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Nature | 迁移学习为网络生物学赋能

今天为大家介绍的是来自Christina V. Theodoris和Patrick T. Ellinor团队的一篇基于迁移学习发现关键调控因子和潜在治疗靶标的论文。基因网络的映射需要大量的转录组数据,以学习基因之间的连接关系,这在数据有限的环境中,包括罕见疾病和临床无法接触的组织中,会阻碍发现。最近,迁移学习通过利用在大规模通用数据集上预训练的深度学习模型,然后对有限的特定任务数据进行微调,革新了自然语言理解和计算机视觉等领域。在这里,作者开发了一种上下文感知、基于注意力机制的深度学习模型,名为Geneformer,它在约3000万个单细胞转录组的大规模语料库上进行了预训练,以实现在网络生物学中有限数据环境下的上下文特定预测。

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