主要特点和功能： 高速传输：ascp 利用 Aspera 的 FASP（Fast And Secure Protocol）技术，通过优化传输算法和并行传输，在不同网络条件下实现高速的数据传输，提供比传统传输方式更快的速度...@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/$x/$id/${id}.fastq.gz ./ done #双端测序： cat SRA.list|while read id do x=...@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/$x/$id/${id}_1.fastq.gz \ era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/$x/...@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/$x/00$y/$id/${id}_1.fastq.gz \ era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq...@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/$x/0$y/$id/${id}_1.fastq.gz \ era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq
所以我们这个时候有两个解决方案，第一个是直接把每个样品的4个fq文件的定量在每个基因层面表达量加和即可，另外一个办法就是先无需理会，就把这4个值当做是4个技术重复即可，但是它不能是生物学重复，不过反正绝大部分分析也不需要区分这一点...我这里就选择了把这4个值当做是4个技术重复，如下所示的代码： rm(list = ls()) fs = list.files(path = "....如下所示，我们读取表达量矩阵文件，进行质量控制，并且绘制基本图： cor_top500 可以很清楚的看到， 我们虽然是把一个样品的4个fq文件都给了表达量，但是它们的信息是非常一致的，毕竟仅仅是技术重复...，并不是生物学重复，很难有生物学异质性，而且测序技术的稳定性超级好。....fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR100/060/SRR10090660/SRR10090660.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk
sra-download.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra35/SRR/015553/SRR15927225 Aspera Aspera[5]是IBM公司的一款高速传输软件，创造了新一代的传输技术...使用 fasp传输专利技术，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。...(fasp only; http only; first try fasp (ascp), use...如果想通过EBI下载数据，需要修改前半部分为era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ ascp -T -i ~/anaconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...-k 1 -l 200m era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR159/SRR15927225/SRR15927225.sra ./ SRA-Explorer
如果是从ENA数据库下载 PRJNA713302 项目 ，我们很容易拿到地址： fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR139/017/SRR13924917/SRR13924917....fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR139/018/SRR13924918/SRR13924918.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk.../SRR13924920.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR139/021/SRR13924921/SRR13924921.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk.../SRR13924923.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR139/024/SRR13924924/SRR13924924.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk...id do ascp -QT -l 300m -P33001 \ -i ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp
@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR772/008/SRR7722938/SRR7722938.fastq.gz . && mv SRR7722938.fastq.gz...@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR772/007/SRR7722937/SRR7722937.fastq.gz . && mv SRR7722937.fastq.gz...@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR772/009/SRR7722939/SRR7722939.fastq.gz . && mv SRR7722939.fastq.gz...@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR772/001/SRR7722941/SRR7722941.fastq.gz . && mv SRR7722941.fastq.gz...，通过这一个项目文件并不能说明不可以直接获取单细胞所需fq文件 在我后面的学习中学到了可以用kingfisher下载对应project所有fq文件，比去ENA还方便 【flag】小鼠的5个样品的10x技术单细胞转录组上游定量
:/vol1/fastq/SRR174/083/SRR17418283/SRR17418283_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR174/083/...SRR17418283/SRR17418283_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR174/086/SRR17418286/SRR17418286_...1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR174/086/SRR17418286/SRR17418286_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk...:/vol1/fastq/SRR174/087/SRR17418287/SRR17418287_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR174/087/...SRR17418287/SRR17418287_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR174/090/SRR17418290/SRR17418290_
1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR159/077/SRR15927877/SRR15927877_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk...1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR159/079/SRR15927879/SRR15927879_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk...1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR159/081/SRR15927881/SRR15927881_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk...1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR159/083/SRR15927883/SRR15927883_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk...1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR159/085/SRR15927885/SRR15927885_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR866/SRR866992/SRR866992.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR866.../SRR866993/SRR866993.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR866/SRR866994/SRR866994.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk....fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR866/SRR866997/SRR866997.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1.../fastq/SRR866/SRR866998/SRR866998.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR866/SRR866999/SRR866999....fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR867/SRR867000/SRR867000.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/
@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR238/062/SRR23881762 ....era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR238/062/SRR23881762: 这是远程服务器的路径信息era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk...: 连接到 ENA 的服务器，并使用 era-fasp 这个账号。...低质量的指示：如果四种碱基的百分比在特定位点上有显著的变化，可能表示在这些位置存在偏好性或技术性问题。...8.Overrepresented sequences 高频序列可能有多种来源：技术污染：如果数据中存在较多来自同一序列的高频段，这可能表示有污染。例如，可能是在实验过程中引入了不必要的引物或适配子。
EBI 上的数据： 1.EBI 数据下载： ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ --host=fasp.sra.ebi.ac.uk...--user=era-fasp --mode=recv \ /vol1/fastq/ERR105/ERR105009/ERR105009_1.fastq.gz ./ #或者 ascp -T -l...200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR105...1 -P 用于SSH身份验证的TCP端口，一般是33001 --host=string ftp的host名，NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的为fasp.sra.ebi.ac.uk...--user=string 用户名，NCBI的为anonftp，EBI的为era-fasp。 --mode=string 选择模式，上传为 send，下载为 recv。
/SRR7696207_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR851/003/SRR8517853/SRR8517853_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk.../SRR8517854_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR851/004/SRR8517854/SRR8517854_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk...:/vol1/fastq/SRR107/051/SRR10744251/SRR10744251_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR107/051/...1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR107/052/SRR10744252/SRR10744252_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk...1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR107/054/SRR10744254/SRR10744254_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk
:/vol1/fastq/SRR139/009/SRR13911909/SRR13911909_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR139/009/...SRR13911909/SRR13911909_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR139/010/SRR13911910/SRR13911910_...1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR139/010/SRR13911910/SRR13911910_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk...:/vol1/fastq/SRR139/011/SRR13911911/SRR13911911_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR139/011/...1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR139/012/SRR13911912/SRR13911912_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk
fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR186/067/SRR18682867/SRR18682867.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/.../SRR18682869.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR186/070/SRR18682870/SRR18682870.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk.../SRR18682872.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR186/073/SRR18682873/SRR18682873.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk.../SRR18682875.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR186/076/SRR18682876/SRR18682876.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk.../SRR18682878.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR186/079/SRR18682879/SRR18682879.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk
era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/run/ERR395/ERR3958154/lane317s0005536.star.chr.bam . ascp -QT -l 300m...-P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/run/ERR395...@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/run/ERR395/ERR3958156/lane317s005538.star.chr.bam . ascp -QT -l 300m -P33001...-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/run/ERR395/ERR3958157...-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/run/ERR395/ERR3958159
下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 Aspera是IBM公司的一款高速传输软件，创造了新一代的传输技术(faspTM)，并能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制，以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据...使用 fasp传输专利技术，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。...id do ascp -QT -l 300m -P33001 \ -i ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp
Genetically engineered mouse models of cancer (GEMMC) ，就是 K14cre; Brca1F/F; p53F/F mice ，从里面经过各种复杂的实验技术养成细胞系...id do ascp -QT -l 300m -P33001 \ -i ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp...突变特征频谱 学徒作业 下载这个PRJEB36418里面的测序数据，就两个文件而已： fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR383/001/ERR3839731/ERR3839731..._1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR383/001/ERR3839731/ERR3839731_2.fastq.gz 然后比对到小鼠参考基因组，
文本文件：fq.txt ，内容如下： fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR150/024/SRR15037124/SRR15037124_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk...:/vol1/fastq/SRR150/025/SRR15037125/SRR15037125_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR150/026/...SRR15037126/SRR15037126_1.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR150/026/SRR15037126/SRR15037126_...2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR150/027/SRR15037127/SRR15037127_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk...:/vol1/fastq/SRR150/056/SRR15037156/SRR15037156_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR150/057/
数据下载 同理，从 EBI 网站下载千人基因组数据 ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 100M -T -P33001 fasp-g1k...@fasp.1000genomes.ebi.ac.uk:vol1/ftp/release/20100804/ALL.2of4intersection.20100804.genotypes.vcf.gz...asperaweb_id_dsa.openssh -l 最大下载速度，如 100M -k 断点续传，通常设为 1 -T 无需加密传输 --host 服务器域名，NCBI 为 ftp.ncbi.nlm.nih.gov，EBI 下载千人基因组为 fasp
修改前：ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR107/088/SRR10799888/SRR10799888_1.fastq.gz 修改后：fasp.sra.ebi.ac.uk...SRR10799888_1.fastq.gz Step3 ASCP 下载 nohup ascp -QT -l 500M -P 33001 -i "asperaweb_id_dsa.openssh" era-fasp...@fasp.sra.ebi.ac.uk:vol1/fastq/SRR107/088/SRR10799888/SRR10799888_1.fastq.gz ./ asperaweb_id_dsa.openssh
-WD12:~/RNA_Seq/sra$ ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp...@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR103/003/SRR1039773/SRR1039773_1.fastq.gz ~/RNA_Seq/sra/ 批量下载（需先获得fq...| while read id; do ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp...| while read id; do ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp
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