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    批量提取基因上下游指定范围内的SNP标记

    我们在研究过程中,经常需要提取基因附近指定范围内的SNP标记进行下一步的分析验证,如果用Excel一个一个去根据位置筛选会非常麻烦,所以小编写了一个小工具,帮助大家批量提取基因上下游指定范围内的SNP标记...bedtools-2.29.2.tar.gz ## 解压 tar -zxvf bedtools-2.29.0.tar.gz ## 编译 cd bedtools2 make 之后把bedtools添加到环境变量中...另一个文件就是包含标记信息的vcf文件。 ? 准备好输入文件后,我们就可以开始提取标记啦!...-vcf:输入包含标记的vcf文件。 -length:设置提取SNP标记的基因上下游范围。 -out:输出文件前缀。 运行完毕后会生成两个输出文件。...输出文件一的第一列表示标记,第二列表示该标记位于哪些基因的上下游。 ? 输出文件二即为位于基因上下游标记的vcf文件。

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    Python进阶——修改闭包内使用的外部变量

    修改闭包内使用的外部变量 修改闭包内使用的外部变量的错误示例: # 定义一个外部函数 def func_out(num1): # 定义一个内部函数 def func_inner(num2...): # 这里本意想要修改外部num1的值,实际上是在内部函数定义了一个局部变量num1 num1 = 10 # 内部函数使用了外部函数的变量(num1)...return func_inner # 创建闭包实例 f = func_out(1) # 执行闭包 f(2) 修改闭包内使用的外部变量的错误示例: # 定义一个外部函数 def func_out...nonlocal num1 # 告诉解释器,此处使用的是 外部变量a # 修改外部变量num1 num1 = 10 # 内部函数使用了外部函数的变量(num1...小结 修改闭包内使用的外部函数变量使用 nonlocal 关键字来完成。

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    在Bash命令中展开单引号内的变量?

    问题 我想从一个 bash 脚本中运行一个包含单引号且单引号内有其他命令和一个变量的命令。 例如:repo forall -c '.......$variable "'" 如果我将变量的值直接替换进去,命令就能正常执行。 请告诉我哪里出了错。 回答 在单引号内,所有内容都会被原样保留,无一例外。...不要拼接由 Shell 解析的字符串 你应绝对避免通过拼接变量来构建 Shell 命令。这和 SQL 片段的拼接(导致 SQL 注入)一样是个坏主意!...请勿这样做: script="echo \"Argument 1 is: $myvar\"" /bin/sh -c "$script" 如果变量 $myvar 的内容不可信,这里存在一个可能的攻击方式...(exploit): myvar='foo"; echo "you were hacked' 相比于上述调用方式,使用位置参数会更好——这样是安全的,不会被利用: script='echo "arg

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    Echo 是如何支持 MarkDown 的

    大家可能会碰壁的地方应该就是图片上传的部分。 ?...做完这一步各位的第一想法应该就是要去配置下我们的拦截器(对除静态资源外所有路径进行拦截),不要拦截 editor-md 这个文件夹下的所有资源。 ?...MarkDown 文本的渲染区域就是 textarea 标签包裹的那个区域 下图中框出来的地方填的就是包裹 textarea 的 div 的 id: ?...另外,需要注意的是 path 路径的配置(lib 文件夹的路径)以及 imageUploadURL(后端上传图片的方法地址),这个在上图中都用黄线标注出来了。...可以看见,上面配置了一些 MarkDown 渲染规则,图中标注出来的 md-content 就表示要渲染的区域,即包裹帖子内容的 div 的 id: ?

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    Echo 的评论是如何显示的

    关于评论模块需要注意的就是评论表 comment 的设计,这个表应该是相对来说最复杂的一张了。因为不仅有评论(对帖子的评论),还有对评论的回复,都放在这一张表里面了。...就是评论;如果是针对评论的,那么这条 comment 就是回复) entity_id:实体的 id(如果是对帖子的评论,就存储帖子的 id;如果是对评论的回复,就存储评论的 id;还有对回复的回复,存储的仍然是所属评论的...也就是说,某个帖子下的所有评论,它们的 entity_id 都是这个帖子的 id。某条评论下的所有回复,它们的 entity_id 都是这条评论的 id。)...封装评论的分页信息,这里就显示出我们分页模型的强大了,一套代码随处用,不了解的各位强烈推荐回看上篇文章 Echo 的帖子列表与分页是怎么做的 ?...关于这个的实现其实就是在我们循环变量名的后面加上 Stat,比如 cvoStat,这是一种固定表达,可用于表示每次的循环对象,而 xxxStat.count 就表示当前是第几次循环,也就是我们的楼层数。

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    因果推断笔记——工具变量、内生性以及DeepIV(六)

    文章目录 1 理论介绍 1.1 Instrumental variable解释 1.2 因果推断中:内生性的一个有意思的例子 1.2 与代理变量(proxy variable)的对比 1.3 中介变量...内生性 1.1 Instrumental variable解释 线性模型前面的系数表征了自变量对于因变量的因果关系,一个线性模型要能使用 OLS 估计系数需要满足 exogeneity 的要求。...这是一种处理内生性问题的经典方法,或者说被滥用最严重的方法。这种方法相信大家都已经学过,就是找到一个变量和内生解释变量相关,但是和随机扰动项不相关。...具体的说,这种方法是找到影响内生变量的外生变量,连同其他已有的外生变量一起回归,得到内生变量的估计值,以此作为IV,放到原来的回归方程中进行回归。...假设面试分数 (Y) 由面试老师 (X) 决定,王小二可视为随机误差项u ,认识王小二的那位面试老师可视为内生的解释变量x1 ,如果让这位老师继续参加面试给王小二打分,那么面试分数就很可能偏高。

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    JVM 彻底搞懂几种常见的垃圾回收机制|标记清除|标记复制|标记整理

    在jvm中有些对象是用完就不需要的(业务对象),有些对象则是长久存留的(如Spring的一些组件),所以我们不可能按照同样的收集方式去处理这些对象,所以jvm就会把这些对象进行区分,将存活不久的对象放在新生代...标记复制 标记复制算法会将内存空间一分为二,每次只会使用一半,另外一半用来保存下次存活的对象。在进行收集时,它会将存活对象全部复制到另外一半的内存空间,然后再把零碎的垃圾对象全部回收。...为什么标记复制一般用在年轻代? 因为标记复制 复制的是存活对象,存活对象越多,那么复制的效率就越低,但是年轻代存活对象一般比较少,所以非常适合使用标记复制算法。...回收前 回收后 标记清除 分为两个步骤:标记和清除,清除的是垃圾,标记的可以是垃圾也可以是存活对象,要看具体垃圾回收算法实现。...回收前 回收后 存在的问题 会产生空间碎片 标记压缩(整理) 标记压缩是在标记清除后,进行了一次碎片整理的操作,使得碎片空间小时,对象存放在连续的空间中。

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    HTML中的标记

    文章目录 前言 块级元素 行内元素 行内块级元素 ---- 前言 HTML中的标记 块级元素 h1-h6>>1-6级标题 p>>段落 div>>定义文档中的节 ul>>定义无序列表 ol>>定义有序列表...fieldset>>定义围绕表单中元素的边框 legend>>定义 fieldset 元素的标题 figure>>定义媒介内容的分组,以及它们的标题。...(脚注) tr>>定义表格中的行 th>>定义表格中的表头单元格 colgroup>>定义表格中供格式化的列组 col>>定义表格中一个或多个列的属性值。...strong>>定义语气更为强烈的强调文本,文字加粗 sup>>定义上标文本 sub>>定义下标文本 time>>定义日期/时间 var>>定义文本的变量部分 wbr>>定义可能的换行符...meter >>定义预定义范围内的度量 progress>>定义任何类型的任务的进度 textarea>>定义多行的文本输入控件 button>>定义按钮 select>>定义选择列表(下拉列表

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    Linux系统之echo命令的基本使用

    一、echo命令介绍 echo命令简介echo命令是一个用于在终端中显示一行文本的命令。它通常用于脚本和命令行操作中,可以用来显示变量的值、输出错误消息、创建文本文件等。...二、echo命令的使用帮助 2.1 echo命令的help帮助信息 执行以下命令,查看echo命令的帮助信息。...HHHHHHHH 可以是一位到八位的十六进制数字。 三、echo命令的基本使用 3.1 显示普通文本 直接使用echo命令,输出文本信息。...3.4 输出变量 定义变量 [root@openEuler-test ~]# echo "AAA $AAA" AAA jeven 3.5 重定向文件 使用echo命令重定向文件 [root@openEuler-test...使用 -e 选项可以启用对转义序列的解释。 单引号包围文本可以防止 shell 对变量进行扩展。 双引号允许变量和命令替换在输出中生效。 使用 ANSI 转义序列可以在终端中输出带颜色的文本。

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    echo 命令显示带颜色的字

    让echo输出带颜色的方法有两种 在shell脚本中定义颜色变量,使用echo -e调用变量 定义变量的时候,把echo -e定义到变量中,然后输出变量 格式及选项 格式如下: `echo -e..."\033[字背景颜色;文字颜色m字符串\033[0m"` 例: `echo -e "\033[41;36m content \033[0m"` 其中41的位置代表底色, 36的位置是代表字的颜色...25h 显示光标 echo 实例 定义变量的时候,把echo -e定义到变量中,然后输出变量 可以让echo输出显示颜色的shell脚本 #!.../bin/bash #定义颜色的变量 RED_COLOR='\E[1;31m' #红 GREEN_COLOR='\E[1;32m' #绿 YELOW_COLOR='\E[1;33m' #黄 BLUE_COLOR...====pink color======${RES}" echo "#######################################" #直接把echo -e放到变量里面,使用的时候直接输出变量即可

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