。...首先根据maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化得到了laml数据，那么可以用以下方式获得基因云图 library(wordcloud2) data2 <- as.data.frame...转成绘制热图的数据形式（宽型数据） library(reshape2) mut3_dcast % dcast(Sample_ID ~ gene,value.var='effect') %>% dplyr...col <- c( "missense_variant" = "blue" , "inframe_insertion" = "green") #指定变异的样子，x,y,w,h代表变异的位置(x,y)和宽度...alter_fun, col = col, column_title = column_title, remove_empty_columns = TRUE, #去掉空列

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阿榜的生信笔记7—R语言的综合运用1

对的，str_length(x)得到的是字符串的长度，它包括了“”内的所有东西，包括空格哦。 2、字符串拼写那有人会问我不想包括空格，想要单词的长度，怎么办？...5、字符替换 ### 5.字符串替换 x2 str_replace(x2,"o","A") str_replace_all(x2,"o","A") "str_replace(x2,"o","A")" 该代码表示将字符串...x2中的第一个字母o替换为A。..."str_replace_all(x2,"o","A")" 该代码表示将字符串x2中所有的字母o都替换为A。...# 去掉行名，NULL是“什么都没有” test # arrange，数据框按照某一列排序 library(dplyr) arrange(test, Sepal.Length) #从小到大 arrange

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R语言-专题

x### 1.检测字符串长度str_length(x)length(x) #返回字符串的个数2.str_splitsplit返回列表，但是列表不能进行计算，对列表进行取子集### 2.字符串拆分str_split...### 5.字符串替换x2str_replace(x2,"o","A") #只替换第一个str_replace_all(x2,"o","A")6.字符删除### 6.字符删除xstr_remove(x,...library(dplyr)arrange(test, Sepal.Length) #从小到大arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小# distinct，数据框按照某一列去重复...(a$title," ",simplify = T)gg[,4]# 2.如何把上一题结果中的Control和Vemurafenib改成全部小写？...:3)colnames(exp) = paste0("test",1:6)exp[,1:3] = exp[,1:3]+1explibrary(tidyr)library(tibble)library(dplyr

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